examples/unres/MINIM/outputs/1L2Y_min.out_GB

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : 1L2Y_min.inp
   5  Output file                     : 1L2Y_min.out_GB
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/adam/unres/PARAM/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
   9  SCp potential file              : /users/adam/unres/PARAM/scp.parm
  10  Electrostatic potential file    : /users/adam/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  11  Cumulant coefficient file       :
  12  /users/adam/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  13  Torsional parameter file        : /users/adam/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  14  Double torsional parameter file :
  15  /users/adam/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  16  SCCOR parameter file : /users/adam/unres/PARAM/rotcorr_AM1.parm
  17  Bond & inertia constant file    : /users/adam/unres/PARAM/bond.parm
  18  Bending parameter file          : /users/adam/unres/PARAM/thetaml.5parm
  19  Rotamer parameter file          : /users/adam/unres/PARAM/scgauss.parm
  20  Threading database              : /users/adam/unres/PARAM/patterns.cart
  21 --------------------------------------------------------------------------------
  22 ********************************************************************************
  23 United-residue force field calculation - serial job.
  24 ********************************************************************************
  25  ### LAST MODIFIED  11/03/09 1:19PM by czarek
  26  ++++ Compile info ++++
  27  Version MINI energy and minimization only
  28
  29 Potential is GB , exponents are   6 12
  30
  31 Disulfide bridge parameters:
  32 S-S bridge energy:      -5.50
  33 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  34 akth:     11.00 akct:     12.00
  35 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  36 RMSDBC =        3.0
  37 RMSDBC1 =        0.5
  38 RMSDBC1MAX =        1.5
  39 DRMS    =        0.1
  40 RMSDBCM =        3.0
  41 Time limit (min):     960.0
  42  RESCALE_MODE           2
  43 Library  routine used to diagonalize matrices.
  44
  45 ********************************************************************************
  46                     Options in energy minimization:
  47 ********************************************************************************
  48 MaxMin: 2000 MaxFun: 5000MinMin: 2000 MinFun: 2000 TolF:   1.00000E-02 RTolF:   1.00000E-04
  49
  50 Energy-term weights (unscaled):
  51
  52 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
  53 WSCP=     1.593040 (SC-p)
  54 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
  55 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
  56 WBOND=    1.000000 (stretching)
  57 WANG=     1.138730 (bending)
  58 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
  59 WTOR=     1.985990 (torsional)
  60 WTORD=    1.570690 (double torsional)
  61 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
  62 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
  63 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
  64 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
  65 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
  66 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
  67 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
  68 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
  69 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
  70
  71 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
  72
  73 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
  74 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
  75
  76 Energy-term weights (scaled):
  77
  78 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
  79 WSCP=     1.593040 (SC-p)
  80 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
  81 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
  82 WBOND=    1.000000 (stretching)
  83 WANG=     1.138730 (bending)
  84 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
  85 WTOR=     1.985990 (torsional)
  86 WTORD=    1.570690 (double torsional)
  87 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
  88 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
  89 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
  90 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
  91 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
  92 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
  93 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
  94 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
  95 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
  96  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
  97  Parameters of the SS-bond potential:
  98  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
  99    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 100  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 101    13.7000000000000
 102  EBR  -5.50000000000000
 103 PDB data will be read from file 1L2Y.pdb
 104  Nres:    21
 105 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
 106   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
 107   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.407   3.153  -2.437
 108   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.618   6.091  -1.850
 109   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
 110   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.484  -0.369   1.074
 111   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.089  -1.450  -4.853
 112   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
 113   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.244  -2.097   3.799
 114   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
 115  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
 116  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
 117  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
 118  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
 119  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
 120  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
 121  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
 122  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
 123  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
 124  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
 125  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
 126  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
 127  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
 128 nsup= 20 nstart_sup=  2
 129  ITEL
 130            1          21           0
 131            2          14           1
 132            3           5           1
 133            4           8           1
 134            5           4           1
 135            6          13           1
 136            7           7           1
 137            8           5           1
 138            9          19           1
 139           10          16           1
 140           11          10           1
 141           12          10           2
 142           13          20           1
 143           14          12           1
 144           15          12           1
 145           16          10           1
 146           17          18           2
 147           18          20           2
 148           19          20           2
 149           20          20           1
 150           21          12           0
 151  ns=           0  iss:
 152 Boundaries in phi angle sampling:
 153 D      1    -180.0     180.0
 154 ASN    2    -180.0     180.0
 155 LEU    3    -180.0     180.0
 156 TYR    4    -180.0     180.0
 157 ILE    5    -180.0     180.0
 158 GLN    6    -180.0     180.0
 159 TRP    7    -180.0     180.0
 160 LEU    8    -180.0     180.0
 161 LYS    9    -180.0     180.0
 162 ASP   10    -180.0     180.0
 163 GLY   11    -180.0     180.0
 164 GLY   12    -180.0     180.0
 165 PRO   13    -180.0     180.0
 166 SER   14    -180.0     180.0
 167 SER   15    -180.0     180.0
 168 GLY   16    -180.0     180.0
 169 ARG   17    -180.0     180.0
 170 PRO   18    -180.0     180.0
 171 PRO   19    -180.0     180.0
 172 PRO   20    -180.0     180.0
 173 SER   21    -180.0     180.0
 174 D     22    -180.0     180.0
 175 nsup= 20
 176  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
 177  NZ_START=           2  NZ_END=          21
 178  IZ_SC=           0
 179  Contact order:  0.000000000000000E+000
 180  Shifting contacts:           2           2
 181 Initial geometry will be read in.
 182
 183 Geometry of the virtual chain.
 184   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 185 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 186 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   102.356   -82.317
