source/wham/src/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for WHAM single chain version
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_WHAM_SRC0
  11         wham_multparm.F
  12         bxread.F
  13         xread.F
  14         cxread.F
  15         enecalc1.F
  16         energy_p_new.F
  17         initialize_p.F
  18         molread_zs.F
  19         openunits.F
  20         readrtns.F
  21         arcos.f
  22         cartder.f
  23         cartprint.f
  24         chainbuild.F
  25         geomout.F
  26         gnmr1.f
  27         icant.f
  28         intcor.f
  29         int_from_cart.f
  30         make_ensemble1.F
  31         matmult.f
  32         misc.f
  33         mygetenv.F
  34         parmread.F
  35         pinorm.f
  36         printmat.f
  37         rescode.f
  38         setup_var.f
  39         slices.F
  40         ssMD.F
  41         store_parm.F
  42         timing.F
  43         wham_calc1.F
  44         readrtns_compar.F
  45         readpdb.F
  46         fitsq.f
  47         contact.f
  48         elecont.f
  49         contfunc.f
  50         cont_frag.f
  51         conf_compar.F
  52         match_contact.f
  53         angnorm.f
  54         odlodc.f
  55         promienie.f
  56         qwolynes.f
  57         read_ref_str.F
  58         rmscalc.f
  59         secondary.f
  60         proc_cont.f
  61         define_pairs.f
  62         mysort.f
  63         dfa.F
  64 )
  65
  66 set(UNRES_WHAM_PP_SRC
  67         bxread.F
  68         chainbuild.F
  69         conf_compar.F
  70         cxread.F
  71         enecalc1.F
  72         energy_p_new.F
  73         geomout.F
  74         initialize_p.F
  75         make_ensemble1.F
  76         molread_zs.F
  77         mygetenv.F
  78         openunits.F
  79         parmread.F
  80         read_ref_str.F
  81         readrtns_compar.F
  82         readrtns.F
  83         slices.F
  84         ssMD.F
  85         store_parm.F
  86         timing.F
  87         wham_calc1.F
  88         wham_multparm.F
  89         xread.F
  90         proc_proc.c
  91 )
  92
  93
  94 #================================================
  95 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  96 #================================================
  97 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  98   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -shared-intel  -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  99 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 100   set(FFLAGS0 "-std=legacy -mcmodel=medium -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 101 else ()
 102   set(FFLAGS0 " -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 103 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 104
 105
 106 #=========================================
 107 # Add MPI compiler flags
 108 #=========================================
 109 if(UNRES_WITH_MPI)
 110   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 111 endif(UNRES_WITH_MPI)
 112
 113 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 114
 115 #=========================================
 116 #  Settings for GAB force field
 117 #=========================================
 118
 119 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 120   # set preprocesor flags
 121   set(CPPFLAGS "PROCOR -DSPLITELE -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
 122
 123 #=========================================
 124 #  Settings for E0LL2Y force field
 125 #=========================================
 126 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 127   # set preprocesor flags
 128   set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
 129 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
 130   set(CPPFLAGS "SPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 131 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 132
 133
 134 #=========================================
 135 # Additional flags
 136 #=========================================
 137 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN -DWHAM ")
 138
 139
 140 #=========================================
 141 # System specific flags
 142 #=========================================
 143 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 144   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 145 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 146
 147 #=========================================
 148 # Compiler specific flags
 149 #=========================================
 150
 151 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 152   # Add ifort preprocessor flags
 153   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 154 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 155   # Add new gfortran flags
 156   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 157 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 158   # Add old gfortran flags
 159   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 160 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 161
 162 #=========================================
 163 # Add MPI preprocessor flags
 164 #=========================================
 165 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMPI")
 166
 167 #=========================================
 168 # Add 64-bit specific preprocessor flags
 169 #=========================================
 170 if (architektura STREQUAL "64")
 171   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 172 endif (architektura STREQUAL "64")
 173
 174 #=========================================
 175 # Apply preprocesor flags to *.F files
 176 #=========================================
 177 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 178
 179
 180 #========================================
 181 #  Setting binary name
 182 #========================================
 183 set(UNRES_WHAM_BIN "wham_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
 184
 185 #=========================================
 186 # cinfo.f workaround for CMake
 187 #=========================================
 188 # get the current date
