files/fluct.py

   1 from pymol import cmd, stored, math
   2 import time
   3
   4 with open('plik.pdb') as f, open('plik1.pdb', 'w') as f1:
   5    prev_ires=None
   6    ires = 0
   7    for line in f:
   8      if line[0:6] == 'ATOM  ':
   9        if line[22:26] != prev_ires:
  10          prev_ires=line[22:26]
  11          ires += 1
  12        f1.write(line[:22]+str(ires).rjust(4)+line[26:])
  13      elif line[0:3] == 'TER':
  14        f1.write(line)
  15
  16 cmd.load('plik1.pdb')
  17 mol='plik1'
  18 obj=cmd.get_object_list(mol)[0]
  19 inFile = open('fluctuations.txt', 'r')
  20
  21 cmd.iterate("first %s and polymer and n. CA" % mol,"stored.first=resv")
  22 counter=stored.first
  23
  24 bfacts=[]
  25 for line in inFile.readlines():
  26    bfact=float(line)
  27    bfacts.append(bfact)
  28    cmd.alter("%s and resi %s and n. CA"%(mol,counter), "b=%s"%bfact)
  29    counter=counter+1
  30
  31 #cmd.hide("all")
  32 #cmd.show_as("stick", "name ca")
  33
  34 cmd.show_as("cartoon",mol)
  35 cmd.cartoon("putty", mol)
  36 cmd.show("sticks","(cys/ca+cb+sg) and byres (cys/sg and bound_to cys/sg)")
  37 cmd.set("cartoon_putty_scale_min", min(bfacts),obj)
  38 cmd.set("cartoon_putty_scale_max", max(bfacts),obj)
  39 cmd.set("cartoon_putty_transform", 7,obj)
  40 cmd.set("cartoon_putty_radius", 0.3,obj)
  41
  42 cmd.spectrum("b","rainbow", "%s and n. CA " %mol)
  43 cmd.ramp_new("count", obj, [min(bfacts), max(bfacts)], "rainbow")
  44 cmd.recolor()
  45 cmd.bg_color("white")
  46 #cmd.zoom("all",7)
  47 #cmd.set("all_states","on")
  48 cmd.save("fluct.pse")
  49 cmd.png("fluct.png",500,400,ray=1)
  50 cmd.quit()
  51
  52