source/unres/src_CSA/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES CSA version
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CSA_SRC0
  11         arcos.f
  12         banach.f
  13         bank.F
  14         cartder.F
  15         cartprint.f
  16         chainbuild.F
  17         checkder_p.F
  18         contact.f
  19         convert.f
  20         cored.f
  21         csa.F
  22         dfa.F
  23         diff12.f
  24         distfit.f
  25         djacob.f
  26         econstr_local.F
  27         elecont.f
  28         energy_p_new_barrier.F
  29         fitsq.f
  30         gen_rand_conf.F
  31         geomout_min.F
  32         gradient_p.F
  33         indexx.f
  34         initialize_p.F
  35         intcartderiv.F
  36         intcor.f
  37         intlocal.f
  38         int_to_cart.f
  39         local_move.f
  40         matmult.f
  41         minimize_p.F
  42         minim_jlee.F
  43         minim_mult.F
  44         misc.f
  45         MP.F
  46         newconf.F
  47         parmread.F
  48         pinorm.f
  49         printmat.f
  50         prng_32.F
  51         randgens.f
  52         ran.f
  53         readpdb.F
  54         readrtns_csa.F
  55         refsys.f
  56         rescode.f
  57         rmdd.f
  58         rmsd.F
  59         sc_move.F
  60         shift.F
  61         sumsld.f
  62         test.F
  63         timing.F
  64         TMscore_subroutine.f
  65         together.F
  66         unres_csa.F
  67 )
  68
  69 set(UNRES_CSA_SRC3 energy_p_new_barrier.F gradient_p.F )
  70
  71 set(UNRES_CSA_PP_SRC
  72         bank.F
  73         cartder.F
  74         chainbuild.F
  75         checkder_p.F
  76         csa.F
  77         dfa.F
  78         econstr_local.F
  79         energy_p_new_barrier.F
  80         gen_rand_conf.F
  81         geomout_min.F
  82         gradient_p.F
  83         initialize_p.F
  84         intcartderiv.F
  85         minimize_p.F
  86         minim_jlee.F
  87         minim_mult.F
  88         MP.F
  89         newconf.F
  90         parmread.F
  91         prng_32.F
  92         readpdb.F
  93         readrtns_csa.F
  94         rmsd.F
  95         sc_move.F
  96         shift.F
  97         test.F
  98         timing.F
  99         together.F
 100         unres_csa.F
 101 )
 102
 103
 104 #================================================
 105 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 106 #================================================
 107 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 108   set(FFLAGS0 "-c -ip -w" )
 109   set(FFLAGS1 "-c -w -g -d2 -CA -CB" )
 110   set(FFLAGS2 "-c -w -g -00 ")
 111   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 112   set(FFLAGS3 "-c -w -ipo " )
 113 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 114   set(FFLAGS0 "-std=legacy -cpp -c -I. ")
 115   set(FFLAGS1 "-std=legacy -cpp -c -g -I. " )
 116   set(FFLAGS2 "-std=legacy -cpp -c -I. ")
 117   set(FFLAGS3 "-cpp -c -I. " )
 118 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 119
 120
 121 # Add MPI compiler flags
 122 if(UNRES_WITH_MPI)
 123   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 124   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 125   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 126   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 127 endif(UNRES_WITH_MPI)
 128
 129 set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 130 set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 131 set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 132 set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 133
 134 #=========================================
 135 # Settings for CSA force fields
 136 #=========================================
 137
 138 if(UNRES_CSA_FF STREQUAL "CASP3" )
 139   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DMOMENT -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DCRYST_TOR" )
 140 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "ALPHA")
 141   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DMOMENT -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 142 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "BETA")
 143   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DMOMENT -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 144 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "ALPHABETA")
 145   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DMOMENT -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 146 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "CASP5")
 147   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DMOMENT -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 148 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "3P")
 149   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 150 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "4P")
 151   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 152 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "GAB" )
 153   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 154 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "E0LL2Y" )
 155   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 156 endif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "CASP3")
 157
 158 #=========================================
 159 # System specific flags
 160 #=========================================
 161 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 162   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 163 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 164
 165 #=========================================
 166 # Compiler specific flags
 167 #=========================================
 168
 169 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 170   # Add ifort preprocessor flags
 171   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 172 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 173   # Add new gfortran flags
 174   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 175 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 176   # Add old gfortran flags
 177   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 178 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 179   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 180   FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/source/lib/isnan_pgi.f DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 181   list(APPEND UNRES_CSA_SRC0 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/isnan_pgi.f)
 182 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 183
 184 #=========================================
 185 # Add MPI preprocessor flags
 186 #=========================================
 187 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 188
 189 #=========================================
 190 # add 64-bit specific preprocessor flags
 191 #=========================================
 192 if (architektura STREQUAL "64")
 193   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 194 endif (architektura STREQUAL "64")
 195
 196 # Apply preprocesor flags to *.F files
 197 set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 198
 199
 200 #========================================
 201 #  Setting binary name
 202 #========================================
 203 set(UNRES_BIN "unresCSA_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_CSA_FF}.exe")
 204
 205 #=========================================
 206 # cinfo.f workaround for CMake
 207 #=========================================
 208 # get the current date
 209 TODAY(DATE)
 210 # generate cinfo.f
 211
 212 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 213 FILE(WRITE ${CINFO}
 214 "C CMake generated file
 215        subroutine cinfo
 216        include 'COMMON.IOUNITS'
 217        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 218        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 219 ")
 220
 221 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 222 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 223 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 224 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 225 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 226 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 227 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 228
 229 FILE(APPEND ${CINFO}
