source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 if(UNRES_DFA)
  12  set(UNRES_MD_SRC0
  13         add.f
  14         arcos.f
  15         banach.f
  16         blas.f
  17         bond_move.f
  18         cartder.F
  19         cartprint.f
  20         check_sc_distr.f
  21         check_bond.f
  22         chainbuild.F
  23         checkder_p.F
  24         compare_s1.F
  25         contact.f
  26         convert.f
  27         cored.f
  28         dihed_cons.F
  29         djacob.f
  30         econstr_local.F
  31         eigen.f
  32         elecont.f
  33         energy_split-sep.F
  34         entmcm.F
  35         fitsq.f
  36         gauss.f
  37         gen_rand_conf.F
  38         geomout.F
  39         gnmr1.f
  40         intcartderiv.F
  41         initialize_p.F
  42         int_to_cart.f
  43         intcor.f
  44         intlocal.f
  45         kinetic_lesyng.f
  46         lagrangian_lesyng.F
  47         local_move.f
  48         map.f
  49         matmult.f
  50         mc.F
  51         mcm.F
  52         MD_A-MTS.F
  53         minimize_p.F
  54         minim_mcmf.F
  55         misc.f
  56         moments.f
  57         MP.F
  58         MREMD.F
  59         muca_md.f
  60         parmread.F
  61         pinorm.f
  62         printmat.f
  63         prng_32.F
  64         q_measure.F
  65         randgens.f
  66         rattle.F
  67         readpdb.F
  68         readrtns.F
  69         refsys.f
  70         regularize.F
  71         rescode.f
  72         rmdd.f
  73         rmsd.F
  74         sc_move.F
  75         sort.f
  76         stochfric.F
  77         sumsld.f
  78         surfatom.f
  79         test.F
  80         timing.F
  81         thread.F
  82         unres.F
  83         ssMD.F
  84         dfa.F
  85 )
  86 else(UNRES_DFA)
  87  set(UNRES_MD_SRC0
  88         add.f
  89         arcos.f
  90         banach.f
  91         blas.f
  92         bond_move.f
  93         cartder.F
  94         cartprint.f
  95         check_sc_distr.f
  96         check_bond.f
  97         chainbuild.F
  98         checkder_p.F
  99         compare_s1.F
 100         contact.f
 101         convert.f
 102         cored.f
 103         dihed_cons.F
 104         djacob.f
 105         econstr_local.F
 106         eigen.f
 107         elecont.f
 108         energy_split-sep.F
 109         entmcm.F
 110         fitsq.f
 111         gauss.f
 112         gen_rand_conf.F
 113         geomout.F
 114         gnmr1.f
 115         intcartderiv.F
 116         initialize_p.F
 117         int_to_cart.f
 118         intcor.f
 119         intlocal.f
 120         kinetic_lesyng.f
 121         lagrangian_lesyng.F
 122         local_move.f
 123         map.f
 124         matmult.f
 125         mc.F
 126         mcm.F
 127         MD_A-MTS.F
 128         minimize_p.F
 129         minim_mcmf.F
 130         misc.f
 131         moments.f
 132         MP.F
 133         MREMD.F
 134         muca_md.f
 135         parmread.F
 136         pinorm.f
 137         printmat.f
 138         prng_32.F
 139         q_measure.F
 140         randgens.f
 141         rattle.F
 142         readpdb.F
 143         readrtns.F
 144         refsys.f
 145         regularize.F
 146         rescode.f
 147         rmdd.f
 148         rmsd.F
 149         sc_move.F
 150         sort.f
 151         stochfric.F
 152         sumsld.f
 153         surfatom.f
 154         test.F
 155         timing.F
 156         thread.F
 157         unres.F
 158         ssMD.F
 159 )
 160 endif(UNRES_DFA)
 161
 162 set(UNRES_MD_SRC3
 163         energy_p_new_barrier.F
 164         energy_p_new-sep_barrier.F
 165         gradient_p.F )
 166
 167 set(UNRES_MD_PP_SRC
 168         cartder.F
 169         chainbuild.F
 170         checkder_p.F
 171         compare_s1.F
 172         dihed_cons.F
 173         econstr_local.F
 174         energy_p_new_barrier.F
 175         energy_p_new-sep_barrier.F
 176         energy_split-sep.F
 177         entmcm.F
 178         gen_rand_conf.F
 179         geomout.F
 180         gradient_p.F
 181         initialize_p.F
 182         intcartderiv.F
 183         lagrangian_lesyng.F
 184         mc.F
 185         mcm.F
 186         MD_A-MTS.F
 187         minimize_p.F
 188         minim_mcmf.F
 189         MP.F
 190         MREMD.F
 191         parmread.F
 192         prng_32.F
 193         q_measure1.F
 194         q_measure3.F
 195         q_measure.F
 196         rattle.F
 197         readpdb.F
 198         readrtns.F
 199         regularize.F
 200         rmsd.F
 201         sc_move.F
 202         stochfric.F
 203         test.F
 204         thread.F
 205         timing.F
 206         unres.F
 207         proc_proc.c
 208 )
 209
 210 #================================================
 211 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 212 #================================================
 213 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 214   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 215   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 216   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 217   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 218   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 219 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 220   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. " )
 221   set(FFLAGS1 "-std=legacy -g -I. " )
 222   set(FFLAGS2 "-std=legacy -I. ")
 223   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 224   set(FFLAGS3 "-std=legacy -I. " )
 225 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 226
 227
 228 # Add MPI compiler flags
 229 if(UNRES_WITH_MPI)
 230   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 231   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 232   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 233   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 234 endif(UNRES_WITH_MPI)
 235
 236 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 237 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 238 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 239 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 240
 241 #=========================================
 242 # Settings for GAB force field
 243 #=========================================
 244 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 245   # set preprocesor flags
 246   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC")
 247
 248 #=========================================
 249 #  Settings for E0LL2Y force field
 250 #=========================================
 251 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 252   # set preprocesor flags
 253   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 254 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 255
 256 if(UNRES_DFA)
 257  set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DDFA")
 258 endif(UNRES_DFA)
 259
 260 #=========================================
 261 # System specific flags
 262 #=========================================
 263 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 264   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 265 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 266
 267 #=========================================
 268 # Compiler specific flags
 269 #=========================================
 270
 271 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 272   # Add ifort preprocessor flags
 273   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 274 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 275   # Add new gfortran flags
 276   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 277 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 278   # Add old gfortran flags
