source/cluster/wham/src/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for single-chain proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0
  11         arcos.f
  12         cartprint.f
  13         chainbuild.f
  14         contact.f
  15         convert.f
  16         energy_p_new.F
  17         fitsq.f
  18         geomout.F
  19         gnmr1.f
  20         hc.f
  21         icant.f
  22         initialize_p.F
  23         intcor.f
  24         int_from_cart1.F
  25         main_clust.F
  26         matmult.f
  27         misc.f
  28         noyes.f
  29         parmread.F
  30         pinorm.f
  31         probabl.F
  32         read_coords.F
  33         readpdb.F
  34         readrtns.F
  35         rescode.f
  36         setup_var.f
  37         srtclust.f
  38         ssMD.F
  39         timing.F
  40         track.F
  41         wrtclust.f
  42         work_partition.F
  43         dfa.F
  44         printmat.f
  45 )
  46
  47 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC
  48         energy_p_new.F
  49         initialize_p.F
  50         geomout.F
  51         main_clust.F
  52         parmread.F
  53         probabl.F
  54         read_coords.F
  55         readrtns.F
  56         ssMD.F
  57         timing.F
  58         track.F
  59         work_partition.F
  60 )
  61
  62
  63 #================================================
  64 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  65 #================================================
  66 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  67   set(FFLAGS0 "-ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  68 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  69   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  70 else ()
  71   set(FFLAGS0 "-g -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  72 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  73
  74 # Add MPI compiler flags
  75 if(UNRES_WITH_MPI)
  76   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
  77 endif(UNRES_WITH_MPI)
  78
  79 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  80
  81 #=========================================
  82 #  Settings for GAB force field
  83 #=========================================
  84 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  85    # set preprocesor flags
  86    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND  -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
  87
  88 #=========================================
  89 #  Settings for E0LL2Y force field
  90 #=========================================
  91 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  92    # set preprocesor flags
  93    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
  94 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
  95
  96 #=========================================
  97 # Additional flags
  98 #=========================================
  99 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN -DCLUST" )
 100
 101 #=========================================
 102 # Compiler specific flags
 103 #=========================================
 104 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 105   # Add ifort preprocessor flags
 106   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 107 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 108   # Add new gfortran flags
 109   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 110 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 111   # Add old gfortran flags
 112   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 113 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 114
 115
 116 #=========================================
 117 # System specific flags
 118 #=========================================
 119 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 120   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 121 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 122
 123 #=========================================
 124 # Add MPI preprocessor flags
 125 #=========================================
 126 if (UNRES_WITH_MPI)
 127   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 128 endif(UNRES_WITH_MPI)
 129
 130
 131 #=========================================
 132 # Apply preprocesor flags to *.F files
 133 #=========================================
 134 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 135
 136
 137 #========================================
 138 #  Setting binary name
 139 #========================================
 140 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN "unres_clustMD.exe")
 141
 142 #=========================================
 143 # cinfo.f workaround for CMake
 144 #=========================================
 145 # get the current date
 146 TODAY(DATE)
 147 # generate cinfo.f
 148
 149 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 150 FILE(WRITE ${CINFO}
 151 "C CMake generated file
 152        subroutine cinfo
 153        include 'COMMON.IOUNITS'
 154        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 155        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 156 ")
 157
 158 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 159 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 160 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 161 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 162 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 163 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 164 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 165
 166 FILE(APPEND ${CINFO}
 167 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 168        return
 169        end ")
 170
 171 # set include path
 172 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}" )
 173
 174
 175 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 176
 177
 178
 179 #=========================================
 180 # Set full unres CLUSTER sources
 181 #=========================================
 182 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f proc_proc.c)
 183
 184
 185
 186 #=========================================
 187 # Build the binary
 188 #=========================================
 189 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS} )
 190 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN})
 191
 192 #=========================================
 193 # Link libraries
 194 #=========================================
 195 # link MPI library (libmpich.a)
 196 if(UNRES_WITH_MPI)
 197   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${MPIF_LIBRARIES} )
 198 endif(UNRES_WITH_MPI)
 199 # link libxdrf.a
 200 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN xdrf )
 201
 202 #=========================================
 203 # TESTS
 204 #=========================================
 205
 206 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 207 #SET(UNRES_TEST_FILES
 208 #       ala10.inp
 209 #    )
 210
 211 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 212 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 213 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 214 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 215 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 216 #          POST_BUILD
 217 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 218 #      )
 219 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 220
 221 #=========================================
 222 # Generate data test files
 223 #=========================================
 224 #  test_single_ala.sh
 225 #=========================================
 226
 227 #FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh
 228 #"#!/bin/sh
 229 #export POT=GB
 230 #export PREFIX=ala10
 231 #-----------------------------------------------------------------------------
 232 #UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 233 #-----------------------------------------------------------------------------
 234 #DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 235 #export BONDPAR=$DD/bond.parm
 236 #export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 237 #export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 238 #export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 239 #export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 240 #export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 241 #export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 242 #export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 243 #export SCPPAR=$DD/scp.parm
 244 #export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 245 #export PATTERN=$DD/patterns.cart
 246 #-----------------------------------------------------------------------------
 247 #$UNRES_BIN
 248 #")
 249
 250 #=========================================
 251 #  ala10.inp
 252 #=========================================
 253
 254 #file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 255 #"ala10 unblocked
 256 #SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2 PDBOUT
 257 #nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 258 #reset_moment=1000 reset_vel=1000 MDPDB
 259 #WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 260 #WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 261 #WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 262 #WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 263 #CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 264 #12
 265 #XAAAAAAAAAAX
 266 # 0
 267 # 0
 268 #   90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 269 #   90.0000   90.0000
 270 #  180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 271 #  180.0000
 272 #  110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 273 #  110.0000  110.0000
 274 # -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 275 # -120.0000 -120.0000
 276 #")
 277
 278
 279 # Add tests
 280
 281 #if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 282
 283 #  add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 284
 285 #endif(NOT UNRES_WITH_MPI)