source/wham/src-M/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for WHAM multichain version
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_WHAM_M_SRC0
  11         wham_multparm.F
  12         bxread.F
  13         xread.F
  14         cxread.F
  15         enecalc1.F
  16         energy_p_new.F
  17         initialize_p.F
  18         molread_zs.F
  19         openunits.F
  20         readrtns.F
  21         arcos.f
  22         cartder.f
  23         cartprint.f
  24         chainbuild.F
  25         geomout.F
  26         gnmr1.f
  27         icant.f
  28         intcor.f
  29         int_from_cart.f
  30         make_ensemble1.F
  31         matmult.f
  32         misc.f
  33         mygetenv.F
  34         parmread.F
  35         permut.F
  36         pinorm.f
  37         printmat.f
  38         rescode.f
  39         setup_var.f
  40         slices.F
  41         store_parm.F
  42         timing.F
  43         wham_calc1.F
  44         readrtns_compar.F
  45         read_dist_constr.F
  46         readpdb.f
  47         fitsq.f
  48         contact.f
  49         elecont.f
  50         contfunc.f
  51         cont_frag.f
  52         conf_compar.F
  53         match_contact.f
  54         angnorm.f
  55         odlodc.f
  56         promienie.f
  57         qwolynes.f
  58         read_ref_str.F
  59         rmscalc.f
  60         secondary.f
  61         proc_cont.f
  62         define_pairs.f
  63         mysort.f
  64         ssMD.F
  65 )
  66
  67 set(UNRES_WHAM_M_PP_SRC
  68         bxread.F
  69         chainbuild.F
  70         conf_compar.F
  71         cxread.F
  72         enecalc1.F
  73         energy_p_new.F
  74         geomout.F
  75         initialize_p.F
  76         make_ensemble1.F
  77         molread_zs.F
  78         mygetenv.F
  79         openunits.F
  80         parmread.F
  81         permut.F
  82         read_ref_str.F
  83         read_dist_constr.F
  84         readrtns_compar.F
  85         readrtns.F
  86         slices.F
  87         store_parm.F
  88         timing.F
  89         wham_calc1.F
  90         wham_multparm.F
  91         xread.F
  92         proc_proc.c
  93 )
  94
  95
  96 #================================================
  97 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  98 #================================================
  99 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 100   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -shared-intel -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 101 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 102   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -std=legacy -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 103 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 104   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -Mlarge_arrays -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 105 else ()
 106   set(FFLAGS0 "-g -mcmodel=medium -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 107 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 108
 109
 110 #=========================================
 111 # Add MPI compiler flags
 112 #=========================================
 113 if(UNRES_WITH_MPI)
 114   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 115 endif(UNRES_WITH_MPI)
 116
 117 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_M_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 118
 119 #=========================================
 120 #  Settings for GAB force field
 121 #=========================================
 122 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 123   # set preprocesor flags
 124   set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
 125
 126 #=========================================
 127 #  Settings for E0LL2Y force field
 128 #=========================================
 129 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 130   # set preprocesor flags
 131   set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
 132 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
 133   set(CPPFLAGS "SPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 134 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 135
 136 #=========================================
 137 # Additional flags
 138 #=========================================
 139 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN")
 140
 141 #=========================================
 142 # System specific flags
 143 #=========================================
 144 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 145   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 146 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 147
 148 #=========================================
 149 # Compiler specific flags
 150 #=========================================
 151
 152 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 153   # Add ifort preprocessor flags
 154   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 155 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 156   # Add new gfortran flags
 157   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 158 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 159   # Add old gfortran flags
 160   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 161 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 162   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 163   FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/source/lib/isnan_pgi.f DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 164   list(APPEND UNRES_WHAM_M_SRC0 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/isnan_pgi.f)
 165   set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "-Bdynamic")
 166 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 167
 168 #=========================================
 169 # Add MPI preprocessor flags
 170 #=========================================
 171 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMPI")
 172
 173 #=========================================
 174 # Add 64-bit specific preprocessor flags
 175 #=========================================
 176 if (architektura STREQUAL "64")
 177   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 178 endif (architektura STREQUAL "64")
