Added refsys,f
[unres.git] / examples / unres / MD / ff_gab / ala10-cx.out_GB
1 --------------------------------------------------------------------------------
2                               FILE ASSIGNMENT
3 --------------------------------------------------------------------------------
4  Input file                      : ala10-cx.inp
5  Output file                     : ala10-cx.out_GB
6  
7  Sidechain potential file        : 
8  ../../../../PARAM/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
9  SCp potential file              : ../../../../PARAM/scp.parm
10  Electrostatic potential file    : ../../../../PARAM/electr_631Gdp.parm
11  Cumulant coefficient file       : 
12  ../../../../PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
13  Torsional parameter file        : ../../../../PARAM/torsion_631Gdp.parm
14  Double torsional parameter file : ../../../../PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
15  SCCOR parameter file : ../../../../PARAM/rotcorr_AM1.parm
16  Bond & inertia constant file    : ../../../../PARAM/bond.parm
17  Bending parameter file          : ../../../../PARAM/thetaml.5parm
18  Rotamer parameter file          : ../../../../PARAM/scgauss.parm
19  Threading database              : ../../../../PARAM/patterns.cart
20 --------------------------------------------------------------------------------
21  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
22  ++++ Compile info ++++
23  Version 2.5 build 34
24  compiled Mon Apr  2 08:16:44 2012
25  compiled by adam@matrix.chem.cornell.edu
26  OS name:    Linux 
27  OS release: 2.6.34.9-69.fc13.x86_64 
28  OS version: #1 SMP Tue May 3 09:23:03 UTC 2011 
29  flags:
30  FC = ifort
31  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
32  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
33  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
34  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
35  CC = cc
36  CFLAGS = -DLINUX -DPGI -c
37  OPT =  -O3 -ip -w
38  LIBS = -Lxdrf -lxdrf
39  ARCH = LINUX
40  PP = /lib/cpp -P
41  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
42  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
43  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_si...
44  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
45  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
46  ++++ End of compile info ++++
47
48 Potential is GB , exponents are   6 12
49
50 Disulfide bridge parameters:
51 S-S bridge energy:      -5.50
52 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
53 akth:     11.00 akct:     12.00
54 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
55  ran_num  0.383569105241247     
56 RMSDBC =        3.0
57 RMSDBC1 =        0.5
58 RMSDBC1MAX =        1.5
59 DRMS    =        0.1
60 RMSDBCM =        3.0
61 Time limit (min):     960.0
62  RESCALE_MODE           2
63 Library  routine used to diagonalize matrices.
64  
65 =========================== Parameters of the MD run ===========================
66  
67 The units are:
68 positions: angstrom, time: 48.9 fs
69 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
70 energy: kcal/mol, temperature: K
71  
72                                        Number of time steps:     10000
73                  Initial time step of numerical integration:   0.10000 natural units
74                                                                4.89000 fs
75 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:   1.00000
76 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
77             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
78                                Frequency of property output:       100
79                              Frequency of coordinate output:      1000
80 Berendsen bath calculation
81                                                 Temperature: 300.00000
82                                     Coupling constant (tau):   0.10000
83 Momenta will be reset at zero every      1000 steps
84 Velocities will be reset at random every      1000 steps
85
86 ============================== End of MD run setup =============================
87
88
89 Energy-term weights (unscaled):
90
91 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
92 WSCP=     1.593040 (SC-p)
93 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
94 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
95 WBOND=    1.000000 (stretching)
96 WANG=     1.138730 (bending)
97 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
98 WTOR=     1.985990 (torsional)
99 WTORD=    1.570690 (double torsional)
100 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
101 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
102 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
103 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
104 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
105 WSCCOR=   1.000000 (back-scloc correlation)
