source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 set(UNRES_MD_SRC0
  12         add.f
  13         arcos.f
  14         banach.f
  15         blas.f
  16         bond_move.f
  17         cartder.F
  18         cartprint.f
  19         check_sc_distr.f
  20         check_bond.f
  21         chainbuild.F
  22         checkder_p.F
  23         compare_s1.F
  24         contact.f
  25         convert.f
  26         cored.f
  27         dihed_cons.F
  28         djacob.f
  29         econstr_local.F
  30         eigen.f
  31         elecont.f
  32         energy_split-sep.F
  33         entmcm.F
  34         fitsq.f
  35         gauss.f
  36         gen_rand_conf.F
  37         geomout.F
  38         gnmr1.f
  39         intcartderiv.F
  40         initialize_p.F
  41         int_to_cart.f
  42         intcor.f
  43         intlocal.f
  44         kinetic_lesyng.f
  45         lagrangian_lesyng.F
  46         local_move.f
  47         map.f
  48         matmult.f
  49         mc.F
  50         mcm.F
  51         MD_A-MTS.F
  52         minimize_p.F
  53         minim_mcmf.F
  54         misc.f
  55         moments.f
  56         MP.F
  57         MREMD.F
  58         muca_md.f
  59         parmread.F
  60         pinorm.f
  61         printmat.f
  62         prng_32.F
  63         q_measure.F
  64         randgens.f
  65         rattle.F
  66         readpdb.F
  67         readrtns.F
  68         refsys.f
  69         regularize.F
  70         rescode.f
  71         rmdd.f
  72         rmsd.F
  73         sc_move.F
  74         sort.f
  75         stochfric.F
  76         sumsld.f
  77         surfatom.f
  78         test.F
  79         timing.F
  80         thread.F
  81         unres.F
  82         ssMD.F
  83         dfa.F
  84 )
  85
  86 set(UNRES_MD_SRC3
  87         energy_p_new_barrier.F
  88         energy_p_new-sep_barrier.F
  89         gradient_p.F )
  90
  91 set(UNRES_MD_PP_SRC
  92         cartder.F
  93         chainbuild.F
  94         checkder_p.F
  95         compare_s1.F
  96         dihed_cons.F
  97         econstr_local.F
  98         energy_p_new_barrier.F
  99         energy_p_new-sep_barrier.F
 100         energy_split-sep.F
 101         entmcm.F
 102         gen_rand_conf.F
 103         geomout.F
 104         gradient_p.F
 105         initialize_p.F
 106         intcartderiv.F
 107         lagrangian_lesyng.F
 108         mc.F
 109         mcm.F
 110         MD_A-MTS.F
 111         minimize_p.F
 112         minim_mcmf.F
 113         MP.F
 114         MREMD.F
 115         parmread.F
 116         prng_32.F
 117         q_measure1.F
 118         q_measure3.F
 119         q_measure.F
 120         rattle.F
 121         readpdb.F
 122         readrtns.F
 123         regularize.F
 124         rmsd.F
 125         sc_move.F
 126         stochfric.F
 127         test.F
 128         thread.F
 129         timing.F
 130         unres.F
 131         proc_proc.c
 132 )
 133
 134 #================================================
 135 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 136 #================================================
 137 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 138   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 139   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 140   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 141   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 142   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 143 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 144   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. " )
 145   set(FFLAGS1 "-std=legacy -g -I. " )
 146   set(FFLAGS2 "-std=legacy -I. ")
 147   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 148   set(FFLAGS3 "-std=legacy -I. " )
 149 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 150
 151
 152 # Add MPI compiler flags
 153 if(UNRES_WITH_MPI)
 154   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 155   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 156   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 157   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 158 endif(UNRES_WITH_MPI)
 159
 160 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 161 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 162 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 163 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 164
 165 #=========================================
 166 # Settings for GAB force field
 167 #=========================================
 168 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 169   # set preprocesor flags
 170   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC")
 171
 172 #=========================================
 173 #  Settings for E0LL2Y force field
 174 #=========================================
 175 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 176   # set preprocesor flags
 177   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 178 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 179
 180 #=========================================
 181 # System specific flags
 182 #=========================================
 183 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 184   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 185 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 186
 187 #=========================================
 188 # Compiler specific flags
 189 #=========================================
 190
 191 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 192   # Add ifort preprocessor flags
 193   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 194 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 195   # Add new gfortran flags
 196   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 197 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 198   # Add old gfortran flags
 199   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 200 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 201
 202 #=========================================
 203 # Add MPI preprocessor flags
 204 #=========================================
 205 if (UNRES_WITH_MPI)
 206   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 207 endif(UNRES_WITH_MPI)
 208
 209 #=========================================
 210 # Add 64-bit specific preprocessor flags
 211 #=========================================
 212 if (architektura STREQUAL "64")
 213   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 214 endif (architektura STREQUAL "64")
 215
 216 #=========================================
 217 # Apply preprocesor flags to *.F files
