Wstawnieni SCCOR dla clustrowania. Nie wiadomo czy jest czytana waga

Wprowadzenie SCCOR dla wham-M

liczenie tauangle

Rozgrzebany SCCOR dla wham-M

Zmiana plikow torsion_...

new file for new residues and corrected ACE reading

Wprowadzenie DBZ,SME,ABU i AIB

Poprawiony SCR_MD-M i dzialajacy

Wprowadznie potencjalow SC-COR do multichain oraz ich pseudosymetrii dla
D aminokwasow

zmiany 20 na typ w src_md-M

ZMiana w parmreadzie

poprawka w src-MD

UNRES caly zmienione 21 na ntyp1

Zmina 21 na ntyp1 w wham src i src-M

Zmiana 21 na ntyp1 w unres SRC_MD oraz SRC_MD-M

Dzialajacy cluster dla D aminokwasow

Zmiany do clustrowania dla D aminokwasow single chain.

Dzialajaczy dla D aminokwasow whama(mono) psuedosymetria dla GABowego

poprawa w Pamread.F dla monochain wham

Wham po zmianach i dzialajac dla D aminokwasow i BEZ roznic energi ESTR.

Running D-aminoacid after passed tests. Still problem with
gamsc(21)=1.00d0

D i L aminokwasy dzialajace dla src_MD

D i L aminokwasy tuz przed testami

Wyrowanie w COmmonie...

zmiana do DiL

DIL zmiana w param read

dodanie do gitignor kolejnych moich poligonowy plikow

Rozgrzebany DIL

fixed broken (by adasko) alignment in COMMON.SCCOR

Merge branch 'adasko' into devel

Conflicts:
.gitignore
bin/unres/MD/unres_ifort_MPICH_GAB.exe
source/cluster/wham/src/DIMENSIONS.COMPAR
source/cluster/wham/src/Makefile
source/wham/src/Makefile
source/wham/src/cinfo.f
source/wham/src/tmptmp

Merge branch 'devel' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into devel

git ignore

glupia zmiana

Wprowadzenie SCCOR do WHAMa i CLUSTROWNIA

LAM/MPI boot ctest modification

added -cpp flag to force preprocesing for all files in gfortran

Moved ifdef MOMENT part from COMMON.CONTACTS to COMMON.CONTACTS.MOMENT and aplied preprocesor directives

enable compiler preprocesor flags for non-standard files (COMMON.*) in gfortran for cmake

added source/cluster/wham/src/gnmr1.f to cmake build

added gnmr1.f to sources in cmake builds

fixed merge conflict in readrtns_csa.F

fixed source/xdrfpdb/src-M/xdrf2pdb-m.F

fixed merge renamed source file: newconf.f is now newconf.F

resolving merge conflicts

Merge branch 'devel' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into devel
merge adam->devel (2nd attempt)
Conflicts:
.gitignore
bin/unres/MD/unres_ifort_MPICH_GAB.exe
examples/unres/MD/ff_gab/1L2Y_minim.inp
source/cluster/wham/src/DIMENSIONS.COMPAR
source/cluster/wham/src/include_unres/COMMON.INTERACT
source/cluster/wham/src/include_unres/COMMON.SBRIDGE
source/cluster/wham/src/include_unres/COMMON.TORSION
source/unres/src_MD/cinfo.f
source/unres/src_MIN/Makefile
source/xdrfpdb/src-M/xdrf
source/xdrfpdb/src/xdrf
source/xdrfpdb/src/xdrf2ang.f
source/xdrfpdb/src/xdrf2pdb-m.F

Merge branch 'adam' into devel
Merging adam with devel
Conflicts:
source/unres/src_CSA/readrtns_csa.F

fixed indent for gfortran build in source/unres/src_MD/parmread.F

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

removed MPI form CMakeLists.txt in xdrfpdb
more verbose output in xdrf2pdb-m.F

unified .gitignore

small fix in .gitingnore

Merge branch 'adasko' into devel

Conflicts:
.gitignore

poprawka gitignore

zmiana w git ignore

zmiany po usunieciu diagnostyki...

6/15/2012 by Adam
Minor changes; linked parallal Makefile in CSA

dzialajacy grad check....

6/14/12 by Adam: unnecessary files deleted

6/14/12 by Adam - changes committed

6/14/2012 by Adam
1. Fixed a bug in the minimization in angles im all versions; varia
was a simple variable in the calling and a vector in the called subroutine.
2. Removed (wrong) temperature scaling in the CSA snd in the MD version.
3. Added selection of printout information in SUMSL.

Dzialajacy INTERTYP=1 i INTERTYP=2

6/11/2012 by Adam
Yet another revision of xdrf2pdb-m. Error detected in description; directory src-M all pertains to
multi-chain systems (but the programs can also be used for single-chain systems). xdrf2pdb-m for
single-chain systems is in src

6/11/2012 by Adam
xdrf-m corrected (list of arguments); changes in manual required!

fixed iblnk in xdrf2ang

added ctests for xdrf2ang

fix of malloc in xdrf2pdb-m

fix of xdrf2ang

DFA is switched off by default

6/11/2012 Changes of the CSA version

6/11/2012 Update of the CSA version

added ctest/1LE1_mremd_MD000.cx for xdrf2pdb-m testing

xdrf2pdb programs doesn't require MPI so MPI-flags ware removed

added ctests for xdrf2pdb (one & three letter sequence )

UNRES single MD for MPI ctest file permissions fix

UDALO SIE TERAZ DEBUG

added MPI ctest for unres single MD

kolejna

zmienionwe zostaly i zostal chyba tylko int to cart deriv

sadas

5/29/2012 by Adam

1. Fixed NaNs in wham (more stable computation of window free energies).
2. Minor fixes in cluster
3. Added exmaple with minimization in MD examples

compile_definitions workaround (cmake does not pass it to last file on list) for  unres/src_MD-M/CMakeLists.txt

included  <stdio.h> in proc_proc.c

sscanf EOF fix in source/wham/src-M/proc_proc.c

closing ascii art frames in  energy_p_new.F

flags typo fix

added header for proc_proc.c

wham compinfo EOF fix

EOF warning fix

compinfo.c rewrite

void cast on fgets & fscanf in compinfo.c

compinfo.c warning supresion

gfortran fix for cluster/wham/src build

gfortran proc_proc.c build flags fix in source/cluster/wham/src-M

integer overflow fixed in xdrf2x.F

more xdrfpdb fixes for gfortran build

gfortran patch for   xdrf2ang.f

added missing source cluster/wham/src-M

cluster/wham  hc.f gfortran fix

include typo fixed + cleanup

5/20/2012 by Adam
1. Added distance restraints to wham and cluster
2. Fixed the bug in angle restraints to wham and added angle restraints to cluster
3. Introduced more stable procedure to calculate the dependence of ensemble averages on temperature in wham (for each temperature the lowest "free energy" is a reference to compute Boltzmann factors)