# Dane kontrolne obliczen
md_input.append('SEED=-3059743 PDBREF ONE_LETTER MD EXTCONF RESCALE_MODE=2')
ctl_data='nstep='+str(params['nstep'])+' ntwe='+str(params['ntwe'])
- ctl_data+=' ntwx='+str(params['ntwx'])+' dt='+str(params['dt'])+' damax='+str(params['damax'])+'lang=0 tbf'
+ ctl_data+=' ntwx='+str(params['ntwx'])+' dt='+str(params['dt'])+' damax='+str(params['damax'])+'lang=1 scal_fric=0.01'
md_input.append('{:<79}&'.format(ctl_data))
- md_input.append('tau_bath=1.0 t_bath=300 reset_vel=10000 respa ntime_split=1 maxtime_split=512')
+ md_input.append('tau_bath=1.0 t_bath=300 reset_vel=0 respa ntime_split=1 maxtime_split=512 mdpdb')
# Paramatry pól siłowych
if params['force_field'] == 'GAB':
# Wagi pola GAB