qcg/utils.py

   1 # coding=utf-8
   2
   3 from functools import wraps
   4
   5 import os
   6 import string
   7 import random
   8
   9 from django.contrib.auth.decorators import login_required
  10 from django.core.cache import caches
  11 from django.core.paginator import Paginator
  12 from django.utils.formats import date_format
  13 from django.utils.timezone import localtime
  14 from django.views.decorators.cache import cache_control
  15 from pyqcg import QCG
  16 from pyqcg.description import JobDescription
  17
  18 from filex.ftp import FTPOperation
  19 from qcg import constants
  20
  21
  22 from django.utils import encoding
  23
  24 resources_cache = caches['resources']
  25
  26
  27 def get_attributes(obj, attrs):
  28     return {name: getattr(obj, name) for name in attrs if getattr(obj, name) is not None}
  29
  30
  31 def username_from_dn(dn):
  32     _, username = dn.rsplit('=', 1)
  33
  34     return username
  35
  36
  37 def try_parse_int(s, default=None, base=10):
  38     try:
  39         return int(s, base)
  40     except (TypeError, ValueError):
  41         return default
  42
  43
  44 def paginator_context(request, objects, per_page=constants.PER_PAGE):
  45     paginator = Paginator(objects, per_page)
  46
  47     page_num = try_parse_int(request.GET.get('page'), 1)
  48     if not (1 <= page_num <= paginator.num_pages):
  49         page_num = 1
  50
  51     pages_range = range(max(2, min(page_num - 2, paginator.num_pages - 4)),
  52                         min(max(page_num + 2, 5), paginator.num_pages) + 1)
  53
  54     return {'page': paginator.page(page_num), 'num_pages': paginator.num_pages, 'pages_range': pages_range}
  55
  56
  57 def localtime_str(datetime):
  58     return date_format(localtime(datetime), 'DATETIME_FORMAT')
  59
  60
  61 def random_id(size=8, chars=string.ascii_uppercase + string.digits):
  62     return ''.join(random.choice(chars) for _ in range(size))
  63
  64
  65 def chunks(seq, size):
  66     return (seq[pos:pos + size] for pos in xrange(0, len(seq), size))
  67
  68 def generate_md_inputfile(params):
  69     md_input = list()
  70     # Opis pliku wyjsciowego
  71     opis=params['note'][:80]
  72     md_input.append(encoding.smart_str(opis, encoding='ascii', errors='ignore'))
  73     # Dane kontrolne obliczen
  74     md_input.append('SEED=-3059743 PDBREF ONE_LETTER MD EXTCONF RESCALE_MODE=2')
  75     ctl_data='nstep='+str(params['nstep'])+' ntwe='+str(params['ntwe'])
  76     ctl_data+=' ntwx='+str(params['ntwx'])+' dt='+str(params['dt'])+' damax='+str(params['damax'])+'lang=1 scal_fric=0.01'
  77     md_input.append('{:<79}&'.format(ctl_data))
  78     md_input.append('tau_bath=1.0 t_bath=300 reset_vel=0 respa ntime_split=1 maxtime_split=512 mdpdb')
  79     # Paramatry pól siłowych
  80     if params['force_field'] == 'GAB':
  81         # Wagi pola GAB
  82         md_input.append('WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &')
  83         md_input.append('WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &')
  84         md_input.append('WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &')
  85         md_input.append('WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &')
  86         md_input.append('CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000 WSCCOR=0.0')
  87     else:
  88         # Wagi pola E0LLY
  89         md_input.append('WLONG=1.00000 WSCP=1.23315 WELEC=0.84476 WBOND=1.00000 WANG=0.62954            &')
  90         md_input.append('WSCLOC=0.10554 WTOR=1.84316 WTORD=1.26571 WCORRH=0.19212 WCORR5=0.00000        &')
  91         md_input.append('WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.37357 WTURN3=1.40323 WTURN4=0.64673 WTURN6=0.00000    &')
  92         md_input.append('WVDWPP=0.23173 WHPB=1.00000 WSCCOR=0.0                                         &')
  93         md_input.append('CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000')
  94     # Plik PDB
  95     md_input.append(params['pdb_file'].split('/')[-1])
  96     # Sekwencja aminokwasów
  97     md_input.append(len(params['sequence']))
  98     seq_str=params['sequence']
  99     while seq_str:
 100         md_input.append(seq_str[:80])
 101         seq_str=seq_str[80:]
 102     md_input.append(' 0')
 103     md_input.append(' 0')
 104
 105     return md_input
 106
 107
 108 def to_job_desc(params, proxy):
 109     QCG.start()
 110     desc = JobDescription()
 111
 112     direct_map = ('env_variables', 'executable', 'arguments', 'note', 'grant', 'hosts', 'properties', 'queue', 'procs',
 113                   'wall_time', 'memory', 'memory_per_slot', 'modules', 'input', 'stage_in', 'native', 'notify',
