examples/unres/MD/ff_gab/ala10-cx.out_GB

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : ala10-cx.inp
   5  Output file                     : ala10-cx.out_GB
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  ../../../../PARAM/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
   9  SCp potential file              : ../../../../PARAM/scp.parm
  10  Electrostatic potential file    : ../../../../PARAM/electr_631Gdp.parm
  11  Cumulant coefficient file       :
  12  ../../../../PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  13  Torsional parameter file        : ../../../../PARAM/torsion_631Gdp.parm
  14  Double torsional parameter file : ../../../../PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  15  SCCOR parameter file : ../../../../PARAM/rotcorr_AM1.parm
  16  Bond & inertia constant file    : ../../../../PARAM/bond.parm
  17  Bending parameter file          : ../../../../PARAM/thetaml.5parm
  18  Rotamer parameter file          : ../../../../PARAM/scgauss.parm
  19  Threading database              : ../../../../PARAM/patterns.cart
  20 --------------------------------------------------------------------------------
  21  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  22  ++++ Compile info ++++
  23  Version 2.5 build 34
  24  compiled Mon Apr  2 08:16:44 2012
  25  compiled by adam@matrix.chem.cornell.edu
  26  OS name:    Linux
  27  OS release: 2.6.34.9-69.fc13.x86_64
  28  OS version: #1 SMP Tue May 3 09:23:03 UTC 2011
  29  flags:
  30  FC = ifort
  31  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  32  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  33  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  34  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  35  CC = cc
  36  CFLAGS = -DLINUX -DPGI -c
  37  OPT =  -O3 -ip -w
  38  LIBS = -Lxdrf -lxdrf
  39  ARCH = LINUX
  40  PP = /lib/cpp -P
  41  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  42  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
  43  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_si...
  44  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
  45  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
  46  ++++ End of compile info ++++
  47
  48 Potential is GB , exponents are   6 12
  49
  50 Disulfide bridge parameters:
  51 S-S bridge energy:      -5.50
  52 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  53 akth:     11.00 akct:     12.00
  54 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  55  ran_num  0.383569105241247
  56 RMSDBC =        3.0
  57 RMSDBC1 =        0.5
  58 RMSDBC1MAX =        1.5
  59 DRMS    =        0.1
  60 RMSDBCM =        3.0
  61 Time limit (min):     960.0
  62  RESCALE_MODE           2
  63 Library  routine used to diagonalize matrices.
  64
  65 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  66
  67 The units are:
  68 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  69 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  70 energy: kcal/mol, temperature: K
  71
  72                                        Number of time steps:     10000
  73                  Initial time step of numerical integration:   0.10000 natural units
  74                                                                4.89000 fs
  75 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:   1.00000
  76 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
  77             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  78                                Frequency of property output:       100
  79                              Frequency of coordinate output:      1000
  80 Berendsen bath calculation
  81                                                 Temperature: 300.00000
  82                                     Coupling constant (tau):   0.10000
  83 Momenta will be reset at zero every      1000 steps
  84 Velocities will be reset at random every      1000 steps
  85
  86 ============================== End of MD run setup =============================
  87
  88
  89 Energy-term weights (unscaled):
  90
  91 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
  92 WSCP=     1.593040 (SC-p)
  93 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
  94 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
  95 WBOND=    1.000000 (stretching)
  96 WANG=     1.138730 (bending)
  97 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
  98 WTOR=     1.985990 (torsional)
  99 WTORD=    1.570690 (double torsional)
 100 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 101 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
 102 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
 103 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 104 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 105 WSCCOR=   1.000000 (back-scloc correlation)
 106 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
 107 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
 108 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 109
 110 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 111
