source/cluster/wham/src/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for single-chain proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0
  11         arcos.f
  12         cartprint.f
  13         chainbuild.f
  14         contact.f
  15         convert.f
  16         energy_p_new.F
  17         fitsq.f
  18         geomout.F
  19         gnmr1.f
  20         hc.f
  21         icant.f
  22         initialize_p.F
  23         intcor.f
  24         int_from_cart1.f
  25         main_clust.F
  26         matmult.f
  27         misc.f
  28         noyes.f
  29         parmread.F
  30         pinorm.f
  31         probabl.F
  32         read_coords.F
  33         readpdb.f
  34         readrtns.F
  35         rescode.f
  36         setup_var.f
  37         srtclust.f
  38         timing.F
  39         track.F
  40         wrtclust.f
  41         work_partition.F
  42 )
  43
  44 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC
  45         energy_p_new.F
  46         initialize_p.F
  47         geomout.F
  48         main_clust.F
  49         parmread.F
  50         probabl.F
  51         read_coords.F
  52         readrtns.F
  53         timing.F
  54         track.F
  55         work_partition.F
  56 )
  57
  58
  59 #================================================
  60 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  61 #================================================
  62 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  63   set(FFLAGS0 "-ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  64 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  65   set(FFLAGS0 "-I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  66 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  67
  68 # Add MPI compiler flags
  69 if(UNRES_WITH_MPI)
  70   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  71 endif(UNRES_WITH_MPI)
  72
  73 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  74
  75 set(CPPFLAGS "PROCOR -DSPLITELE -DPROCOR -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
  76
  77 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  78   # Add ifort preprocessor flags
  79   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
  80 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
  81   # Add new gfortran flags
  82   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
  83 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  84   # Add old gfortran flags
  85   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
  86 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  87
  88
  89 #=========================================
  90 # System specific flags
  91 #=========================================
  92 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
  93   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
  94 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
  95
  96 #=========================================
  97 # Add MPI preprocessor flags
  98 #=========================================
  99 if (UNRES_WITH_MPI)
 100   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 101 endif(UNRES_WITH_MPI)
 102
 103
 104 #=========================================
 105 # Apply preprocesor flags to *.F files
 106 #=========================================
 107 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 108
 109
 110 #========================================
 111 #  Setting binary name
 112 #========================================
 113 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN "unres_clustMD.exe")
 114
 115 #=========================================
 116 # cinfo.f stupid workaround for cmake
 117 #  - shame on me ]:)
 118 #=========================================
 119 #set_property(SOURCE compinfo.c PROPERTY CMAKE_C_FLAGS "-c" )
 120 #add_executable(compinfo-wham-m compinfo.c)
 121 #set_target_properties(compinfo-wham-m PROPERTIES OUTPUT_NAME compinfo)
 122
 123 #set(UNRES_CINFO_DIR "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}" )
 124 #add_custom_command(OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 125 #       COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 126 #       COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/COMMON.IOUNITS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/COMMON.IOUNITS
 127 #       COMMAND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/compinfo | true
 128 #       DEPENDS compinfo-wham-m )
 129 #set_property(SOURCE ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 130
 131 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 132
 133
 134
 135 #=========================================
 136 # Set full unres CLUSTER sources
 137 #=========================================
 138 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} proc_proc.c)
 139
 140
 141
 142 #=========================================
 143 # Build the binary
 144 #=========================================
 145 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS} )
 146 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN})
 147
 148 #=========================================
 149 # Link libraries
 150 #=========================================
 151 # link MPI library (libmpich.a)
 152 if(UNRES_WITH_MPI)
 153   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${MPIF_LIBRARIES} )
 154 endif(UNRES_WITH_MPI)
 155 # link libxdrf.a
 156 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN xdrf )
 157
 158 #=========================================
 159 # TESTS
 160 #=========================================
 161
 162 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 163 #SET(UNRES_TEST_FILES
 164 #       ala10.inp
 165 #    )
 166
 167 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 168 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 169 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 170 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 171 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 172 #          POST_BUILD
 173 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 174 #      )
 175 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 176
 177 #=========================================
 178 # Generate data test files
 179 #=========================================
 180 #  test_single_ala.sh
 181 #=========================================
 182
 183 #FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh
 184 #"#!/bin/sh
 185 #export POT=GB
 186 #export PREFIX=ala10
 187 #-----------------------------------------------------------------------------
 188 #UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 189 #-----------------------------------------------------------------------------
 190 #DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 191 #export BONDPAR=$DD/bond.parm
 192 #export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 193 #export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 194 #export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 195 #export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 196 #export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 197 #export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 198 #export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 199 #export SCPPAR=$DD/scp.parm
 200 #export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 201 #export PATTERN=$DD/patterns.cart
 202 #-----------------------------------------------------------------------------
 203 #$UNRES_BIN
 204 #")
 205
 206 #=========================================
 207 #  ala10.inp
 208 #=========================================
 209
 210 #file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 211 #"ala10 unblocked
 212 #SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2 PDBOUT
 213 #nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 214 #reset_moment=1000 reset_vel=1000 MDPDB
 215 #WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 216 #WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 217 #WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 218 #WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 219 #CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 220 #12
 221 #XAAAAAAAAAAX
 222 # 0
 223 # 0
 224 #   90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 225 #   90.0000   90.0000
 226 #  180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 227 #  180.0000
 228 #  110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 229 #  110.0000  110.0000
 230 # -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 231 # -120.0000 -120.0000
 232 #")
 233
 234
 235 # Add tests
 236
 237 #if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 238
 239 #  add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 240
 241 #endif(NOT UNRES_WITH_MPI)