source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 set(UNRES_MD_SRC0
  12         add.f
  13         arcos.f
  14         banach.f
  15         blas.f
  16         bond_move.f
  17         cartder.F
  18         cartprint.f
  19         check_sc_distr.f
  20         check_bond.f
  21         chainbuild.F
  22         checkder_p.F
  23         compare_s1.F
  24         contact.f
  25         convert.f
  26         cored.f
  27         dihed_cons.F
  28         djacob.f
  29         econstr_local.F
  30         eigen.f
  31         elecont.f
  32         energy_split-sep.F
  33         entmcm.F
  34         fitsq.f
  35         gauss.f
  36         gen_rand_conf.F
  37         geomout.F
  38         gnmr1.f
  39         intcartderiv.F
  40         initialize_p.F
  41         int_to_cart.f
  42         intcor.f
  43         intlocal.f
  44         kinetic_lesyng.f
  45         lagrangian_lesyng.F
  46         local_move.f
  47         map.f
  48         matmult.f
  49         mc.F
  50         mcm.F
  51         MD_A-MTS.F
  52         minimize_p.F
  53         minim_mcmf.F
  54         misc.f
  55         moments.f
  56         MP.F
  57         MREMD.F
  58         muca_md.f
  59         parmread.F
  60         pinorm.f
  61         printmat.f
  62         q_measure.F
  63         randgens.f
  64         rattle.F
  65         readpdb.F
  66         readrtns.F
  67         refsys.f
  68         regularize.F
  69         rescode.f
  70         rmdd.f
  71         rmsd.F
  72         sc_move.F
  73         sort.f
  74         stochfric.F
  75         sumsld.f
  76         surfatom.f
  77         test.F
  78         timing.F
  79         thread.F
  80         unres.F
  81         ssMD.F
  82 )
  83
  84 if(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  85   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  86 elseif(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "mpif90")
  87   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  88 elseif(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
  89   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  90 elseif(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  91   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  92 else()
  93   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng_32.F )
  94 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  95
  96
  97 set(UNRES_MD_SRC3
  98         energy_p_new_barrier.F
  99         energy_p_new-sep_barrier.F
 100         gradient_p.F )
 101
 102 set(UNRES_MD_PP_SRC
 103         cartder.F
 104         chainbuild.F
 105         checkder_p.F
 106         compare_s1.F
 107         dihed_cons.F
 108         econstr_local.F
 109         energy_p_new_barrier.F
 110         energy_p_new-sep_barrier.F
 111         energy_split-sep.F
 112         entmcm.F
 113         gen_rand_conf.F
 114         geomout.F
 115         gradient_p.F
 116         initialize_p.F
 117         intcartderiv.F
 118         lagrangian_lesyng.F
 119         mc.F
 120         mcm.F
 121         MD_A-MTS.F
 122         minimize_p.F
 123         minim_mcmf.F
 124         MP.F
 125         MREMD.F
 126         parmread.F
 127         q_measure1.F
 128         q_measure3.F
 129         q_measure.F
 130         rattle.F
 131         readpdb.F
 132         readrtns.F
 133         regularize.F
 134         rmsd.F
 135         sc_move.F
 136         stochfric.F
 137         test.F
 138         thread.F
 139         timing.F
 140         unres.F
 141         proc_proc.c
 142 )
 143
 144
 145 if(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 146   set(UNRES_MD_PP_SRC ${UNRES_MD_PP_SRC} prng_32.F)
 147 endif(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 148
 149 #================================================
 150 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 151 #================================================
 152 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 153   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 154   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 155   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 156   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 157   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 158 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 159   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. " )
 160   set(FFLAGS1 "-std=legacy -g -I. " )
 161   set(FFLAGS2 "-std=legacy -I. ")
 162   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 163   set(FFLAGS3 "-std=legacy -I. " )
 164 <<<<<<< HEAD
 165 <<<<<<< HEAD
 166 =======
 167 =======
 168 >>>>>>> f3fb02dcb801d48f6bdc6f48c78bc8a3a2c7fb97
 169 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "g77")
 170   set(FFLAGS0 "-I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} " )
 171   set(FFLAGS1 "-g -I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} " )
 172   set(FFLAGS2 "-I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} ")
 173   set(FFLAGS3 "-I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} " )
 174 <<<<<<< HEAD
 175 >>>>>>> f3fb02dcb801d48f6bdc6f48c78bc8a3a2c7fb97
 176 =======
 177 >>>>>>> f3fb02dcb801d48f6bdc6f48c78bc8a3a2c7fb97
 178 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 179
 180
 181 # Add MPI compiler flags
 182 if(UNRES_WITH_MPI)
 183   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 184   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 185   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 186   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 187 endif(UNRES_WITH_MPI)
 188
 189 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 190 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 191 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 192 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 193
 194 #=========================================
 195 # Settings for GAB force field
 196 #=========================================
 197 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 198   # set preprocesor flags
 199   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 200
 201 #=========================================
 202 #  Settings for E0LL2Y force field
 203 #=========================================
 204 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 205   # set preprocesor flags
 206   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 207 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 208
 209 #=========================================
 210 # System specific flags
 211 #=========================================
 212 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 213   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 214 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 215
 216 #=========================================
 217 # Compiler specific flags
 218 #=========================================
 219
 220 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 221   # Add ifort preprocessor flags
 222   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 223 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 224   # Add new gfortran flags
 225   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 226 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 227   # Add old gfortran flags
 228   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 229 <<<<<<< HEAD
