examples/unres/MD/ff_e0g/1lq7.out_GB

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : 1lq7.inp
   5  Output file                     : 1lq7.out_GB
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  ../../PARAM/sc_GB_opt.1e0g-52-17k-2k-newclass-shan1e9_gap8g-sc
   9  SCp potential file              : ../../PARAM/scp.parm
  10  Electrostatic potential file    : ../../PARAM/electr_631Gdp.parm
  11  Cumulant coefficient file       : ../../PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  12  Torsional parameter file        : ../../PARAM/torsion_631Gdp.parm
  13  Double torsional parameter file : ../../PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  14  Bond & inertia constant file    : ../../PARAM/bond.parm
  15  Bending parameter file          : ../../PARAM/thetaml.5parm
  16  Rotamer parameter file          : ../../PARAM/scgauss.parm
  17  Threading database              : ../../PARAM/patterns.cart
  18 --------------------------------------------------------------------------------
  19 ********************************************************************************
  20 United-residue force field calculation - serial job.
  21 ********************************************************************************
  22  ### LAST MODIFIED  6/23/05 7:29PM by czarek
  23  ++++ Compile info ++++
  24  Version 2.3 build 2522
  25  compiled Wed Feb  7 10:22:35 2007
  26  compiled by adam@matrix
  27  OS name:    Linux
  28  OS release: 2.4.20-28.7smp
  29  OS version: #1 SMP Thu Dec 18 11:18:31 EST 2003
  30  flags:
  31  FC= mpif90
  32  OPT =  -fast -pc 64 -tp p6  \
  33  -Minline=name:scalar2,scalar,transpose2,matvec2...
  34  OPT1 = -C -g -fast -pc 64 -tp p6
  35  FFLAGS = -c ${OPT}
  36  FFLAGS1 = -c ${OPT1}
  37  BIN = ../bin/unres_MD_Tc-pgf90.exe
  38  LIBS = -L../xdrf -lxdrf
  39  CPPFLAGS = -DLINUX -DUNRES -DMP -DMPI -DPGI -DS...
  40  ARCH = LINUX
  41  PP = /lib/cpp -P
  42  objectCSA = unres_CSA.o arcos.o cartprint.o cha...
  43  ++++ End of compile info ++++
  44
  45 Potential is GB , exponents are   6 12
  46
  47 Disulfide bridge parameters:
  48 S-S bridge energy:      -5.50
  49 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  50 akth:     11.00 akct:     12.00
  51 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  52 Random seed:           -3059743.            -3059743
  53  ran_num   0.9302273140895307
  54 RMSDBC =        3.0
  55 RMSDBC1 =        0.5
  56 RMSDBC1MAX =        1.5
  57 DRMS    =        0.1
  58 RMSDBCM =        3.0
  59 Time limit (min):      60.0
  60  RESCALE_MODE            2
  61 Library  routine used to diagonalize matrices.
  62
  63 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  64
  65 The units are:
  66 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  67 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  68 energy: kcal/mol, temperature: K
  69
  70                                        Number of time steps:     10000
  71                  Initial time step of numerical integration:   0.10000 natural units
  72                                                                4.89000 fs
  73  Maximum acceleration threshold to scale down the time step:   4.00000
  74       Maximum predicted energy drift to reduce the timestep:  10.00000
  75             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  76                                Frequency of property output:       100
  77                              Frequency of coordinate output:      1000
  78 Berendsen bath calculation
  79                                                 Temperature: 300.00000
  80                                     Coupling constant (tau):   1.00000
  81 Momenta will be reset at zero every      1000 steps
  82
  83 ============================== End of MD run setup =============================
  84
  85
  86 Energy-term weights (unscaled):
  87
  88 WSCC=     1.709050 (SC-SC)
  89 WSCP=     2.183100 (SC-p)
  90 WELEC=    1.066840 (p-p electr)
  91 WVDWPP=   0.270440 (p-p VDW)
  92 WBOND=    1.000000 (stretching)
  93 WANG=     1.175360 (bending)
  94 WSCLOC=   0.220700 (SC local)
  95 WTOR=     2.657980 (torsional)
  96 WTORD=    2.006460 (double torsional)
