rm uscdiff
[unres.git] / source / cluster / wham / src-M / CMakeLists.txt
1 #
2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for oligomeric proteins  
3
4
5 enable_language (Fortran C)
6
7 #================================
8 # Set source file lists
9 #================================
10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0 
11         arcos.f
12         cartprint.f
13         chainbuild.f
14         contact.f
15         convert.f
16         energy_p_new.F
17         fitsq.f
18         geomout.F
19         gnmr1.f
20         hc.f
21         icant.f
22         initialize_p.F
23         intcor.f
24         int_from_cart1.f
25         main_clust.F
26         matmult.f
27         misc.f
28         noyes.f
29         parmread.F
30         permut.f
31         pinorm.f
32         printmat.f
33         probabl.F
34         read_coords.F
35         readpdb.f
36         readrtns.F
37         rescode.f
38         setup_var.f
39         srtclust.f
40     ssMD.F
41         timing.F
42         track.F
43         wrtclust.f
44         work_partition.F
45 )
46
47 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_PP_SRC
48         energy_p_new.F
49         initialize_p.F
50         geomout.F
51         main_clust.F
52         parmread.F
53         probabl.F
54         read_coords.F
55         readrtns.F
56     ssMD.F
57         timing.F
58         track.F
59         work_partition.F
60
61
62
63 #================================================
64 # Set comipiler flags for different sourcefiles  
65 #================================================
66 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
67   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -shared-intel -ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres"  ) 
68 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
69   set(FFLAGS0 "-std=legacy -mcmodel=medium -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" ) 
70 else ()
71   set(FFLAGS0 "-I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" ) 
72 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
73
74 #=========================================
75 # Add MPI compiler flags
76 #=========================================
77 if(UNRES_WITH_MPI)
78   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
79 endif(UNRES_WITH_MPI)
80
81 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
82
83 #=========================================
84 #  Settings for GAB force field
85 #=========================================
86 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
87    # set preprocesor flags   
88    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND  -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
89  
90 #=========================================
91 #  Settings for E0LL2Y force field
92 #=========================================
93 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
94    # set preprocesor flags   
95    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
96 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
97   set(CPPFLAGS "SPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
98 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
99
100 #=========================================
101 # Additional flags
102 #=========================================
103 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN") 
104
105 #=========================================
106 # Compiler specific flags
107 #=========================================
108 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
109   # Add ifort preprocessor flags
110   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI") 
111 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
112   # Add new gfortran flags
113   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77") 
114 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
115   # Add old gfortran flags
116   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77") 
117 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
118
119
120 #=========================================
121 # System specific flags
122 #=========================================
123 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
124   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX") 
125 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
126
127 #=========================================
128 # Add MPI preprocessor flags
129 #=========================================
130 if (UNRES_WITH_MPI)
131   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI") 
132 endif(UNRES_WITH_MPI)
133
134
135 #=========================================
136 # Apply preprocesor flags to *.F files
137 #=========================================
138 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )  
139
140 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
141
142 #========================================
143 #  Setting binary name
144 #========================================
145 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN "cluster_wham-mult_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
146
147 #=========================================
148 # cinfo.f workaround for CMake
149 #=========================================
150 # get the current date  
151 TODAY(DATE)
152 # generate cinfo.f
153
154 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
155 FILE(WRITE ${CINFO}
156 "C CMake generated file
157        subroutine cinfo
158        include 'COMMON.IOUNITS'
159        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
160        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
161 ")
162
163 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
164 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
165 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
166 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
167 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
168 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
169 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
170
171 FILE(APPEND ${CINFO} 
172 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'  
173        return 
174        end ")
175
176 # set include path
177 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}" )
178
179
180 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )  
181
182
183 #=========================================
184 # Set full unres CLUSTER sources
185 #=========================================
186 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f proc_proc.c)
187
188 #=========================================
189 # Build the binary
190 #=========================================
191 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRCS} )
192 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN})
193 set_property(TARGET UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
194
195 #=========================================
196 # Link libraries
197 #=========================================
198 # link MPI libraries
199 if(UNRES_WITH_MPI)
200   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
201 endif(UNRES_WITH_MPI)
202 # link libxdrf.a 
203 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN xdrf )
204
205
206 #=========================================
207 # Install Path
208 #=========================================
209 install(TARGETS UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/cluster)
210
211
212 #=========================================
213 # TESTS 
214 #=========================================
215
216 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
217   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
218      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
219      set (boot_lam "-boot")
220   else()
221      set (boot_lam "")
222   endif()
223
224   if (UNRES_SRUN)
225    set (np "-n")
226    set (mpiexec "srun")
227   elseif(UNRES_MPIRUN)
228    set (np "-np")
229    set (mpiexec "mpirun")
230   else()
231    set (np "-np")
232    set (mpiexec "mpiexec")
233   endif()
234
235
236 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh
237 "#!/bin/sh
238 export POT=GB
239 export INPUT=$1
240 export INTIN=1L2Y_wham
241 export OUTPUT=1L2Y_clust
242 export PDB=CART
243 export COORD=CX
244 export PRINTCOOR=PRINT_PDB
245 #-----------------------------------------------------------------------------
246 CLUSTER_WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN}
247 #-----------------------------------------------------------------------------
248 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
249 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
250 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
251 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
252 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
253 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
254 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
255 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
256 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
257 export SCPPAR=$DD/scp.parm
258 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
259 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
260 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
261 export PATTERN=$DD/patterns.cart
262 export CONTFUNC=GB
263 export SIDEP=$DD/contact.3.parm
264 export SCRATCHDIR=.
265 #-----------------------------------------------------------------------------
266 echo CTEST_FULL_OUTPUT
267 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $CLUSTER_WHAM_BIN 
268 ./cluster_wham_check.sh $1 
269 ")
270
271 #
272 # File permissions workaround
273 #
274 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh 
275         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
276         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
277 )
278
279 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/cluster_wham_check.sh
280         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} 
281         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
282 )
283
284 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_clust.inp
285         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
286
287 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_wham.cx
288         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
289
290 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
291         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
292
293
294 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
295 #    add_test(NAME CLUSTER_WHAM_M_remd COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh 1L2Y_clust 2 )
296 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")