source/wham/src/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for WHAM single chain version
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_WHAM_SRC0
  11         wham_multparm.F
  12         bxread.F
  13         xread.F
  14         cxread.F
  15         enecalc1.F
  16         energy_p_new.F
  17         initialize_p.F
  18         molread_zs.F
  19         openunits.F
  20         readrtns.F
  21         arcos.f
  22         cartder.f
  23         cartprint.f
  24         chainbuild.F
  25         geomout.F
  26         gnmr1.f
  27         icant.f
  28         intcor.f
  29         int_from_cart.f
  30         make_ensemble1.F
  31         matmult.f
  32         misc.f
  33         mygetenv.F
  34         parmread.F
  35         pinorm.f
  36         printmat.f
  37         rescode.f
  38         setup_var.f
  39         slices.F
  40         ssMD.F
  41         store_parm.F
  42         timing.F
  43         wham_calc1.F
  44         readrtns_compar.F
  45         readpdb.F
  46         fitsq.f
  47         contact.f
  48         elecont.f
  49         contfunc.f
  50         cont_frag.f
  51         conf_compar.F
  52         match_contact.f
  53         angnorm.f
  54         odlodc.f
  55         promienie.f
  56         qwolynes.f
  57         read_ref_str.F
  58         rmscalc.f
  59         secondary.f
  60         proc_cont.f
  61         define_pairs.f
  62         mysort.f
  63         dfa.F
  64 )
  65
  66 set(UNRES_WHAM_PP_SRC
  67         bxread.F
  68         chainbuild.F
  69         conf_compar.F
  70         cxread.F
  71         enecalc1.F
  72         energy_p_new.F
  73         geomout.F
  74         initialize_p.F
  75         make_ensemble1.F
  76         molread_zs.F
  77         mygetenv.F
  78         openunits.F
  79         parmread.F
  80         read_ref_str.F
  81         readrtns_compar.F
  82         readrtns.F
  83         slices.F
  84         ssMD.F
  85         store_parm.F
  86         timing.F
  87         wham_calc1.F
  88         wham_multparm.F
  89         xread.F
  90         proc_proc.c
  91 )
  92
  93
  94 #================================================
  95 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  96 #================================================
  97 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  98   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -shared-intel  -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  99 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 100   set(FFLAGS0 "-std=legacy -mcmodel=medium -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 101 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 102   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -Mlarge_arrays -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 103 else ()
 104   set(FFLAGS0 " -mcmodel=medium -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 105 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 106
 107
 108 #=========================================
 109 # Add MPI compiler flags
 110 #=========================================
 111 if(UNRES_WITH_MPI)
 112   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 113 endif(UNRES_WITH_MPI)
 114
 115 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 116
 117 #=========================================
 118 #  Settings for GAB force field
 119 #=========================================
 120
 121 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 122   # set preprocesor flags
 123   set(CPPFLAGS "PROCOR -DSPLITELE -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
 124
 125 #=========================================
 126 #  Settings for E0LL2Y force field
 127 #=========================================
 128 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 129   # set preprocesor flags
 130   set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
 131 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
 132   set(CPPFLAGS "SPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 133 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 134
 135
 136 #=========================================
 137 # Additional flags
 138 #=========================================
 139 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN -DWHAM ")
 140
 141
 142 #=========================================
 143 # System specific flags
 144 #=========================================
 145 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 146   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 147 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 148
 149 #=========================================
 150 # Compiler specific flags
 151 #=========================================
 152
 153 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 154   # Add ifort preprocessor flags
 155   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 156 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 157   # Add new gfortran flags
 158   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 159 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 160   # Add old gfortran flags
 161   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 162 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 163   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 164   FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/source/lib/isnan_pgi.f DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 165   list(APPEND UNRES_WHAM_SRC0 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/isnan_pgi.f)
 166   set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "-Bdynamic")
 167 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 168
 169 #=========================================
 170 # Add MPI preprocessor flags
 171 #=========================================
 172 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMPI")
 173
 174 #=========================================
 175 # Add 64-bit specific preprocessor flags
 176 #=========================================
 177 if (architektura STREQUAL "64")
 178   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 179 endif (architektura STREQUAL "64")
 180
 181 #=========================================
 182 # Apply preprocesor flags to *.F files
 183 #=========================================
 184 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 185
 186
 187 #========================================
