source/unres/src_MD/bond_move.f

   1       subroutine bond_move(nbond,nstart,psi,lprint,error)
   2 C Move NBOND fragment starting from the CA(nstart) by angle PSI.
   3       implicit real*8 (a-h,o-z)
   4       include 'DIMENSIONS'
   5       integer nbond,nstart
   6       double precision psi
   7       logical fail,error,lprint
   8       include 'COMMON.GEO'
   9       include 'COMMON.CHAIN'
  10       include 'COMMON.VAR'
  11       include 'COMMON.IOUNITS'
  12       include 'COMMON.MCM'
  13       dimension x(3),e(3,3),e1(3),e2(3),e3(3),rot(3,3),trans(3,3)
  14       error=.false.
  15       nend=nstart+nbond
  16       if (print_mc.gt.2) then
  17       write (iout,*) 'nstart=',nstart,' nend=',nend,' nbond=',nbond
  18       write (iout,*) 'psi=',psi
  19       write (iout,'(a)') 'Original coordinates of the fragment'
  20       do i=nstart,nend
  21         write (iout,'(i5,3f10.5)') i,(c(j,i),j=1,3)
  22       enddo
  23       endif
  24       if (nstart.lt.1 .or. nend .gt.nres .or. nbond.lt.2 .or.
  25      & nbond.ge.nres-1) then
  26         write (iout,'(a)') 'Bad data in BOND_MOVE.'
  27         error=.true.
  28         return
  29       endif
  30 C Generate the reference system.
  31       i2=nend
  32       i3=nstart
  33       i4=nstart+1
  34       call refsys(i2,i3,i4,e1,e2,e3,error)
  35 C Return, if couldn't define the reference system.
  36       if (error) return
  37 C Compute the transformation matrix.
  38       cospsi=dcos(psi)
  39       sinpsi=dsin(psi)
  40       rot(1,1)=1.0D0
  41       rot(1,2)=0.0D0
  42       rot(1,3)=0.0D0
  43       rot(2,1)=0.0D0
  44       rot(2,2)=cospsi
  45       rot(2,3)=-sinpsi
  46       rot(3,1)=0.0D0
  47       rot(3,2)=sinpsi
  48       rot(3,3)=cospsi
  49       do i=1,3
  50         e(1,i)=e1(i)
  51         e(2,i)=e2(i)
  52         e(3,i)=e3(i)
  53       enddo
  54
  55       if (print_mc.gt.2) then
  56       write (iout,'(a)') 'Reference system and matrix r:'
  57       do i=1,3
  58         write(iout,'(i5,2(3f10.5,5x))')i,(e(i,j),j=1,3),(rot(i,j),j=1,3)
  59       enddo
  60       endif
  61
  62       call matmult(rot,e,trans)
  63       do i=1,3
  64         do j=1,3
  65           e(i,1)=e1(i)
  66           e(i,2)=e2(i)
  67           e(i,3)=e3(i)
  68         enddo
  69       enddo
  70       call matmult(e,trans,trans)
  71
  72       if (lprint) then
  73       write (iout,'(a)') 'The trans matrix:'
  74       do i=1,3
  75         write (iout,'(i5,3f10.5)') i,(trans(i,j),j=1,3)
  76       enddo
  77       endif
  78
  79       do i=nstart,nend
  80         do j=1,3
  81           rij=c(j,nstart)
  82           do k=1,3
  83             rij=rij+trans(j,k)*(c(k,i)-c(k,nstart))
  84           enddo
  85           x(j)=rij
  86         enddo
  87         do j=1,3
  88           c(j,i)=x(j)
  89         enddo
  90       enddo
  91
  92       if (lprint) then
  93       write (iout,'(a)') 'Rotated coordinates of the fragment'
  94       do i=nstart,nend
  95         write (iout,'(i5,3f10.5)') i,(c(j,i),j=1,3)
  96       enddo
  97       endif
  98
  99 c     call int_from_cart(.false.,lprint)
 100       if (nstart.gt.1) then
 101         theta(nstart+1)=alpha(nstart-1,nstart,nstart+1)
 102         phi(nstart+2)=beta(nstart-1,nstart,nstart+1,nstart+2)
 103         if (nstart.gt.2) phi(nstart+1)=
 104      &                beta(nstart-2,nstart-1,nstart,nstart+1)
 105       endif
 106       if (nend.lt.nres) then
 107         theta(nend+1)=alpha(nend-1,nend,nend+1)
 108         phi(nend+1)=beta(nend-2,nend-1,nend,nend+1)
 109         if (nend.lt.nres-1) phi(nend+2)=
 110      &                beta(nend-1,nend,nend+1,nend+2)
 111       endif
 112       if (print_mc.gt.2) then
 113       write (iout,'(/a,i3,a,i3,a/)')
 114      & 'Moved internal coordinates of the ',nstart,'-',nend,
 115      & ' fragment:'
 116       do i=nstart+1,nstart+2
 117         write (iout,'(i5,2f10.5)') i,rad2deg*theta(i),rad2deg*phi(i)
 118       enddo
 119       do i=nend+1,nend+2
 120         write (iout,'(i5,2f10.5)') i,rad2deg*theta(i),rad2deg*phi(i)
 121       enddo
 122       endif
 123       return
 124       end