106 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
107 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
108 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
109
110 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
111
112 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
113 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
114
115 Energy-term weights (scaled):
116
117 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
118 WSCP=     1.593040 (SC-p)
119 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
120 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
121 WBOND=    1.000000 (stretching)
122 WANG=     1.138730 (bending)
123 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
124 WTOR=     1.985990 (torsional)
125 WTORD=    1.570690 (double torsional)
126 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
127 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
128 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
129 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
130 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
131 WSCCOR=   1.000000 (back-scloc correlatkion)
132 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
133 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
134 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
135  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000     
136  Parameters of the SS-bond potential:
137  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
138    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000     
139  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
140    13.7000000000000     
141  EBR  -5.50000000000000     
142  ITEL
143            1          21           0
144            2           9           1
145            3           9           1
146            4           9           1
147            5           9           1
148            6           9           1
149            7           9           1
150            8           9           1
151            9           9           1
152           10           9           1
153           11           9           0
154  ns=           0  iss:
155 Boundaries in phi angle sampling:
156 D      1    -180.0     180.0
157 ALA    2    -180.0     180.0
158 ALA    3    -180.0     180.0
159 ALA    4    -180.0     180.0
160 ALA    5    -180.0     180.0
161 ALA    6    -180.0     180.0
162 ALA    7    -180.0     180.0
163 ALA    8    -180.0     180.0
164 ALA    9    -180.0     180.0
165 ALA   10    -180.0     180.0
166 ALA   11    -180.0     180.0
167 D     12    -180.0     180.0
168  NZ_START=           2  NZ_END=          11
169  IZ_SC=           0
170 Initial geometry will be read in.
171
172 Geometry of the virtual chain.
173   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta 
174 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
175 ALA   2     3.800     0.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
176 ALA   3     3.800    90.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
177 ALA   4     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
178 ALA   5     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
179 ALA   6     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
180 ALA   7     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
181 ALA   8     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
182 ALA   9     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
183 ALA  10     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
184 ALA  11     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
185 D    12     3.800    90.000   180.000     0.000     0.000     0.000
186 Mesoscopic molecular dynamics (MD) calculation.
187
188 ********************************************************************************
189
190  Calling chainbuild
191 ====================MD calculation start====================
192  Initial velocities randomly generated
193  Initial velocities
194   0  -0.02571   0.04778  -0.01151      0.00000   0.00000   0.00000
195   1   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
196   2  -0.11082  -0.24316  -0.01092     -0.01544   0.04693   0.02901
197   3   0.17509   0.14021   0.01920     -0.06074   0.20983  -0.00546
198   4  -0.28110  -0.18298   0.04141      0.05768  -0.02663  -0.10403
199   5   0.52321   0.32791  -0.28506      0.24480   0.23049   0.08887
200   6  -0.24047  -0.12903   0.12193      0.03851  -0.08315   0.33390
201   7   0.09902  -0.00280   0.29189     -0.33532  -0.00436   0.03329
202   8  -0.12228   0.11945  -0.17716      0.08467  -0.09409  -0.31636
203   9   0.15147  -0.14801  -0.02818      0.01545  -0.19775   0.03783
204  10   0.03113   0.28957  -0.29450      0.09912  -0.08052   0.16164
205  11   0.00000   0.00000   0.00000     -0.24131  -0.01384   0.16566
206  12   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
207  Calling the zero-angular  momentum subroutine
208  vcm right after adjustment:
