source/unres/src_MIN/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with Minimazation
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 # sources used with FFLAGS0
  11 set(UNRES_MIN_SRC0
  12         arcos.f
  13         cartder.F
  14         cartprint.f
  15         chainbuild.F
  16         checkder_p.F
  17         convert.f
  18         djacob.f
  19         econstr_local.F
  20         gen_rand_conf.F
  21         geomout_min.F
  22         initialize_p.F
  23         intcartderiv.F
  24         intcor.f
  25         intlocal.f
  26         int_to_cart.f
  27         matmult.f
  28         minimize_p.F
  29         misc.f
  30         MP.F
  31         parmread.F
  32         pinorm.f
  33         printmat.f
  34         randgens.f
  35         readrtns_min.F
  36         rescode.f
  37         refsys.f
  38         rmdd.f
  39         sc_move.F
  40         sumsld.f
  41         timing.F
  42         unres_min.F
  43
  44 )
  45 # sources used with FFLAGS1
  46 set(UNRES_MIN_SRC1
  47         cored.f
  48 )
  49
  50 # sources used with FFLAGS2
  51 set(UNRES_MIN_SRC2
  52         readpdb.F
  53 )
  54
  55 # sources used with FFLAGS3
  56 set(UNRES_MIN_SRC3
  57         energy_p_new_barrier.F
  58         gradient_p.F
  59 )
  60
  61 # sources used with preprocesor flags (should also be listed above with FFLAGSX)
  62 set(UNRES_MIN_PP_SRC
  63         bank.F
  64         cartder.F
  65         chainbuild.F
  66         checkder_p.F
  67         compare_s1.F
  68         cored.f
  69         csa.f
  70         dihed_cons.F
  71         diff12.f
  72         econstr_local.F
  73         energy_p_new.F
  74         energy_p_new_barrier.F
  75         energy_split-sep.F
  76         entmcm.F
  77         gen_rand_conf.F
  78         geomout_min.F
  79         gradient_p.F
  80         intcor.f
  81         initialize_p.F
  82         intcartderiv.F
  83         lagrangian_lesyng.F
  84         matmult.f
  85         mc.F
  86         mcm.F
  87         MD_A-MTS.F
  88         minimize_p.F
  89         minim_jlee.F
  90         minim_mcmf.F
  91         MP.F
  92         MREMD.F
  93         newconf.f
  94         parmread.F
  95         permut.F
  96         prng_32.F
  97         q_measure1.F
  98         q_measure3.F
  99         q_measure.F
 100         ran.f
 101         rattle.F
 102         readpdb.F
 103         readrtns_min.F
 104         regularize.F
 105         rmdd.f
 106         rmsd.F
 107         sc_move.F
 108         shift.F
 109         stochfric.F
 110         sumsld.f
 111         test.F
 112         thread.F
 113         timing.F
 114         together.F
 115         unres.F
 116 )
 117
 118
 119 #================================================
 120 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 121 #================================================
 122 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 123   find_package (Threads)
 124   set(FFLAGS0 "-g -ip -w" )
 125   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 126   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 127   set(FFLAGS3 "-g -w -ipo " )
 128 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 129   set(FFLAGS0 "-std=legacy -O " )
 130   set(FFLAGS1 "-std=legacy -g -C" )
 131   set(FFLAGS2 "-std=legacy -g -O0 ")
 132   set(FFLAGS3 "-std=legacy -O3" )
 133 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 134
 135
 136 set_property(SOURCE ${UNRES_MIN_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 137 set_property(SOURCE ${UNRES_MIN_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 138 set_property(SOURCE ${UNRES_MIN_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 139 set_property(SOURCE ${UNRES_MIM_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 140
 141 #=========================================
 142 # Settings for GAB force field
 143 #=========================================
 144 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 145   # set preprocesor flags
 146   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC")
 147
 148 #=========================================
 149 #  Settings for E0LL2Y force field
 150 #=========================================
 151 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 152   # set preprocesor flags
 153   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 154 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
 155   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 156 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 157
 158 #=========================================
 159 # System specific flags
 160 #=========================================
 161 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 162   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 163 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 164
 165
 166 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 167   # Add ifort preprocessor flags
 168   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 169 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 170   # Add gfortran flags
 171   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 172 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 173   # Add gfortran flags
 174   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 175 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 176
 177
 178 # add 64-bit specific preprocessor flags
 179 if (architektura STREQUAL "64")
 180   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 181 endif (architektura STREQUAL "64")
 182
 183 # Apply preprocesor flags to *.F files
 184 set_property(SOURCE ${UNRES_MIN_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 185
 186
 187
 188 #========================================
 189 #  Setting binary name
 190 #========================================
 191 set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MIN_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 192
 193 #========================================
 194 #  cinfo.f workaround for Cmake
 195 #========================================
 196 # get the current date
 197 TODAY(DATE)
 198 # generate cinfo.f
 199
 200 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 201 FILE(WRITE ${CINFO}
 202 "C CMake generated file
 203        subroutine cinfo
 204        include 'COMMON.IOUNITS'
 205        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 206        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 207 ")
 208
 209 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 210 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 211 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 212 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 213 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 214 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 215
 216 FILE(APPEND ${CINFO}
 217 "       write(iout,*)'Version MINI energy and minimalization only'
 218        write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 219        return
 220        end ")
 221
 222 # add include path
 223 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 224
 225 #=========================================
 226 # Set full unres MIN sources
 227 #=========================================
 228 set(UNRES_MIN_SRCS ${UNRES_MIN_SRC0} ${UNRES_MIN_SRC1} ${UNRES_MIN_SRC2} ${UNRES_MIN_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 229
