projects / unres.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
New examples based on current version of UNRES.
[unres.git] / examples / unres / new / REMD / Berendsen / ff_1l2y / 1L2Y_REMD.out_GB000
diff --git a/examples/unres/new/REMD/Berendsen/ff_1l2y/1L2Y_REMD.out_GB000 b/examples/unres/new/REMD/Berendsen/ff_1l2y/1L2Y_REMD.out_GB000
index 2aea84e..163429d 100644 (file)
--- a/examples/unres/new/REMD/Berendsen/ff_1l2y/1L2Y_REMD.out_GB000
+++ b/examples/unres/new/REMD/Berendsen/ff_1l2y/1L2Y_REMD.out_GB000
@@ -5,33 +5,33 @@
  Output file                     : 1L2Y_REMD.out_GB000
  
  Sidechain potential file        : 
  Output file                     : 1L2Y_REMD.out_GB000
  
  Sidechain potential file        : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/scinter_GB.parm
- SCp potential file              : /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/scp.parm
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scinter_GB.parm
+ SCp potential file              : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scp.parm
  Electrostatic potential file    : 
  Electrostatic potential file    : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  Cumulant coefficient file       : 
  Cumulant coefficient file       : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  Torsional parameter file        : 
  Torsional parameter file        : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  Double torsional parameter file : 
  Double torsional parameter file : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
- SCCOR parameter file : /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
+ SCCOR parameter file : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  Bond & inertia constant file    : 
  Bond & inertia constant file    : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/bond_AM1.parm
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/bond_AM1.parm
  Bending parameter file          : 
  Bending parameter file          : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/theta_abinitio.parm
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/theta_abinitio.parm
  Rotamer parameter file          : 
  Rotamer parameter file          : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
  Threading database              : 
  Threading database              : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/patterns.cart
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/patterns.cart
 --------------------------------------------------------------------------------
 ********************************************************************************
 United-residue force field calculation - parallel job.
 ********************************************************************************
  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  ++++ Compile info ++++
 --------------------------------------------------------------------------------
 ********************************************************************************
 United-residue force field calculation - parallel job.
 ********************************************************************************
  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  ++++ Compile info ++++
- Version 2.5 build 298
- compiled Thu Jul  5 05:49:13 2012
+ Version 2.5 build 303
+ compiled Mon Jul 23 17:44:56 2012
  compiled by jal47@matrix.chem.cornell.edu
  OS name:    Linux 
  OS release: 2.6.34.9-69.fc13.x86_64 
  compiled by jal47@matrix.chem.cornell.edu
  OS name:    Linux 
  OS release: 2.6.34.9-69.fc13.x86_64 
@@ -304,7 +304,7 @@ Replica exchange molecular dynamics (REMD) calculation.
 
  Calling chainbuild
  Calling REMD
 
  Calling chainbuild
  Calling REMD
- MREMD          16 time before  1.562500000000000E-002
+ MREMD          16 time before  5.859375000000000E-002
  NREP=          16
  i2rep      1      2      3      4      5      6      7      8      9     10
      11     12     13     14     15     16
  NREP=          16
  i2rep      1      2      3      4      5      6      7      8      9     10
      11     12     13     14     15     16
@@ -459,7 +459,7 @@ Initial:
 
