source/ga/input-templates/matrix/opt.csh

   1 #!/bin/csh -f
   2 # Script to run the program zscorezi_MPI on linux with MPICH (parallel version).
   3 #
   4
   5 echo "This job is running on host `hostname` "
   6
   7 set DD =  /users/adam/UNRES/PARAM
   8 set BIN = /users/adam/ZSCOREZ/bin
   9
  10 set POT = GB
  11 setenv POT GB
  12
  13 setenv PREFIX zscore
  14 setenv SCRATCHDIR /tmp/`whoami`
  15
  16 if ( ! -d $SCRATCHDIR ) then
  17   mkdir $SCRATCHDIR
  18 endif
  19
  20 #hostname
  21 #ls -l /tmp
  22
  23 #
  24 # Is the specified potential in the list of valid force fields?
  25 #
  26 if (($POT != "LJ") && ($POT != "LJK") && ($POT != "BP") && ($POT != "GB") \
  27 && ($POT != "GBV") ) then
  28   echo "Unknown potential type $POT"
  29   exit(1)
  30 endif
  31
  32 # 5/17/97 parameter file assignment was changed from link to SETENV statements
  33 #
  34 setenv BONDPAR $DD/bond_AM1.parm
  35 setenv THETPAR $DD/theta_abinitio.parm
  36 setenv ROTPAR $DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
  37 #setenv BONDPAR $DD/bond.parm
  38 #setenv THETPAR $DD/thetaml.5parm
  39 #setenv ROTPAR $DD/scgauss.parm
  40 setenv TORPAR $DD/torsion_631Gdp.parm
  41 setenv TORDPAR $DD/torsion_double_631Gdp.parm
  42 setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp.parm
  43 setenv SIDEPAR $DD/scinter_${POT}.parm
  44 setenv FOURIER $DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  45 setenv SCPPAR $DD/scp.parm
  46 setenv SCCORPAR $DD/rotcorr_AM1.parm
  47
  48 # Set parallel environment, depending on job type (interactive or batch).
  49
  50 set DEBUG = 0
  51
  52 # Choose the sidechain contact function
  53
  54 setenv CONTFUNC GB
  55 if (${CONTFUNC} == "GB") then
  56   setenv SIDEP ${DD}/contact.3.parm
  57 else if (${CONTFUNC} == "SCDIST") then
  58   setenv SIDEP ${DD}/cend.3.45.parm
  59 else if (${CONTFUNC} == "CEN") then
  60   setenv SIDEP ${DD}/cen.parm
  61 else if (${CONTFUNC} == "ODC") then
  62   setenv SIDEP ${DD}/odc.parm
  63 else if (${CONTFUNC} != "SIG") then
  64   echo "Unknown sidechain contact function ${CONTFUNC}"
  65   exit
  66 endif
  67
  68 limit coredumpsize 0
  69 $BIN/zscorezMD_sccor-T-OPTERON-clust-sign-split $*