source/ga/input-templates/galera/wham.csh

   1 #!/bin/csh -f
   2 #set echo
   3 # Script to run the program zscorezi_MPI on linux with MPICH (parallel version).
   4 #
   5 echo "This job is running on host `hostname` "
   6
   7 set DD =  /users/kdm/lightnir/PARAM
   8 set BIN = /users/kdm/adaml/UNRES/bin
   9
  10 set POT = GB
  11 setenv POT GB
  12
  13 setenv SCRATCHDIR /tmp/`whoami`
  14
  15 #
  16 # Przygotowanie i wyczyszczenie poletka
  17 #
  18 if ( ! -d $SCRATCHDIR ) then
  19  mkdir $SCRATCHDIR
  20 endif
  21 rm -f $SCRATCHDIR/*
  22
  23 setenv PREFIX 1LE1_wham
  24
  25 #
  26 # Is the specified potential in the list of valid force fields?
  27 #
  28 if (($POT != "LJ") && ($POT != "LJK") && ($POT != "BP") && ($POT != "GB") \
  29 && ($POT != "GBV") ) then
  30   echo "Unknown potential type $POT"
  31   exit(1)
  32 endif
  33
  34 # 5/17/97 parameter file assignment was changed from link to SETENV statements
  35 #
  36 setenv BONDPAR $DD/bond_AM1.parm
  37 setenv THETPAR $DD/theta_abinitio.parm
  38 setenv ROTPAR $DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
  39 setenv TORPAR $DD/torsion_631Gdp.parm
  40 setenv TORDPAR $DD/torsion_double_631Gdp.parm
  41 setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp.parm
  42 setenv SIDEPAR $DD/scinter_${POT}.parm
  43 setenv FOURIER $DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  44 setenv SCPPAR $DD/scp.parm
  45 setenv SCCORPAR $DD/rotcorr_AM1.parm
  46 setenv PATTERN $DD/patterns.cart
  47 # Define contact function for classification
  48 setenv CONTFUNC GB
  49 if (${CONTFUNC} == "GB") then
  50   setenv SIDEP ${DD}/contact.3.parm
  51 else if (${CONTFUNC} == "SCDIST") then
  52   setenv SIDEP ${DD}/cend.3.45.parm
  53 else if (${CONTFUNC} == "CEN") then
  54   setenv SIDEP ${DD}/cen.parm
  55 else if (${CONTFUNC} == "ODC") then
  56   setenv SIDEP ${DD}/odc.parm
  57 else if (${CONTFUNC} != "SIG") then
  58   echo "Unknown sidechain contact function ${CONTFUNC}"
  59   exit
  60 endif
  61
  62 # Set parallel environment, depending on job type (interactive or batch).
  63
  64 set DEBUG = 0
  65
  66 limit coredumpsize 0
  67 $BIN/wham_multparm-hamrep-sep $*