 112 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 113 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 114
 115 Energy-term weights (scaled):
 116
 117 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
 118 WSCP=     1.593040 (SC-p)
 119 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
 120 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
 121 WBOND=    1.000000 (stretching)
 122 WANG=     1.138730 (bending)
 123 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
 124 WTOR=     1.985990 (torsional)
 125 WTORD=    1.570690 (double torsional)
 126 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 127 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
 128 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
 129 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 130 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 131 WSCCOR=   1.000000 (back-scloc correlatkion)
 132 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
 133 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
 134 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 135  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 136  Parameters of the SS-bond potential:
 137  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 138    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 139  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 140    13.7000000000000
 141  EBR  -5.50000000000000
 142  ITEL
 143            1          21           0
 144            2           9           1
 145            3           9           1
 146            4           9           1
 147            5           9           1
 148            6           9           1
 149            7           9           1
 150            8           9           1
 151            9           9           1
 152           10           9           1
 153           11           9           0
 154  ns=           0  iss:
 155 Boundaries in phi angle sampling:
 156 D      1    -180.0     180.0
 157 ALA    2    -180.0     180.0
 158 ALA    3    -180.0     180.0
 159 ALA    4    -180.0     180.0
 160 ALA    5    -180.0     180.0
 161 ALA    6    -180.0     180.0
 162 ALA    7    -180.0     180.0
 163 ALA    8    -180.0     180.0
 164 ALA    9    -180.0     180.0
 165 ALA   10    -180.0     180.0
 166 ALA   11    -180.0     180.0
 167 D     12    -180.0     180.0
 168  NZ_START=           2  NZ_END=          11
 169  IZ_SC=           0
 170 Initial geometry will be read in.
 171
 172 Geometry of the virtual chain.
 173   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 174 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 175 ALA   2     3.800     0.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 176 ALA   3     3.800    90.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 177 ALA   4     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 178 ALA   5     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 179 ALA   6     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 180 ALA   7     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 181 ALA   8     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 182 ALA   9     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 183 ALA  10     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 184 ALA  11     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 185 D    12     3.800    90.000   180.000     0.000     0.000     0.000
 186 Mesoscopic molecular dynamics (MD) calculation.
 187
 188 ********************************************************************************
 189
 190  Calling chainbuild
 191 ====================MD calculation start====================
 192  Initial velocities randomly generated
 193  Initial velocities
 194   0  -0.02571   0.04778  -0.01151      0.00000   0.00000   0.00000
 195   1   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 196   2  -0.11082  -0.24316  -0.01092     -0.01544   0.04693   0.02901
 197   3   0.17509   0.14021   0.01920     -0.06074   0.20983  -0.00546
 198   4  -0.28110  -0.18298   0.04141      0.05768  -0.02663  -0.10403
 199   5   0.52321   0.32791  -0.28506      0.24480   0.23049   0.08887
 200   6  -0.24047  -0.12903   0.12193      0.03851  -0.08315   0.33390
 201   7   0.09902  -0.00280   0.29189     -0.33532  -0.00436   0.03329
 202   8  -0.12228   0.11945  -0.17716      0.08467  -0.09409  -0.31636
 203   9   0.15147  -0.14801  -0.02818      0.01545  -0.19775   0.03783
 204  10   0.03113   0.28957  -0.29450      0.09912  -0.08052   0.16164
 205  11   0.00000   0.00000   0.00000     -0.24131  -0.01384   0.16566
 206  12   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 207  Calling the zero-angular  momentum subroutine
 208  vcm right after adjustment:
 209  -2.929524022998914E-017 -5.326407314543479E-018 -1.731082377226631E-017
 210
 211
 212               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 213              X           Y           Z          X           Y           Z
 214 D  (  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 215 ALA(  2)     3.80000     0.00000     0.00000     3.73284     0.42654     0.60465
