source/wham/src-HCD/DIMENSIONS

   1 ********************************************************************************
   2 * Settings for the program of united-residue peptide simulation in real space  *
   3 *                                                                              *
   4 *                -------  As of 6/23/01 -----------                            *
   5 *                                                                              *
   6 ********************************************************************************
   7 c      implicit real*8 (a-h,o-z)
   8 C Max. number of processors.
   9 c      parameter (maxprocs=128)
  10 C Max. number of fine-grain processors
  11 c      parameter (max_fg_procs=maxprocs)
  12 C Max. number of coarse-grain processors
  13 c      parameter (max_cg_procs=maxprocs)
  14 C Max. number of AA residues
  15       integer maxres
  16 c      parameter (maxres=250)
  17 c      parameter (maxres=1200)
  18       parameter (maxres=10000)
  19 C Max. number of cysteines and other bridging residues
  20       integer max_cyst
  21       parameter (max_cyst=100)
  22 C Appr. max. number of interaction sites
  23       integer maxres2
  24       parameter (maxres2=2*maxres)
  25 c Max. number of chains
  26       integer maxchain
  27       parameter (maxchain=50)
  28 C Max number of symetries
  29        integer maxsym,maxperm
  30        parameter (maxsym=maxchain,maxperm=5040)
  31 C Max. number of variables
  32       integer maxvar
  33       parameter (maxvar=4*maxres)
  34 C Max. number of groups of interactions that a given SC is involved in
  35       integer maxint_gr
  36       parameter (maxint_gr=2)
  37 C Max. number of derivatives of virtual-bond and side-chain vectors in theta
  38 C or phi.
  39       integer maxdim
  40       parameter (maxdim=(maxres-1)*(maxres-2)/2)
  41 c      parameter (maxdim=10000)
  42 C Max. number of SC contacts
  43       integer maxcont
  44       parameter (maxcont=12*maxres)
  45 C Max. number of contacts per residue
  46       integer maxconts
  47       parameter (maxconts=maxres)
  48 C Max. number of interactions within cutoff per residue
  49       integer maxint_res
  50       parameter (maxint_res=200)
  51 C Max. number od residues within distance cufoff from a given residue to
  52 C     include in template-based/contact distance restraints.
  53       integer maxcont_res
  54       parameter (maxcont_res=200)
  55 C Max. number of distance/contact-distance restraints
  56       integer maxdim_cont
  57 c      parameter (maxdim_cont=maxres*maxcont_res)
  58       parameter (maxdim_cont=maxres*1000)
  59 C Number of AA types (at present only natural AA's will be handled
  60       integer ntyp,ntyp1
  61       parameter (ntyp=24,ntyp1=ntyp+1)
  62       integer nntyp
  63       parameter (nntyp=ntyp*(ntyp+1)/2)
  64 C Max. number of types of dihedral angles & multiplicity of torsional barriers
  65 C and the number of terms in double torsionals
  66       integer maxtor,maxterm,maxlor,maxtermd_1,maxtermd_2,maxtor_kcc,
  67      & maxval_kcc
  68       parameter (maxtor=4,maxterm=10,maxlor=3,maxtermd_1=8,maxtermd_2=8)
  69       parameter (maxtor_kcc=6,maxval_kcc=6)
  70 c Max number of new valence-angle (only) terms
  71       integer maxang_kcc
  72       parameter (maxang_kcc=36)
  73 c Max number of torsional terms in SCCOR
  74       integer maxterm_sccor
  75       parameter (maxterm_sccor=6)
  76 C Max. number of residue types and parameters in expressions for
  77 C virtual-bond angle bending potentials
  78       integer maxthetyp,maxthetyp1,maxtheterm,maxtheterm2,maxtheterm3,
  79      &  maxsingle,maxdouble,mmaxtheterm
  80       parameter (maxthetyp=3,maxthetyp1=maxthetyp+1,maxtheterm=20,
  81      & maxtheterm2=6,maxtheterm3=4,maxsingle=6,maxdouble=4,