     maximum acceleration    4.85077E+00
 
 
     maximum acceleration    4.85077E+00
 
- Setup time  2.343750000000000E-002
+ Setup time  8.593750000000000E-002
 Velocities reset to random values, time             1999.80
 Velocities reset to random values, time             3999.80
 Velocities reset to random values, time             5999.80
 Velocities reset to random values, time             1999.80
 Velocities reset to random values, time             3999.80
 Velocities reset to random values, time             5999.80
@@ -473,9 +473,9 @@ Velocities reset to random values, time            19999.80
  REMD synchro at      100000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
  REMD synchro at      100000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   40.6171875000000       0.000000000000000E+000
- REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
- REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
+ REMD gather times=   40.1953125000000       0.000000000000000E+000
+ REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
+ REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     1.00000    1
 ACC   2   260.00000     1.00000    1
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     1.00000    1
 ACC   2   260.00000     1.00000    1
@@ -493,7 +493,7 @@ ACC  13   370.00000     1.00000    1
 ACC  14   380.00000     0.00000    1
 ACC  15   390.00000     1.00000    1
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 ACC  14   380.00000     0.00000    1
 ACC  15   390.00000     1.00000    1
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
+ REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 Velocities reset to random values, time            21999.80
 Velocities reset to random values, time            23999.80
 Velocities reset to random values, time            25999.80
 Velocities reset to random values, time            21999.80
 Velocities reset to random values, time            23999.80
 Velocities reset to random values, time            25999.80
@@ -507,8 +507,8 @@ Velocities reset to random values, time            39999.80
  REMD synchro at      200000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
  REMD synchro at      200000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   81.1953125000000       0.000000000000000E+000
- REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
+ REMD gather times=   82.0859375000000       0.000000000000000E+000
+ REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.50000    2
  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.50000    2
@@ -527,7 +527,7 @@ ACC  13   370.00000     1.00000    2
 ACC  14   380.00000     0.50000    2
 ACC  15   390.00000     1.00000    2
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 ACC  14   380.00000     0.50000    2
 ACC  15   390.00000     1.00000    2
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
+ REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 Velocities reset to random values, time            41999.80
 Velocities reset to random values, time            43999.80
 Velocities reset to random values, time            45999.80
 Velocities reset to random values, time            41999.80
 Velocities reset to random values, time            43999.80
 Velocities reset to random values, time            45999.80
@@ -541,9 +541,9 @@ Velocities reset to random values, time            59999.80
  REMD synchro at      300000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
  REMD synchro at      300000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   122.101562500000       0.000000000000000E+000
+ REMD gather times=   122.914062500000       0.000000000000000E+000
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
- REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
+ REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.33333    3
 ACC   2   260.00000     1.00000    3
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.33333    3
 ACC   2   260.00000     1.00000    3
@@ -561,7 +561,7 @@ ACC  13   370.00000     1.00000    3
 ACC  14   380.00000     0.33333    3
 ACC  15   390.00000     1.00000    3
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 ACC  14   380.00000     0.33333    3
 ACC  15   390.00000     1.00000    3
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
+ REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 Velocities reset to random values, time            61999.80
 Velocities reset to random values, time            63999.80
 Velocities reset to random values, time            65999.80
 Velocities reset to random values, time            61999.80
 Velocities reset to random values, time            63999.80
 Velocities reset to random values, time            65999.80
@@ -575,9 +575,9 @@ Velocities reset to random values, time            79999.80
  REMD synchro at      400000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
  REMD synchro at      400000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   163.812500000000       0.000000000000000E+000
+ REMD gather times=   164.542968750000       0.000000000000000E+000
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
- REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
+ REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.25000    4
 ACC   2   260.00000     1.00000    4
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.25000    4
 ACC   2   260.00000     1.00000    4
@@ -595,7 +595,7 @@ ACC  13   370.00000     0.75000    4
 ACC  14   380.00000     0.50000    4
 ACC  15   390.00000     1.00000    4
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 ACC  14   380.00000     0.50000    4
 ACC  15   390.00000     1.00000    4
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
+ REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 Velocities reset to random values, time            81999.80
 Velocities reset to random values, time            83999.80
 Velocities reset to random values, time            85999.80
 Velocities reset to random values, time            81999.80
 Velocities reset to random values, time            83999.80
 Velocities reset to random values, time            85999.80
@@ -609,9 +609,9 @@ Velocities reset to random values, time            99999.80
  REMD synchro at      500000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
  REMD synchro at      500000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   204.636718750000       0.000000000000000E+000
- REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
- REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
+ REMD gather times=   205.507812500000       0.000000000000000E+000
+ REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
+ REMD writing traj time=  1.171875000000000E-002
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.40000    5
