examples/unres/new/microcanonical/RESPA/ff_1l2y/1L2Y_micro.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : 1L2Y_micro.inp
   5  Output file                     : 1L2Y_micro.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/scinter_GB.parm
   9  SCp potential file              : /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/scp.parm
  10  Electrostatic potential file    :
  11  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  12  Cumulant coefficient file       :
  13  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  14  Torsional parameter file        :
  15  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  16  Double torsional parameter file :
  17  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  18  SCCOR parameter file : /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  19  Bond & inertia constant file    :
  20  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/bond_AM1.parm
  21  Bending parameter file          :
  22  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/theta_abinitio.parm
  23  Rotamer parameter file          :
  24  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
  25  Threading database              :
  26  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/patterns.cart
  27 --------------------------------------------------------------------------------
  28 ********************************************************************************
  29 United-residue force field calculation - parallel job.
  30 ********************************************************************************
  31  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  32  ++++ Compile info ++++
  33  Version 2.5 build 303
  34  compiled Mon Jul 23 17:44:56 2012
  35  compiled by jal47@matrix.chem.cornell.edu
  36  OS name:    Linux
  37  OS release: 2.6.34.9-69.fc13.x86_64
  38  OS version: #1 SMP Tue May 3 09:23:03 UTC 2011
  39  flags:
  40  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
  41  FC= ifort
  42  OPT =  -g -ip -w -CB
  43  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  44  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  45  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  46  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  47  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
  48  ARCH = LINUX
  49  PP = /lib/cpp -P
  50  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  51  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
  52  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_MP...
  53  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
  54  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
  55  ++++ End of compile info ++++
  56  Start reading THETA_PDB
  57  End reading THETA_PDB
  58
  59 Potential is GB , exponents are   6 12
  60
  61 Disulfide bridge parameters:
  62 S-S bridge energy:      -5.50
  63 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  64 akth:     11.00 akct:     12.00
  65 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  66  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -46
  67       -45086
  68  ran_num  6.422640197456531E-013
  69 RMSDBC =        3.0
  70 RMSDBC1 =        0.5
  71 RMSDBC1MAX =        1.5
  72 DRMS    =        0.1
  73 RMSDBCM =        3.0
  74 Time limit (min):     960.0
  75  RESCALE_MODE           2
  76 Library  routine used to diagonalize matrices.
  77
  78 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  79
  80 The units are:
  81 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  82 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  83 energy: kcal/mol, temperature: K
  84
  85                                        Number of time steps:   1000000
  86                  Initial time step of numerical integration:   0.01000 natural units
  87                                                                0.48900 fs
  88 A-MTS algorithm used; initial time step for fast-varying short-range forces split into   1 steps.
  89 Short-range force cutoff 2.00 lambda 0.30
  90 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:  20.00000
  91 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
  92             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  93                                Frequency of property output:     10000
  94                              Frequency of coordinate output:     10000
  95 Microcanonical mode calculation
  96
  97 ============================== End of MD run setup =============================
  98
  99
 100 Energy-term weights (unscaled):
 101
 102 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 103 WSCP=     1.233150 (SC-p)
 104 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
 105 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
 106 WBOND=    1.000000 (stretching)
 107 WANG=     0.629540 (bending)
 108 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
 109 WTOR=     1.843160 (torsional)
 110 WTORD=    1.265710 (double torsional)
 111 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 112 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
 113 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
 114 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 115 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 116 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
 117 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
 118 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
 119 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 120
 121 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 122
 123 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 124 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 125
 126 Energy-term weights (scaled):
 127
 128 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 129 WSCP=     1.233150 (SC-p)
 130 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
 131 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
 132 WBOND=    1.000000 (stretching)
 133 WANG=     0.629540 (bending)
 134 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
 135 WTOR=     1.843160 (torsional)
 136 WTORD=    1.265710 (double torsional)
 137 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 138 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
 139 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
 140 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 141 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 142 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
 143 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