209  -2.929524022998914E-017 -5.326407314543479E-018 -1.731082377226631E-017
210
211
212               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
213              X           Y           Z          X           Y           Z
214 D  (  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
215 ALA(  2)     3.80000     0.00000     0.00000     3.73284     0.42654     0.60465
216 ALA(  3)     3.80000    -3.80000     0.00000     3.37346    -3.73284    -0.60465
217 ALA(  4)     7.60000    -3.80000     0.00000     7.53284    -3.37346     0.60465
218 ALA(  5)     7.60000    -7.60000     0.00000     7.25007    -7.43253    -0.63368
219 ALA(  6)    11.40000    -7.60000     0.00000    11.33284    -7.17346     0.60465
220 ALA(  7)    11.40000   -11.40000     0.00000    11.05007   -11.23253    -0.63368
221 ALA(  8)    15.20000   -11.40000     0.00000    15.13284   -10.97346     0.60465
222 ALA(  9)    15.20000   -15.20000     0.00000    14.77346   -15.13284    -0.60465
223 ALA( 10)    19.00000   -15.20000     0.00000    18.93284   -14.77346     0.60465
224 ALA( 11)    19.00000   -19.00000     0.00000    18.57346   -18.93284    -0.60465
225 D  ( 12)    22.80000   -19.00000     0.00000    22.80000   -19.00000     0.00000
226
227 Geometry of the virtual chain.
228   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta 
229 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
230 ALA   2     3.800     0.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
231 ALA   3     3.800    90.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
232 ALA   4     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
233 ALA   5     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
234 ALA   6     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
235 ALA   7     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
236 ALA   8     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
237 ALA   9     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
238 ALA  10     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
239 ALA  11     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
240 D    12     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
241  Potential energy and its components
242
243 Virtual-chain energies:
244
245 EVDW=     -1.466547E+01 WEIGHT=    1.352790D+00 (SC-SC)
246 EVDW2=     1.045502E+01 WEIGHT=    1.593040D+00 (SC-p)
247 EES=      -3.731028E+00 WEIGHT=    7.153400D-01 (p-p)
248 EVDWPP=   -1.171261E+01 WEIGHT=    1.137100D-01 (p-p VDW)
249 ESTR=      1.531499E-27 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
250 EBE=      -2.106038E+00 WEIGHT=    1.138730D+00 (bending)
251 ESC=       9.424775E+01 WEIGHT=    1.625800D-01 (SC local)
252 ETORS=     0.000000E+00 WEIGHT=    1.985990D+00 (torsional)
253 ETORSD=   -9.403905E-01 WEIGHT=    1.570690D+00 (double torsional)
254 EHBP=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
255 ECORR4=   -2.225631E+00 WEIGHT=    4.288700D-01 (multi-body)
256 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
257 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
258 EELLO=     1.644793E+01 WEIGHT=    1.603600D-01 (electrostatic-local)
259 ETURN3=   -1.490245E+00 WEIGHT=    1.687220D+00 (turns, 3rd order)
260 ETURN4=    6.106256E+00 WEIGHT=    6.623000D-01 (turns, 4th order)
261 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
262 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
263 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
264 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
265 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
266 ETOT=      7.475595E+00 (total)
267
268 Initial:
269            Kinetic energy   1.64667E+01
270          potential energy   7.47559E+00
271              total energy   2.39423E+01
272
273     maximum acceleration    9.73465E-01
274
275 Velocities reset to random values, time               84.93
276 Momenta zeroed out, time               84.93
277 Velocities reset to random values, time              162.90
278 Momenta zeroed out, time              162.90
279 Velocities reset to random values, time              249.85
280 Momenta zeroed out, time              249.85
281 Velocities reset to random values, time              319.31
282 Momenta zeroed out, time              319.31
283 Velocities reset to random values, time              398.92
284 Momenta zeroed out, time              398.92
285 Velocities reset to random values, time              476.10
286 Momenta zeroed out, time              476.10
287 Velocities reset to random values, time              540.82
288 Momenta zeroed out, time              540.82
289 Velocities reset to random values, time              612.01
290 Momenta zeroed out, time              612.01
291 Velocities reset to random values, time              687.88
292 Momenta zeroed out, time              687.88
293 Velocities reset to random values, time              762.77
294 Momenta zeroed out, time              762.77
295
296
297 ===================================  Timing  ===================================
298
299                   MD calculations setup:    0.00000E+00
300            Energy & gradient evaluation:    7.80000E-01
301                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
302                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
303                                MD steps:    8.80000E-01
304
305
306 ============================  End of MD calculation  ===========================
307
308
309 ***** Computation time:    0 hours  0 minutes  1 seconds *****