source/cluster/wham/src/convert.f

   1       subroutine geom_to_var(n,x)
   2 C
   3 C Transfer the geometry parameters to the variable array.
   4 C The positions of variables are as follows:
   5 C 1. Virtual-bond torsional angles: 1 thru nres-3
   6 C 2. Virtual-bond valence angles: nres-2 thru 2*nres-5
   7 C 3. The polar angles alpha of local SC orientation: 2*nres-4 thru
   8 C    2*nres-4+nside
   9 C 4. The torsional angles omega of SC orientation: 2*nres-4+nside+1
  10 C    thru 2*nre-4+2*nside
  11 C
  12       include 'DIMENSIONS'
  13       include 'COMMON.VAR'
  14       include 'COMMON.GEO'
  15       include 'COMMON.CHAIN'
  16       double precision x(n)
  17 cd    print *,'nres',nres,' nphi',nphi,' ntheta',ntheta,' nvar',nvar
  18       do i=4,nres
  19         x(i-3)=phi(i)
  20 cd      print *,i,i-3,phi(i)
  21       enddo
  22       if (n.eq.nphi) return
  23       do i=3,nres
  24         x(i-2+nphi)=theta(i)
  25 cd      print *,i,i-2+nphi,theta(i)
  26       enddo
  27       if (n.eq.nphi+ntheta) return
  28       do i=2,nres-1
  29         if (ialph(i,1).gt.0) then
  30           x(ialph(i,1))=alph(i)
  31           x(ialph(i,1)+nside)=omeg(i)
  32 cd        print *,i,ialph(i,1),ialph(i,1)+nside,alph(i),omeg(i)
  33         endif
  34       enddo
  35       return
  36       end
  37 C--------------------------------------------------------------------
  38       subroutine var_to_geom(n,x)
  39 C
  40 C Update geometry parameters according to the variable array.
  41 C
  42       include 'DIMENSIONS'
  43       include 'COMMON.VAR'
  44       include 'COMMON.CHAIN'
  45       dimension x(n)
  46       do i=4,nres
  47         phi(i)=pinorm(x(i-3))
  48       enddo
  49       if (n.eq.nphi) return
  50       do i=3,nres
  51         theta(i)=x(i-2+nphi)
  52       enddo
  53       if (n.eq.nphi+ntheta) return
  54       do i=1,nside
  55         alph(ialph(i,2))=x(nphi+ntheta+i)
  56         omeg(ialph(i,2))=pinorm(x(nphi+ntheta+nside+i))
  57       enddo
  58       return
  59       end