source/wham/src-M-SAXS-homology/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for WHAM multichain version
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_WHAM_M_SRC0
  11         wham_multparm.F
  12         bxread.F
  13         xread.F
  14         cxread.F
  15         enecalc1.F
  16         energy_p_new.F
  17         initialize_p.F
  18         molread_zs.F
  19         openunits.F
  20         readrtns.F
  21         read_constr_homology.F
  22         arcos.f
  23         cartder.f
  24         cartprint.f
  25         chainbuild.F
  26         geomout.F
  27         gnmr1.f
  28         icant.f
  29         intcor.f
  30         int_from_cart.f
  31         refsys.f
  32         make_ensemble1.F
  33         matmult.f
  34         misc.f
  35         mygetenv.F
  36         parmread.F
  37         permut.F
  38         seq2chains.f
  39         chain_symmetry.F
  40         iperm.f
  41         pinorm.f
  42         printmat.f
  43         rescode.f
  44         setup_var.f
  45         slices.F
  46         store_parm.F
  47         timing.F
  48         wham_calc1.F
  49         PMFprocess.F
  50         oligomer.F
  51         readrtns_compar.F
  52         readpdb.F
  53         fitsq.f
  54         contact.f
  55         elecont.f
  56         contfunc.f
  57         cont_frag.f
  58         conf_compar.F
  59         match_contact.f
  60         angnorm.f
  61         odlodc.f
  62         promienie.f
  63         qwolynes.f
  64         read_ref_str.F
  65         rmscalc.F
  66         secondary.f
  67         proc_cont.f
  68         define_pairs.f
  69         mysort.f
  70         ssMD.F
  71 )
  72
  73 set(UNRES_WHAM_M_PP_SRC
  74         bxread.F
  75         chainbuild.F
  76         chain_symmetry.F
  77         conf_compar.F
  78         cxread.F
  79         enecalc1.F
  80         energy_p_new.F
  81         geomout.F
  82         initialize_p.F
  83         make_ensemble1.F
  84         molread_zs.F
  85         mygetenv.F
  86         oligomer.F
  87         openunits.F
  88         parmread.F
  89         permut.F
  90         PMFprocess.F
  91         read_constr_homology.F
  92         read_dist_constr.F
  93         readpdb.F
  94         read_ref_str.F
  95         readrtns_compar.F
  96         readrtns.F
  97         rmscalc.F
  98         slices.F
  99         ssMD.F
 100         store_parm.F
 101         timing.F
 102         wham_calc1.F
 103         wham_multparm.F
 104         xread.F
 105 )
 106
 107 if(UNRES_DFA)
 108  set(UNRES_WHAM_M_SRC0 ${UNRES_WHAM_M_SRC0} dfa.F )
 109  set(UNRES_WHAM_M_PP_SRC ${UNRES_WHAM_M_PP_SRC} dfa.F )
 110 endif(UNRES_DFA)
 111
 112
 113 #================================================
 114 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 115 #================================================
 116 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 117   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -shared-intel -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 118 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 119   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -std=legacy -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 120 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 121   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -Mlarge_arrays -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 122 else ()
 123   set(FFLAGS0 "-g -mcmodel=medium -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 124 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 125
 126
 127 #=========================================
 128 # Add MPI compiler flags
 129 #=========================================
 130 if(UNRES_WITH_MPI)
 131   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 132 endif(UNRES_WITH_MPI)
 133
 134 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_M_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 135
 136 #=========================================
 137 #  Settings for GAB force field
 138 #=========================================
 139 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 140   # set preprocesor flags
 141   set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
 142
 143
 144 #=========================================
 145 #  Settings for E0LL2Y force field
 146 #=========================================
 147 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 148   # set preprocesor flags
 149   set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE " )
 150 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
 151   set(CPPFLAGS "SPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 152 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 153
 154 #=========================================
 155 # Additional flags
 156 #=========================================
 157 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN -DWHAM")
 158
 159 if(UNRES_DFA)
 160  set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DDFA")
 161 endif(UNRES_DFA)
 162
 163
 164 #=========================================
 165 # System specific flags
 166 #=========================================
 167 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 168   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 169 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 170
 171 #=========================================
 172 # Compiler specific flags
 173 #=========================================
 174
 175 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 176   # Add ifort preprocessor flags
 177   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 178 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 179   # Add new gfortran flags
 180   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 181 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 182   # Add old gfortran flags
 183   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 184 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 185   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 186   FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/source/lib/isnan_pgi.f DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 187   list(APPEND UNRES_WHAM_M_SRC0 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/isnan_pgi.f)
 188   set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "-Bdynamic")
 189 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 190
 191 #=========================================
 192 # Add MPI preprocessor flags
 193 #=========================================
 194 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMPI")
 195
 196 #=========================================
 197 # Add 64-bit specific preprocessor flags
 198 #=========================================
 199 if (architektura STREQUAL "64")
 200   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 201 endif (architektura STREQUAL "64")
 202
 203 #=========================================
 204 # Apply preprocesor flags to *.F files
 205 #=========================================
 206 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_M_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 207
 208
 209 #========================================
 210 #  Setting binary name
 211 #========================================
 212 if(UNRES_DFA)
 213  set(UNRES_WHAM_M_BIN "wham-mult_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}_DFA.exe")
 214 else(UNRES_DFA)
 215  set(UNRES_WHAM_M_BIN "wham-mult_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
 216 endif(UNRES_DFA)
 217 #=========================================
 218 # cinfo.f workaround for CMake
 219 #=========================================
 220 # get the current date
 221 TODAY(DATE)
