source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # build the xdrf library
   9 #================================
  10 add_subdirectory(xdrf)
  11
  12 #================================
  13 # Set source file lists
  14 #================================
  15 set(UNRES_MD_SRC0 unres.F arcos.f cartprint.f chainbuild.F convert.f
  16         initialize_p.F matmult.f readrtns.F parmread.F gen_rand_conf.F
  17         printmat.f map.f pinorm.f randgens.f rescode.f intcor.f timing.F
  18         misc.f intlocal.f cartder.F checkder_p.F econstr_local.F
  19         minimize_p.F sumsld.f cored.f rmdd.f geomout.F readpdb.F regularize.F
  20         thread.F fitsq.f mcm.F mc.F bond_move.f refsys.f check_sc_distr.f
  21         check_bond.f contact.f djacob.f eigen.f blas.f add.f entmcm.F
  22         minim_mcmf.F MP.F compare_s1.F prng_32.F banach.f rmsd.F elecont.f dihed_cons.F sc_move.F
  23         local_move.f intcartderiv.F lagrangian_lesyng.F stochfric.F kinetic_lesyng.f MD_A-MTS.F moments.f
  24         int_to_cart.f surfatom.f sort.f muca_md.f MREMD.F rattle.F gauss.f energy_split-sep.F
  25         q_measure.F gnmr1.f test.F )
  26
  27 set(UNRES_MD_SRC3 energy_p_new_barrier.F energy_p_new-sep_barrier.F gradient_p.F )
  28
  29 set(UNRES_MD_PP_SRC cartder.F chainbuild.F checkder_p.F compare_s1.F dihed_cons.F econstr_local.F
  30         energy_p_new_barrier.F energy_p_new-sep_barrier.F energy_split-sep.F entmcm.F gen_rand_conf.F
  31         geomout.F gradient_p.F initialize_p.F intcartderiv.F lagrangian_lesyng.F mc.F mcm.F MD_A-MTS.F
  32         minimize_p.F minim_mcmf.F MP.F MREMD.F parmread.F prng_32.F q_measure1.F q_measure3.F q_measure.F
  33         rattle.F readpdb.F readrtns.F regularize.F rmsd.F sc_move.F stochfric.F test.F thread.F timing.F
  34         unres.F )
  35
  36
  37 #================================================
  38 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  39 #================================================
  40 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  41   set(FFLAGS0 "-c -ip -w" )
  42   set(FFLAGS1 "-c -w -g -d2 -CA -CB" )
  43   set(FFLAGS2 "-c -w -g -00 ")
  44   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
  45   set(FFLAGS3 "-c -w -ipo " )
  46 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  47   set(FFLAGS0 "-c -I. " )
  48   set(FFLAGS1 "-c -g -I. " )
  49   set(FFLAGS2 "-c -I. ")
  50   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
  51   set(FFLAGS3 "-c -I. " )
  52 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  53
  54
  55 # Add MPI compiler flags
  56 if(UNRES_WITH_MPI)
  57   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  58   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  59   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  60   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  61 endif(UNRES_WITH_MPI)
  62
  63 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  64 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
  65 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
  66 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
  67
  68 #=========================================
  69 # Settings for GAB force field
  70 #=========================================
  71 if(UNRES_FF STREQUAL "GAB" )
  72   # set preprocesor flags
  73   set(CPPFLAGS "PROCOR -DLINUX -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANGO -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
  74
  75   if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  76     # Add ifort preprocessor flags
  77     set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
  78   elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
  79     # Add gfortran flags
  80     set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
  81   elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  82     # Add gfortran flags
  83     set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
  84   endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  85
  86 #=========================================
  87 #  Settings for E0LL2Y force field
  88 #=========================================
  89 elseif(UNRES_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  90   # set preprocesor flags
  91   set(CPPFLAGS "PROCOR -DLINUX -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
  92
  93   if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  94     # Add ifort preprocessor flags
  95     set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
  96   endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  97
  98 endif(UNRES_FF STREQUAL "GAB")
  99
 100 # Add MPI preprocessor flags
 101 if (UNRES_WITH_MPI)
 102   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 103 endif(UNRES_WITH_MPI)
 104
 105 # Apply preprocesor flags to *.F files
 106 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 107
 108
 109 #========================================
 110 #  Setting binary name
 111 #========================================
 112 if(UNRES_WITH_MPI)
 113   # binary with mpi
 114   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_FF}.exe")
 115 else(UNRES_WITH_MPI)
 116   # binary without mpi
 117   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_FF}.exe")
 118 endif(UNRES_WITH_MPI)
 119
 120 #=========================================
 121 # cinfo.f stupid workaround for cmake
 122 #  - shame on me ]:)
 123 #=========================================
 124 set_property(SOURCE compinfo.c PROPERTY CMAKE_C_FLAGS "-c" )
 125 add_executable(compinfo compinfo.c)
 126 set(UNRES_CINFO_DIR "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}" )
 127 add_custom_command(OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 128         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 129         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/COMMON.IOUNITS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/COMMON.IOUNITS
 130         COMMAND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/compinfo | true
 131         DEPENDS ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f )
 132 set_property(SOURCE ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 133
 134 #=========================================
 135 # Set full unres MD sources
 136 #=========================================
 137 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f )
 138
 139
 140
 141 #=========================================
 142 # Build the binary
 143 #=========================================
 144 add_executable(${UNRES_BIN} ${UNRES_MD_SRCS} )
 145 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 146 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 147
 148 #=========================================
 149 # Link libraries
 150 #=========================================
 151 # link MPI library (libmpich.a)
 152 if(UNRES_WITH_MPI)
 153   target_link_libraries( ${UNRES_BIN} ${MPIF_LIBRARIES} )
 154 endif(UNRES_WITH_MPI)
 155 # link libxdrf.a
 156 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 157 target_link_libraries( ${UNRES_BIN} xdrf )
 158
 159 #=========================================
 160 # TESTS
 161 #=========================================
 162
 163 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 164 #SET(UNRES_TEST_FILES
 165 #       ala10.inp
 166 #    )
 167
 168 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 169 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 170 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 171 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 172 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 173 #          POST_BUILD
 174 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 175 #      )
 176 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 177
 178 #=========================================
 179 # Generate data test files
 180 #=========================================
 181 #  test_single_ala.sh
 182 #=========================================
 183
 184 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh
 185 "#!/bin/sh
 186 export POT=GB
 187 export PREFIX=ala10
 188 #-----------------------------------------------------------------------------
 189 UNRES_BIN=${UNRES_BIN}
 190 #-----------------------------------------------------------------------------
 191 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 192 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 193 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 194 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 195 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 196 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 197 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 198 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 199 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 200 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 201 export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 202 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 203 #-----------------------------------------------------------------------------
 204 $UNRES_BIN
 205 ")
 206
 207 #=========================================
 208 #  ala10.inp
 209 #=========================================
 210
 211 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 212 "ala10 unblocked
 213 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2 PDBOUT
 214 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 215 reset_moment=1000 reset_vel=1000 MDPDB
 216 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 217 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 218 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 219 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 220 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 221 12
 222 XAAAAAAAAAAX
 223  0
 224  0
 225    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 226    90.0000   90.0000
 227   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 228   180.0000
 229   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 230   110.0000  110.0000
 231  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 232  -120.0000 -120.0000
 233 ")
 234
 235
 236 # Add tests
 237
 238 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 239
 240   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 241
 242 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 243