source/cluster/wham/src-M/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for oligomeric proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran C)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0
  11         arcos.f
  12         cartprint.f
  13         chainbuild.f
  14         contact.f
  15         convert.f
  16         energy_p_new.F
  17         fitsq.f
  18         geomout.F
  19         gnmr1.f
  20         hc.f
  21         icant.f
  22         initialize_p.F
  23         intcor.f
  24         int_from_cart1.f
  25         main_clust.F
  26         matmult.f
  27         misc.f
  28         noyes.f
  29         parmread.F
  30         permut.f
  31         pinorm.f
  32         printmat.f
  33         probabl.F
  34         read_coords.F
  35         readpdb.f
  36         readrtns.F
  37         rescode.f
  38         setup_var.f
  39         srtclust.f
  40         timing.F
  41         track.F
  42         wrtclust.f
  43         work_partition.F
  44 )
  45
  46 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_PP_SRC
  47         energy_p_new.F
  48         initialize_p.F
  49         geomout.F
  50         main_clust.F
  51         parmread.F
  52         probabl.F
  53         read_coords.F
  54         readrtns.F
  55         timing.F
  56         track.F
  57         work_partition.F
  58 )
  59
  60
  61 #================================================
  62 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  63 #================================================
  64 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  65   set(FFLAGS0 "-ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres"  )
  66 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  67   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  68 else ()
  69   set(FFLAGS0 "-I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  70 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  71
  72 #=========================================
  73 # Add MPI compiler flags
  74 #=========================================
  75 if(UNRES_WITH_MPI)
  76   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
  77 endif(UNRES_WITH_MPI)
  78
  79 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  80
  81 #=========================================
  82 #  Settings for GAB force field
  83 #=========================================
  84 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  85    # set preprocesor flags
  86    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND  -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
  87
  88 #=========================================
  89 #  Settings for E0LL2Y force field
  90 #=========================================
  91 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  92    # set preprocesor flags
  93    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
  94 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
  95   set(CPPFLAGS "SPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
  96 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
  97
  98 #=========================================
  99 # Additional flags
 100 #=========================================
 101 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN")
 102
 103 #=========================================
 104 # Compiler specific flags
 105 #=========================================
 106 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 107   # Add ifort preprocessor flags
 108   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 109 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 110   # Add new gfortran flags
 111   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 112 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 113   # Add old gfortran flags
 114   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 115 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 116   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 117   FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/source/lib/isnan_pgi.f DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 118   list(APPEND UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/isnan_pgi.f)
 119 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 120
 121
 122 #=========================================
 123 # System specific flags
 124 #=========================================
 125 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 126   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 127 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 128
 129 #=========================================
 130 # Add MPI preprocessor flags
 131 #=========================================
 132 if (UNRES_WITH_MPI)
 133   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 134 endif(UNRES_WITH_MPI)
 135
 136
 137 #=========================================
 138 # Apply preprocesor flags to *.F files
 139 #=========================================
 140 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 141
 142 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 143
 144 #========================================
 145 #  Setting binary name
 146 #========================================
 147 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN "cluster_wham-mult_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
 148
 149 #=========================================
 150 # Set full unres CLUSTER sources
 151 #=========================================
 152 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0} proc_proc.c)
 153
 154 #=========================================
 155 # Build the binary
 156 #=========================================
 157 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRCS} )
 158 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN})
 159 set_property(TARGET UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 160
 161 #=========================================
 162 # Link libraries
 163 #=========================================
 164 # link MPI libraries
 165 if(UNRES_WITH_MPI)
 166   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 167 endif(UNRES_WITH_MPI)
 168 # link libxdrf.a
 169 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN xdrf )
 170
 171
 172 #=========================================
 173 # Install Path
 174 #=========================================
 175 install(TARGETS UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/cluster)
 176
 177
 178 #=========================================
 179 # TESTS
 180 #=========================================
 181
 182 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 183   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 184      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 185      set (boot_lam "-boot")
 186   else()
 187      set (boot_lam "")
 188   endif()
 189
 190   if (UNRES_SRUN)
 191    set (np "-n")
 192    set (mpiexec "srun")
 193   elseif(UNRES_MPIRUN)
 194    set (np "-np")
 195    set (mpiexec "mpirun")
 196   else()
 197    set (np "-np")
 198    set (mpiexec "mpiexec")
 199   endif()
 200
 201
 202 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh
 203 "#!/bin/sh
 204 export POT=GB
 205 export INPUT=$1
 206 export INTIN=1L2Y_wham
 207 export OUTPUT=1L2Y_clust
 208 export PDB=CART
 209 export COORD=CX
 210 export PRINTCOOR=PRINT_PDB
 211 #-----------------------------------------------------------------------------
 212 CLUSTER_WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN}
 213 #-----------------------------------------------------------------------------
 214 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 215 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 216 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 217 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 218 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 219 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 220 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 221 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 222 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 223 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 224 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 225 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 226 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 227 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 228 export CONTFUNC=GB
 229 export SIDEP=$DD/contact.3.parm
 230 export SCRATCHDIR=.
 231 #-----------------------------------------------------------------------------
 232 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 233 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $CLUSTER_WHAM_BIN
 234 ./cluster_wham_check.sh $1
 235 ")
 236
 237 #
 238 # File permissions workaround
 239 #
 240 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh
 241         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 242         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 243 )
 244
 245 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/cluster_wham_check.sh
 246         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 247         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 248 )
 249
 250 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_clust.inp
 251         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 252
 253 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_wham.cx
 254         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 255
 256 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 257         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 258
 259
 260 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 261     add_test(NAME CLUSTER_WHAM_M_remd COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh 1L2Y_clust 2 )
 262 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")