source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 set(UNRES_MD_SRC0
  12         add.f
  13         arcos.f
  14         banach.f
  15         blas.f
  16         bond_move.f
  17         cartder.F
  18         cartprint.f
  19         check_sc_distr.f
  20         check_bond.f
  21         chainbuild.F
  22         checkder_p.F
  23         compare_s1.F
  24         contact.f
  25         convert.f
  26         cored.f
  27         dihed_cons.F
  28         djacob.f
  29         econstr_local.F
  30         eigen.f
  31         elecont.f
  32         energy_split-sep.F
  33         entmcm.F
  34         fitsq.f
  35         gauss.f
  36         gen_rand_conf.F
  37         geomout.F
  38         gnmr1.f
  39         intcartderiv.F
  40         initialize_p.F
  41         int_to_cart.f
  42         intcor.f
  43         intlocal.f
  44         kinetic_lesyng.f
  45         lagrangian_lesyng.F
  46         local_move.f
  47         map.f
  48         matmult.f
  49         mc.F
  50         mcm.F
  51         MD_A-MTS.F
  52         minimize_p.F
  53         minim_mcmf.F
  54         misc.f
  55         moments.f
  56         MP.F
  57         MREMD.F
  58         muca_md.f
  59         parmread.F
  60         pinorm.f
  61         printmat.f
  62         prng_32.F
  63         q_measure.F
  64         randgens.f
  65         rattle.F
  66         readpdb.F
  67         readrtns.F
  68         refsys.f
  69         regularize.F
  70         rescode.f
  71         rmdd.f
  72         rmsd.F
  73         sc_move.F
  74         sort.f
  75         stochfric.F
  76         sumsld.f
  77         surfatom.f
  78         test.F
  79         timing.F
  80         thread.F
  81         unres.F
  82         ssMD.F
  83 )
  84
  85 set(UNRES_MD_SRC3
  86         energy_p_new_barrier.F
  87         energy_p_new-sep_barrier.F
  88         gradient_p.F )
  89
  90 set(UNRES_MD_PP_SRC
  91         cartder.F
  92         chainbuild.F
  93         checkder_p.F
  94         compare_s1.F
  95         dihed_cons.F
  96         econstr_local.F
  97         energy_p_new_barrier.F
  98         energy_p_new-sep_barrier.F
  99         energy_split-sep.F
 100         entmcm.F
 101         gen_rand_conf.F
 102         geomout.F
 103         gradient_p.F
 104         initialize_p.F
 105         intcartderiv.F
 106         lagrangian_lesyng.F
 107         mc.F
 108         mcm.F
 109         MD_A-MTS.F
 110         minimize_p.F
 111         minim_mcmf.F
 112         MP.F
 113         MREMD.F
 114         parmread.F
 115         prng_32.F
 116         q_measure1.F
 117         q_measure3.F
 118         q_measure.F
 119         rattle.F
 120         readpdb.F
 121         readrtns.F
 122         regularize.F
 123         rmsd.F
 124         sc_move.F
 125         stochfric.F
 126         test.F
 127         thread.F
 128         timing.F
 129         unres.F
 130         proc_proc.c
 131 )
 132
 133 #================================================
 134 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 135 #================================================
 136 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 137   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 138   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 139   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 140   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 141   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 142 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 143   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. " )
 144   set(FFLAGS1 "-std=legacy -g -I. " )
 145   set(FFLAGS2 "-std=legacy -I. ")
 146   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 147   set(FFLAGS3 "-std=legacy -I. " )
 148 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "g77")
 149   set(FFLAGS0 "-I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} " )
 150   set(FFLAGS1 "-g -I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} " )
 151   set(FFLAGS2 "-I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} ")
 152   set(FFLAGS3 "-I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} " )
 153 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 154
 155
 156 # Add MPI compiler flags
 157 if(UNRES_WITH_MPI)
 158   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 159   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 160   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 161   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 162 endif(UNRES_WITH_MPI)
 163
 164 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 165 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 166 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 167 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 168
 169 #=========================================
 170 # Settings for GAB force field
 171 #=========================================
 172 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 173   # set preprocesor flags
 174   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 175
 176 #=========================================
 177 #  Settings for E0LL2Y force field
 178 #=========================================
 179 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 180   # set preprocesor flags
 181   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DSCCORPDB" )
 182 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 183
 184 #=========================================
 185 # System specific flags
 186 #=========================================
 187 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 188   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 189 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 190
 191 #=========================================
 192 # Compiler specific flags
 193 #=========================================
 194
 195 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 196   # Add ifort preprocessor flags
 197   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 198 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 199   # Add new gfortran flags
 200   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 201 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 202   # Add old gfortran flags
 203   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 204 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "g77")
 205   # Add old gfortran flags
 206   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 207 else(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 208   # Default preprocessor flag
 209   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 210 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 211
 212 #=========================================
 213 # Add MPI preprocessor flags
 214 #=========================================
 215 if (UNRES_WITH_MPI)
 216   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 217 endif(UNRES_WITH_MPI)
 218
 219 #=========================================
 220 # Add 64-bit specific preprocessor flags
 221 #=========================================
 222 if (architektura STREQUAL "64")
