source/wham/src/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for WHAM single chain version
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_WHAM_SRC0
  11         wham_multparm.F
  12         bxread.F
  13         xread.F
  14         cxread.F
  15         enecalc1.F
  16         energy_p_new.F
  17         initialize_p.F
  18         molread_zs.F
  19         openunits.F
  20         readrtns.F
  21         arcos.f
  22         cartder.f
  23         cartprint.f
  24         chainbuild.f
  25         geomout.F
  26         gnmr1.f
  27         icant.f
  28         intcor.f
  29         int_from_cart.f
  30         make_ensemble1.F
  31         matmult.f
  32         misc.f
  33         mygetenv.F
  34         parmread.F
  35         pinorm.f
  36         printmat.f
  37         rescode.f
  38         setup_var.f
  39         slices.F
  40         ssMD.F
  41         store_parm.F
  42         timing.F
  43         wham_calc1.F
  44         readrtns_compar.F
  45         readpdb.f
  46         fitsq.f
  47         contact.f
  48         elecont.f
  49         contfunc.f
  50         cont_frag.f
  51         conf_compar.F
  52         match_contact.f
  53         angnorm.f
  54         odlodc.f
  55         promienie.f
  56         qwolynes.f
  57         read_ref_str.F
  58         rmscalc.f
  59         secondary.f
  60         proc_cont.f
  61         define_pairs.f
  62         mysort.f
  63 )
  64
  65 set(UNRES_WHAM_PP_SRC
  66         bxread.F
  67         chainbuild.F
  68         conf_compar.F
  69         cxread.F
  70         enecalc1.F
  71         energy_p_new.F
  72         geomout.F
  73         initialize_p.F
  74         make_ensemble1.F
  75         molread_zs.F
  76         mygetenv.F
  77         openunits.F
  78         parmread.F
  79         read_ref_str.F
  80         readrtns_compar.F
  81         readrtns.F
  82         slices.F
  83         ssMD.F
  84         store_parm.F
  85         timing.F
  86         wham_calc1.F
  87         wham_multparm.F
  88         xread.F
  89         proc_proc.c
  90 )
  91
  92
  93 #================================================
  94 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  95 #================================================
  96 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  97   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -shared-intel  -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  98 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  99   set(FFLAGS0 "-std=legacy -mcmodel=medium -g -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 100 else ()
 101   set(FFLAGS0 "-g -mcmodel=medium -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 102 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 103
 104
 105 #=========================================
 106 # Add MPI compiler flags
 107 #=========================================
 108 if(UNRES_WITH_MPI)
 109   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 110 endif(UNRES_WITH_MPI)
 111
 112 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 113
 114 #=========================================
 115 #  Settings for GAB force field
 116 #=========================================
 117
 118 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 119   # set preprocesor flags
 120   set(CPPFLAGS "PROCOR -DSPLITELE -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
 121
 122 #=========================================
 123 #  Settings for E0LL2Y force field
 124 #=========================================
 125 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 126   # set preprocesor flags
 127   set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
 128 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
 129   set(CPPFLAGS "SPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 130 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 131
 132
 133 #=========================================
 134 # Additional flags
 135 #=========================================
 136 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN -DWHAM ")
 137
 138
 139 #=========================================
 140 # System specific flags
 141 #=========================================
 142 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 143   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 144 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 145
 146 #=========================================
 147 # Compiler specific flags
 148 #=========================================
 149
 150 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 151   # Add ifort preprocessor flags
 152   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 153 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 154   # Add new gfortran flags
 155   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 156 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 157   # Add old gfortran flags
 158   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 159 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 160
 161 #=========================================
 162 # Add MPI preprocessor flags
 163 #=========================================
 164 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMPI")
 165
 166 #=========================================
 167 # Add 64-bit specific preprocessor flags
 168 #=========================================
 169 if (architektura STREQUAL "64")
 170   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 171 endif (architektura STREQUAL "64")
 172
 173 #=========================================
 174 # Apply preprocesor flags to *.F files
 175 #=========================================
 176 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 177
 178
 179 #========================================
 180 #  Setting binary name
 181 #========================================
 182 set(UNRES_WHAM_BIN "wham_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
 183
 184 #=========================================
 185 # cinfo.f workaround for CMake
 186 #=========================================
 187 # get the current date
 188 TODAY(DATE)
 189 # generate cinfo.f
 190
 191 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 192 FILE(WRITE ${CINFO}
 193 "C CMake generated file
 194        subroutine cinfo
 195        include 'COMMON.IOUNITS'
 196        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 197        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 198 ")
 199
 200 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 201 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 202 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 203 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 204 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 205 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 206 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 207
 208 FILE(APPEND ${CINFO}
 209 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 210        return
 211        end ")
 212
 213 # set include path
 214 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}" )
 215
 216 #=========================================
 217 # Set full unres CSA sources
 218 #=========================================
 219 set(UNRES_WHAM_SRCS ${UNRES_WHAM_SRC0} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f proc_proc.c)
 220
 221 #=========================================
 222 # Build the binary
 223 #=========================================
 224 add_executable(UNRES_WHAM_BIN ${UNRES_WHAM_SRCS} )
 225 set_target_properties(UNRES_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_WHAM_BIN})
 226 set_property(TARGET UNRES_WHAM_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 227 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 228
 229 #=========================================
 230 # Link libraries
 231 #=========================================
 232 # link MPI libraries
 233 target_link_libraries( UNRES_WHAM_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 234 # link libxdrf.a
 235 target_link_libraries( UNRES_WHAM_BIN xdrf )
 236
 237 #=========================================
 238 # Install Path
 239 #=========================================
 240 install(TARGETS UNRES_WHAM_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/wham)
 241
 242
 243 #=========================================
 244 # TESTS
 245 #=========================================
 246
 247 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 248   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 249      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 250      set (boot_lam "-boot")
 251   else()
 252      set (boot_lam "")
 253   endif()
 254
 255   if (UNRES_SRUN)
 256    set (np "-n")
 257    set (mpiexec "srun")
 258   elseif(UNRES_MPIRUN)
 259    set (np "-np")
 260    set (mpiexec "mpirun")
 261   else()
 262    set (np "-np")
 263    set (mpiexec "mpiexec")
 264   endif()
 265
 266
 267 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 268 "#!/bin/sh
 269 export POT=GB
 270 export PREFIX=$1
 271 #-----------------------------------------------------------------------------
 272 WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_WHAM_BIN}
 273 #-----------------------------------------------------------------------------
 274 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 275 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 276 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 277 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 278 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 279 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 280 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 281 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 282 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 283 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 284 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 285 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 286 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 287 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 288 export CONTFUNC=GB
 289 export SIDEP=$DD/contact.3.parm
 290 export SCRATCHDIR=.
 291 #-----------------------------------------------------------------------------
 292 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 293 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $WHAM_BIN
 294 ./wham_check.sh $1
 295 ")
 296
 297 #
 298 # File permissions workaround
 299 #
 300 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 301         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 302         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 303 )
 304
 305 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/wham_check.sh
 306         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 307         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 308 )
 309
 310 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_wham.inp
 311         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 312
 313 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_remd_MD000.cx
 314         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 315
 316 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 317         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 318
 319
 320 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 321     add_test(NAME WHAM_remd COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/wham_mpi_E0LL2Y.sh 1L2Y_wham 2 )
 322 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")