 144 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
 145 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 146  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 147  Parameters of the SS-bond potential:
 148  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 149    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 150  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 151    13.7000000000000
 152  EBR  -5.50000000000000
 153 PDB data will be read from file ../../../1L2Y.pdb
 154  Nres:    21
 155 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
 156   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
 157   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.407   3.153  -2.437
 158   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.618   6.091  -1.850
 159   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
 160   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.484  -0.369   1.074
 161   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.089  -1.450  -4.853
 162   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
 163   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.244  -2.097   3.799
 164   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
 165  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
 166  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
 167  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
 168  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
 169  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
 170  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
 171  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
 172  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
 173  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
 174  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
 175  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
 176  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
 177  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
 178 nsup= 20 nstart_sup=  2
 179  ITEL
 180            1          21           0
 181            2          14           1
 182            3           5           1
 183            4           8           1
 184            5           4           1
 185            6          13           1
 186            7           7           1
 187            8           5           1
 188            9          19           1
 189           10          16           1
 190           11          10           1
 191           12          10           2
 192           13          20           1
 193           14          12           1
 194           15          12           1
 195           16          10           1
 196           17          18           2
 197           18          20           2
 198           19          20           2
 199           20          20           1
 200           21          12           0
 201  ns=           0  iss:
 202 Boundaries in phi angle sampling:
 203 D      1    -180.0     180.0
 204 ASN    2    -180.0     180.0
 205 LEU    3    -180.0     180.0
 206 TYR    4    -180.0     180.0
 207 ILE    5    -180.0     180.0
 208 GLN    6    -180.0     180.0
 209 TRP    7    -180.0     180.0
 210 LEU    8    -180.0     180.0
 211 LYS    9    -180.0     180.0
 212 ASP   10    -180.0     180.0
 213 GLY   11    -180.0     180.0
 214 GLY   12    -180.0     180.0
 215 PRO   13    -180.0     180.0
 216 SER   14    -180.0     180.0
 217 SER   15    -180.0     180.0
 218 GLY   16    -180.0     180.0
 219 ARG   17    -180.0     180.0
 220 PRO   18    -180.0     180.0
 221 PRO   19    -180.0     180.0
 222 PRO   20    -180.0     180.0
 223 SER   21    -180.0     180.0
 224 D     22    -180.0     180.0
 225 nsup= 20
 226  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
 227  NZ_START=           2  NZ_END=          21
 228  IZ_SC=           0
 229  Contact order:  0.308441558441558
 230  Shifting contacts:           2           2
 231            1  ILE            5  ASN            2
 232            2  TRP            7  TYR            4
 233            3  LEU            8  TYR            4
 234            4  LEU            8  ILE            5
 235            5  LYS            9  GLN            6
 236            6  GLY           12  TRP            7
 237            7  GLY           12  LEU            8
 238            8  SER           14  GLY           11
 239            9  SER           15  ASP           10
 240           10  SER           15  GLY           11
 241           11  PRO           19  TRP            7
 242           12  PRO           20  LEU            3
 243           13  PRO           20  TYR            4
 244           14  PRO           20  TRP            7
 245
 246 Geometry of the virtual chain.
 247   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 248 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 249 ASN   2     3.861     0.000     0.000     1.977    94.624  -178.093
 250 LEU   3     3.876    92.239     0.000     2.195   102.878   -79.236
 251 TYR   4     3.861    92.239  -180.000     3.330   163.195    -7.440
 252 ILE   5     3.871    90.357    45.849     1.692   144.011  -104.516
 253 GLN   6     3.846    89.090    55.194     2.338   170.986  -139.318
 254 TRP   7     3.867    88.657    49.396     3.617   123.650   -21.913
 255 LEU   8     3.859    93.032    48.298     2.105   151.723  -105.899
 256 LYS   9     3.882    94.826    46.843     2.997   106.974   -55.960
 257 ASP  10     3.861    87.966    59.623     1.991   153.447  -128.646
 258 GLY  11     3.891    89.908    56.679     0.000     0.000     0.000
 259 GLY  12     3.864   100.181   -87.304     0.000     0.000     0.000
 260 PRO  13     3.886   109.073  -127.499     1.402   101.771  -115.580
 261 SER  14     3.876    89.537     4.261     1.267   144.515  -129.218
 262 SER  15     3.875    91.815    66.108     1.262   161.047  -100.177
 263 GLY  16     3.866   101.784    70.140     0.000     0.000     0.000
 264 ARG  17     3.866    92.201  -108.949     3.411   139.846  -132.716
 265 PRO  18     3.878   133.225   103.824     1.397   115.610  -118.024
 266 PRO  19     3.860   121.502  -122.527     1.395   118.575  -122.417
 267 PRO  20     3.858   117.950   -90.285     1.396   118.959  -126.207
 268 SER  21     3.864   114.201  -108.328     0.708   128.925   -37.341
 269 D    22     3.858   114.201   180.000     0.000     0.000     0.000
 270
 271
 272 ********************************************************************************
