source/cluster/wham/src-M/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for oligomeric proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran C)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0
  11         arcos.f
  12         cartprint.f
  13         chainbuild.f
  14         contact.f
  15         convert.f
  16         energy_p_new.F
  17         fitsq.f
  18         geomout.F
  19         gnmr1.f
  20         hc.f
  21         icant.f
  22         initialize_p.F
  23         intcor.f
  24         int_from_cart1.f
  25         main_clust.F
  26         matmult.f
  27         misc.f
  28         noyes.f
  29         parmread.F
  30         permut.f
  31         pinorm.f
  32         printmat.f
  33         probabl.F
  34         read_coords.F
  35         readpdb.f
  36         readrtns.F
  37         rescode.f
  38         setup_var.f
  39         srtclust.f
  40         timing.F
  41         track.F
  42         wrtclust.f
  43         work_partition.F
  44 )
  45
  46 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_PP_SRC
  47         energy_p_new.F
  48         initialize_p.F
  49         geomout.F
  50         main_clust.F
  51         parmread.F
  52         probabl.F
  53         read_coords.F
  54         readrtns.F
  55         timing.F
  56         track.F
  57         work_partition.F
  58 )
  59
  60
  61 #================================================
  62 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  63 #================================================
  64 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  65   set(FFLAGS0 "-ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres"  )
  66 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  67   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  68 else ()
  69   set(FFLAGS0 "-I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  70 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  71
  72 #=========================================
  73 # Add MPI compiler flags
  74 #=========================================
  75 if(UNRES_WITH_MPI)
  76   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
  77 endif(UNRES_WITH_MPI)
  78
  79 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  80
  81 #=========================================
  82 #  Settings for GAB force field
  83 #=========================================
  84 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  85    # set preprocesor flags
  86    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND  -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
  87
  88 #=========================================
  89 #  Settings for E0LL2Y force field
  90 #=========================================
  91 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  92    # set preprocesor flags
  93    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
  94 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
  95   set(CPPFLAGS "SPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
  96 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
  97
  98 #=========================================
  99 # Additional flags
 100 #=========================================
 101 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN")
 102
 103 #=========================================
 104 # Compiler specific flags
 105 #=========================================
 106 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 107   # Add ifort preprocessor flags
 108   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 109 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 110   # Add new gfortran flags
 111   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 112 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 113   # Add old gfortran flags
 114   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 115 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 116
 117
 118 #=========================================
 119 # System specific flags
 120 #=========================================
 121 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 122   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 123 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 124
 125 #=========================================
 126 # Add MPI preprocessor flags
 127 #=========================================
 128 if (UNRES_WITH_MPI)
 129   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 130 endif(UNRES_WITH_MPI)
 131
 132
 133 #=========================================
 134 # Apply preprocesor flags to *.F files
 135 #=========================================
 136 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 137
 138 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 139
 140 #========================================
 141 #  Setting binary name
 142 #========================================
 143 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN "cluster_wham-mult_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
 144
 145 #=========================================
 146 # cinfo.f workaround for CMake
 147 #=========================================
 148 # get the current date
 149 TODAY(DATE)
 150 # generate cinfo.f
 151
 152 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 153 FILE(WRITE ${CINFO}
 154 "C CMake generated file
 155        subroutine cinfo
 156        include 'COMMON.IOUNITS'
 157        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 158        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 159 ")
 160
 161 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 162 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 163 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 164 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 165 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 166 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 167 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 168
 169 FILE(APPEND ${CINFO}
 170 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 171        return
 172        end ")
 173
 174 # set include path
 175 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}" )
 176
 177
 178 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 179
 180
 181 #=========================================
 182 # Set full unres CLUSTER sources
 183 #=========================================
 184 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0} proc_proc.c)
 185
 186 #=========================================
 187 # Build the binary
 188 #=========================================
 189 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRCS} )
 190 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN})
 191 set_property(TARGET UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 192
 193 #=========================================
 194 # Link libraries
 195 #=========================================
 196 # link MPI libraries
 197 if(UNRES_WITH_MPI)
 198   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 199 endif(UNRES_WITH_MPI)
 200 # link libxdrf.a
 201 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN xdrf )
 202
 203
 204 #=========================================
 205 # Install Path
 206 #=========================================
 207 install(TARGETS UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/cluster)
 208
 209
 210 #=========================================
 211 # TESTS
 212 #=========================================
 213
 214 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 215   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 216      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 217      set (boot_lam "-boot")
 218   else()
 219      set (boot_lam "")
 220   endif()
 221
 222   if (UNRES_SRUN)
 223    set (np "-n")
 224    set (mpiexec "srun")
 225   else()
 226    set (np "-np")
 227    set (mpiexec "mpiexec")
 228   endif()
 229
 230
 231 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh
 232 "#!/bin/sh
 233 export POT=GB
 234 export INPUT=$1
 235 export INTIN=1L2Y_wham
 236 export OUTPUT=1L2Y_clust
 237 export PDB=CART
 238 export COORD=CX
 239 export PRINTCOOR=PRINT_PDB
 240 #-----------------------------------------------------------------------------
 241 CLUSTER_WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN}
 242 #-----------------------------------------------------------------------------
 243 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 244 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 245 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 246 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 247 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 248 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 249 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 250 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 251 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 252 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 253 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 254 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 255 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 256 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 257 export CONTFUNC=GB
 258 export SIDEP=$DD/contact.3.parm
 259 export SCRATCHDIR=.
 260 #-----------------------------------------------------------------------------
 261 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 262 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $CLUSTER_WHAM_BIN
 263 ./cluster_wham_check.sh $1
 264 ")
 265
 266 #
 267 # File permissions workaround
 268 #
 269 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh
 270         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 271         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 272 )
 273
 274 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/cluster_wham_check.sh
 275         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 276         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 277 )
 278
 279 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_clust.inp
 280         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 281
 282 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_wham.cx
 283         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 284
 285 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 286         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 287
 288
 289 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 290 #    add_test(NAME CLUSTER_WHAM_M_remd COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh 1L2Y_clust 2 )
 291 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")