source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 set(UNRES_MD_SRC0
  12         add.f
  13         arcos.f
  14         banach.f
  15         blas.f
  16         bond_move.f
  17         cartder.F
  18         cartprint.f
  19         check_sc_distr.f
  20         check_bond.f
  21         chainbuild.F
  22         checkder_p.F
  23         compare_s1.F
  24         contact.f
  25         convert.f
  26         cored.f
  27         dihed_cons.F
  28         djacob.f
  29         econstr_local.F
  30         eigen.f
  31         elecont.f
  32         energy_split-sep.F
  33         entmcm.F
  34         fitsq.f
  35         gauss.f
  36         gen_rand_conf.F
  37         geomout.F
  38         gnmr1.f
  39         intcartderiv.F
  40         initialize_p.F
  41         int_to_cart.f
  42         intcor.f
  43         intlocal.f
  44         kinetic_lesyng.f
  45         lagrangian_lesyng.F
  46         local_move.f
  47         map.f
  48         matmult.f
  49         mc.F
  50         mcm.F
  51         MD_A-MTS.F
  52         minimize_p.F
  53         minim_mcmf.F
  54         misc.f
  55         moments.f
  56         MP.F
  57         MREMD.F
  58         muca_md.f
  59         parmread.F
  60         pinorm.f
  61         printmat.f
  62         q_measure.F
  63         randgens.f
  64         rattle.F
  65         readpdb.F
  66         readrtns.F
  67         refsys.f
  68         regularize.F
  69         rescode.f
  70         rmdd.f
  71         rmsd.F
  72         sc_move.F
  73         sort.f
  74         stochfric.F
  75         sumsld.f
  76         surfatom.f
  77         test.F
  78         timing.F
  79         thread.F
  80         unres.F
  81         ssMD.F
  82 )
  83
  84 if(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  85   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  86 elseif(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "mpif90")
  87   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  88 elseif(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
  89   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  90 elseif(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  91   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  92 else()
  93   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng_32.F )
  94 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  95
  96
  97 set(UNRES_MD_SRC3
  98         energy_p_new_barrier.F
  99         energy_p_new-sep_barrier.F
 100         gradient_p.F )
 101
 102 set(UNRES_MD_PP_SRC
 103         cartder.F
 104         chainbuild.F
 105         checkder_p.F
 106         compare_s1.F
 107         dihed_cons.F
 108         econstr_local.F
 109         energy_p_new_barrier.F
 110         energy_p_new-sep_barrier.F
 111         energy_split-sep.F
 112         entmcm.F
 113         gen_rand_conf.F
 114         geomout.F
 115         gradient_p.F
 116         initialize_p.F
 117         intcartderiv.F
 118         lagrangian_lesyng.F
 119         mc.F
 120         mcm.F
 121         MD_A-MTS.F
 122         minimize_p.F
 123         minim_mcmf.F
 124         MP.F
 125         MREMD.F
 126         parmread.F
 127         q_measure1.F
 128         q_measure3.F
 129         q_measure.F
 130         rattle.F
 131         readpdb.F
 132         readrtns.F
 133         regularize.F
 134         rmsd.F
 135         sc_move.F
 136         stochfric.F
 137         test.F
 138         thread.F
 139         timing.F
 140         unres.F
 141         proc_proc.c
 142 )
 143
 144
 145 if(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 146   set(UNRES_MD_PP_SRC ${UNRES_MD_PP_SRC} prng_32.F)
 147 endif(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 148
 149 #================================================
 150 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 151 #================================================
 152 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 153   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 154   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 155   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 156   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 157   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 158 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 159   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. " )
 160   set(FFLAGS1 "-std=legacy -g -I. " )
 161   set(FFLAGS2 "-std=legacy -I. ")
 162   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 163   set(FFLAGS3 "-std=legacy -I. " )
 164 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "g77")
 165   set(FFLAGS0 "-I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} " )
 166   set(FFLAGS1 "-g -I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} " )
 167   set(FFLAGS2 "-I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} ")
 168   set(FFLAGS3 "-I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} " )
 169 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 170
 171
 172 # Add MPI compiler flags
 173 if(UNRES_WITH_MPI)
 174   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 175   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 176   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 177   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 178 endif(UNRES_WITH_MPI)
 179
 180 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 181 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 182 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 183 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 184
 185 #=========================================
 186 # Settings for GAB force field
 187 #=========================================
 188 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 189   # set preprocesor flags
 190   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 191
 192 #=========================================
 193 #  Settings for E0LL2Y force field
 194 #=========================================
 195 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 196   # set preprocesor flags
 197   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DSCCORPDB" )
 198 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 199
 200 #=========================================
 201 # System specific flags
 202 #=========================================
 203 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 204   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 205 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 206
 207 #=========================================
 208 # Compiler specific flags
 209 #=========================================
 210
 211 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 212   # Add ifort preprocessor flags
 213   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 214 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 215   # Add new gfortran flags
 216   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 217 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 218   # Add old gfortran flags
 219   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 220 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "g77")
 221   # Add old gfortran flags
 222   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 223 else(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 224   # Default preprocessor flag