 ACC   2   260.00000     1.00000    5
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.40000    5
 ACC   2   260.00000     1.00000    5
@@ -628,8 +628,8 @@ ACC  12   360.00000     1.00000    5
 ACC  13   370.00000     0.80000    5
 ACC  14   380.00000     0.60000    5
 ACC  15   390.00000     1.00000    5
 ACC  13   370.00000     0.80000    5
 ACC  14   380.00000     0.60000    5
 ACC  15   390.00000     1.00000    5
- REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
+ REMD scatter time=  3.906250000000000E-003
+ REMD exchange time=  1.953125000000000E-002
 Velocities reset to random values, time           101999.80
 Velocities reset to random values, time           103999.80
 Velocities reset to random values, time           105999.80
 Velocities reset to random values, time           101999.80
 Velocities reset to random values, time           103999.80
 Velocities reset to random values, time           105999.80
@@ -643,7 +643,7 @@ Velocities reset to random values, time           119999.80
  REMD synchro at      600000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
  REMD synchro at      600000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   245.304687500000       0.000000000000000E+000
+ REMD gather times=   246.343750000000       0.000000000000000E+000
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
  NREP          16
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
  NREP          16
@@ -677,9 +677,9 @@ Velocities reset to random values, time           139999.80
  REMD synchro at      700000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
  REMD synchro at      700000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   286.046875000000       0.000000000000000E+000
+ REMD gather times=   287.054687500000       0.000000000000000E+000
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
- REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
+ REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.57143    7
 ACC   2   260.00000     0.71429    7
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.57143    7
 ACC   2   260.00000     0.71429    7
@@ -697,7 +697,7 @@ ACC  13   370.00000     0.85714    7
 ACC  14   380.00000     0.57143    7
 ACC  15   390.00000     1.00000    7
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 ACC  14   380.00000     0.57143    7
 ACC  15   390.00000     1.00000    7
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
+ REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 Velocities reset to random values, time           141999.80
 Velocities reset to random values, time           143999.80
 Velocities reset to random values, time           145999.80
 Velocities reset to random values, time           141999.80
 Velocities reset to random values, time           143999.80
 Velocities reset to random values, time           145999.80
@@ -711,9 +711,9 @@ Velocities reset to random values, time           159999.80
  REMD synchro at      800000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
  REMD synchro at      800000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   326.968750000000       0.000000000000000E+000
- REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
- REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
+ REMD gather times=   327.578125000000       0.000000000000000E+000
+ REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
+ REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.62500    8
 ACC   2   260.00000     0.62500    8
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.62500    8
 ACC   2   260.00000     0.62500    8
@@ -731,7 +731,7 @@ ACC  13   370.00000     0.87500    8
 ACC  14   380.00000     0.62500    8
 ACC  15   390.00000     1.00000    8
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 ACC  14   380.00000     0.62500    8
 ACC  15   390.00000     1.00000    8
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
+ REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 Velocities reset to random values, time           161999.80
 Velocities reset to random values, time           163999.80
 Velocities reset to random values, time           165999.80
 Velocities reset to random values, time           161999.80
 Velocities reset to random values, time           163999.80
 Velocities reset to random values, time           165999.80
@@ -745,9 +745,9 @@ Velocities reset to random values, time           179999.80
  REMD synchro at      900000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
  REMD synchro at      900000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   368.226562500000       0.000000000000000E+000
+ REMD gather times=   368.445312500000       0.000000000000000E+000
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
- REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
+ REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.66667    9
 ACC   2   260.00000     0.66667    9
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.66667    9
 ACC   2   260.00000     0.66667    9
@@ -765,7 +765,7 @@ ACC  13   370.00000     0.88889    9
 ACC  14   380.00000     0.66667    9
 ACC  15   390.00000     1.00000    9
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 ACC  14   380.00000     0.66667    9
 ACC  15   390.00000     1.00000    9
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
+ REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 Velocities reset to random values, time           181999.80
 Velocities reset to random values, time           183999.80
 Velocities reset to random values, time           185999.80
 Velocities reset to random values, time           181999.80
 Velocities reset to random values, time           183999.80
 Velocities reset to random values, time           185999.80
@@ -784,13 +784,13 @@ Velocities reset to random values, time           199999.80
 
 ===================================  Timing  ===================================
 
 
 ===================================  Timing  ===================================
 
-                  MD calculations setup:    3.90625E-03
-           Energy & gradient evaluation:    3.68766E+02
+                  MD calculations setup:    2.34375E-02
+           Energy & gradient evaluation:    3.69984E+02
                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
-                               MD steps:    4.08898E+02
+                               MD steps:    4.09125E+02
 
 
 ============================  End of MD calculation  ===========================
 CG processor   0 is finishing work.
 
 
 ============================  End of MD calculation  ===========================
 CG processor   0 is finishing work.
- Total wall clock time   408.921875000000       sec
+ Total wall clock time   409.210937500000       sec
UNRESPACK 3.x