source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 set(UNRES_MD_SRC0
  12         add.f
  13         arcos.f
  14         banach.f
  15         blas.f
  16         bond_move.f
  17         cartder.F
  18         cartprint.f
  19         check_sc_distr.f
  20         check_bond.f
  21         chainbuild.F
  22         checkder_p.F
  23         compare_s1.F
  24         contact.f
  25         convert.f
  26         cored.f
  27         dihed_cons.F
  28         djacob.f
  29         econstr_local.F
  30         eigen.f
  31         elecont.f
  32         energy_split-sep.F
  33         entmcm.F
  34         fitsq.f
  35         gauss.f
  36         gen_rand_conf.F
  37         geomout.F
  38         gnmr1.f
  39         intcartderiv.F
  40         initialize_p.F
  41         int_to_cart.f
  42         intcor.f
  43         intlocal.f
  44         kinetic_lesyng.f
  45         lagrangian_lesyng.F
  46         local_move.f
  47         map.f
  48         matmult.f
  49         mc.F
  50         mcm.F
  51         MD_A-MTS.F
  52         minimize_p.F
  53         minim_mcmf.F
  54         misc.f
  55         moments.f
  56         MP.F
  57         MREMD.F
  58         muca_md.f
  59         parmread.F
  60         pinorm.f
  61         printmat.f
  62         prng_32.F
  63         q_measure.F
  64         randgens.f
  65         rattle.F
  66         readpdb.F
  67         readrtns.F
  68         refsys.f
  69         regularize.F
  70         rescode.f
  71         rmdd.f
  72         rmsd.F
  73         sc_move.F
  74         sort.f
  75         stochfric.F
  76         sumsld.f
  77         surfatom.f
  78         test.F
  79         timing.F
  80         thread.F
  81         unres.F
  82         ssMD.F
  83 )
  84
  85 set(UNRES_MD_SRC3
  86         energy_p_new_barrier.F
  87         energy_p_new-sep_barrier.F
  88         gradient_p.F )
  89
  90 set(UNRES_MD_PP_SRC
  91         cartder.F
  92         chainbuild.F
  93         checkder_p.F
  94         compare_s1.F
  95         dihed_cons.F
  96         econstr_local.F
  97         energy_p_new_barrier.F
  98         energy_p_new-sep_barrier.F
  99         energy_split-sep.F
 100         entmcm.F
 101         gen_rand_conf.F
 102         geomout.F
 103         gradient_p.F
 104         initialize_p.F
 105         intcartderiv.F
 106         lagrangian_lesyng.F
 107         mc.F
 108         mcm.F
 109         MD_A-MTS.F
 110         minimize_p.F
 111         minim_mcmf.F
 112         MP.F
 113         MREMD.F
 114         parmread.F
 115         prng_32.F
 116         q_measure1.F
 117         q_measure3.F
 118         q_measure.F
 119         rattle.F
 120         readpdb.F
 121         readrtns.F
 122         regularize.F
 123         rmsd.F
 124         sc_move.F
 125         stochfric.F
 126         test.F
 127         thread.F
 128         timing.F
 129         unres.F
 130         proc_proc.c
 131 )
 132
 133 #================================================
 134 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 135 #================================================
 136 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 137   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 138   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 139   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 140   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 141   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 142 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 143   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. " )
 144   set(FFLAGS1 "-std=legacy -g -I. " )
 145   set(FFLAGS2 "-std=legacy -I. ")
 146   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 147   set(FFLAGS3 "-std=legacy -I. " )
 148 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 149
 150
 151 # Add MPI compiler flags
 152 if(UNRES_WITH_MPI)
 153   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 154   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 155   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 156   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 157 endif(UNRES_WITH_MPI)
 158
 159 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 160 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 161 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 162 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 163
 164 #=========================================
 165 # Settings for GAB force field
 166 #=========================================
 167 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 168   # set preprocesor flags
 169   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 170
 171 #=========================================
 172 #  Settings for E0LL2Y force field
 173 #=========================================
 174 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 175   # set preprocesor flags
 176   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 177 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 178
 179 #=========================================
 180 # System specific flags
 181 #=========================================
 182 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 183   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 184 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 185
 186 #=========================================
 187 # Compiler specific flags
 188 #=========================================
 189
 190 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 191   # Add ifort preprocessor flags
 192   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 193 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 194   # Add new gfortran flags
 195   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 196 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 197   # Add old gfortran flags
 198   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 199 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 200
 201 #=========================================
 202 # Add MPI preprocessor flags
 203 #=========================================
 204 if (UNRES_WITH_MPI)
 205   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 206 endif(UNRES_WITH_MPI)
 207
 208 #=========================================
 209 # Add 64-bit specific preprocessor flags
 210 #=========================================
 211 if (architektura STREQUAL "64")
 212   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 213 endif (architektura STREQUAL "64")
 214
 215 #=========================================
 216 # Apply preprocesor flags to *.F files
 217 #=========================================