 230 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 231        return
 232        end ")
 233
 234 # set include path
 235 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}" )
 236
 237 #=========================================
 238 # Set full unres CSA sources
 239 #=========================================
 240 set(UNRES_CSA_SRCS ${UNRES_CSA_SRC0} ${UNRES_CSA_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 241
 242 #=========================================
 243 # Build the binary
 244 #=========================================
 245 add_executable(UNRES_BIN-CSA ${UNRES_CSA_SRCS} )
 246 set_target_properties(UNRES_BIN-CSA PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 247 set_property(TARGET UNRES_BIN-CSA PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 248 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 249
 250 #=========================================
 251 # Link libraries
 252 #=========================================
 253 # link MPI library (libmpich.a)
 254 target_link_libraries( UNRES_BIN-CSA ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 255 # link libxdrf.a
 256 #target_link_libraries( ${UNRES_BIN} xdrf )
 257
 258 #=========================================
 259 # Install Path
 260 #=========================================
 261 install(TARGETS UNRES_BIN-CSA DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/unres/CSA)
 262
 263
 264 #=========================================
 265 # TESTS
 266 #=========================================
 267
 268 if(UNRES_CSA_FF STREQUAL "4P")
 269
 270 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_csa_4P.inp
 271         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 272
 273 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_csa_local_4P.inp
 274         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 275
 276 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_csa_local_4P.CSA.native.int
 277         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 278
 279
 280 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/csa_energy_check.sh
 281         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 282         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 283 )
 284
 285
 286 #=========================================
 287 #  test_csa_4P.sh
 288 #=========================================
 289
 290 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_csa_4P.sh
 291 "#!/bin/sh
 292 export POT=GB
 293 export FGPROCS=1
 294 export PREFIX=$1
 295 #-----------------------------------------------------------------------------
 296 UNRES_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_BIN}
 297 #-----------------------------------------------------------------------------
 298 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 299 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 300 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 301 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 302 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 303 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 304 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 305 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.4P5_iter33_3r
 306 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 307 #export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 308 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 309 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 310 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 311 export PRINT_PARM=NO
 312 #-----------------------------------------------------------------------------
 313 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 314 $UNRES_BIN
 315 ./csa_energy_check.sh $1
 316 ")
 317
 318 #
 319 # File permissions workaround
 320 #
 321 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_csa_4P.sh
 322         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 323         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 324 )
 325 endif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "4P")
 326
 327 if(UNRES_CSA_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 328
 329 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_csa.inp
 330         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 331
 332 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_csa_local.inp
 333         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 334
 335 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_csa_local.CSA.native.int
 336         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 337
 338
 339 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/csa_energy_check.sh
 340         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 341         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 342 )
 343
 344
 345 #=========================================
 346 #  test_csa_E0LL2Y.sh
 347 #=========================================
 348
 349 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_csa_E0LL2Y.sh
 350 "#!/bin/sh
 351 export POT=GB
 352 export FGPROCS=1
 353 export PREFIX=$1
 354 #-----------------------------------------------------------------------------
 355 UNRES_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_BIN}
 356 #-----------------------------------------------------------------------------
 357 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 358 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 359 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 360 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 361 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 362 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 363 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 364 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 365 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 366 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 367 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 368 #export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 369 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 370 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 371 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 372 export PRINT_PARM=NO
 373 #-----------------------------------------------------------------------------
 374 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 375 $UNRES_BIN
 376 ./csa_energy_check.sh $1
 377 ")
 378
 379 #
 380 # File permissions workaround
 381 #
 382 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_csa_E0LL2Y.sh
 383         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 384         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 385 )
 386 endif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 387
 388
 389
 390 # Add tests
 391
 392 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 393   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 394      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 395      set (boot_lam "-boot")
 396   else()
 397      set (boot_lam "")
 398   endif()
 399
 400
 401   if (UNRES_SRUN)
 402    set (np "-n")
 403    set (mpiexec "srun")
 404   elseif(UNRES_MPIRUN)
 405    set (np "-np")
 406    set (mpiexec "mpirun")
 407   else()
 408    set (np "-np")
 409    set (mpiexec "mpiexec")
 410   endif()
 411
 412
 413 if(UNRES_CSA_FF STREQUAL "4P")
 414     add_test(NAME UNRES_CSA_global COMMAND ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} 4 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_csa_4P.sh 1l2y_csa_4P )
 415     add_test(NAME UNRES_CSA_local COMMAND ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} 4 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_csa_4P.sh 1l2y_csa_local_4P )
 416 endif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "4P")
 417
 418 if(UNRES_CSA_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 419     add_test(NAME UNRES_CSA_global_E0LL2Y COMMAND ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} 4 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_csa_E0LL2Y.sh 1l2y_csa )
 420     add_test(NAME UNRES_CSA_local_E0LL2Y COMMAND ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} 4 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_csa_E0LL2Y.sh 1l2y_csa_local )
 421 endif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 422
 423