projects / unres.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
New examples based on current version of UNRES.
[unres.git] / examples / unres / new / MD / with_constrains / Berendsen / ff_1l2y / fort.2
diff --git a/examples/unres/new/MD/with_constrains/Berendsen/ff_1l2y/fort.2 b/examples/unres/new/MD/with_constrains/Berendsen/ff_1l2y/fort.2
index cff2e69..d7cafe4 100644 (file)
--- a/examples/unres/new/MD/with_constrains/Berendsen/ff_1l2y/fort.2
+++ b/examples/unres/new/MD/with_constrains/Berendsen/ff_1l2y/fort.2
@@ -173,8 +173,7 @@ Momenta zeroed out, time            24199.80
 Momenta zeroed out, time            24399.80
 Momenta zeroed out, time            24599.80
 Momenta zeroed out, time            24799.80
-Momenta zeroed out, time            24999.80
-Momenta zeroed out, time            25199.80
+ acceleration/energy drift too large   6.5420Momenta zeroed out, time            25199.80
 Momenta zeroed out, time            25399.80
 Momenta zeroed out, time            25599.80
 Momenta zeroed out, time            25799.80
@@ -259,8 +258,9 @@ Velocities reset to random values, time            39999.80
 Momenta zeroed out, time            39999.80
 Momenta zeroed out, time            40199.80
 Momenta zeroed out, time            40399.80
- acceleration/energy drift too large   7.47297317560170     
-   65.3334085754330       splMomenta zeroed out, time            40999.80
+Momenta zeroed out, time            40599.80
+Momenta zeroed out, time            40799.80
+Momenta zeroed out, time            40999.80
 Momenta zeroed out, time            41199.80
 Momenta zeroed out, time            41399.80
 Momenta zeroed out, time            41599.80
@@ -281,17 +281,13 @@ Momenta zeroed out, time            43999.80
 Momenta zeroed out, time            44199.80
 Momenta zeroed out, time            44399.80
 Momenta zeroed out, time            44599.80
-Momenta zeroed out, time            44799.80
-Momenta zeroed out, time            44999.80
-Momenta zeroed out, time            45199.80
-Momenta zeroed out, time            45399.80
-Momenta zeroed out, time            45599.80
-Momenta zeroed out, time            45799.80
+ acceleration/energy drift too large   4.81559755759616     
+   37.7405816783923       split increased to            2  itime      223128 
+  itsplit           1
+ acceleration/energy drift too large   3.14414939439197     
+   Momenta zeroed out, time            45799.80
 Velocities reset to random values, time            45999.80
-Momenta zeroed out, time            45999.80
-Momenta zeroed out, time            46199.80
-Momenta zeroed out, time            46399.80
-Momenta zeroed out, time            46599.80
+Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerVelocities reset to random values,Momenta zeroed out, time            46599.80
 Momenta zeroed out, time            46799.80
 Momenta zeroed out, time            46999.80
 Momenta zeroed out, time            47199.80
@@ -299,10 +295,7 @@ Momenta zeroed out, time            47399.80
 Momenta zeroed out, time            47599.80
 Momenta zeroed out, time            47799.80
 Velocities reset to random values, time            47999.80
-Momenta zeroed out, time            47999.80
-Momenta zeroed out, time            48199.80
-Momenta zeroed out, time            48399.80
-Momenta zeroed out, time            48599.80
+Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerVelocities reset to random values,Momenta zeroed out, time            48599.80
 Momenta zeroed out, time            48799.80
 Momenta zeroed out, time            48999.80
 Momenta zeroed out, time            49199.80
@@ -310,10 +303,7 @@ Momenta zeroed out, time            49399.80
 Momenta zeroed out, time            49599.80
 Momenta zeroed out, time            49799.80
 Velocities reset to random values, time            49999.80
-Momenta zeroed out, time            49999.80
-Momenta zeroed out, time            50199.80
-Momenta zeroed out, time            50399.80
-Momenta zeroed out, time            50599.80
+Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerVelocities reset to random values,Momenta zeroed out, time            50599.80
 Momenta zeroed out, time            50799.80
 Momenta zeroed out, time            50999.80
 Momenta zeroed out, time            51199.80
@@ -321,10 +311,7 @@ Momenta zeroed out, time            51399.80
 Momenta zeroed out, time            51599.80
 Momenta zeroed out, time            51799.80
 Velocities reset to random values, time            51999.80
-Momenta zeroed out, time            51999.80
-Momenta zeroed out, time            52199.80
-Momenta zeroed out, time            52399.80
