source/ga/input-templates/matrix-2p/wham_p1.csh

   1 #!/bin/csh -f
   2 #set echo
   3 # Script to run the program zscorezi_MPI on linux with MPICH (parallel version).
   4 #
   5 echo "This job is running on host `hostname` "
   6
   7 set DD =  /users/adam/UNRES/PARAM
   8 set BIN = /users/adam/ZSCOREZ/bin
   9
  10 set POT = GB
  11 setenv POT GB
  12 setenv SCRATCHDIR /tmp/`whoami`
  13
  14 #
  15 # Przygotowanie i wyczyszczenie poletka
  16 #
  17 if ( ! -d $SCRATCHDIR ) then
  18  mkdir $SCRATCHDIR
  19 endif
  20 rm -f $SCRATCHDIR/*
  21
  22 setenv PREFIX 1LE1_wham
  23
  24 #
  25 # Is the specified potential in the list of valid force fields?
  26 #
  27 if (($POT != "LJ") && ($POT != "LJK") && ($POT != "BP") && ($POT != "GB") \
  28 && ($POT != "GBV") ) then
  29   echo "Unknown potential type $POT"
  30   exit(1)
  31 endif
  32
  33 # 5/17/97 parameter file assignment was changed from link to SETENV statements
  34 #
  35 setenv BONDPAR $DD/bond_AM1.parm
  36 setenv THETPAR $DD/theta_abinitio.parm
  37 setenv ROTPAR $DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
  38 setenv TORPAR $DD/torsion_631Gdp.parm
  39 setenv TORDPAR $DD/torsion_double_631Gdp.parm
  40 setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp.parm
  41 setenv SIDEPAR $DD/scinter_${POT}.parm
  42 setenv FOURIER $DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  43 setenv SCPPAR $DD/scp.parm
  44 setenv SCCORPAR $DD/rotcorr_AM1.parm
  45 setenv PATTERN $DD/patterns.cart
  46 # Define contact function for classification
  47 setenv CONTFUNC GB
  48 if (${CONTFUNC} == "GB") then
  49   setenv SIDEP ${DD}/contact.3.parm
  50 else if (${CONTFUNC} == "SCDIST") then
  51   setenv SIDEP ${DD}/cend.3.45.parm
  52 else if (${CONTFUNC} == "CEN") then
  53   setenv SIDEP ${DD}/cen.parm
  54 else if (${CONTFUNC} == "ODC") then
  55   setenv SIDEP ${DD}/odc.parm
  56 else if (${CONTFUNC} != "SIG") then
  57   echo "Unknown sidechain contact function ${CONTFUNC}"
  58   exit
  59 endif
  60
  61 # Set parallel environment, depending on job type (interactive or batch).
  62
  63 set DEBUG = 0
  64
  65 limit coredumpsize 0
  66 $BIN/wham_multparm-hamrep-sep $*