  97 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
  98 WEL_LOC=  0.427890 (multi-body 3-rd order)
  99 WCORR4=   0.235410 (multi-body 4th order)
 100 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 101 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 102 WTURN3=   1.681260 (turns, 3rd order)
 103 WTURN4=   0.750800 (turns, 4th order)
 104 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 105
 106 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 107
 108 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 109 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 110
 111 Energy-term weights (scaled):
 112
 113 WSCC=     1.709050 (SC-SC)
 114 WSCP=     2.183100 (SC-p)
 115 WELEC=    1.066840 (p-p electr)
 116 WVDWPP=   0.270440 (p-p VDW)
 117 WBOND=    1.000000 (stretching)
 118 WANG=     1.175360 (bending)
 119 WSCLOC=   0.220700 (SC local)
 120 WTOR=     2.657980 (torsional)
 121 WTORD=    2.006460 (double torsional)
 122 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 123 WEL_LOC=  0.427890 (multi-body 3-rd order)
 124 WCORR4=   0.235410 (multi-body 4th order)
 125 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 126 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 127 WTURN3=   1.681260 (turns, 3rd order)
 128 WTURN4=   0.750800 (turns, 4th order)
 129 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 130  Reference temperature for weights calculation:    300.0000000000000
 131  Parameters of the SS-bond potential:
 132  D0CM    3.780000000000000       AKCM    15.10000000000000       AKTH
 133     11.00000000000000       AKCT    12.00000000000000
 134  V1SS   -1.080000000000000       V2SS    7.610000000000000       V3SS
 135     13.70000000000000
 136  EBR   -5.500000000000000
 137 PDB data will be read from file 1lq7.pdb
 138   1 10  GLY  -8.202 -15.036  -3.535
 139   2 12  SER  -5.756 -12.694  -5.224
 140   3 18  ARG  -5.747  -9.983  -2.583
 141   4  6  VAL  -3.156  -8.094  -4.594
 142   5 19  LYS  -6.011  -7.405  -6.981
 143   6  9  ALA  -8.198  -5.679  -4.419
 144   7  5  LEU  -4.933  -4.076  -3.371
 145   8 15  GLU  -3.823  -2.772  -6.748
 146   9 15  GLU  -6.783  -0.461  -6.269
 147  10 19  LYS  -5.661   0.889  -2.915
 148  11  6  VAL  -2.044   1.098  -4.011
 149  12 19  LYS  -3.004   2.831  -7.236
 150  13  9  ALA  -4.915   5.197  -4.984
 151  14  5  LEU  -1.916   5.462  -2.690
 152  15 15  GLU   0.021   6.500  -5.773
 153  16 15  GLU  -1.962   9.436  -7.103
 154  17 19  LYS  -2.668  10.626  -3.580
 155  18  6  VAL   0.771  10.106  -2.088
 156  19 19  LYS   2.036  11.865  -5.191
 157  20  9  ALA  -0.745  14.427  -5.026
 158  21  5  LEU   0.489  15.375  -1.575
 159  22 10  GLY   2.488  18.560  -2.002
 160  23 10  GLY   5.232  16.484  -0.427
 161  24 10  GLY   8.481  17.952   0.843
 162  25 10  GLY   8.902  15.964   4.036
 163  26 18  ARG   5.810  14.005   5.001
 164  27  4  ILE   5.136  11.529   2.219
 165  28 15  GLU   8.682  10.217   2.041
 166  29 15  GLU   8.039   8.100   5.112
 167  30  5  LEU   4.758   6.589   3.979
 168  31 19  LYS   6.298   6.555   0.522
 169  32 19  LYS   9.057   4.423   1.995
 170  33 19  LYS   6.737   1.749   3.337
 171  34  7  TRP   4.597   2.250   0.255
 172  35 15  GLU   7.687   1.056  -1.577
 173  36 15  GLU   8.084  -1.981   0.647
 174  37  5  LEU   4.338  -2.519   0.595
 175  38 19  LYS   3.766  -2.464  -3.146
 176  39 19  LYS   6.675  -4.878  -3.329
 177  40 19  LYS   4.708  -7.100  -0.979
 178  41  4  ILE   1.506  -6.910  -2.989
 179  42 15  GLU   3.681  -8.195  -5.807
 180  43 15  GLU   4.922 -11.365  -4.152
 181  44  5  LEU   1.423 -11.691  -2.747
 182  45 10  GLY   0.909 -15.357  -3.540
 183  46 10  GLY   3.203 -17.845  -1.848
 184  47 10  GLY   1.644 -17.131   1.526
 185  48 10  GLY  -1.599 -15.646   2.793
 186  49 15  GLU   0.309 -13.118   4.864
 187  50  6  VAL  -1.486 -10.307   3.074
 188  51 19  LYS  -2.537  -9.161   6.525
 189  52 19  LYS   0.805  -7.395   6.335
 190  53  6  VAL   0.280  -5.707   2.988
 191  54 15  GLU  -3.134  -4.380   3.944
 192  55 15  GLU  -1.979  -3.130   7.324
 193  56 15  GLU   0.812  -1.550   5.314
 194  57  6  VAL  -1.578   0.130   2.908
 195  58 19  LYS  -3.463   1.283   5.981
 196  59 19  LYS  -0.587   3.105   7.635
