source/pymol/show_UNRES.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 '''
   3 -------------------------------------------------------------------------------
   4   show_UNRES.py - UNRES model viewer v 1.0
   5 -------------------------------------------------------------------------------
   6
   7   Written by Dawid Jagieła (lightnir@chem.univ.gda.pl)  Feb 2013
   8
   9 '''
  10
  11 from chempy import cpv
  12 from pymol import cmd
  13 import cmd
  14 from pymol.cgo import *
  15
  16 from pymol.menu import *
  17 import pymol.menu
  18
  19 def __init__(self):
  20         # Add unres to known represtentations
  21         from pymol import constants
  22         constants.repres_sc.append('unres')
  23
  24
  25 def show_UNRES(sl='(all)'):
  26         # basic settings
  27         p_radius = 0.6
  28         e_size = 1.0
  29         # residue dictionary
  30         # resn = [color_Red, color_Green, color_Blue, elipsoid_side_width ]
  31         resdb = {       'CYS': [1.000, 1.000, 0.000, 2.96868],
  32                                 'MET': [0.000, 1.000, 0.000, 3.08863],
  33                                 'PHE': [0.000, 0.392, 0.000, 3.04238],
  34                                 'ILE': [0.000, 1.000, 0.000, 3.17389],
  35                                 'LEU': [0.000, 1.000, 0.000, 2.52078],
  36                                 'VAL': [0.000, 1.000, 0.000, 2.68924],
  37                                 'TRP': [0.000, 0.392, 0.000, 3.47403],
  38                                 'TYR': [0.596, 0.984, 0.596, 3.35434],
  39                                 'ALA': [0.000, 1.000, 0.000, 1.72686],
  40                                 'GLY': [1.000, 1.000, 1.000, 1.11383],
  41                                 'THR': [1.000, 0.000, 1.000, 2.59210],
  42                                 'SER': [1.000, 0.000, 1.000, 1.68800],
  43                                 'GLN': [1.000, 0.000, 1.000, 2.22201],
  44                                 'ASN': [1.000, 0.000, 1.000, 2.24946],
  45                                 'GLU': [1.000, 0.000, 0.000, 2.05551],
  46                                 'ASP': [1.000, 0.000, 0.000, 1.77556],
  47                                 'HIS': [1.000, 0.000, 1.000, 3.02627],
  48                                 'ARG': [0.000, 0.000, 1.000, 3.25143],
  49                                 'LYS': [0.000, 0.000, 1.000, 4.50054],
  50                                 'PRO': [0.000, 1.000, 1.000, 2.20525]
  51                         }
  52
  53
  54         # Get pseudo-peptide group positions
  55         atoms=cmd.get_model(sl+" & n. CA").atom
  56         p=[]
  57         for i in range(0,len(atoms)-1):
  58                 p.append( [atoms[i].coord[0]+(atoms[i+1].coord[0]-atoms[i].coord[0])/2, atoms[i].coord[1]+(atoms[i+1].coord[1]-atoms[i].coord[1])/2, atoms[i].coord[2]+(atoms[i+1].coord[2]-atoms[i].coord[2])/2 ] )
  59         obj=[]
  60         for i in range(0,len(p)):
  61                 obj.extend( [ COLOR, 0.643, 0.933, 0.960 ] )
  62                 obj.extend( [ SPHERE, p[i][0], p[i][1], p[i][2], p_radius ] )
  63
  64         # Get Sidechain elipsoids positions
  65         atoms=cmd.get_model(sl+" & n. CB").atom
  66         e=[]
  67         for i in range(0,len(atoms)):
  68                 ca=cmd.get_model(sl+" & n. CA & resn "+atoms[i].resn+" & resi "+atoms[i].resi).atom
  69                 e.append( [ atoms[i].resn, atoms[i].coord[0], atoms[i].coord[1], atoms[i].coord[2], atoms[i].coord[0]-ca[0].coord[0], atoms[i].coord[1]-ca[0].coord[1], atoms[i].coord[2]-ca[0].coord[2] ] )
  70
  71         # This is from pymol devel example cgo07.py form http://pymol.sourcearchive.com/documentation/1.2r1/cgo07_8py-source.html
  72     #
  73         # [ ELLIPSOID, x_pos, y_pos, z_pos, size, x0, y0, z0, x1, y1, z2, x2, y2, z2 ]
  74         # where the xyz vectors are orthogonal and of length 1.0 or less.
  75         for i in range(0,len(e)):
  76                 # vactor CB->CA
  77                 tmp0=[e[i][4], e[i][5], e[i][6]]
  78                 l=cpv.length(tmp0)
  79                 # random vector
  80                 tmp1 = cpv.random_vector()
  81                 # orthogonal vector to tmp0 and tmp1
  82                 tmp2 = cpv.cross_product(tmp1, tmp0)
  83                 tmp3 = cpv.cross_product(tmp0, tmp2)
  84                 tmp2 = cpv.normalize(tmp2)
  85                 tmp3 = cpv.normalize(tmp3)
  86                 tmp2 = cpv.scale(tmp2,0.9*resdb[e[i][0]][3])
  87                 tmp3 = cpv.scale(tmp3,0.9*resdb[e[i][0]][3])
  88
  89                 obj.extend( [ COLOR, resdb[e[i][0]][0], resdb[e[i][0]][1], resdb[e[i][0]][2] ] )
  90                 obj.extend( [ ELLIPSOID, e[i][1], e[i][2], e[i][3], e_size, ] + tmp0 + tmp2 + tmp3 )
  91
  92         cmd.set('cgo_ellipsoid_quality', 2)
  93         cmd.load_cgo(obj,'UNRES_'+sl)
  94
  95
  96 # Hook up to PyMols show command
  97
  98 def myshow(representation="",selection="",_self=cmd):
  99         '''
 100 DESCRIPTION
 101
 102     "show" turns on representations for objects and selections.
 103
 104 USAGE
 105
 106     show [ representation [, selection ]]
 107
 108 ARGUMENTS
 109
 110     representation = lines, spheres, mesh, ribbon, cartoon, sticks,
 111     dots, surface, labels, extent, nonbonded, nb_spheres, slice,
 112     extent, slice, dashes, angles, dihedrals, cgo, cell, callback,
 113     unres or everything
 114
 115     selection = string: a selection-expression or name-pattern
 116
 117 NOTES
 118
 119     With no arguments, "show" alone turns on lines for all bonds and
 120     nonbonded for all atoms in all molecular objects.
 121
 122 EXAMPLES
 123
 124     show
 125     show ribbon
 126     show lines, (name ca or name c or name n)
 127
 128 SEE ALSO
 129
 130     hide, enable, disable
 131
 132 '''
 133
 134         if representation=='unres':
 135                 if selection=="":
 136                         show_UNRES('all')
 137                 else:
 138                         show_UNRES(selection)
 139         else:
 140                 cmd.show(representation, selection,_self)
 141
 142
 143 cmd.extend('show',myshow)