 230 <<<<<<< HEAD
 231 =======
 232 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "g77")
 233   # Add old gfortran flags
 234   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 235 >>>>>>> f3fb02dcb801d48f6bdc6f48c78bc8a3a2c7fb97
 236 =======
 237 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "g77")
 238   # Add old gfortran flags
 239   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 240 >>>>>>> f3fb02dcb801d48f6bdc6f48c78bc8a3a2c7fb97
 241 else(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 242   # Default preprocessor flag
 243   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 244 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 245
 246 #=========================================
 247 # Add MPI preprocessor flags
 248 #=========================================
 249 if (UNRES_WITH_MPI)
 250   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 251 endif(UNRES_WITH_MPI)
 252
 253 #=========================================
 254 # Apply preprocesor flags to *.F files
 255 #=========================================
 256 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 257
 258
 259 #========================================
 260 #  Setting binary name
 261 #========================================
 262 if(UNRES_WITH_MPI)
 263   # binary with mpi
 264   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_MD_FF}.exe")
 265 else(UNRES_WITH_MPI)
 266   # binary without mpi
 267   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 268 endif(UNRES_WITH_MPI)
 269
 270 #=========================================
 271 # cinfo.f workaround for cmake
 272 #=========================================
 273 # get the current date
 274 TODAY(DATE)
 275 # generate cinfo.f
 276
 277 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 278 FILE(WRITE ${CINFO}
 279 "C CMake generated file
 280        subroutine cinfo
 281        include 'COMMON.IOUNITS'
 282        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 283        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 284 ")
 285
 286 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 287 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 288 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 289 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 290 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 291 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 292 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 293
 294 FILE(APPEND ${CINFO}
 295 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 296        return
 297        end ")
 298
 299 # add include path
 300 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 301
 302 #=========================================
 303 # Set full unres MD sources
 304 #=========================================
 305 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 306
 307
 308 #=========================================
 309 # Build the binary
 310 #=========================================
 311 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 312 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 313 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 314 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 315
 316
 317 #=========================================
 318 # Link libraries
 319 #=========================================
 320 # link MPI library (libmpich.a)
 321 if(UNRES_WITH_MPI)
 322   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPIF_LIBRARIES} )
 323 endif(UNRES_WITH_MPI)
 324 # link libxdrf.a
 325 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 326 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 327
 328 #=========================================
 329 # TESTS
 330 #=========================================
 331
 332 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 333 #SET(UNRES_TEST_FILES
 334 #       ala10.inp
 335 #    )
 336
 337 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 338 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 339 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 340 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 341 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 342 #          POST_BUILD
 343 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 344 #      )
 345 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 346
 347 #=========================================
 348 # Generate data test files
 349 #=========================================
 350 #  test_single_ala.sh
 351 #=========================================
 352
 353 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 354 "#!/bin/sh
 355 export POT=GB
 356 export PREFIX=ala10
 357 #-----------------------------------------------------------------------------
 358 UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 359 #-----------------------------------------------------------------------------
 360 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 361 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 362 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 363 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 364 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 365 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 366 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 367 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 368 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 369 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 370 export SCCORPAR=$DD/sccor_pdb_shelly.dat
 371 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 372 #-----------------------------------------------------------------------------
 373 $UNRES_BIN
 374 ")
 375
 376 #
 377 # File permissions workaround
 378 #
 379 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 380         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 381         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 382 )
 383
 384
 385
 386 #=========================================
 387 #  ala10.inp
 388 #=========================================
 389
 390 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 391 "ala10 unblocked
 392 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 393 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 394 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 395 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 396 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 397 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 398 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 399 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 400 12
 401 XAAAAAAAAAAX
 402  0
 403  0
 404    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 405    90.0000   90.0000
 406   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 407   180.0000
 408   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 409   110.0000  110.0000
 410  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 411  -120.0000 -120.0000
 412 ")
 413
 414
 415 # Add tests
 416
 417 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 418
 419   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 420
 421 else(NOT UNRES_WITH_MPI)
 422
 423
 424   add_test(NAME UNRES_MD_MPI_Ala10 COMMAND mpiexec -boot ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 425
 426 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 427