 197  60  5  LEU  -0.837   5.201   4.493
 198  61 15  GLU  -4.549   5.919   4.315
 199  62 15  GLU  -4.418   6.878   7.974
 200  63 15  GLU  -1.436   9.178   7.596
 201  64  4  ILE  -2.377  10.304   4.107
 202  65 19  LYS  -5.844  11.023   5.445
 203  66 19  LYS  -4.093  13.130   8.056
 204  67  5  LEU  -1.690  14.592   5.524
 205  Nres:    67
 206   1 10  GLY  -8.202 -15.036  -3.535       -8.202 -15.036  -3.535
 207   2 12  SER  -5.756 -12.694  -5.224       -5.823 -12.486  -6.482
 208   3 18  ARG  -5.747  -9.983  -2.583       -6.547 -12.158   0.219
 209   4  6  VAL  -3.156  -8.094  -4.594       -2.204  -8.664  -5.544
 210   5 19  LYS  -6.011  -7.405  -6.981       -7.559  -7.494  -9.254
 211   6  9  ALA  -8.198  -5.679  -4.419       -8.597  -6.043  -3.877
 212   7  5  LEU  -4.933  -4.076  -3.371       -4.114  -4.625  -1.777
 213   8 15  GLU  -3.823  -2.772  -6.748       -4.095  -2.889  -9.387
 214   9 15  GLU  -6.783  -0.461  -6.269       -8.761   0.596  -6.147
 215  10 19  LYS  -5.661   0.889  -2.915       -6.689   0.819  -0.448
 216  11  6  VAL  -2.044   1.098  -4.011       -1.093   0.001  -4.169
 217  12 19  LYS  -3.004   2.831  -7.236       -3.873   3.113  -9.896
 218  13  9  ALA  -4.915   5.197  -4.984       -5.544   4.995  -4.597
 219  14  5  LEU  -1.916   5.462  -2.690       -2.200   4.542  -0.918
 220  15 15  GLU   0.021   6.500  -5.773        1.151   6.134  -7.975
 221  16 15  GLU  -1.962   9.436  -7.103       -4.048  10.344  -8.580
 222  17 19  LYS  -2.668  10.626  -3.580       -5.346   9.989  -2.114
 223  18  6  VAL   0.771  10.106  -2.088        1.497   8.913  -1.660
 224  19 19  LYS   2.036  11.865  -5.191        2.026  12.098  -7.838
 225  20  9  ALA  -0.745  14.427  -5.026       -1.489  14.255  -4.964
 226  21  5  LEU   0.489  15.375  -1.575        0.016  13.736  -0.419
 227  22 10  GLY   2.488  18.560  -2.002        2.488  18.560  -2.002
 228  23 10  GLY   5.232  16.484  -0.427        5.232  16.484  -0.427
 229  24 10  GLY   8.481  17.952   0.843        8.481  17.952   0.843
 230  25 10  GLY   8.902  15.964   4.036        8.902  15.964   4.036
 231  26 18  ARG   5.810  14.005   5.001        3.498  17.056   5.852
 232  27  4  ILE   5.136  11.529   2.219        4.625  12.502   0.651
 233  28 15  GLU   8.682  10.217   2.041       10.801  10.233   1.365
 234  29 15  GLU   8.039   8.100   5.112        6.963   7.571   7.374
 235  30  5  LEU   4.758   6.589   3.979        3.411   8.054   3.243
 236  31 19  LYS   6.298   6.555   0.522        6.592   7.883  -1.784
 237  32 19  LYS   9.057   4.423   1.995       11.401   5.557   2.644
 238  33 19  LYS   6.737   1.749   3.337        7.039   1.350   6.047
 239  34  7  TRP   4.597   2.250   0.255        3.310   3.456  -2.833
 240  35 15  GLU   7.687   1.056  -1.577        9.435   1.439  -3.090
 241  36 15  GLU   8.084  -1.981   0.647        9.874  -1.235   2.570
 242  37  5  LEU   4.338  -2.519   0.595        2.426  -1.645   0.706
 243  38 19  LYS   3.766  -2.464  -3.146        4.190  -0.833  -5.529
 244  39 19  LYS   6.675  -4.878  -3.329        9.726  -5.272  -3.075
 245  40 19  LYS   4.708  -7.100  -0.979        5.659  -6.383   1.888
 246  41  4  ILE   1.506  -6.910  -2.989        0.341  -5.401  -2.786
 247  42 15  GLU   3.681  -8.195  -5.807        4.890  -7.512  -7.814
 248  43 15  GLU   4.922 -11.365  -4.152        7.232 -12.325  -3.099
 249  44  5  LEU   1.423 -11.691  -2.747        0.247 -10.316  -1.732
 250  45 10  GLY   0.909 -15.357  -3.540        0.909 -15.357  -3.540
 251  46 10  GLY   3.203 -17.845  -1.848        3.203 -17.845  -1.848
 252  47 10  GLY   1.644 -17.131   1.526        1.644 -17.131   1.526
 253  48 10  GLY  -1.599 -15.646   2.793       -1.599 -15.646   2.793
 254  49 15  GLU   0.309 -13.118   4.864        2.642 -14.123   5.951
 255  50  6  VAL  -1.486 -10.307   3.074       -2.419 -10.381   1.953
 256  51 19  LYS  -2.537  -9.161   6.525       -4.203 -11.082   7.074
 257  52 19  LYS   0.805  -7.395   6.335        3.296  -8.992   7.239
 258  53  6  VAL   0.280  -5.707   2.988        0.109  -6.148   1.606
 259  54 15  GLU  -3.134  -4.380   3.944       -5.251  -5.694   3.338
 260  55 15  GLU  -1.979  -3.130   7.324       -1.511  -3.840   9.882
