source/pymol/show_UNRES.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 '''
   3 -------------------------------------------------------------------------------
   4   show_UNRES.py - UNRES model viewer v 1.0
   5 -------------------------------------------------------------------------------
   6
   7   Written by Dawid Jagieła (lightnir@chem.univ.gda.pl)  Feb 2013
   8
   9 '''
  10
  11 from chempy import cpv
  12 from pymol import cmd
  13 import cmd
  14 from pymol.cgo import *
  15
  16 from pymol.menu import *
  17 import pymol.menu
  18
  19 def __init__(self):
  20         # Add unres to known represtentations
  21         from pymol import constants
  22         constants.repres_sc.append('unres')
  23
  24
  25 def show_UNRES(sl='(all)'):
  26         # basic settings
  27         p_radius = 0.6
  28         e_size = 1.0
  29         # residue dictionary
  30         # resn = [color_Red, color_Green, color_Blue, elipsoid_side_width ]
  31         resdb = {       'CYS': [1.000, 1.000, 0.000, 1.33741, 2.96868],
  32                                 'MET': [0.000, 1.000, 0.000, 1.36694, 3.08863],
  33                                 'PHE': [0.000, 0.392, 0.000, 1.48323, 3.04238],
  34                                 'ILE': [0.000, 1.000, 0.000, 1.44098, 3.17389],
  35                                 'LEU': [0.000, 1.000, 0.000, 1.51054, 2.52078],
  36                                 'VAL': [0.000, 1.000, 0.000, 1.42072, 2.68924],
  37                                 'TRP': [0.000, 0.392, 0.000, 1.23867, 3.47403],
  38                                 'TYR': [0.596, 0.984, 0.596, 1.23060, 3.35434],
  39                                 'ALA': [0.000, 1.000, 0.000, 1.23266, 1.72686],
  40                                 'GLY': [1.000, 1.000, 1.000, 1.24626, 1.11383],
  41                                 'THR': [1.000, 0.000, 1.000, 1.28674, 2.59210],
  42                                 'SER': [1.000, 0.000, 1.000, 1.22820, 1.68800],
  43                                 'GLN': [1.000, 0.000, 1.000, 1.24239, 2.22201],
  44                                 'ASN': [1.000, 0.000, 1.000, 1.24447, 2.24946],
  45                                 'GLU': [1.000, 0.000, 0.000, 1.25448, 2.05551],
  46                                 'ASP': [1.000, 0.000, 0.000, 1.25417, 1.77556],
  47                                 'HIS': [1.000, 0.000, 1.000, 1.21103, 3.02627],
  48                                 'ARG': [0.000, 0.000, 1.000, 1.13573, 3.25143],
  49                                 'LYS': [0.000, 0.000, 1.000, 1.22604, 4.50054],
  50                                 'PRO': [0.000, 1.000, 1.000, 1.35131, 2.20525]
  51                         }
  52
  53
  54         # Get pseudo-peptide group positions
  55         atoms=cmd.get_model(sl+" & n. CA").atom
  56         p=[]
  57         for i in range(0,len(atoms)-1):
  58                 p.append( [atoms[i].coord[0]+(atoms[i+1].coord[0]-atoms[i].coord[0])/2, atoms[i].coord[1]+(atoms[i+1].coord[1]-atoms[i].coord[1])/2, atoms[i].coord[2]+(atoms[i+1].coord[2]-atoms[i].coord[2])/2 ] )
  59         obj=[]
  60         for i in range(0,len(p)):
  61                 obj.extend( [ COLOR, 0.643, 0.933, 0.960 ] )
  62                 obj.extend( [ SPHERE, p[i][0], p[i][1], p[i][2], p_radius ] )
  63
  64         # Get Sidechain elipsoids positions
  65         atoms=cmd.get_model(sl+" & n. CB").atom
  66         e=[]
  67         for i in range(0,len(atoms)):
  68                 ca=cmd.get_model(sl+" & n. CA & resn "+atoms[i].resn+" & resi "+atoms[i].resi).atom
  69                 e.append( [ atoms[i].resn, atoms[i].coord[0], atoms[i].coord[1], atoms[i].coord[2], atoms[i].coord[0]-ca[0].coord[0], atoms[i].coord[1]-ca[0].coord[1], atoms[i].coord[2]-ca[0].coord[2] ] )
  70
  71         obj.extend([NORMAL,  0.0,  1.0,  0.0])
  72         # This is from pymol devel example cgo07.py form http://pymol.sourcearchive.com/documentation/1.2r1/cgo07_8py-source.html
  73     #
  74         # [ ELLIPSOID, x_pos, y_pos, z_pos, size, x0, y0, z0, x1, y1, z2, x2, y2, z2 ]
  75         # where the xyz vectors are orthogonal and of length 1.0 or less.