 279   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 280 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 281
 282 #=========================================
 283 # Add MPI preprocessor flags
 284 #=========================================
 285 if (UNRES_WITH_MPI)
 286   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 287 endif(UNRES_WITH_MPI)
 288
 289 #=========================================
 290 # Add 64-bit specific preprocessor flags
 291 #=========================================
 292 if (architektura STREQUAL "64")
 293   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 294 endif (architektura STREQUAL "64")
 295
 296 #=========================================
 297 # Apply preprocesor flags to *.F files
 298 #=========================================
 299 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 300
 301
 302 #========================================
 303 #  Setting binary name
 304 #========================================
 305 if(UNRES_WITH_MPI)
 306   # binary with mpi
 307   if(UNRES_DFA)
 308    set(UNRES_BIN "unresMD_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}_DFA.exe")
 309   else(UNRES_DFA)
 310    set(UNRES_BIN "unresMD_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
 311   endif(UNRES_DFA)
 312 else(UNRES_WITH_MPI)
 313   # binary without mpi
 314   if(UNRES_DFA)
 315    set(UNRES_BIN "unresMD_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}_DFA.exe")
 316   else(UNRES_DFA)
 317    set(UNRES_BIN "unresMD_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 318   endif(UNRES_DFA)
 319 endif(UNRES_WITH_MPI)
 320
 321 #=========================================
 322 # cinfo.f workaround for cmake
 323 #=========================================
 324 # get the current date
 325 TODAY(DATE)
 326 # generate cinfo.f
 327
 328 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 329 FILE(WRITE ${CINFO}
 330 "C CMake generated file
 331        subroutine cinfo
 332        include 'COMMON.IOUNITS'
 333        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 334        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 335 ")
 336
 337 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 338 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 339 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 340 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 341 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 342 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 343 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 344
 345 FILE(APPEND ${CINFO}
 346 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 347        return
 348        end ")
 349
 350 # add include path
 351 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 352
 353 #=========================================
 354 # Set full unres MD sources
 355 #=========================================
 356 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 357
 358
 359 #=========================================
 360 # Build the binary
 361 #=========================================
 362 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 363 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 364 set_property(TARGET UNRES_BIN-MD PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 365 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 366
 367
 368 #=========================================
 369 # Link libraries
 370 #=========================================
 371 # link MPI library (libmpich.a)
 372 if(UNRES_WITH_MPI)
 373   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 374 endif(UNRES_WITH_MPI)
 375 # link libxdrf.a
 376 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 377 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 378
 379 #=========================================
 380 # Install Path
 381 #=========================================
 382 install(TARGETS UNRES_BIN-MD DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/unres/MD)
 383
 384 #=========================================
 385 # TESTS
 386 #=========================================
 387
 388 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 389 #SET(UNRES_TEST_FILES
 390 #       ala10.inp
 391 #    )
 392
 393 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 394 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 395 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 396 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 397 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 398 #          POST_BUILD
 399 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 400 #      )
 401 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 402
 403 #=========================================
 404 # Generate data test files
 405 #=========================================
 406 #  test_single_ala.sh
 407 #=========================================
 408
 409 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 410 "#!/bin/sh
 411 export POT=GB
 412 export PREFIX=ala10
 413 #-----------------------------------------------------------------------------
 414 UNRES_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_BIN}
 415 #-----------------------------------------------------------------------------
 416 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 417 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 418 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 419 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 420 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 421 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 422 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 423 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 424 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 425 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 426 export SCCORPAR=$DD/sccor_pdb_shelly.dat
 427 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 428 #-----------------------------------------------------------------------------
 429 $UNRES_BIN
 430 ")
 431
 432 #
 433 # File permissions workaround
 434 #
 435 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 436         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 437         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 438 )
 439
 440
 441
 442 #=========================================
 443 #  ala10.inp
 444 #=========================================
 445
 446 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 447 "ala10 unblocked
 448 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 449 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 450 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 451 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 452 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 453 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 454 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 455 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 456 12
 457 XAAAAAAAAAAX
 458  0
 459  0
 460    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 461    90.0000   90.0000
 462   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 463   180.0000
 464   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 465   110.0000  110.0000
 466  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 467  -120.0000 -120.0000
 468 ")
 469
 470
 471 # Add tests
 472
 473 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 474
 475   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 476
 477 else(NOT UNRES_WITH_MPI)
 478
 479
 480   add_test(NAME UNRES_MD_MPI_Ala10 COMMAND mpiexec -boot ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 481
 482 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 483