 216 ALA(  3)     3.80000    -3.80000     0.00000     3.37346    -3.73284    -0.60465
 217 ALA(  4)     7.60000    -3.80000     0.00000     7.53284    -3.37346     0.60465
 218 ALA(  5)     7.60000    -7.60000     0.00000     7.25007    -7.43253    -0.63368
 219 ALA(  6)    11.40000    -7.60000     0.00000    11.33284    -7.17346     0.60465
 220 ALA(  7)    11.40000   -11.40000     0.00000    11.05007   -11.23253    -0.63368
 221 ALA(  8)    15.20000   -11.40000     0.00000    15.13284   -10.97346     0.60465
 222 ALA(  9)    15.20000   -15.20000     0.00000    14.77346   -15.13284    -0.60465
 223 ALA( 10)    19.00000   -15.20000     0.00000    18.93284   -14.77346     0.60465
 224 ALA( 11)    19.00000   -19.00000     0.00000    18.57346   -18.93284    -0.60465
 225 D  ( 12)    22.80000   -19.00000     0.00000    22.80000   -19.00000     0.00000
 226
 227 Geometry of the virtual chain.
 228   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 229 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 230 ALA   2     3.800     0.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 231 ALA   3     3.800    90.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 232 ALA   4     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 233 ALA   5     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 234 ALA   6     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 235 ALA   7     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 236 ALA   8     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 237 ALA   9     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 238 ALA  10     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 239 ALA  11     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 240 D    12     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 241  Potential energy and its components
 242
 243 Virtual-chain energies:
 244
 245 EVDW=     -1.466547E+01 WEIGHT=    1.352790D+00 (SC-SC)
 246 EVDW2=     1.045502E+01 WEIGHT=    1.593040D+00 (SC-p)
 247 EES=      -3.731028E+00 WEIGHT=    7.153400D-01 (p-p)
 248 EVDWPP=   -1.171261E+01 WEIGHT=    1.137100D-01 (p-p VDW)
 249 ESTR=      1.531499E-27 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 250 EBE=      -2.106038E+00 WEIGHT=    1.138730D+00 (bending)
 251 ESC=       9.424775E+01 WEIGHT=    1.625800D-01 (SC local)
 252 ETORS=     0.000000E+00 WEIGHT=    1.985990D+00 (torsional)
 253 ETORSD=   -9.403905E-01 WEIGHT=    1.570690D+00 (double torsional)
 254 EHBP=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 255 ECORR4=   -2.225631E+00 WEIGHT=    4.288700D-01 (multi-body)
 256 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 257 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 258 EELLO=     1.644793E+01 WEIGHT=    1.603600D-01 (electrostatic-local)
 259 ETURN3=   -1.490245E+00 WEIGHT=    1.687220D+00 (turns, 3rd order)
 260 ETURN4=    6.106256E+00 WEIGHT=    6.623000D-01 (turns, 4th order)
 261 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
 262 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
 263 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 264 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 265 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 266 ETOT=      7.475595E+00 (total)
 267
 268 Initial:
 269            Kinetic energy   1.64667E+01
 270          potential energy   7.47559E+00
 271              total energy   2.39423E+01
 272
 273     maximum acceleration    9.73465E-01
 274
 275 Velocities reset to random values, time               84.93
 276 Momenta zeroed out, time               84.93
 277 Velocities reset to random values, time              162.90
 278 Momenta zeroed out, time              162.90
 279 Velocities reset to random values, time              249.85
 280 Momenta zeroed out, time              249.85
 281 Velocities reset to random values, time              319.31
 282 Momenta zeroed out, time              319.31
 283 Velocities reset to random values, time              398.92
 284 Momenta zeroed out, time              398.92
 285 Velocities reset to random values, time              476.10
 286 Momenta zeroed out, time              476.10
 287 Velocities reset to random values, time              540.82
 288 Momenta zeroed out, time              540.82
 289 Velocities reset to random values, time              612.01
 290 Momenta zeroed out, time              612.01
 291 Velocities reset to random values, time              687.88
 292 Momenta zeroed out, time              687.88
 293 Velocities reset to random values, time              762.77
 294 Momenta zeroed out, time              762.77
 295
 296
 297 ===================================  Timing  ===================================
 298
 299                   MD calculations setup:    0.00000E+00
 300            Energy & gradient evaluation:    7.80000E-01
 301                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 302                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 303                                MD steps:    8.80000E-01
 304
 305
 306 ============================  End of MD calculation  ===========================
 307
 308
 309 ***** Computation time:    0 hours  0 minutes  1 seconds *****