unres paper list update
authorCezary Czaplewski <czarek@chem.univ.gda.pl>
Wed, 16 Oct 2019 14:13:45 +0000 (16:13 +0200)
committerCezary Czaplewski <czarek@chem.univ.gda.pl>
Fri, 18 Oct 2019 11:38:40 +0000 (13:38 +0200)
Conflicts:

django_simple/todo/templates/about.html

django_simple/todo/templates/about.html

index 72262df..a1916c0 100644 (file)
@@ -38,6 +38,13 @@ folds of fragments with 50-200 residues in length.
 <p>
 Selected references:
 <ol>
+<li>
+C. Czaplewski, A. Karczyńska, A.K. Sieradzan, A. Liwo,
+UNRES server for physics-based coarse-grained simulations and prediction of
+protein structure, dynamics and thermodynamics.
+<i> Nucleic Acids Res.</i> 2018, 46. W304-W309.
+<a href="https://doi.org/10.1093/nar/gky328">gky328</a>
+</li>
 
 <li>
 A. Liwo, C. Czaplewski, S. Oldziej, A.V. Rojas, R. Kazmierkiewicz, M.
@@ -59,7 +66,7 @@ A. Liwo, S. Ołdziej, C. Czaplewski, D. Kleinerman, P. Blood and H.A.
 Scheraga. Implementation of molecular dynamics and its extensions with the
 coarse-grained UNRES force field on massively parallel systems; towards
 millisecond-scale simulations of protein structure, dynamics, and
-thermodynamics. <i>J. Chem. Theory Comput.<i> 2010, 6, 890-909.
+thermodynamics. <i>J. Chem. Theory Comput.</i> 2010, 6, 890-909.
 </li>
 
 <li>
@@ -92,7 +99,26 @@ A. Karczyńska, M.A. Mozolewska, P. Krupa, A. Giełdoń, A. Liwo, C.
 Czaplewski.Prediction of protein structure with the coarse-grained UNRES
 force field assisted by small X-ray scattering data and knowledge-based
 information.
-<i>Proteins: Struct. Funct. Bioinf.</i> 2017, CASP12 special issue DOI: 10.1002/prot.25421
+<i>Proteins: Struct. Funct. Bioinf.</i> 2018, 86, 228-239.
+</li>
+
+<li>
+A. Liwo, A.K. Sieradzan, A.G. Lipska, C. Czaplewski, I.
+Joung, W. Żmudzińska, A. Hałabis, S. Ołdziej.
+A general method for the derivation of the functional forms of the effective
+energy terms in coarse-grained energy functions of polymers. III.
+Determination of scale-consistent backbone-local and correlation potentials
+in the UNRES force field and force-field calibration and validation.
+<i>J. Chem. Phys.</i> 2019, 150, 155104.
+</li>
+
+<li>
+E.A. Lubecka, A.S. Karczyńska, A.G. Lipska, A.K.Sieradzan, K. Zięba, C. Sikorska, 
+U. Uciechowska, S.A. Samsonov, P. Krupa, M.A. Mozolewska, Ł. Golon, A. Giełdoń,
+C. Czaplewski, R. Ślusarz, M. Ślusarz, S.N. Crivelli, A. Liwo
+Evaluation of the scale-consistent UNRES force field in template-free
+prediction of protein structures in the CASP13 experiment.
+<i>J. Mol. Graph. Model.</i> 2019, 92, 154-166.
 </li>
 
 </ol>