 222 # generate cinfo.f
 223
 224 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 225 FILE(WRITE ${CINFO}
 226 "C CMake generated file
 227        subroutine cinfo
 228        include 'COMMON.IOUNITS'
 229        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 230        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 231 ")
 232
 233 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 234 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 235 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 236 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 237 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 238 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 239 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 240
 241 FILE(APPEND ${CINFO}
 242 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 243        return
 244        end ")
 245
 246 # set include paths
 247 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}"  )
 248
 249 #=========================================
 250 # Set full unres CSA sources
 251 #=========================================
 252 set(UNRES_WHAM_M_SRCS ${UNRES_WHAM_M_SRC0} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 253
 254 #=========================================
 255 # Build the binary
 256 #=========================================
 257 add_executable(UNRES_WHAM_M_BIN ${UNRES_WHAM_M_SRCS} )
 258 set_target_properties(UNRES_WHAM_M_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_WHAM_M_BIN})
 259 set_property(TARGET UNRES_WHAM_M_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 260 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 261
 262 #=========================================
 263 # Link libraries
 264 #=========================================
 265 # link MPI library (libmpich.a)
 266 target_link_libraries( UNRES_WHAM_M_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 267 # link libxdrf.a
 268 target_link_libraries( UNRES_WHAM_M_BIN xdrf )
 269
 270
 271 #=========================================
 272 # Install Path
 273 #=========================================
 274 install(TARGETS UNRES_WHAM_M_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/wham)
 275
 276
 277 #=========================================
 278 # TESTS
 279 #=========================================
 280
 281 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 282   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 283      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 284      set (boot_lam "-boot")
 285   else()
 286      set (boot_lam "")
 287   endif()
 288
 289   if (UNRES_SRUN)
 290    set (np "-n")
 291    set (mpiexec "srun")
 292   elseif(UNRES_MPIRUN)
 293    set (np "-np")
 294    set (mpiexec "mpirun")
 295   else()
 296    set (np "-np")
 297    set (mpiexec "mpiexec")
 298   endif()
 299
 300 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 301 "#!/bin/sh
 302 export POT=GB
 303 export PREFIX=$1
 304 #-----------------------------------------------------------------------------
 305 WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_WHAM_M_BIN}
 306 #-----------------------------------------------------------------------------
 307 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 308 export BONDPAR=$DD/bond_AM1_ext_dum.parm
 309 export THETPAR=$DD/theta_abinitio_old_ext.parm
 310 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura_ext.10022007.parm
 311 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp_old_ext.parm
 312 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp_old_ext.parm
 313 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp_ext.parm
 314 export SIDEPAR=$DD/scinter_GB_ext_lip.parm
 315 export FOURIER=$DD/fourier_opt_ext.parm.1igd_hc_iter3_3
 316 export SCPPAR=$DD/scp_ext.parm
 317 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel_ext.dat
 318 export THETPARPDB=$DD/thetaml_ext.5parm
 319 export ROTPARPDB=$DD/scgauss_ext.parm
 320 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 321 export LIPTRANPAR=$DD/Lip_tran_initial_ext.parm
 322 export CONTFUNC=GB
 323 export SIDEP=$DD/contact_ext.3.parm
 324 export SCRATCHDIR=.
 325 #-----------------------------------------------------------------------------
 326 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 327 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $WHAM_BIN
 328 ./wham_check.sh $1
 329 ")
 330
 331 #
 332 # File permissions workaround
 333 #
 334 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 335         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 336         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 337 )
 338
 339 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/wham_check.sh
 340         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 341         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 342 )
 343
 344 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_wham.inp
 345         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 346
 347 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_remd_MD000.cx
 348         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 349
 350 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 351         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 352
 353 if(UNRES_DFA)
 354 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/dfa
 355         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 356
 357 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y_dfa.sh
 358 "#!/bin/sh
 359 export POT=GB
 360 export PREFIX=$1
 361 #-----------------------------------------------------------------------------
 362 WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_WHAM_M_BIN}
 363 #-----------------------------------------------------------------------------
 364 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 365 export BONDPAR=$DD/bond_AM1_ext_dum.parm
 366 export THETPAR=$DD/theta_abinitio_old_ext.parm
 367 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura_ext.10022007.parm
 368 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp_old_ext.parm
 369 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp_old_ext.parm
 370 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp_ext.parm
 371 export SIDEPAR=$DD/scinter_GB_ext_lip.parm
 372 export FOURIER=$DD/fourier_opt_ext.parm.1igd_hc_iter3_3
 373 export SCPPAR=$DD/scp_ext.parm
 374 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel_ext.dat
 375 export THETPARPDB=$DD/thetaml_ext.5parm
 376 export ROTPARPDB=$DD/scgauss_ext.parm
 377 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 378 export LIPTRANPAR=$DD/Lip_tran_initial_ext.parm
 379 export CONTFUNC=GB
 380 export SIDEP=$DD/contact_ext.3.parm
 381 export SCRATCHDIR=.
 382 #-----------------------------------------------------------------------------
 383 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 384 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $WHAM_BIN
 385 ./wham_check.sh $1
 386 ")
 387
 388 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y_dfa.sh
 389         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/dfa
 390         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 391 )
 392
 393
 394 endif()
 395
 396
 397
 398
 399 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 400     add_test(NAME WHAM_M_remd COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/wham_mpi_E0LL2Y.sh 1L2Y_wham 2 )
 401   if(UNRES_DFA)
 402     add_test(NAME WHAM_M_remd_dfa COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/dfa/wham_mpi_E0LL2Y_dfa.sh dfa_wham 2  WORKING_DIRECTORY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/dfa )
 403   endif()
 404 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")