 223   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 224 endif (architektura STREQUAL "64")
 225
 226 #=========================================
 227 # Apply preprocesor flags to *.F files
 228 #=========================================
 229 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 230
 231
 232 #========================================
 233 #  Setting binary name
 234 #========================================
 235 if(UNRES_WITH_MPI)
 236   # binary with mpi
 237   set(UNRES_BIN "unresMD_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_MD_FF}.exe")
 238 else(UNRES_WITH_MPI)
 239   # binary without mpi
 240   set(UNRES_BIN "unresMD_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 241 endif(UNRES_WITH_MPI)
 242
 243 #=========================================
 244 # cinfo.f workaround for cmake
 245 #=========================================
 246 # get the current date
 247 TODAY(DATE)
 248 # generate cinfo.f
 249
 250 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 251 FILE(WRITE ${CINFO}
 252 "C CMake generated file
 253        subroutine cinfo
 254        include 'COMMON.IOUNITS'
 255        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 256        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 257 ")
 258
 259 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 260 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 261 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 262 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 263 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 264 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 265 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 266
 267 FILE(APPEND ${CINFO}
 268 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 269        return
 270        end ")
 271
 272 # add include path
 273 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 274
 275 #=========================================
 276 # Set full unres MD sources
 277 #=========================================
 278 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 279
 280
 281 #=========================================
 282 # Build the binary
 283 #=========================================
 284 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 285 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 286 set_property(TARGET UNRES_BIN-MD PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 287 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 288
 289
 290 #=========================================
 291 # Link libraries
 292 #=========================================
 293 # link MPI library (libmpich.a)
 294 if(UNRES_WITH_MPI)
 295   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 296 endif(UNRES_WITH_MPI)
 297 # link libxdrf.a
 298 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 299 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 300
 301 #=========================================
 302 # Install Path
 303 #=========================================
 304 install(TARGETS UNRES_BIN-MD DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX})
 305
 306 #=========================================
 307 # TESTS
 308 #=========================================
 309
 310 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 311 #SET(UNRES_TEST_FILES
 312 #       ala10.inp
 313 #    )
 314
 315 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 316 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 317 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 318 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 319 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 320 #          POST_BUILD
 321 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 322 #      )
 323 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 324
 325 #=========================================
 326 # Generate data test files
 327 #=========================================
 328 #  test_single_ala.sh
 329 #=========================================
 330 #
 331 # Set parmaeters depending on force field
 332 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 333    set(UNRES_BONDPAR "bond.parm")
 334 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 335    set(UNRES_BONDPAR "bond_AM1.parm")
 336 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 337
 338 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 339 "#!/bin/sh
 340 export POT=GB
 341 export PREFIX=ala10
 342 #-----------------------------------------------------------------------------
 343 UNRES_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_BIN}
 344 #-----------------------------------------------------------------------------
 345 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 346 export BONDPAR=$DD/${UNRES_BONDPAR}
 347 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 348 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 349 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 350 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 351 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 352 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 353 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 354 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 355 export SCCORPAR=$DD/sccor_pdb_shelly.dat
 356 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 357 #-----------------------------------------------------------------------------
 358 $UNRES_BIN
 359 ")
 360
 361 #
 362 # File permissions workaround
 363 #
 364 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 365         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 366         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 367 )
 368
 369
 370
 371 #=========================================
 372 #  ala10.inp
 373 #=========================================
 374
 375 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 376 "ala10 unblocked
 377 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 378 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 379 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 380 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 381 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 382 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 383 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 384 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 385 12
 386 XAAAAAAAAAAX
 387  0
 388  0
 389    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 390    90.0000   90.0000
 391   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 392   180.0000
 393   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 394   110.0000  110.0000
 395  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 396  -120.0000 -120.0000
 397 ")
 398
 399
 400 # Add tests
 401
 402 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 403
 404   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 405
 406 else(NOT UNRES_WITH_MPI)
 407
 408
 409   add_test(NAME UNRES_MD_MPI_Ala10 COMMAND mpiexec -boot ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 410
 411 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 412