Dzialajace gradient dla src_MD-M dla pola Yi

Merge branch 'adasko' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into adasko

Zmiana w parametrach scinter_GB

zmiany w cmake i poprawka w pramreadzie

Merge branch 'adasko' of mmka:unres into adasko

zmiana w parmread

Merge branch 'adasko' of mmka:unres into adasko

usuniecie konfiliktu
Conflicts:
source/unres/src_MD-M/CMakeLists.txt

drobna zmiana cmake

zminy w cmake

zmiany najnowsze

Zmiana gitignore i parametrow rotamerycznych

Nowe potencjaly walencyjne dla pola Yi uwzgledniajace D aa

pseudosymetria D-aminokwasow dla potencjalow SCCOR

dodanie czytania wagi wsccor do clustrowania-M

Wstawnieni SCCOR dla clustrowania. Nie wiadomo czy jest czytana waga

Wprowadzenie SCCOR dla wham-M

liczenie tauangle

Rozgrzebany SCCOR dla wham-M

Zmiana plikow torsion_...

new file for new residues and corrected ACE reading

Wprowadzenie DBZ,SME,ABU i AIB

Poprawiony SCR_MD-M i dzialajacy

Wprowadznie potencjalow SC-COR do multichain oraz ich pseudosymetrii dla
D aminokwasow

zmiany 20 na typ w src_md-M

ZMiana w parmreadzie

poprawka w src-MD

UNRES caly zmienione 21 na ntyp1

Zmina 21 na ntyp1 w wham src i src-M

Zmiana 21 na ntyp1 w unres SRC_MD oraz SRC_MD-M

Dzialajacy cluster dla D aminokwasow

Zmiany do clustrowania dla D aminokwasow single chain.

Dzialajaczy dla D aminokwasow whama(mono) psuedosymetria dla GABowego

poprawa w Pamread.F dla monochain wham

Wham po zmianach i dzialajac dla D aminokwasow i BEZ roznic energi ESTR.

Running D-aminoacid after passed tests. Still problem with
gamsc(21)=1.00d0

D i L aminokwasy dzialajace dla src_MD

D i L aminokwasy tuz przed testami

Wyrowanie w COmmonie...

zmiana do DiL

DIL zmiana w param read

dodanie do gitignor kolejnych moich poligonowy plikow

Rozgrzebany DIL

fixed broken (by adasko) alignment in COMMON.SCCOR

Merge branch 'adasko' into devel

Conflicts:
.gitignore
bin/unres/MD/unres_ifort_MPICH_GAB.exe
source/cluster/wham/src/DIMENSIONS.COMPAR
source/cluster/wham/src/Makefile
source/wham/src/Makefile
source/wham/src/cinfo.f
source/wham/src/tmptmp

Merge branch 'devel' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into devel

git ignore

glupia zmiana

Wprowadzenie SCCOR do WHAMa i CLUSTROWNIA

LAM/MPI boot ctest modification

added -cpp flag to force preprocesing for all files in gfortran

Moved ifdef MOMENT part from COMMON.CONTACTS to COMMON.CONTACTS.MOMENT and aplied preprocesor directives

enable compiler preprocesor flags for non-standard files (COMMON.*) in gfortran for cmake

added source/cluster/wham/src/gnmr1.f to cmake build

added gnmr1.f to sources in cmake builds

fixed merge conflict in readrtns_csa.F

fixed source/xdrfpdb/src-M/xdrf2pdb-m.F

fixed merge renamed source file: newconf.f is now newconf.F

resolving merge conflicts

Merge branch 'devel' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into devel
merge adam->devel (2nd attempt)
Conflicts:
.gitignore
bin/unres/MD/unres_ifort_MPICH_GAB.exe
examples/unres/MD/ff_gab/1L2Y_minim.inp
source/cluster/wham/src/DIMENSIONS.COMPAR
source/cluster/wham/src/include_unres/COMMON.INTERACT
source/cluster/wham/src/include_unres/COMMON.SBRIDGE
source/cluster/wham/src/include_unres/COMMON.TORSION
source/unres/src_MD/cinfo.f
source/unres/src_MIN/Makefile
source/xdrfpdb/src-M/xdrf
source/xdrfpdb/src/xdrf
source/xdrfpdb/src/xdrf2ang.f
source/xdrfpdb/src/xdrf2pdb-m.F

Merge branch 'adam' into devel
Merging adam with devel
Conflicts:
source/unres/src_CSA/readrtns_csa.F

fixed indent for gfortran build in source/unres/src_MD/parmread.F

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

removed MPI form CMakeLists.txt in xdrfpdb
more verbose output in xdrf2pdb-m.F

unified .gitignore

small fix in .gitingnore

Merge branch 'adasko' into devel

Conflicts:
.gitignore

poprawka gitignore

zmiana w git ignore

zmiany po usunieciu diagnostyki...

6/15/2012 by Adam
Minor changes; linked parallal Makefile in CSA

dzialajacy grad check....

6/14/12 by Adam: unnecessary files deleted

6/14/12 by Adam - changes committed

6/14/2012 by Adam
1. Fixed a bug in the minimization in angles im all versions; varia
was a simple variable in the calling and a vector in the called subroutine.
2. Removed (wrong) temperature scaling in the CSA snd in the MD version.
3. Added selection of printout information in SUMSL.

Dzialajacy INTERTYP=1 i INTERTYP=2

6/11/2012 by Adam
Yet another revision of xdrf2pdb-m. Error detected in description; directory src-M all pertains to
multi-chain systems (but the programs can also be used for single-chain systems). xdrf2pdb-m for
single-chain systems is in src

6/11/2012 by Adam
xdrf-m corrected (list of arguments); changes in manual required!

fixed iblnk in xdrf2ang

added ctests for xdrf2ang

fix of malloc in xdrf2pdb-m

fix of xdrf2ang

DFA is switched off by default

6/11/2012 Changes of the CSA version

6/11/2012 Update of the CSA version

added ctest/1LE1_mremd_MD000.cx for xdrf2pdb-m testing

xdrf2pdb programs doesn't require MPI so MPI-flags ware removed

added ctests for xdrf2pdb (one & three letter sequence )

UNRES single MD for MPI ctest file permissions fix

UDALO SIE TERAZ DEBUG

added MPI ctest for unres single MD

kolejna

zmienionwe zostaly i zostal chyba tylko int to cart deriv

sadas

5/29/2012 by Adam

1. Fixed NaNs in wham (more stable computation of window free energies).
2. Minor fixes in cluster
3. Added exmaple with minimization in MD examples

compile_definitions workaround (cmake does not pass it to last file on list) for  unres/src_MD-M/CMakeLists.txt

included  <stdio.h> in proc_proc.c

sscanf EOF fix in source/wham/src-M/proc_proc.c

closing ascii art frames in  energy_p_new.F

flags typo fix

added header for proc_proc.c