 179
 180 #=========================================
 181 # Apply preprocesor flags to *.F files
 182 #=========================================
 183 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_M_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 184
 185
 186 #========================================
 187 #  Setting binary name
 188 #========================================
 189 set(UNRES_WHAM_M_BIN "wham-mult_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
 190
 191 #=========================================
 192 # cinfo.f workaround for CMake
 193 #=========================================
 194 # get the current date
 195 TODAY(DATE)
 196 # generate cinfo.f
 197
 198 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 199 FILE(WRITE ${CINFO}
 200 "C CMake generated file
 201        subroutine cinfo
 202        include 'COMMON.IOUNITS'
 203        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 204        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 205 ")
 206
 207 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 208 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 209 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 210 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 211 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 212 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 213 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 214
 215 FILE(APPEND ${CINFO}
 216 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 217        return
 218        end ")
 219
 220 # set include paths
 221 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}"  )
 222
 223 #=========================================
 224 # Set full unres CSA sources
 225 #=========================================
 226 set(UNRES_WHAM_M_SRCS ${UNRES_WHAM_M_SRC0} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f proc_proc.c)
 227
 228 #=========================================
 229 # Build the binary
 230 #=========================================
 231 add_executable(UNRES_WHAM_M_BIN ${UNRES_WHAM_M_SRCS} )
 232 set_target_properties(UNRES_WHAM_M_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_WHAM_M_BIN})
 233 set_property(TARGET UNRES_WHAM_M_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 234 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 235
 236 #=========================================
 237 # Link libraries
 238 #=========================================
 239 # link MPI library (libmpich.a)
 240 target_link_libraries( UNRES_WHAM_M_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 241 # link libxdrf.a
 242 target_link_libraries( UNRES_WHAM_M_BIN xdrf )
 243
 244
 245 #=========================================
 246 # Install Path
 247 #=========================================
 248 install(TARGETS UNRES_WHAM_M_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/wham)
 249
 250
 251 #=========================================
 252 # TESTS
 253 #=========================================
 254
 255 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 256   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 257      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 258      set (boot_lam "-boot")
 259   else()
 260      set (boot_lam "")
 261   endif()
 262
 263   if (UNRES_SRUN)
 264    set (np "-n")
 265    set (mpiexec "srun")
 266   elseif(UNRES_MPIRUN)
 267    set (np "-np")
 268    set (mpiexec "mpirun")
 269   else()
 270    set (np "-np")
 271    set (mpiexec "mpiexec")
 272   endif()
 273
 274 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 275 "#!/bin/sh
 276 export POT=GB
 277 export PREFIX=$1
 278 #-----------------------------------------------------------------------------
 279 WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_WHAM_M_BIN}
 280 #-----------------------------------------------------------------------------
 281 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 282 export BONDPAR=$DD/bond_AM1_ext_dum.parm
 283 export THETPAR=$DD/theta_abinitio_old_ext.parm
 284 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura_ext.10022007.parm
 285 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp_old_ext.parm
 286 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp_old_ext.parm
 287 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp_ext.parm
 288 export SIDEPAR=$DD/scinter_GB_ext_lip.parm
 289 export FOURIER=$DD/fourier_opt_ext.parm.1igd_hc_iter3_3
 290 export SCPPAR=$DD/scp_ext.parm
 291 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel_ext.dat
 292 export THETPARPDB=$DD/thetaml_ext.5parm
 293 export ROTPARPDB=$DD/scgauss_ext.parm
 294 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 295 export LIPTRANPAR=$DD/Lip_tran_initial_ext.parm
 296 export CONTFUNC=GB
 297 export SIDEP=$DD/contact_ext.3.parm
 298 export SCRATCHDIR=.
 299 #-----------------------------------------------------------------------------
 300 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 301 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $WHAM_BIN
 302 ./wham_check.sh $1
 303 ")
 304
 305 #
 306 # File permissions workaround
 307 #
 308 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 309         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 310         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 311 )
 312
 313 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/wham_check.sh
 314         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 315         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 316 )
 317
 318 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_wham.inp
 319         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 320
 321 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_remd_MD000.cx
 322         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 323
 324 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 325         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 326
 327
 328 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 329     add_test(NAME WHAM_M_remd COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/wham_mpi_E0LL2Y.sh 1L2Y_wham 2 )
 330 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")