 261  56 15  GLU   0.812  -1.550   5.314        2.800  -1.875   5.720
 262  57  6  VAL  -1.578   0.130   2.908       -2.083  -0.512   1.697
 263  58 19  LYS  -3.463   1.283   5.981       -5.586  -0.123   7.438
 264  59 19  LYS  -0.587   3.105   7.635        1.712   3.997   7.909
 265  60  5  LEU  -0.837   5.201   4.493        0.374   4.674   2.787
 266  61 15  GLU  -4.549   5.919   4.315       -6.399   4.810   2.982
 267  62 15  GLU  -4.418   6.878   7.974       -5.157   5.019   9.157
 268  63 15  GLU  -1.436   9.178   7.596        1.229   9.527   7.571
 269  64  4  ILE  -2.377  10.304   4.107       -2.051   9.346   2.487
 270  65 19  LYS  -5.844  11.023   5.445       -8.126  10.319   7.256
 271  66 19  LYS  -4.093  13.130   8.056       -2.925  13.297  10.885
 272  67  5  LEU  -1.690  14.592   5.524        0.009  13.524   4.817
 273  68 21  D     0.061  16.699   8.135        0.061  16.699   8.135
 274 nsup= 67 nstart_sup=  0
 275  ITEL
 276             1           10            1
 277             2           12            1
 278             3           18            1
 279             4            6            1
 280             5           19            1
 281             6            9            1
 282             7            5            1
 283             8           15            1
 284             9           15            1
 285            10           19            1
 286            11            6            1
 287            12           19            1
 288            13            9            1
 289            14            5            1
 290            15           15            1
 291            16           15            1
 292            17           19            1
 293            18            6            1
 294            19           19            1
 295            20            9            1
 296            21            5            1
 297            22           10            1
 298            23           10            1
 299            24           10            1
 300            25           10            1
 301            26           18            1
 302            27            4            1
 303            28           15            1
 304            29           15            1
 305            30            5            1
 306            31           19            1
 307            32           19            1
 308            33           19            1
 309            34            7            1
 310            35           15            1
 311            36           15            1
 312            37            5            1
 313            38           19            1
 314            39           19            1
 315            40           19            1
 316            41            4            1
 317            42           15            1
 318            43           15            1
 319            44            5            1
 320            45           10            1
 321            46           10            1
 322            47           10            1
 323            48           10            1
 324            49           15            1
 325            50            6            1
 326            51           19            1
 327            52           19            1
 328            53            6            1
 329            54           15            1
 330            55           15            1
 331            56           15            1
 332            57            6            1
 333            58           19            1
 334            59           19            1
 335            60            5            1
 336            61           15            1
 337            62           15            1
 338            63           15            1
 339            64            4            1
 340            65           19            1
 341            66           19            1
 342            67            5            0
 343  ns=            0  iss:
 344 Boundaries in phi angle sampling:
 345 GLY    1    -180.0     180.0
 346 SER    2    -180.0     180.0
 347 ARG    3    -180.0     180.0
 348 VAL    4    -180.0     180.0
 349 LYS    5    -180.0     180.0
 350 ALA    6    -180.0     180.0