 189 TODAY(DATE)
 190 # generate cinfo.f
 191
 192 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 193 FILE(WRITE ${CINFO}
 194 "C CMake generated file
 195        subroutine cinfo
 196        include 'COMMON.IOUNITS'
 197        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 198        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 199 ")
 200
 201 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 202 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 203 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 204 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 205 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 206 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 207 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 208
 209 FILE(APPEND ${CINFO}
 210 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 211        return
 212        end ")
 213
 214 # set include path
 215 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}" )
 216
 217 #=========================================
 218 # Set full unres CSA sources
 219 #=========================================
 220 set(UNRES_WHAM_SRCS ${UNRES_WHAM_SRC0} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f proc_proc.c)
 221
 222 #=========================================
 223 # Build the binary
 224 #=========================================
 225 add_executable(UNRES_WHAM_BIN ${UNRES_WHAM_SRCS} )
 226 set_target_properties(UNRES_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_WHAM_BIN})
 227 set_property(TARGET UNRES_WHAM_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 228 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 229
 230 #=========================================
 231 # Link libraries
 232 #=========================================
 233 # link MPI libraries
 234 target_link_libraries( UNRES_WHAM_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 235 # link libxdrf.a
 236 target_link_libraries( UNRES_WHAM_BIN xdrf )
 237
 238 #=========================================
 239 # Install Path
 240 #=========================================
 241 install(TARGETS UNRES_WHAM_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/wham)
 242
 243
 244 #=========================================
 245 # TESTS
 246 #=========================================
 247
 248 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 249   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 250      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 251      set (boot_lam "-boot")
 252   else()
 253      set (boot_lam "")
 254   endif()
 255
 256   if (UNRES_SRUN)
 257    set (np "-n")
 258    set (mpiexec "srun")
 259   elseif(UNRES_MPIRUN)
 260    set (np "-np")
 261    set (mpiexec "mpirun")
 262   else()
 263    set (np "-np")
 264    set (mpiexec "mpiexec")
 265   endif()
 266
 267
 268 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 269 "#!/bin/sh
 270 export POT=GB
 271 export PREFIX=$1
 272 #-----------------------------------------------------------------------------
 273 WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_WHAM_BIN}
 274 #-----------------------------------------------------------------------------
 275 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 276 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 277 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 278 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 279 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 280 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 281 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 282 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 283 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 284 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 285 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 286 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 287 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 288 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 289 export CONTFUNC=GB
 290 export SIDEP=$DD/contact.3.parm
 291 export SCRATCHDIR=.
 292 #-----------------------------------------------------------------------------
 293 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 294 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $WHAM_BIN
 295 ./wham_check.sh $1
 296 ")
 297
 298 #
 299 # File permissions workaround
 300 #
 301 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 302         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 303         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 304 )
 305
 306 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/wham_check.sh
 307         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 308         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 309 )
 310
 311 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_wham.inp
 312         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 313
 314 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_remd_MD000.cx
 315         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 316
 317 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 318         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 319
 320 if(UNRES_DFA)
 321 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/dfa
 322         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 323
 324 FILE(COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 325         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/dfa
 326         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 327 )
 328
 329
 330 endif()
 331
 332
 333
 334 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 335     add_test(NAME WHAM_remd COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/wham_mpi_E0LL2Y.sh 1L2Y_wham 2 )
 336     if(UNRES_DFA)
 337      add_test(NAME WHAM_remd_dfa COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/dfa/wham_mpi_E0LL2Y.sh dfa_wham 2  WORKING_DIRECTORY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/dfa )
 338     endif()
 339
 340
 341 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")