else:
data['application'] = [u'unres-e0ll2y']
- '''if data['master_file']:
- self.add_error('master_file', u"Należy podać plik główny. :"+data['master_file'])
- '''
+ if data['pdb_file']== None:
+ self.add_error('pdb_file', u"Należy podać plik PDB.")
+
+ if data['sequence']== '':
+ self.add_error('sequence', u"Należy podać sekwencję aminokwasów.")
+
if data['procs'] and data['nodes']:
self.add_error(None, u"Zdefiniuj tylko jedno z pól: liczbę procesów lub topologię węzłów")
def clean_pdb_file(self):
return self._gsiftp_suffix(self.cleaned_data['pdb_file'])
+
+ def clean_sequence(self):
+ return self.cleaned_data['sequence'].strip(' \t\n\r')
@staticmethod
def _gsiftp_suffix(url):
opis=params['note'][:80]
md_input.append(encoding.smart_str(opis, encoding='ascii', errors='ignore'))
# Dane kontrolne obliczeń
- md_input.append('SEED=-3059743 PDBREF MD EXTCONF RESCALE_MODE=2')
+ md_input.append('SEED=-3059743 PDBREFONE_LETTER MD EXTCONF RESCALE_MODE=2')
ctl_data='nstep='+str(params['nstep'])+' ntwe='+str(params['ntwe'])
ctl_data+=' ntwx='+str(params['ntwx'])+' dt='+str(params['dt'])+' damax='+str(params['damax'])+'lang=0 tbf'
md_input.append('{:<79}&'.format(ctl_data))
md_input=generate_md_inputfile(params)
url=os.path.splitext(params['pdb_file'])[0]+'_MD_genarated.inp'
params['master_file']=url
+ params['stage_in'].append(params['pdb_file'])
# Upload
ftp = FTPOperation(request.session['proxy'])
ftp.put(url)