 114                   'preprocess', 'postprocess', 'persistent')
 115
 116     for name in direct_map:
 117         if params[name]:
 118             setattr(desc, name, params[name])
 119
 120     if params['application']:
 121         desc.set_application(*params['application'])
 122         desc.stage_in += [params['master_file']]
 123         desc.arguments.insert(0, os.path.basename(params['master_file']))
 124     if params['script']:
 125         ftp = FTPOperation(proxy)
 126
 127         ftp.mkdir(constants.QCG_DATA_URL, parents=True)
 128         url = os.path.join(constants.QCG_DATA_URL, 'script.{}.sh'.format(random_id()))
 129         ftp.put(url)
 130
 131         for chunk in chunks(params['script'], 4096):
 132             ftp.stream.put(chunk)
 133         ftp.stream.put(None)
 134         ftp.wait()
 135
 136         desc.executable = url
 137     if params['nodes']:
 138         desc.set_nodes(*params['nodes'])
 139     if params['reservation']:
 140         desc.set_reservation(params['reservation'])
 141     if params['watch_output']:
 142         desc.set_watch_output(params['watch_output'], params['watch_output_pattern'])
 143
 144     # TODO monitoring
 145
 146     return desc
 147
 148
 149 def to_form_data(xml):
 150     # prevent circular import errors
 151     from forms import JobDescriptionForm
 152
 153     QCG.start()
 154     desc = JobDescription()
 155     desc.xml_description = xml
 156
 157     direct_map = ('env_variables', 'executable', 'arguments', 'note', 'grant', 'hosts', 'properties', 'queue', 'procs',
 158                   'wall_time', 'modules', 'input', 'stage_in', 'native', 'persistent')
 159
 160     params = {}
 161     for name in direct_map:
 162         attr = getattr(desc, name)
 163         if isinstance(attr, bool) or attr:
 164             params[name] = attr
 165
 166     if desc.application is not None:
 167         app_name, app_ver = desc.application
 168         params['application'] = app_name if app_ver is None else app_name + '/' + app_name
 169         stage_in = params['stage_in']
 170         params['stage_in'], params['master_file'] = stage_in[:-1], stage_in[-1]
 171         params['arguments'] = params['arguments'][1:]
 172     if desc.nodes is not None:
 173         params['nodes'] = ':'.join(map(str, desc.nodes))
 174     if desc.reservation is not None:
 175         res_id, res_type = desc.reservation
 176         params['reservation'] = res_id
 177     if desc.notify is not None:
 178         params['notify_type'], params['notify_address'] = desc.notify.split(':')
 179     if desc.watch_output is not None:
 180         watch_output, params['watch_output_pattern'] = desc.watch_output
 181         params['watch_output_type'], params['watch_output_address'] = watch_output.split(':')
 182     if desc.preprocess is not None:
 183         if desc.preprocess.startswith('gsiftp://'):
 184             params['preprocess_type'] = JobDescriptionForm.Process.SCRIPT
 185             params['preprocess_script'] = desc.preprocess
 186         else:
 187             params['preprocess_type'] = JobDescriptionForm.Process.CMD
 188             params['preprocess_cmd'] = desc.preprocess
 189     if desc.postprocess is not None:
 190         if desc.postprocess.startswith('gsiftp://'):
 191             params['postprocess_type'] = JobDescriptionForm.Process.SCRIPT
 192             params['postprocess_script'] = desc.postprocess
 193         else:
 194             params['postprocess_type'] = JobDescriptionForm.Process.CMD
 195             params['postprocess_cmd'] = desc.postprocess
 196     if desc.memory:
 197         params['memory'] = int(desc.memory)
 198     if desc.memory_per_slot:
 199         params['memory_per_slot'] = int(desc.memory_per_slot)
 200
 201     return params
 202
 203
 204 def restricted(view):
 205     return wraps(view)(cache_control(no_cache=True, must_revalidate=True, no_store=True)(login_required(view)))
 206
 207
 208 def cached_resources(proxy):
 209     hosts = resources_cache.get('hosts')
 210     if hosts is None:
 211         # prevent circular import errors
 212         from qcg.service import fetch_resources
 213
 214         hosts, _, applications, modules = map(make_choices, fetch_resources(proxy))
 215         resources_cache.set('hosts', hosts)
 216         resources_cache.set('applications', applications)
 217         resources_cache.set('modules', modules)
 218     else:
 219         applications = resources_cache.get('applications')
 220         modules = resources_cache.get('modules')
 221
 222     return hosts, applications, modules
 223
 224
 225 def make_choices(iterable):
 226     return ((None, ''),) + tuple((item, item) for item in sorted(iterable))