 218 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 219
 220
 221 #========================================
 222 #  Setting binary name
 223 #========================================
 224 if(UNRES_WITH_MPI)
 225   # binary with mpi
 226   set(UNRES_BIN "unresMD_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_MD_FF}.exe")
 227 else(UNRES_WITH_MPI)
 228   # binary without mpi
 229   set(UNRES_BIN "unresMD_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 230 endif(UNRES_WITH_MPI)
 231
 232 #=========================================
 233 # cinfo.f workaround for cmake
 234 #=========================================
 235 # get the current date
 236 TODAY(DATE)
 237 # generate cinfo.f
 238
 239 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 240 FILE(WRITE ${CINFO}
 241 "C CMake generated file
 242        subroutine cinfo
 243        include 'COMMON.IOUNITS'
 244        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 245        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 246 ")
 247
 248 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 249 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 250 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 251 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 252 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 253 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 254 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 255
 256 FILE(APPEND ${CINFO}
 257 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 258        return
 259        end ")
 260
 261 # add include path
 262 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 263
 264 #=========================================
 265 # Set full unres MD sources
 266 #=========================================
 267 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 268
 269
 270 #=========================================
 271 # Build the binary
 272 #=========================================
 273 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 274 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 275 set_property(TARGET UNRES_BIN-MD PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 276 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 277
 278
 279 #=========================================
 280 # Link libraries
 281 #=========================================
 282 # link MPI library (libmpich.a)
 283 if(UNRES_WITH_MPI)
 284   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 285 endif(UNRES_WITH_MPI)
 286 # link libxdrf.a
 287 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 288 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 289
 290 #=========================================
 291 # Install Path
 292 #=========================================
 293 install(TARGETS UNRES_BIN-MD DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX})
 294
 295 #=========================================
 296 # TESTS
 297 #=========================================
 298
 299 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 300 #SET(UNRES_TEST_FILES
 301 #       ala10.inp
 302 #    )
 303
 304 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 305 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 306 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 307 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 308 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 309 #          POST_BUILD
 310 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 311 #      )
 312 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 313
 314 #=========================================
 315 # Generate data test files
 316 #=========================================
 317 #  test_single_ala.sh
 318 #=========================================
 319
 320 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 321 "#!/bin/sh
 322 export POT=GB
 323 export PREFIX=ala10
 324 #-----------------------------------------------------------------------------
 325 UNRES_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_BIN}
 326 #-----------------------------------------------------------------------------
 327 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 328 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 329 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 330 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 331 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 332 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 333 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 334 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 335 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 336 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 337 export SCCORPAR=$DD/sccor_pdb_shelly.dat
 338 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 339 #-----------------------------------------------------------------------------
 340 $UNRES_BIN
 341 ")
 342
 343 #
 344 # File permissions workaround
 345 #
 346 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 347         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 348         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 349 )
 350
 351
 352
 353 #=========================================
 354 #  ala10.inp
 355 #=========================================
 356
 357 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 358 "ala10 unblocked
 359 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 360 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 361 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 362 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 363 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 364 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 365 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 366 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 367 12
 368 XAAAAAAAAAAX
 369  0
 370  0
 371    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 372    90.0000   90.0000
 373   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 374   180.0000
 375   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 376   110.0000  110.0000
 377  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 378  -120.0000 -120.0000
 379 ")
 380
 381
 382 # Add tests
 383
 384 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 385
 386   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 387
 388 else(NOT UNRES_WITH_MPI)
 389
 390
 391   add_test(NAME UNRES_MD_MPI_Ala10 COMMAND mpiexec -boot ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 392
 393 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 394