  82      & mmaxtheterm=maxtheterm)
  83 C Max. number of lobes in SC distribution
  84       integer maxlob
  85       parameter (maxlob=4)
  86 C Max. number of S-S bridges
  87       integer maxss
  88       parameter (maxss=max_cyst*(max_cyst-1)/2)
  89 C Max. number of dihedral angle constraints
  90       integer maxdih_constr
  91       parameter (maxdih_constr=maxres)
  92 C Max. number of patterns in the pattern database
  93       integer maxseq
  94       parameter (maxseq=1000)
  95 C Max. number of residues in a peptide in the database
  96       integer maxres_base
  97       parameter (maxres_base=1000)
  98 C Max. number of threading attempts
  99       integer maxthread
 100       parameter (maxthread=2000)
 101 C Max. number of move types in MCM
 102       integer maxmovetype
 103       parameter (maxmovetype=4)
 104 C Max. number of stored confs. in MC/MCM simulation
 105       integer maxsave
 106       parameter (maxsave=2000)
 107 C Max. number of conformations in Master's cache array
 108       integer max_cache
 109       parameter (max_cache=1000)
 110 C Max. number of conformations in the pool
 111       integer max_pool
 112       parameter (max_pool=1000)
 113 C Number of threads in deformation
 114       integer max_thread,max_thread2
 115       parameter (max_thread=40,max_thread2=2*max_thread)
 116 C Number of steps in DSM
 117       integer max_step
 118       parameter (max_step=1)
 119 C Number of structures to compare at t=0
 120       integer max_threadss,max_threadss2
 121       parameter (max_threadss=80,max_threadss2=2*max_threadss)
 122 C Maxmimum number of angles per residue
 123       integer mxang
 124       parameter (mxang=4)
 125 C Maximum number of groups of angles
 126       integer mxgr
 127       parameter (mxgr=2*maxres)
 128 C Maximum number of chains
 129       integer mxch
 130       parameter (mxch=1)
 131 C Maximum number of generated conformations
 132       integer mxio
 133       parameter (mxio=1000)
 134 C Maximum number of seed
 135       integer max_seed
 136       parameter (max_seed=100)
 137 C Maximum number of structures for ZSCORE for each protein
 138       integer maxzs
 139       parameter (maxzs=2)
 140 C Maximum number of structures stored for comparison for ZSCORE for each protein
 141       integer maxzs1
 142       parameter (maxzs1=6)
 143 C Maximum number of proteins for ZSCORE
 144       integer maxprotzs
 145       parameter (maxprotzs=1)
 146 C Maximum number of conf in rmsdbank
 147       integer maxrmsdb
 148       parameter (maxrmsdb=110)
 149 C Maximum number of bankt conformations
 150       integer mxiot
 151       parameter (mxiot=mxio)
 152 c Maximum number of conformations in MCMF
 153       integer maxstr_mcmf
 154       parameter (maxstr_mcmf=800)
 155 c Maximum number of families in MCMF
 156       integer maxfam_p
 157       parameter (maxfam_p=20)
 158 c Maximum number of structures in family in MCMF
 159       integer maxstr_fam
 160       parameter (maxstr_fam=40)
 161 C Maximum number of threads in MCMF
 162       integer maxthread_mcmf
 163       parameter (maxthread_mcmf=10)
 164 C Maximum number of SC local term fitting function coefficiants
 165       integer maxsccoef
 166       parameter (maxsccoef=65)
 167 C Maximum number of terms in SC bond-stretching potential
 168       integer maxbondterm
 169       parameter (maxbondterm=3)
 170 C Maximum number of bins in SAXS restraints
 171       integer MaxSAXS
 172       parameter (MaxSAXS=1000)
 173 C Maximum number of templates in homology-modeling restraints
 174       integer max_template
 175       parameter(max_template=50)
 176 c Maximum number of clusters of templates containing same fragments
 177       integer maxclust
 178       parameter(maxclust=1000)