source/unres/src_MIN/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with Minimazation
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 # sources used with FFLAGS0
  11 set(UNRES_MIN_SRC0
  12         arcos.f
  13         cartder.F
  14         cartprint.f
  15         chainbuild.F
  16         checkder_p.F
  17         convert.f
  18         djacob.f
  19         econstr_local.F
  20         gen_rand_conf.F
  21         geomout_min.F
  22         initialize_p.F
  23         intcartderiv.F
  24         intcor.f
  25         intlocal.f
  26         int_to_cart.f
  27         matmult.f
  28         minimize_p.F
  29         misc.f
  30         MP.F
  31         parmread.F
  32         pinorm.f
  33         printmat.f
  34         randgens.f
  35         readrtns_min.F
  36         rescode.f
  37         refsys.f
  38         rmdd.f
  39         sc_move.F
  40         sumsld.f
  41         timing.F
  42         unres_min.F
  43
  44 )
  45 # sources used with FFLAGS1
  46 set(UNRES_MIN_SRC1
  47         cored.f
  48 )
  49
  50 # sources used with FFLAGS2
  51 set(UNRES_MIN_SRC2
  52         readpdb.F
  53 )
  54
  55 # sources used with FFLAGS3
  56 set(UNRES_MIN_SRC3
  57         energy_p_new_barrier.F
  58         gradient_p.F
  59 )
  60
  61 # sources used with preprocesor flags (should also be listed above with FFLAGSX)
  62 set(UNRES_MIN_PP_SRC
  63         bank.F
  64         cartder.F
  65         chainbuild.F
  66         checkder_p.F
  67         compare_s1.F
  68         cored.f
  69         csa.f
  70         dihed_cons.F
  71         diff12.f
  72         econstr_local.F
  73         energy_p_new.F
  74         energy_p_new_barrier.F
  75         energy_split-sep.F
  76         entmcm.F
  77         gen_rand_conf.F
  78         geomout_min.F
  79         gradient_p.F
  80         intcor.f
  81         initialize_p.F
  82         intcartderiv.F
  83         lagrangian_lesyng.F
  84         matmult.f
  85         mc.F
  86         mcm.F
  87         MD_A-MTS.F
  88         minimize_p.F
  89         minim_jlee.F
  90         minim_mcmf.F
  91         MP.F
  92         MREMD.F
  93         newconf.f
  94         parmread.F
  95         permut.F
  96         prng_32.F
  97         q_measure1.F
  98         q_measure3.F
  99         q_measure.F
 100         ran.f
 101         rattle.F
 102         readpdb.F
 103         readrtns_min.F
 104         regularize.F
 105         rmdd.f
 106         rmsd.F
 107         sc_move.F
 108         shift.F
 109         stochfric.F
 110         sumsld.f
 111         test.F
 112         thread.F
 113         timing.F
 114         together.F
 115         unres.F
 116 )
 117
 118
 119 #================================================
 120 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 121 #================================================
 122 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 123   find_package (Threads)
 124   set(FFLAGS0 "-g -ip -w" )
 125   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 126   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 127   set(FFLAGS3 "-g -w -ipo " )
 128 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 129   set(FFLAGS0 "-std=legacy -O " )
 130   set(FFLAGS1 "-std=legacy -g -C" )
 131   set(FFLAGS2 "-std=legacy -g -O0 ")
 132   set(FFLAGS3 "-std=legacy -O3" )
 133 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 134
 135
 136 set_property(SOURCE ${UNRES_MIN_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 137 set_property(SOURCE ${UNRES_MIN_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 138 set_property(SOURCE ${UNRES_MIN_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 139 set_property(SOURCE ${UNRES_MIM_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 140
 141 # set preprocesor flags
 142 set(CPPFLAGS "PROCOR -DLINUX -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DSCCORPDB" )
 143
 144 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 145   # Add ifort preprocessor flags
 146   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 147 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 148   # Add gfortran flags
 149   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 150 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 151   # Add gfortran flags
 152   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 153 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 154
 155
 156 # add 64-bit specific preprocessor flags
 157 if (architektura STREQUAL "64")
 158   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 159 endif (architektura STREQUAL "64")
 160
 161 # Apply preprocesor flags to *.F files
 162 set_property(SOURCE ${UNRES_MIN_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 163
 164
 165
 166 #========================================
 167 #  Setting binary name
 168 #========================================
 169 set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MIN_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 170
 171 #========================================
 172 #  cinfo.f workaround for Cmake
 173 #========================================
 174 # get the current date
 175 TODAY(DATE)
 176 # generate cinfo.f
 177
 178 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 179 FILE(WRITE ${CINFO}
 180 "C CMake generated file
 181        subroutine cinfo
 182        include 'COMMON.IOUNITS'
 183        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 184        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 185 ")
 186
 187 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 188 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 189 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 190 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 191 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 192 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 193
 194 FILE(APPEND ${CINFO}
 195 "       write(iout,*)'Version MINI energy and minimalization only'
 196        write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 197        return
 198        end ")
 199
 200 # add include path
 201 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 202
 203 #=========================================
 204 # Set full unres MIN sources
 205 #=========================================
 206 set(UNRES_MIN_SRCS ${UNRES_MIN_SRC0} ${UNRES_MIN_SRC1} ${UNRES_MIN_SRC2} ${UNRES_MIN_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 207
 208 #=========================================
 209 # Build the binary
 210 #=========================================
 211 add_executable(UNRES_MIN_BIN ${UNRES_MIN_SRCS} )
 212 set_target_properties(UNRES_MIN_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 213
 214 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 215   target_link_libraries (UNRES_MIN_BIN ${CMAKE_THREAD_LIBS_INIT})