 273                     Processor   0: end reading molecular data.
 274 ********************************************************************************
 275
 276
 277 Mesoscopic molecular dynamics (MD) calculation.
 278
 279 ********************************************************************************
 280
 281  Calling chainbuild
 282 ====================MD calculation start====================
 283  Initial velocities randomly generated
 284  Initial velocities
 285   0   0.02267   0.06282  -0.18129      0.00000   0.00000   0.00000
 286   1   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 287   2  -0.36014  -0.22705  -0.00171     -0.06904  -0.02446   0.24778
 288   3   0.27655   0.20645   0.14150      0.26200   0.15105   0.09342
 289   4   0.10834  -0.11941   0.14712      0.10330  -0.09595   0.03277
 290   5   0.05798  -0.08974   0.08325      0.03879   0.02648  -0.14707
 291   6   0.01211   0.16444  -0.14711     -0.01628   0.11599  -0.16511
 292   7  -0.01010  -0.05513   0.03662     -0.18958   0.06429   0.04531
 293   8  -0.01799   0.13439  -0.04510      0.02318   0.10657   0.03722
 294   9  -0.26458  -0.01929   0.09531     -0.22533  -0.17075  -0.04594
 295  10   0.14062  -0.06051  -0.18363      0.20415  -0.15549  -0.17329
 296  11  -0.14145   0.13159  -0.00733      0.00000   0.00000   0.00000
 297  12   0.19745  -0.24261   0.01759      0.00000   0.00000   0.00000
 298  13  -0.15305   0.28008   0.07251      0.06558   0.14824   0.10057
 299  14   0.11104  -0.31941   0.15684     -0.02949  -0.09688   0.05398
 300  15   0.14534   0.10342  -0.23754     -0.13923   0.07952   0.07655
 301  16  -0.11969   0.14757   0.15002      0.00000   0.00000   0.00000
 302  17  -0.09007  -0.15856  -0.20234     -0.07955  -0.08516  -0.10245
 303  18   0.24139   0.09063   0.14043     -0.02074   0.10220   0.04907
 304  19  -0.14354  -0.07226  -0.29143     -0.12408  -0.06855  -0.02978
 305  20   0.28536   0.09023   0.56577      0.02348   0.16297   0.19270
 306  21   0.00000   0.00000   0.00000     -0.13725  -0.06434  -0.21957
 307  22   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 308  Calling the zero-angular  momentum subroutine
 309  vcm right after adjustment:
 310   4.226504204090251E-017 -1.020894735287500E-018 -4.083578941150001E-019
 311
 312
 313               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 314              X           Y           Z          X           Y           Z
 315 D  (  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 316 ASN(  2)     3.86050     0.00000     0.00000     2.55159     1.47985     0.06557