 187 LEU   3     3.800   104.929     0.000     1.939   120.092   -56.685
 188 TYR   4     3.800    87.695  -100.430     2.484   152.364    85.090
 189 ILE   5     3.800    81.904    72.426     1.776   134.976   -88.666
 190 GLN   6     3.800    82.466    66.026     2.240   122.343  -140.945
 191 TRP   7     3.800    84.466    51.434     2.605   152.178    38.024
 192 LEU   8     3.800    83.945    53.508     1.939   159.052   179.471
 193 LYS   9     3.800    85.396    60.569     2.541   100.558   -73.090
 194 ASP  10     3.800    91.449    44.177     1.709   139.961  -144.797
 195 GLY  11     3.800    94.602    67.604     0.000     0.000     0.000
 196 GLY  12     3.800   101.862   -72.814     0.000     0.000     0.000
 197 PRO  13     3.800   119.363   -61.916     1.345   117.453  -133.163
 198 SER  14     3.800    94.363   -75.894     1.150   137.025  -106.659
 199 SER  15     3.800    96.264    67.358     1.150   146.290  -130.305
 200 GLY  16     3.800   138.119   129.701     0.000     0.000     0.000
 201 ARG  17     3.800    96.299   -95.571     3.020    93.901  -102.747
 202 PRO  18     3.800   129.702    63.972     1.345   101.025  -111.641
 203 PRO  19     3.800   109.445   -74.504     1.345   113.043  -122.044
 204 PRO  20     3.800   106.349  -122.306     1.345    93.778  -102.374
 205 SER  21     3.800   106.042  -134.605     1.150   153.835  -143.303
 206 D    22     3.800   108.718    92.113     0.000     0.000     0.000
 207 Energy evaluation or minimization calculation.
 208
 209 Conformations will be energy-minimized.
 210 ********************************************************************************
 211
 212  Time for energy evaluation  0.000000000000000E+000
 213
 214 Virtual-chain energies:
 215
 216 EVDW=     -4.954316E+01 WEIGHT=    1.352790D+00 (SC-SC)
 217 EVDW2=     5.228224E+01 WEIGHT=    1.593040D+00 (SC-p)
 218 EES=      -1.132072E+02 WEIGHT=    7.153400D-01 (p-p)
 219 EVDWPP=    2.375178E+01 WEIGHT=    1.137100D-01 (p-p VDW)
 220 ESTR=      6.779273E-27 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 221 EBE=      -1.651995E+01 WEIGHT=    1.138730D+00 (bending)
 222 ESC=       7.185904E+01 WEIGHT=    1.625800D-01 (SC local)
 223 ETORS=     8.243370E+00 WEIGHT=    1.985990D+00 (torsional)
 224 ETORSD=    2.390466E+00 WEIGHT=    1.570690D+00 (double torsional)
 225 EHBP=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 226 ECORR4=   -8.338619E+01 WEIGHT=    4.288700D-01 (multi-body)
 227 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 228 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 229 EELLO=    -5.753258E+00 WEIGHT=    1.603600D-01 (electrostatic-local)
 230 ETURN3=    1.901845E+01 WEIGHT=    1.687220D+00 (turns, 3rd order)
 231 ETURN4=   -7.304754E+00 WEIGHT=    6.623000D-01 (turns, 4th order)
 232 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
 233 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
 234 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 235 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 236 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 237 ETOT=     -5.845169E+01 (total)
 238
 239 SUMSL return code:   4 energy      -84.02562
 240
 241
 242 Virtual-chain energies:
 243