-Momenta zeroed out, time            52599.80
+Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerVelocities reset to random values,Momenta zeroed out, time            52599.80
 Momenta zeroed out, time            52799.80
 Momenta zeroed out, time            52999.80
 Momenta zeroed out, time            53199.80
@@ -332,10 +319,7 @@ Momenta zeroed out, time            53399.80
 Momenta zeroed out, time            53599.80
 Momenta zeroed out, time            53799.80
 Velocities reset to random values, time            53999.80
-Momenta zeroed out, time            53999.80
-Momenta zeroed out, time            54199.80
-Momenta zeroed out, time            54399.80
-Momenta zeroed out, time            54599.80
+Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerVelocities reset to random values,Momenta zeroed out, time            54599.80
 Momenta zeroed out, time            54799.80
 Momenta zeroed out, time            54999.80
 Momenta zeroed out, time            55199.80
@@ -435,6 +419,9 @@ Momenta zeroed out, time            71999.80
 Momenta zeroed out, time            72199.80
 Momenta zeroed out, time            72399.80
 Momenta zeroed out, time            72599.80
+ acceleration/energy drift too large   4.93478798704660     
+   14.5878510195389       split increased to            2  itime      363815 
+  itsplit           1
 Momenta zeroed out, time            72799.80
 Momenta zeroed out, time            72999.80
 Momenta zeroed out, time            73199.80
@@ -563,138 +550,61 @@ Momenta zeroed out, time            95399.80
 Momenta zeroed out, time            95599.80
 Momenta zeroed out, time            95799.80
 Velocities reset to random values, time            95999.80
-Momenta zeroed out, time            95999.80
-Momenta zeroed out, time            96199.80
-Momenta zeroed out, time            96399.80
-Momenta zeroed out, time            96599.80
-Momenta zeroed out, time            96799.80
-Momenta zeroed out, time            96999.80
-Momenta zeroed out, time            97199.80
-Momenta zeroed out, time            97399.80
+Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Velocities reset to randomMomenta zeroed out, time            97399.80
 Momenta zeroed out, time            97599.80
 Momenta zeroed out, time            97799.80
 Velocities reset to random values, time            97999.80
-Momenta zeroed out, time            97999.80
-Momenta zeroed out, time            98199.80
-Momenta zeroed out, time            98399.80
-Momenta zeroed out, time            98599.80
-Momenta zeroed out, time            98799.80
-Momenta zeroed out, time            98999.80
-Momenta zeroed out, time            99199.80
-Momenta zeroed out, time            99399.80
+Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Velocities reset to randomMomenta zeroed out, time            99399.80
 Momenta zeroed out, time            99599.80
 Momenta zeroed out, time            99799.80
 Velocities reset to random values, time            99999.80
-Momenta zeroed out, time            99999.80
-Momenta zeroed out, time           100199.80
-Momenta zeroed out, time           100399.80
-Momenta zeroed out, time           100599.80
-Momenta zeroed out, time           100799.80
-Momenta zeroed out, time           100999.80
-Momenta zeroed out, time           101199.80
-Momenta zeroed out, time           101399.80
+Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Velocities reset to randomMomenta zeroed out, time           101399.80
 Momenta zeroed out, time           101599.80
 Momenta zeroed out, time           101799.80
 Velocities reset to random values, time           101999.80
-Momenta zeroed out, time           101999.80
-Momenta zeroed out, time           102199.80
-Momenta zeroed out, time           102399.80
-Momenta zeroed out, time           102599.80
-Momenta zeroed out, time           102799.80
-Momenta zeroed out, time           102999.80
-Momenta zeroed out, time           103199.80
-Momenta zeroed out, time           103399.80
+Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Velocities reset to randomMomenta zeroed out, time           103399.80
 Momenta zeroed out, time           103599.80
 Momenta zeroed out, time           103799.80
 Velocities reset to random values, time           103999.80
-Momenta zeroed out, time           103999.80
-Momenta zeroed out, time           104199.80
-Momenta zeroed out, time           104399.80
-Momenta zeroed out, time           104599.80
-Momenta zeroed out, time           104799.80
-Momenta zeroed out, time           104999.80
-Momenta zeroed out, time           105199.80
-Momenta zeroed out, time           105399.80
+Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Velocities reset to randomMomenta zeroed out, time           105399.80
 Momenta zeroed out, time           105599.80
 Momenta zeroed out, time           105799.80
 Velocities reset to random values, time           105999.80
-Momenta zeroed out, time           105999.80
-Momenta zeroed out, time           106199.80
-Momenta zeroed out, time           106399.80
-Momenta zeroed out, time           106599.80
-Momenta zeroed out, time           106799.80
-Momenta zeroed out, time           106999.80
-Momenta zeroed out, time           107199.80
-Momenta zeroed out, time           107399.80
+Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Velocities reset to randomMomenta zeroed out, time           107399.80
 Momenta zeroed out, time           107599.80
 Momenta zeroed out, time           107799.80
 Velocities reset to random values, time           107999.80
-Momenta zeroed out, time           107999.80
-Momenta zeroed out, time           108199.80
-Momenta zeroed out, time           108399.80
-Momenta zeroed out, time           108599.80
-Momenta zeroed out, time           108799.80
-Momenta zeroed out, time           108999.80
-Momenta zeroed out, time           109199.80
-Momenta zeroed out, time           109399.80
+Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Velocities reset to randomMomenta zeroed out, time           109399.80
 Momenta zeroed out, time           109599.80
 Momenta zeroed out, time           109799.80
 Velocities reset to random values, time           109999.80
-Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerVelocities reset to random values,Momenta zeroed out, time           110599.80
-Momenta zeroed out, time           110799.80
-Momenta zeroed out, time           110999.80
-Momenta zeroed out, time           111199.80
-Momenta zeroed out, time           111399.80
+Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Velocities reset to randomMomenta zeroed out, time           111399.80
 Momenta zeroed out, time           111599.80
 Momenta zeroed out, time           111799.80
 Velocities reset to random values, time           111999.80
-Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerVelocities reset to random values,Momenta zeroed out, time           112599.80
-Momenta zeroed out, time           112799.80
-Momenta zeroed out, time           112999.80
-Momenta zeroed out, time           113199.80
-Momenta zeroed out, time           113399.80
+Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Velocities reset to randomMomenta zeroed out, time           113399.80
 Momenta zeroed out, time           113599.80
 Momenta zeroed out, time           113799.80
 Velocities reset to random values, time           113999.80
-Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerVelocities reset to random values,Momenta zeroed out, time           114599.80
-Momenta zeroed out, time           114799.80
-Momenta zeroed out, time           114999.80
-Momenta zeroed out, time           115199.80
-Momenta zeroed out, time           115399.80
+Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Velocities reset to randomMomenta zeroed out, time           115399.80
 Momenta zeroed out, time           115599.80
 Momenta zeroed out, time           115799.80
 Velocities reset to random values, time           115999.80
-Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerVelocities reset to random values,Momenta zeroed out, time           116599.80
-Momenta zeroed out, time           116799.80
-Momenta zeroed out, time           116999.80
-Momenta zeroed out, time           117199.80
-Momenta zeroed out, time           117399.80
+Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Velocities reset to randomMomenta zeroed out, time           117399.80
 Momenta zeroed out, time           117599.80
 Momenta zeroed out, time           117799.80
 Velocities reset to random values, time           117999.80
-Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerVelocities reset to random values,Momenta zeroed out, time           118599.80
-Momenta zeroed out, time           118799.80
-Momenta zeroed out, time           118999.80
-Momenta zeroed out, time           119199.80
-Momenta zeroed out, time           119399.80
+Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Velocities reset to randomMomenta zeroed out, time           119399.80
 Momenta zeroed out, time           119599.80
 Momenta zeroed out, time           119799.80
 Velocities reset to random values, time           119999.80
-Momenta zeroed out, time           119999.80
-Momenta zeroed out, time           120199.80
-Momenta zeroed out, time           120399.80
