projects / unres.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
New examples based on current version of UNRES.
[unres.git] / examples / unres / new / REMD / Berendsen / ff_1l2y / 1L2Y_REMD.out_GB000
diff --git a/examples/unres/new/REMD/Berendsen/ff_1l2y/1L2Y_REMD.out_GB000 b/examples/unres/new/REMD/Berendsen/ff_1l2y/1L2Y_REMD.out_GB000
index 2aea84e..163429d 100644 (file)
--- a/examples/unres/new/REMD/Berendsen/ff_1l2y/1L2Y_REMD.out_GB000
+++ b/examples/unres/new/REMD/Berendsen/ff_1l2y/1L2Y_REMD.out_GB000
@@ -5,33 +5,33 @@
  Output file                     : 1L2Y_REMD.out_GB000
  
  Sidechain potential file        : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/scinter_GB.parm
- SCp potential file              : /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/scp.parm
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scinter_GB.parm
+ SCp potential file              : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scp.parm
  Electrostatic potential file    : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  Cumulant coefficient file       : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  Torsional parameter file        : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  Double torsional parameter file : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
- SCCOR parameter file : /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
+ SCCOR parameter file : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  Bond & inertia constant file    : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/bond_AM1.parm
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/bond_AM1.parm
  Bending parameter file          : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/theta_abinitio.parm
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/theta_abinitio.parm
  Rotamer parameter file          : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
  Threading database              : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/patterns.cart
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/patterns.cart
 --------------------------------------------------------------------------------
 ********************************************************************************
 United-residue force field calculation - parallel job.
 ********************************************************************************
  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  ++++ Compile info ++++
- Version 2.5 build 298
- compiled Thu Jul  5 05:49:13 2012
+ Version 2.5 build 303
+ compiled Mon Jul 23 17:44:56 2012
  compiled by jal47@matrix.chem.cornell.edu
  OS name:    Linux 
  OS release: 2.6.34.9-69.fc13.x86_64 
@@ -304,7 +304,7 @@ Replica exchange molecular dynamics (REMD) calculation.
 
  Calling chainbuild
  Calling REMD
- MREMD          16 time before  1.562500000000000E-002
+ MREMD          16 time before  5.859375000000000E-002
  NREP=          16
  i2rep      1      2      3      4      5      6      7      8      9     10
      11     12     13     14     15     16
@@ -459,7 +459,7 @@ Initial:
 