 351 LEU    7    -180.0     180.0
 352 GLU    8    -180.0     180.0
 353 GLU    9    -180.0     180.0
 354 LYS   10    -180.0     180.0
 355 VAL   11    -180.0     180.0
 356 LYS   12    -180.0     180.0
 357 ALA   13    -180.0     180.0
 358 LEU   14    -180.0     180.0
 359 GLU   15    -180.0     180.0
 360 GLU   16    -180.0     180.0
 361 LYS   17    -180.0     180.0
 362 VAL   18    -180.0     180.0
 363 LYS   19    -180.0     180.0
 364 ALA   20    -180.0     180.0
 365 LEU   21    -180.0     180.0
 366 GLY   22    -180.0     180.0
 367 GLY   23    -180.0     180.0
 368 GLY   24    -180.0     180.0
 369 GLY   25    -180.0     180.0
 370 ARG   26    -180.0     180.0
 371 ILE   27    -180.0     180.0
 372 GLU   28    -180.0     180.0
 373 GLU   29    -180.0     180.0
 374 LEU   30    -180.0     180.0
 375 LYS   31    -180.0     180.0
 376 LYS   32    -180.0     180.0
 377 LYS   33    -180.0     180.0
 378 TRP   34    -180.0     180.0
 379 GLU   35    -180.0     180.0
 380 GLU   36    -180.0     180.0
 381 LEU   37    -180.0     180.0
 382 LYS   38    -180.0     180.0
 383 LYS   39    -180.0     180.0
 384 LYS   40    -180.0     180.0
 385 ILE   41    -180.0     180.0
 386 GLU   42    -180.0     180.0
 387 GLU   43    -180.0     180.0
 388 LEU   44    -180.0     180.0
 389 GLY   45    -180.0     180.0
 390 GLY   46    -180.0     180.0
 391 GLY   47    -180.0     180.0
 392 GLY   48    -180.0     180.0
 393 GLU   49    -180.0     180.0
 394 VAL   50    -180.0     180.0
 395 LYS   51    -180.0     180.0
 396 LYS   52    -180.0     180.0
 397 VAL   53    -180.0     180.0
 398 GLU   54    -180.0     180.0
 399 GLU   55    -180.0     180.0
 400 GLU   56    -180.0     180.0
 401 VAL   57    -180.0     180.0
 402 LYS   58    -180.0     180.0
 403 LYS   59    -180.0     180.0
 404 LEU   60    -180.0     180.0
 405 GLU   61    -180.0     180.0
 406 GLU   62    -180.0     180.0
 407 GLU   63    -180.0     180.0
 408 ILE   64    -180.0     180.0
 409 LYS   65    -180.0     180.0
 410 LYS   66    -180.0     180.0
 411 LEU   67    -180.0     180.0
 412 D     68    -180.0     180.0
 413 nsup= 67
 414  nsup=           67  nstart_sup=            1  nstart_seq=            1
 415  NZ_START=            1  NZ_END=           67
 416  IZ_SC=            0
 417  Contact order:   0.3193590869183494
 418  Shifting contacts:            1            1
 419             1  LEU             7  VAL             4
 420             2  VAL            11  LEU             7
 421             3  LEU            14  LYS            10
 422             4  LEU            14  VAL            11
 423             5  VAL            18  LEU            14
 424             6  LEU            21  VAL            18
 425             7  ILE            27  VAL            18
 426             8  ILE            27  LEU            21
 427             9  ILE            27  GLY            23
 428            10  LEU            30  VAL            18
 429            11  LEU            30  ILE            27
 430            12  LYS            31  VAL            18
 431            13  LYS            31  ILE            27
 432            14  LYS            32  GLU            28
 433            15  TRP            34  VAL            11
 434            16  TRP            34  LEU            14
 435            17  TRP            34  VAL            18
 436            18  GLU            36  LYS            33
 437            19  LEU            37  VAL            11
 438            20  LYS            38  VAL            11
 439            21  LYS            38  TRP            34
 440            22  LYS            40  LEU            37
 441            23  ILE            41  VAL             4
 442            24  ILE            41  LEU             7
 443            25  ILE            41  VAL            11
 444            26  ILE            41  LEU            37
 445            27  LEU            44  VAL             4
 446            28  LEU            44  ILE            41
 447            29  VAL            50  ARG             3
 448            30  VAL            50  LEU            44
 449            31  LYS            52  GLU            49
 450            32  VAL            53  LEU             7