 230 #=========================================
 231 # Build the binary
 232 #=========================================
 233 add_executable(UNRES_MIN_BIN ${UNRES_MIN_SRCS} )
 234 set_target_properties(UNRES_MIN_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 235
 236 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 237   target_link_libraries (UNRES_MIN_BIN ${CMAKE_THREAD_LIBS_INIT})
 238 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 239 set_property(TARGET UNRES_MIN_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 240
 241
 242 #=========================================
 243 # Install Path
 244 #=========================================
 245 install(TARGETS UNRES_MIN_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/unres/MINIM)
 246
 247 #=========================================
 248 # TESTS
 249 #=========================================
 250
 251 #=========================================
 252 # Generate data test files
 253 #=========================================
 254 #  test_single_ala.sh
 255 #=========================================
 256
 257 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 258 "#!/bin/sh
 259 export POT=GB
 260 export PREFIX=ala10
 261 #-----------------------------------------------------------------------------
 262 UNRES_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_BIN}
 263 #-----------------------------------------------------------------------------
 264 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 265 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 266 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 267 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 268 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 269 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 270 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 271 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 272 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 273 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 274 export SCCORPAR=$DD/sccor_pdb_shelly.dat
 275 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 276 #-----------------------------------------------------------------------------
 277 $UNRES_BIN
 278 ")
 279
 280 #
 281 # File permissions workaround
 282 #
 283 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 284         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 285         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 286 )
 287
 288
 289
 290 #=========================================
 291 #  ala10.inp
 292 #=========================================
 293
 294 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 295 "ala10 unblocked
 296 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 297 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 298 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 299 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 300 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 301 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 302 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 303 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 304 12
 305 XAAAAAAAAAAX
 306  0
 307  0
 308    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 309    90.0000   90.0000
 310   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 311   180.0000
 312   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 313   110.0000  110.0000
 314  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 315  -120.0000 -120.0000
 316 ")
 317
 318 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 319
 320 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/prota.pdb
 321         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 322
 323 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/prota_unres.pdb
 324         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 325
 326 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/prota_ENE.inp
 327         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 328
 329 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/prota_MIN_CART.inp
 330         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 331
 332 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_MIN_INT.inp
 333         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 334
 335 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 336         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 337
 338 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/prota_unres_energy_check.sh
 339         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 340         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 341 )
 342
 343
 344 #=========================================
 345 #  test_prota_E0LL2Y.sh
 346 #=========================================
 347
 348 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_prota_E0LL2Y.sh
 349 "#!/bin/sh
 350 export POT=GB
 351 export FGPROCS=$2
 352 export PREFIX=$1
 353 #-----------------------------------------------------------------------------
 354 UNRES_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_BIN}
 355 #-----------------------------------------------------------------------------
 356 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 357 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 358 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 359 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 360 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 361 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 362 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 363 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 364 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 365 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 366 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 367 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 368 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 369 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 370 #-----------------------------------------------------------------------------
 371 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 372 $UNRES_BIN
 373 ./prota_unres_energy_check.sh $1 ${UNRES_BIN}
 374 ")
 375
 376 #
 377 # File permissions workaround
 378 #
 379 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_prota_E0LL2Y.sh
 380         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 381         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 382 )
 383
 384 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 385
 386
 387
 388 # Add tests
 389
 390   if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 391 #    add_test(NAME UNRES-MIN_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 392   endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 393
 394   if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 395     add_test(NAME UNRES-MIN_ENE_prota COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_prota_E0LL2Y.sh prota_ENE 1 )
 396     add_test(NAME UNRES-MIN_MIN_prota COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_prota_E0LL2Y.sh prota_MIN_CART 1 )
 397     add_test(NAME UNRES-MIN_MIN_INT COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_prota_E0LL2Y.sh 1l2y_MIN_INT 1 )
 398   endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 399
 400