     maximum acceleration    4.85077E+00
 
- Setup time  2.343750000000000E-002
+ Setup time  8.593750000000000E-002
 Velocities reset to random values, time             1999.80
 Velocities reset to random values, time             3999.80
 Velocities reset to random values, time             5999.80
@@ -473,9 +473,9 @@ Velocities reset to random values, time            19999.80
  REMD synchro at      100000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   40.6171875000000       0.000000000000000E+000
- REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
- REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
+ REMD gather times=   40.1953125000000       0.000000000000000E+000
+ REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
+ REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     1.00000    1
 ACC   2   260.00000     1.00000    1
@@ -493,7 +493,7 @@ ACC  13   370.00000     1.00000    1
 ACC  14   380.00000     0.00000    1
 ACC  15   390.00000     1.00000    1
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
+ REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 Velocities reset to random values, time            21999.80
 Velocities reset to random values, time            23999.80
 Velocities reset to random values, time            25999.80
@@ -507,8 +507,8 @@ Velocities reset to random values, time            39999.80
  REMD synchro at      200000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   81.1953125000000       0.000000000000000E+000
- REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
+ REMD gather times=   82.0859375000000       0.000000000000000E+000
+ REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.50000    2
@@ -527,7 +527,7 @@ ACC  13   370.00000     1.00000    2
 ACC  14   380.00000     0.50000    2
 ACC  15   390.00000     1.00000    2
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
+ REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 Velocities reset to random values, time            41999.80
 Velocities reset to random values, time            43999.80
 Velocities reset to random values, time            45999.80
@@ -541,9 +541,9 @@ Velocities reset to random values, time            59999.80
  REMD synchro at      300000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   122.101562500000       0.000000000000000E+000
+ REMD gather times=   122.914062500000       0.000000000000000E+000
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
- REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
+ REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.33333    3
 ACC   2   260.00000     1.00000    3
@@ -561,7 +561,7 @@ ACC  13   370.00000     1.00000    3
 ACC  14   380.00000     0.33333    3
 ACC  15   390.00000     1.00000    3
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
+ REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 Velocities reset to random values, time            61999.80
 Velocities reset to random values, time            63999.80
 Velocities reset to random values, time            65999.80
@@ -575,9 +575,9 @@ Velocities reset to random values, time            79999.80
  REMD synchro at      400000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   163.812500000000       0.000000000000000E+000
+ REMD gather times=   164.542968750000       0.000000000000000E+000
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
- REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
+ REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.25000    4
 ACC   2   260.00000     1.00000    4
@@ -595,7 +595,7 @@ ACC  13   370.00000     0.75000    4
 ACC  14   380.00000     0.50000    4
 ACC  15   390.00000     1.00000    4
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
+ REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 Velocities reset to random values, time            81999.80
 Velocities reset to random values, time            83999.80
 Velocities reset to random values, time            85999.80
@@ -609,9 +609,9 @@ Velocities reset to random values, time            99999.80
  REMD synchro at      500000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   204.636718750000       0.000000000000000E+000
- REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
- REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
+ REMD gather times=   205.507812500000       0.000000000000000E+000
+ REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
+ REMD writing traj time=  1.171875000000000E-002
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.40000    5
 ACC   2   260.00000     1.00000    5
@@ -628,8 +628,8 @@ ACC  12   360.00000     1.00000    5
 ACC  13   370.00000     0.80000    5
 ACC  14   380.00000     0.60000    5
 ACC  15   390.00000     1.00000    5
- REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
+ REMD scatter time=  3.906250000000000E-003
+ REMD exchange time=  1.953125000000000E-002
 Velocities reset to random values, time           101999.80
 Velocities reset to random values, time           103999.80
 Velocities reset to random values, time           105999.80
@@ -643,7 +643,7 @@ Velocities reset to random values, time           119999.80
  REMD synchro at      600000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   245.304687500000       0.000000000000000E+000
+ REMD gather times=   246.343750000000       0.000000000000000E+000
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
  NREP          16
@@ -677,9 +677,9 @@ Velocities reset to random values, time           139999.80
  REMD synchro at      700000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   286.046875000000       0.000000000000000E+000
+ REMD gather times=   287.054687500000       0.000000000000000E+000
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
- REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
+ REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.57143    7
 ACC   2   260.00000     0.71429    7
@@ -697,7 +697,7 @@ ACC  13   370.00000     0.85714    7
 ACC  14   380.00000     0.57143    7
 ACC  15   390.00000     1.00000    7
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
+ REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 Velocities reset to random values, time           141999.80
 Velocities reset to random values, time           143999.80
 Velocities reset to random values, time           145999.80
@@ -711,9 +711,9 @@ Velocities reset to random values, time           159999.80
  REMD synchro at      800000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   326.968750000000       0.000000000000000E+000
- REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
- REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
+ REMD gather times=   327.578125000000       0.000000000000000E+000
+ REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
+ REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.62500    8
 ACC   2   260.00000     0.62500    8
@@ -731,7 +731,7 @@ ACC  13   370.00000     0.87500    8
 ACC  14   380.00000     0.62500    8
 ACC  15   390.00000     1.00000    8
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
+ REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 Velocities reset to random values, time           161999.80
 Velocities reset to random values, time           163999.80
 Velocities reset to random values, time           165999.80
@@ -745,9 +745,9 @@ Velocities reset to random values, time           179999.80
  REMD synchro at      900000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   368.226562500000       0.000000000000000E+000
+ REMD gather times=   368.445312500000       0.000000000000000E+000
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
- REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
+ REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.66667    9
 ACC   2   260.00000     0.66667    9
@@ -765,7 +765,7 @@ ACC  13   370.00000     0.88889    9
 ACC  14   380.00000     0.66667    9
 ACC  15   390.00000     1.00000    9
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
+ REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 Velocities reset to random values, time           181999.80
 Velocities reset to random values, time           183999.80
 Velocities reset to random values, time           185999.80
@@ -784,13 +784,13 @@ Velocities reset to random values, time           199999.80
 
 ===================================  Timing  ===================================
 
-                  MD calculations setup:    3.90625E-03
-           Energy & gradient evaluation:    3.68766E+02
+                  MD calculations setup:    2.34375E-02
+           Energy & gradient evaluation:    3.69984E+02
                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
-                               MD steps:    4.08898E+02
+                               MD steps:    4.09125E+02
 
 
 ============================  End of MD calculation  ===========================
 CG processor   0 is finishing work.
- Total wall clock time   408.921875000000       sec
+ Total wall clock time   409.210937500000       sec
UNRESPACK 3.x