 225   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 226 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 227
 228 #=========================================
 229 # Add MPI preprocessor flags
 230 #=========================================
 231 if (UNRES_WITH_MPI)
 232   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 233 endif(UNRES_WITH_MPI)
 234
 235 #=========================================
 236 # Apply preprocesor flags to *.F files
 237 #=========================================
 238 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 239
 240
 241 #========================================
 242 #  Setting binary name
 243 #========================================
 244 if(UNRES_WITH_MPI)
 245   # binary with mpi
 246   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_MD_FF}.exe")
 247 else(UNRES_WITH_MPI)
 248   # binary without mpi
 249   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 250 endif(UNRES_WITH_MPI)
 251
 252 #=========================================
 253 # cinfo.f workaround for cmake
 254 #=========================================
 255 # get the current date
 256 TODAY(DATE)
 257 # generate cinfo.f
 258
 259 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 260 FILE(WRITE ${CINFO}
 261 "C CMake generated file
 262        subroutine cinfo
 263        include 'COMMON.IOUNITS'
 264        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 265        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 266 ")
 267
 268 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 269 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 270 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 271 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 272 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 273 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 274 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 275
 276 FILE(APPEND ${CINFO}
 277 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 278        return
 279        end ")
 280
 281 # add include path
 282 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 283
 284 #=========================================
 285 # Set full unres MD sources
 286 #=========================================
 287 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 288
 289
 290 #=========================================
 291 # Build the binary
 292 #=========================================
 293 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 294 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 295 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 296 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 297
 298
 299 #=========================================
 300 # Link libraries
 301 #=========================================
 302 # link MPI library (libmpich.a)
 303 if(UNRES_WITH_MPI)
 304   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPIF_LIBRARIES} )
 305 endif(UNRES_WITH_MPI)
 306 # link libxdrf.a
 307 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 308 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 309
 310 #=========================================
 311 # INSTALL
 312 #=========================================
 313
 314 install(TARGETS UNRES_BIN-MD RUNTIME DESTINATION unrespack/bin)
 315
 316 #=========================================
 317 # TESTS
 318 #=========================================
 319
 320 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 321 #SET(UNRES_TEST_FILES
 322 #       ala10.inp
 323 #    )
 324
 325 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 326 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 327 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 328 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 329 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 330 #          POST_BUILD
 331 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 332 #      )
 333 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 334
 335 #=========================================
 336 # Generate data test files
 337 #=========================================
 338 #  test_single_ala.sh
 339 #=========================================
 340 #
 341 # Set parmaeters depending on force field
 342 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 343    set(UNRES_BONDPAR "bond.parm")
 344 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 345    set(UNRES_BONDPAR "bond_AM1.parm")
 346 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 347
 348 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 349 "#!/bin/sh
 350 export POT=GB
 351 export PREFIX=ala10
 352 #-----------------------------------------------------------------------------
 353 UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 354 #-----------------------------------------------------------------------------
 355 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 356 export BONDPAR=$DD/${UNRES_BONDPAR}
 357 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 358 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 359 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 360 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 361 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 362 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 363 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 364 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 365 export SCCORPAR=$DD/sccor_pdb_shelly.dat
 366 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 367 #-----------------------------------------------------------------------------
 368 $UNRES_BIN
 369 ")
 370
 371 #
 372 # File permissions workaround
 373 #
 374 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 375         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 376         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 377 )
 378
 379
 380
 381 #=========================================
 382 #  ala10.inp
 383 #=========================================
 384
 385 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 386 "ala10 unblocked
 387 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 388 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 389 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 390 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 391 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 392 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 393 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 394 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 395 12
 396 XAAAAAAAAAAX
 397  0
 398  0
 399    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 400    90.0000   90.0000
 401   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 402   180.0000
 403   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 404   110.0000  110.0000
 405  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 406  -120.0000 -120.0000
 407 ")
 408
 409
 410 # Add tests
 411
 412 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 413
 414   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 415
 416 else(NOT UNRES_WITH_MPI)
 417
 418
 419   add_test(NAME UNRES_MD_MPI_Ala10 COMMAND mpiexec -boot ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 420
 421 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 422