 216 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 217 set_property(TARGET UNRES_MIN_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 218
 219
 220 #=========================================
 221 # Install Path
 222 #=========================================
 223 install(TARGETS UNRES_MIN_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/unres/MINIM)
 224
 225 #=========================================
 226 # TESTS
 227 #=========================================
 228
 229 #=========================================
 230 # Generate data test files
 231 #=========================================
 232 #  test_single_ala.sh
 233 #=========================================
 234
 235 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 236 "#!/bin/sh
 237 export POT=GB
 238 export PREFIX=ala10
 239 #-----------------------------------------------------------------------------
 240 UNRES_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_BIN}
 241 #-----------------------------------------------------------------------------
 242 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 243 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 244 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 245 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 246 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 247 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 248 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 249 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 250 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 251 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 252 export SCCORPAR=$DD/sccor_pdb_shelly.dat
 253 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 254 #-----------------------------------------------------------------------------
 255 $UNRES_BIN
 256 ")
 257
 258 #
 259 # File permissions workaround
 260 #
 261 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 262         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 263         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 264 )
 265
 266
 267
 268 #=========================================
 269 #  ala10.inp
 270 #=========================================
 271
 272 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 273 "ala10 unblocked
 274 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 275 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 276 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 277 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 278 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 279 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 280 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 281 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 282 12
 283 XAAAAAAAAAAX
 284  0
 285  0
 286    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 287    90.0000   90.0000
 288   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 289   180.0000
 290   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 291   110.0000  110.0000
 292  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 293  -120.0000 -120.0000
 294 ")
 295
 296 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 297
 298 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/prota.pdb
 299         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 300
 301 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/prota_ENE.inp
 302         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 303
 304 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/prota_MIN_CART.inp
 305         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 306
 307 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_MIN_INT.inp
 308         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 309
 310 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 311         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 312
 313 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/prota_unres_energy_check.sh
 314         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 315         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 316 )
 317
 318
 319 #=========================================
 320 #  test_prota_E0LL2Y.sh
 321 #=========================================
 322
 323 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_prota_E0LL2Y.sh
 324 "#!/bin/sh
 325 export POT=GB
 326 export FGPROCS=$2
 327 export PREFIX=$1
 328 #-----------------------------------------------------------------------------
 329 UNRES_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_BIN}
 330 #-----------------------------------------------------------------------------
 331 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 332 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 333 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 334 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 335 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 336 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 337 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 338 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 339 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 340 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 341 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 342 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 343 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 344 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 345 #-----------------------------------------------------------------------------
 346 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 347 $UNRES_BIN
 348 ./prota_unres_energy_check.sh $1 ${UNRES_BIN}
 349 ")
 350
 351 #
 352 # File permissions workaround
 353 #
 354 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_prota_E0LL2Y.sh
 355         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 356         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 357 )
 358
 359 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 360
 361
 362
 363 # Add tests
 364
 365   if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 366     add_test(NAME UNRES-MIN_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 367   endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 368
 369   if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 370     add_test(NAME UNRES-MIN_ENE_prota COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_prota_E0LL2Y.sh prota_ENE 1 )
 371     add_test(NAME UNRES-MIN_MIN_prota COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_prota_E0LL2Y.sh prota_MIN_CART 1 )
 372     add_test(NAME UNRES-MIN_MIN_INT COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_prota_E0LL2Y.sh 1l2y_MIN_INT 1 )
 373   endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 374
 375