 317 LEU(  3)     4.01193    -3.87344     0.00000     3.96088    -4.50305    -2.10206
 318 TYR(  4)     7.87243    -3.87344     0.00000    10.79652    -4.89021    -1.22632
 319 ILE(  5)     7.89655    -1.17680     2.77774     7.76075     0.44675     2.31935
 320 GLN(  6)     5.70141    -3.47509     4.94285     3.60888    -3.02771     5.88565
 321 TRP(  7)     8.16996    -6.36206     4.22016    10.77228    -8.29798     2.61912
 322 LEU(  8)    11.25658    -4.20989     5.07405    12.42370    -3.38205     3.52958
 323 LYS(  9)     9.76612    -2.79308     8.36640     6.86736    -2.82804     9.12493
 324 ASP( 10)     9.49962    -6.42561     9.64741     7.69328    -7.25489     9.53489
 325 GLY( 11)    13.31647    -6.90493     9.06335    13.31647    -6.90493     9.06335
 326 GLY( 12)    13.30671    -8.01769     5.36352    13.30671    -8.01769     5.36352
 327 PRO( 13)    15.31165   -11.32992     5.02827    16.17763   -10.48298     4.32295
 328 SER( 14)    15.75414   -11.41497     8.87760    16.77305   -10.71800     9.16233
 329 SER( 15)    11.95328   -11.92981     9.42670    11.12717   -10.97987     9.51528
 330 GLY( 16)    11.45094   -15.53878     8.13618    11.45094   -15.53878     8.13618
 331 ARG( 17)     9.54906   -14.31220     5.00147     7.79760   -12.40573     7.22288
 332 PRO( 18)    10.53690   -13.94710     1.26956     9.62009   -14.99504     1.15440
 333 PRO( 19)    10.30439   -10.55356    -0.55592    11.52337   -10.99526    -1.06954
 334 PRO( 20)     6.99735    -9.68439    -2.34313     7.03150    -8.66136    -1.39345
 335 SER( 21)     7.20688    -9.78655    -6.20031     7.28380   -10.16020    -6.79638
 336 D  ( 22)     3.89984    -8.91739    -7.98752     3.89984    -8.91739    -7.98752
 337
 338 Geometry of the virtual chain.
 339   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 340 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 341 ASN   2     3.861     0.000     0.000     1.977    94.624  -178.093
 342 LEU   3     3.876    92.239     0.000     2.195   102.878   -79.236
 343 TYR   4     3.861    92.239  -180.000     3.330   163.195    -7.440
 344 ILE   5     3.871    90.357    45.849     1.692   144.011  -104.516
 345 GLN   6     3.846    89.090    55.194     2.338   170.986  -139.318
 346 TRP   7     3.867    88.657    49.396     3.617   123.650   -21.913
 347 LEU   8     3.859    93.032    48.298     2.105   151.723  -105.899
 348 LYS   9     3.882    94.826    46.843     2.997   106.974   -55.960
 349 ASP  10     3.861    87.966    59.623     1.991   153.447  -128.646
 350 GLY  11     3.891    89.908    56.679     0.000   180.000   180.000
 351 GLY  12     3.864   100.181   -87.304     0.000   180.000   180.000
 352 PRO  13     3.886   109.073  -127.499     1.402   101.771  -115.580
 353 SER  14     3.876    89.537     4.261     1.267   144.515  -129.218
 354 SER  15     3.875    91.815    66.108     1.262   161.047  -100.177
 355 GLY  16     3.866   101.784    70.140     0.000   180.000   180.000
 356 ARG  17     3.866    92.201  -108.949     3.411   139.846  -132.716
 357 PRO  18     3.878   133.225   103.824     1.397   115.610  -118.024
 358 PRO  19     3.860   121.502  -122.527     1.395   118.575  -122.417
 359 PRO  20     3.858   117.950   -90.285     1.396   118.959  -126.207
 360 SER  21     3.864   114.201  -108.328     0.708   128.925   -37.341
 361 D    22     3.858   114.201   180.000     0.000   180.000   180.000
 362  Potential energy and its components
 363
 364 Virtual-chain energies:
 365
 366 EVDW=     -1.798849E+01 WEIGHT=    1.000000D+00 (SC-SC)
 367 EVDW2=     4.471415E+01 WEIGHT=    1.233150D+00 (SC-p)
 368 EES=      -9.165378E+01 WEIGHT=    8.447600D-01 (p-p)
 369 EVDWPP=   -3.362882E+01 WEIGHT=    2.317300D-01 (p-p VDW)
 370 ESTR=      5.659036E+01 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 371 EBE=      -5.669935E+00 WEIGHT=    6.295400D-01 (bending)
 372 ESC=       1.734458E+02 WEIGHT=    1.055400D-01 (SC local)
 373 ETORS=     1.479510E+01 WEIGHT=    1.843160D+00 (torsional)
 374 ETORSD=    1.006444E+00 WEIGHT=    1.265710D+00 (double torsional)
 375 EHPB=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 376 ECORR4=   -6.528803E+01 WEIGHT=    1.921200D-01 (multi-body)
 377 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 378 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 379 EELLO=    -4.012900E+00 WEIGHT=    3.735700D-01 (electrostatic-local)
 380 ETURN3=    1.829789E+01 WEIGHT=    1.403230D+00 (turns, 3rd order)
 381 ETURN4=    6.580750E-01 WEIGHT=    6.467300D-01 (turns, 4th order)
 382 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
 383 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
 384 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 385 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 386 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 387 ETOT=      6.386200E+01 (total)
 388
 389 Initial:
 390            Kinetic energy   3.07644E+01
 391          potential energy   6.38620E+01
 392              total energy   9.46264E+01
 393
 394     maximum acceleration    1.97191E+00
 395
 396  acceleration/energy drift too large   24.8795828613454
 397   0.393622871058234       split increased to            2  itime       49077
 398   itsplit           1
 399
 400
 401 ===================================  Timing  ===================================
 402
 403                   MD calculations setup:    7.81250E-03
 404            Energy & gradient evaluation:    3.55145E+02
 405                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 406                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 407                                MD steps:    3.82531E+02
 408
 409
 410 ============================  End of MD calculation  ===========================
 411 CG processor   0 is finishing work.
 412  Total wall clock time   385.605468750000       sec