  76         for i in range(0,len(e)):
  77                 # vactor CB->CA
  78                 tmp0=[e[i][4], e[i][5], e[i][6]]
  79                 l=cpv.length(tmp0)
  80                 # random vector
  81                 tmp1 = cpv.random_vector()
  82                 # orthogonal vector to tmp0 and tmp1
  83                 tmp2 = cpv.cross_product(tmp1, tmp0)
  84                 tmp3 = cpv.cross_product(tmp0, tmp2)
  85                 tmp2 = cpv.normalize(tmp2)
  86                 tmp3 = cpv.normalize(tmp3)
  87                 tmp2 = cpv.scale(tmp2,resdb[e[i][0]][3])
  88                 tmp3 = cpv.scale(tmp3,resdb[e[i][0]][3])
  89                 factor = 1.0 / max( cpv.length(tmp0), cpv.length(tmp2), cpv.length(tmp3))
  90                 tmp0 = cpv.scale(tmp0, factor)
  91                 tmp2 = cpv.scale(tmp2, factor)
  92                 tmp3 = cpv.scale(tmp3, factor)
  93
  94                 #print factor, cpv.length(tmp0), cpv.length(tmp2), cpv.length(tmp3)
  95                 obj.extend( [ COLOR, resdb[e[i][0]][0], resdb[e[i][0]][1], resdb[e[i][0]][2] ] )
  96                 #obj.extend( [ NORMAL, 1, 0, 0 ] )
  97                 obj.extend( [ ELLIPSOID, e[i][1], e[i][2], e[i][3], 1.0/factor, ] + tmp0 + tmp2 + tmp3 )
  98
  99         cmd.set('cgo_ellipsoid_quality', 2)
 100         cmd.load_cgo(obj,'UNRES_'+sl)
 101
 102
 103 # Hook up to PyMols show command
 104
 105 def myshow(representation="",selection="",_self=cmd):
 106         '''
 107 DESCRIPTION
 108
 109     "show" turns on representations for objects and selections.
 110
 111 USAGE
 112
 113     show [ representation [, selection ]]
 114
 115 ARGUMENTS
 116
 117     representation = lines, spheres, mesh, ribbon, cartoon, sticks,
 118     dots, surface, labels, extent, nonbonded, nb_spheres, slice,
 119     extent, slice, dashes, angles, dihedrals, cgo, cell, callback,
 120     unres or everything
 121
 122     selection = string: a selection-expression or name-pattern
 123
 124 NOTES
 125
 126     With no arguments, "show" alone turns on lines for all bonds and
 127     nonbonded for all atoms in all molecular objects.
 128
 129 EXAMPLES
 130
 131     show
 132     show ribbon
 133     show lines, (name ca or name c or name n)
 134
 135 SEE ALSO
 136
 137     hide, enable, disable
 138
 139 '''
 140
 141         if representation=='unres':
 142                 if selection=="":
 143                         show_UNRES('all')
 144                 else:
 145                         show_UNRES(selection)
 146         else:
 147                 cmd.show(representation, selection,_self)
 148
 149
 150 cmd.extend('show',myshow)