-Momenta zeroed out, time           120599.80
-Momenta zeroed out, time           120799.80
-Momenta zeroed out, time           120999.80
+Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time  Momenta zeroed out,Momenta zeroed out, time           120999.80
 Momenta zeroed out, time           121199.80
 Momenta zeroed out, time           121399.80
 Momenta zeroed out, time           121599.80
 Momenta zeroed out, time           121799.80
 Velocities reset to random values, time           121999.80
-Momenta zeroed out, time           121999.80
-Momenta zeroed out, time           122199.80
-Momenta zeroed out, time           122399.80
-Momenta zeroed out, time           122599.80
+Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerVelocities reset to random values,Momenta zeroed out, time           122599.80
 Momenta zeroed out, time           122799.80
 Momenta zeroed out, time           122999.80
 Momenta zeroed out, time           123199.80
@@ -702,10 +612,7 @@ Momenta zeroed out, time           123399.80
 Momenta zeroed out, time           123599.80
 Momenta zeroed out, time           123799.80
 Velocities reset to random values, time           123999.80
-Momenta zeroed out, time           123999.80
-Momenta zeroed out, time           124199.80
-Momenta zeroed out, time           124399.80
-Momenta zeroed out, time           124599.80
+Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerMomenta zeroed out, time          Momenta zerVelocities reset to random values,Momenta zeroed out, time           124599.80
 Momenta zeroed out, time           124799.80
 Momenta zeroed out, time           124999.80
 Momenta zeroed out, time           125199.80
@@ -713,6 +620,9 @@ Momenta zeroed out, time           125399.80
 Momenta zeroed out, time           125599.80
 Momenta zeroed out, time           125799.80
 Velocities reset to random values, time           125999.80
+Momenta zerMomenta zeroed out, time           125599.80
+Momenta zeroed out, time           125799.80
+Velocities reset to random values, time           125999.80
 Momenta zeroed out, time           125999.80
 Momenta zeroed out, time           126199.80
 Momenta zeroed out, time           126399.80
@@ -1123,29 +1033,21 @@ Velocities reset to random values, time           199999.80
 Momenta zeroed out, time           199999.80
 
 
-===================================  Timing  =========Velocities reset to random values, time           199999.80
-Momenta zeroed out, time           199999.80
-
-
 ===================================  Timing  ===================================
 
-                  MD calculations setup:    3.90625E-03
-           Energy & gradient evaluation:    3.76172E+02
-                    Stochastic MD setup:    0.00000E+00
-               Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
-                               MD steps:    4.09543E+02
-
-
-============================  End of MD calculation  ===========================
-   7.81250E-03
-           Energy & gradient evaluation:    3.75848E+02
+                  MD calculations setup:    7.81250E-03
+           Energy & gradient evaluation:    3.78402E+02
                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
-                               MD steps:    4.08406E+02
+                               MD steps:    4.12633E+02
 
 
-============================  End of MD calculation  ===========================
-erMomenta zeroed out, time           199599.80
+===================Momenta zeroed out, time           198599.80
+Momenta zeroed out, time           198799.80
+Momenta zeroed out, time           198999.80
+Momenta zeroed out, time           199199.80
+Momenta zeroed out, time           199399.80
+Momenta zeroed out, time           199599.80
 Momenta zeroed out, time           199799.80
 Velocities reset to random values, time           199999.80
 Momenta zeroed out, time           199999.80
@@ -1154,10 +1056,15 @@ Momenta zeroed out, time           199999.80
 ===================================  Timing  ===================================
 
                   MD calculations setup:    3.90625E-03
-           Energy & gradient evaluation:    3.75883E+02
+           Energy & gradient evaluation:    3.81387E+02
                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
-                               MD steps:    4.09016E+02
+                               MD steps:    4.15691E+02
+
+
+============================  End of MD calculation  ===========================
+setup:    0.00000E+00
+                               MD steps:    4.09953E+02
 
 
 ============================  End of MD calculation  ===========================
UNRESPACK 3.x