 218 #=========================================
 219 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 220
 221
 222 #========================================
 223 #  Setting binary name
 224 #========================================
 225 if(UNRES_WITH_MPI)
 226   # binary with mpi
 227   set(UNRES_BIN "unresMD_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_MD_FF}.exe")
 228 else(UNRES_WITH_MPI)
 229   # binary without mpi
 230   set(UNRES_BIN "unresMD_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 231 endif(UNRES_WITH_MPI)
 232
 233 #=========================================
 234 # cinfo.f workaround for cmake
 235 #=========================================
 236 # get the current date
 237 TODAY(DATE)
 238 # generate cinfo.f
 239
 240 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 241 FILE(WRITE ${CINFO}
 242 "C CMake generated file
 243        subroutine cinfo
 244        include 'COMMON.IOUNITS'
 245        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 246        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 247 ")
 248
 249 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 250 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 251 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 252 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 253 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 254 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 255 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 256
 257 FILE(APPEND ${CINFO}
 258 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 259        return
 260        end ")
 261
 262 # add include path
 263 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 264
 265 #=========================================
 266 # Set full unres MD sources
 267 #=========================================
 268 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 269
 270
 271 #=========================================
 272 # Build the binary
 273 #=========================================
 274 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 275 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 276 set_property(TARGET UNRES_BIN-MD PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 277 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 278
 279
 280 #=========================================
 281 # Link libraries
 282 #=========================================
 283 # link MPI library (libmpich.a)
 284 if(UNRES_WITH_MPI)
 285   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 286 endif(UNRES_WITH_MPI)
 287 # link libxdrf.a
 288 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 289 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 290
 291 #=========================================
 292 # Install Path
 293 #=========================================
 294 install(TARGETS UNRES_BIN-MD DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX})
 295
 296 #=========================================
 297 # TESTS
 298 #=========================================
 299
 300 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 301 #SET(UNRES_TEST_FILES
 302 #       ala10.inp
 303 #    )
 304
 305 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 306 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 307 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 308 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 309 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 310 #          POST_BUILD
 311 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 312 #      )
 313 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 314
 315 #=========================================
 316 # Generate data test files
 317 #=========================================
 318 #  test_single_ala.sh
 319 #=========================================
 320
 321 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 322 "#!/bin/sh
 323 export POT=GB
 324 export PREFIX=ala10
 325 #-----------------------------------------------------------------------------
 326 UNRES_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_BIN}
 327 #-----------------------------------------------------------------------------
 328 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 329 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 330 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 331 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 332 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 333 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 334 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 335 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 336 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 337 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 338 export SCCORPAR=$DD/sccor_pdb_shelly.dat
 339 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 340 #-----------------------------------------------------------------------------
 341 $UNRES_BIN
 342 ")
 343
 344 #
 345 # File permissions workaround
 346 #
 347 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 348         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 349         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 350 )
 351
 352
 353
 354 #=========================================
 355 #  ala10.inp
 356 #=========================================
 357
 358 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 359 "ala10 unblocked
 360 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 361 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 362 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 363 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 364 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 365 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 366 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 367 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 368 12
 369 XAAAAAAAAAAX
 370  0
 371  0
 372    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 373    90.0000   90.0000
 374   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 375   180.0000
 376   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 377   110.0000  110.0000
 378  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 379  -120.0000 -120.0000
 380 ")
 381
 382
 383 # Add tests
 384
 385 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 386
 387   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 388
 389 else(NOT UNRES_WITH_MPI)
 390
 391
 392   add_test(NAME UNRES_MD_MPI_Ala10 COMMAND mpiexec -boot ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 393
 394 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 395