 188 #  Setting binary name
 189 #========================================
 190 set(UNRES_WHAM_BIN "wham_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
 191
 192 #=========================================
 193 # cinfo.f workaround for CMake
 194 #=========================================
 195 # get the current date
 196 TODAY(DATE)
 197 # generate cinfo.f
 198
 199 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 200 FILE(WRITE ${CINFO}
 201 "C CMake generated file
 202        subroutine cinfo
 203        include 'COMMON.IOUNITS'
 204        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 205        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 206 ")
 207
 208 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 209 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 210 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 211 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 212 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 213 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 214 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 215
 216 FILE(APPEND ${CINFO}
 217 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 218        return
 219        end ")
 220
 221 # set include path
 222 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}" )
 223
 224 #=========================================
 225 # Set full unres CSA sources
 226 #=========================================
 227 set(UNRES_WHAM_SRCS ${UNRES_WHAM_SRC0} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f proc_proc.c)
 228
 229 #=========================================
 230 # Build the binary
 231 #=========================================
 232 add_executable(UNRES_WHAM_BIN ${UNRES_WHAM_SRCS} )
 233 set_target_properties(UNRES_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_WHAM_BIN})
 234 set_property(TARGET UNRES_WHAM_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 235 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 236
 237 #=========================================
 238 # Link libraries
 239 #=========================================
 240 # link MPI libraries
 241 target_link_libraries( UNRES_WHAM_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 242 # link libxdrf.a
 243 target_link_libraries( UNRES_WHAM_BIN xdrf )
 244
 245 #=========================================
 246 # Install Path
 247 #=========================================
 248 install(TARGETS UNRES_WHAM_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/wham)
 249
 250
 251 #=========================================
 252 # TESTS
 253 #=========================================
 254
 255 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 256   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 257      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 258      set (boot_lam "-boot")
 259   else()
 260      set (boot_lam "")
 261   endif()
 262
 263   if (UNRES_SRUN)
 264    set (np "-n")
 265    set (mpiexec "srun")
 266   elseif(UNRES_MPIRUN)
 267    set (np "-np")
 268    set (mpiexec "mpirun")
 269   else()
 270    set (np "-np")
 271    set (mpiexec "mpiexec")
 272   endif()
 273
 274
 275 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 276 "#!/bin/sh
 277 export POT=GB
 278 export PREFIX=$1
 279 #-----------------------------------------------------------------------------
 280 WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_WHAM_BIN}
 281 #-----------------------------------------------------------------------------
 282 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 283 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 284 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 285 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 286 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 287 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 288 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 289 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 290 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 291 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 292 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 293 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 294 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 295 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 296 export CONTFUNC=GB
 297 export SIDEP=$DD/contact.3.parm
 298 export SCRATCHDIR=.
 299 #-----------------------------------------------------------------------------
 300 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 301 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $WHAM_BIN
 302 ./wham_check.sh $1
 303 ")
 304
 305 #
 306 # File permissions workaround
 307 #
 308 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 309         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 310         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 311 )
 312
 313 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/wham_check.sh
 314         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 315         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 316 )
 317
 318 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_wham.inp
 319         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 320
 321 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_remd_MD000.cx
 322         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 323
 324 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 325         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 326
 327 if(UNRES_DFA)
 328 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/dfa
 329         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 330
 331 FILE(COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 332         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/dfa
 333         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 334 )
 335
 336
 337 endif()
 338
 339
 340
 341 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 342     add_test(NAME WHAM_remd COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/wham_mpi_E0LL2Y.sh 1L2Y_wham 2 )
 343     if(UNRES_DFA)
 344      add_test(NAME WHAM_remd_dfa COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/dfa/wham_mpi_E0LL2Y.sh dfa_wham 2  WORKING_DIRECTORY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/dfa )
 345     endif()
 346
 347
 348 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")