 244 EVDW=     -5.376280E+01 WEIGHT=    1.352790D+00 (SC-SC)
 245 EVDW2=     4.680541E+01 WEIGHT=    1.593040D+00 (SC-p)
 246 EES=      -9.586281E+01 WEIGHT=    7.153400D-01 (p-p)
 247 EVDWPP=   -2.446799E+01 WEIGHT=    1.137100D-01 (p-p VDW)
 248 ESTR=      6.779273E-27 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 249 EBE=      -3.660122E+01 WEIGHT=    1.138730D+00 (bending)
 250 ESC=       5.708987E+01 WEIGHT=    1.625800D-01 (SC local)
 251 ETORS=     9.658113E+00 WEIGHT=    1.985990D+00 (torsional)
 252 ETORSD=    4.788257E-01 WEIGHT=    1.570690D+00 (double torsional)
 253 EHBP=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 254 ECORR4=   -7.085251E+01 WEIGHT=    4.288700D-01 (multi-body)
 255 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 256 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 257 EELLO=    -7.244433E+00 WEIGHT=    1.603600D-01 (electrostatic-local)
 258 ETURN3=    1.876661E+01 WEIGHT=    1.687220D+00 (turns, 3rd order)
 259 ETURN4=   -3.250661E+00 WEIGHT=    6.623000D-01 (turns, 4th order)
 260 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
 261 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
 262 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 263 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 264 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 265 ETOT=     -8.402562E+01 (total)
 266
 267 Geometry of the virtual chain.
 268   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 269 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 270 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   111.044   -86.039
 271 LEU   3     3.800   118.474     0.000     1.939   140.019   -46.973
 272 TYR   4     3.800    91.782  -102.415     2.484   119.733   113.918
 273 ILE   5     3.800    90.340    63.892     1.776   146.252   -93.860
 274 GLN   6     3.800    89.339    53.667     2.240   117.248  -118.234
 275 TRP   7     3.800    90.269    44.580     2.605   139.805    49.600
 276 LEU   8     3.800    90.553    45.705     1.939   138.282  -148.090
 277 LYS   9     3.800    90.261    51.314     2.541   132.649  -135.600
 278 ASP  10     3.800    91.852    45.494     1.709   141.171  -121.103
 279 GLY  11     3.800    91.252    65.830     0.000   180.000   180.000
 280 GLY  12     3.800   112.646   -69.720     0.000   180.000   180.000
 281 PRO  13     3.800   114.286   -63.518     1.345   128.995  -152.501
 282 SER  14     3.800    93.311   -78.177     1.150   136.731  -154.180
 283 SER  15     3.800    94.012    56.800     1.150   122.759  -145.374
 284 GLY  16     3.800   113.722   138.636     0.000   180.000   180.000
 285 ARG  17     3.800    94.193   -83.580     3.020    87.728  -103.583
 286 PRO  18     3.800   122.660    61.130     1.345   116.112  -122.422
 287 PRO  19     3.800   117.679   -80.012     1.345   141.586  -157.592
 288 PRO  20     3.800   115.759  -107.627     1.345    95.801   -96.819
 289 SER  21     3.800    93.934  -138.367     1.150   143.620  -130.805
 290 D    22     3.800   117.753    46.246     0.000   180.000   180.000
 291 SUMSL return code:  4
 292 # of energy evaluations:                 338
 293 # of energy evaluations/sec:        3063.636
 294
 295
 296 ***** Computation time:    0 hours  0 minutes  0 seconds *****