ctest/prota_unres_energy_check.sh

   1 #!/bin/bash
   2 #
   3 # Writen by Dawid Jagieła and Adam Sieradzan
   4 # and Cezary Czaplewski
   5 #
   6 #
   7 #----------------------------------------
   8 # variables
   9
  10 if [[ "$2" =~ "MPI" ]]; then
  11  file=$1.out_GB000
  12  file_stat=$1_GB000.stat
  13 else
  14  file=$1.out_GB                                 # Output file to search energy value from
  15  file_stat=$1_GB.stat
  16 fi
  17
  18 if [ "$1" == "prota_ENE" ]; then
  19  extremediff="10000.0"                  # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  20  expectenergy="145.1742"        # - expected total energy
  21  cutoffdiff="0.01"                      # energy cutoff variation - more then this rises warning
  22 elif [ "$1" == "prota_MIN_CART" ]; then
  23  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  24  expectenergy="154.9622"                # - expected total energy
  25  cutoffdiff="0.1"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  26
  27  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
  28  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  29  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  30    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  31    exit 1
  32  fi
  33 elif [ "$1" == "1l2y_MIN_INT" ]; then
  34  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  35  expectenergy="-47.88137"                       # expected total energy
  36  cutoffdiff="0.1"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  37
  38  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
  39  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  40  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  41    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  42    exit 1
  43  fi
  44 elif [ "$1" == "1l2y_MIN_REGULAR_INT" ]; then
  45  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  46  expectenergy="5.258893"                        # expected total energy
  47 #
  48 # something wrong with REGULAR and sometimes gives code 8 and different energy
  49 # for now 8 is only warning and cutoffdiff is large
  50 #
  51  cutoffdiff="6.0"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  52
  53  sumsl_return=`grep "SUMSL return code:" $file|awk '{print $4}'`
  54  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  55  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  56    echo 'WARNING = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  57  fi
  58
  59 elif [ "$1" == "1l2y_micro" ]; then
  60  refe="74.2623"
  61  stat=`awk '{if ( $1 != "#" ) {n++;a=a+$5;a2=a2+$5^2}}END{print a/n,sqrt((a2-a^2/n)/n)}' $file_stat`
  62  array=(${stat// / })
  63  echo 'average total energy ' ${array[0]}
  64  echo 'standard deviation ' ${array[1]}
  65  if [ `echo "a=${array[0]}-${refe};if(0>a)a*=-1;a>5.0"|bc -l` != "0" ]; then
  66   echo 'difference ' `echo "a=${array[0]}-${refe};if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` "from reference ave etot ${refe} greater than 5.0"
  67   exit 1
  68  elif [ `echo "a=${array[1]};a>0.05"|bc -l` != "0" ]; then
  69   echo 'standard deviation greater than 0.1'
  70   exit 1
  71  else
  72   exit 0
  73  fi
  74 elif [ "$1" == "1L2Y_L" ] || [ "$1" == "1L2Y_NH" ]; then
  75  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat`
  76  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
  77  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
  78
  79  if [ `echo "a=${chi2};a>0.001"|bc -l` != "0" ]; then
  80     echo 'chi2 greater than 0.001'
  81     exit 1
  82  else
  83     exit 0
  84  fi
  85 elif [ "$1" == "1L2Y_B" ]; then
  86  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat`
  87  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
  88  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
  89
  90  if [ `echo "a=${chi2};a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
  91     echo 'chi2 greater than 0.01'
  92     exit 1
  93  else
  94     exit 0
  95  fi
  96
  97
  98 elif [ "$1" == "1L2Y_remd" ]; then
  99  rm -rf remd_all.stat
 100  tail -q -n +1000 1L2Y_remd*.stat >remd_all.stat
 101  ./matplotlib_hist.py
 102
 103  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Histograms $1\" type=\"image/png\">`pwd`/1L2Y_remd_ene_hist.png</DartMeasurementFile>"
 104  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Energy $1\" type=\"image/png\">`pwd`/1L2Y_remd_Tene.png</DartMeasurementFile>"
 105  grep ACC 1L2Y_remd.out_GB000 |tail -7
 106  exchange=`grep ACC 1L2Y_remd.out_GB000 |tail -7|awk '{a=a+$4}END{print a/NR}'`
 107  echo "average exchange = ${exchange}"
 108  if [ `echo "a=${exchange};a<0.2"|bc -l` != "0" ]; then
 109     echo 'ERROR average exchange smaller than 0.2'
 110     exit 1
 111  else
 112     exit 0
 113  fi
 114
 115 else
 116  exit 1
 117 fi
 118
 119
 120
 121 function floating(){
 122     echo $1 | sed -e 's/[eE]+/*10^/'
 123 }
 124
 125 #---------------------------------------------------------------------------
 126 # MAIN CODE
 127 #---------------------------------------------------------------------------
 128
 129 # Check if file exist
 130 if [ ! -f $file ]; then
 131     echo "CRITICAL: out file do not exist"
 132     exit 2
 133 fi
 134
 135 # Check if energy value is not a number
 136 grepene=`grep ETOT $file|tail -1| awk '{print $2}'`
 137 if [[ $grepene == "NaN" ]]; then
 138     echo "CRITICAL: energy is NaN"
 139     exit 2
 140 fi
 141
 142 # Check if energy value is extremely different from expected
 143 blaene=`floating $grepene`
 144 myene=`echo $blaene |bc`
 145 diff=`echo $myene"+("$expectenergy")"|bc`
 146 absdiff=`echo $diff| sed 's/-//'`
 147
 148 true1=`echo "$absdiff >= $extremediff"|bc`
 149 if [ $true1 -eq 1 ]; then
 150     echo "CRITICAL: energy is loo large $absdiff, ene= $myene"
 151     exit 2
 152 fi
 153
 154 # Check if Energy value is as expected
 155 true2=`echo "$absdiff<=$cutoffdiff"|bc`
 156 if [ $true2 -eq 1 ]; then
 157     echo "OK: absdiff= $absdiff, ene= $myene"
 158     exit 0
 159 else
 160     echo "WARNING: energy is somewhat different $absdiff, ene= $myene"
 161     exit 1
 162 fi
 163