 451            33  VAL            53  LEU            37
 452            34  VAL            53  LYS            40
 453            35  VAL            53  ILE            41
 454            36  VAL            53  LEU            44
 455            37  VAL            53  VAL            50
 456            38  GLU            54  LEU             7
 457            39  GLU            54  VAL            50
 458            40  GLU            56  LYS            33
 459            41  GLU            56  LEU            37
 460            42  VAL            57  LEU             7
 461            43  VAL            57  LYS            10
 462            44  VAL            57  VAL            11
 463            45  VAL            57  LEU            14
 464            46  VAL            57  LEU            37
 465            47  VAL            57  VAL            53
 466            48  LEU            60  LEU            14
 467            49  LEU            60  VAL            18
 468            50  LEU            60  LEU            30
 469            51  LEU            60  VAL            57
 470            52  GLU            61  LYS            10
 471            53  GLU            61  LEU            14
 472            54  GLU            62  LYS            58
 473            55  GLU            63  LEU            30
 474            56  ILE            64  LEU            14
 475            57  ILE            64  LYS            17
 476            58  ILE            64  VAL            18
 477            59  ILE            64  LEU            21
 478            60  ILE            64  LEU            30
 479            61  ILE            64  LEU            60
 480            62  LEU            67  LEU            21
 481            63  LEU            67  ARG            26
 482            64  LEU            67  ILE            27
 483            65  LEU            67  LEU            30
 484            66  LEU            67  GLU            63
 485            67  LEU            67  ILE            64
 486
 487 Geometry of the virtual chain.
 488   Res           d     Theta       Phi       Dsc     Alpha      Omega
 489 GLY   1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 490 SER   2     3.784     0.000     0.000     1.276   144.939   -94.284
 491 ARG   3     3.785    97.666     0.000     3.636   132.847  -136.663
 492 VAL   4     3.785    89.333   177.476     1.461   120.485   -67.491
 493 LYS   5     3.785    84.811    71.708     2.751   151.871    -7.605
 494 ALA   6     3.785    95.278    58.423     0.765   132.978   -83.541
 495 LEU   7     3.785    83.231    41.781     1.874   159.456  -117.163
 496 GLU   8     3.786    98.730    52.453     2.655   127.393   -42.771
 497 GLU   9     3.786    82.425    68.389     2.246   139.933   -10.602
 498 LYS  10     3.786    95.627    54.877     2.673   164.411   -81.368
 499 VAL  11     3.785    92.658    40.616     1.461   137.613   -78.366
 500 LYS  12     3.785    91.698    47.994     2.812   149.544   -30.888
 501 ALA  13     3.784    84.681    51.646     0.765   130.308   -80.013
 502 LEU  14     3.785    90.248    46.537     2.017   152.909  -147.404
 503 GLU  15     3.786    86.046    55.069     2.502   139.867   -30.986
 504 GLU  16     3.784   103.344    54.915     2.712   142.391   -46.710
 505 LYS  17     3.785    90.833    37.628     3.118   147.778   -92.352
 506 VAL  18     3.785    98.873    42.913     1.460   140.342   -74.863
 507 LYS  19     3.785    85.218    47.394     2.658   127.030   -40.335
 508 ALA  20     3.785    91.907    41.951     0.766   126.974   -76.135
 509 LEU  21     3.786    88.266    58.560     2.061   155.447  -157.937
 510 GLY  22     3.785   106.265   101.124     0.000     0.000     0.000
 511 GLY  23     3.784    82.782  -122.635     0.000     0.000     0.000
 512 GLY  24     3.785   123.323  -168.063     0.000     0.000     0.000
 513 GLY  25     3.785   100.070   139.318     0.000     0.000     0.000
 514 ARG  26     3.785   113.331   -11.596     3.921   126.029  -109.245
 515 ILE  27     3.785   107.256    61.845     1.915   121.565   -93.204
 516 GLU  28     3.785    95.422    48.830     2.224   158.348   -19.209
 517 GLU  29     3.785    89.803    78.416     2.560   123.110   -30.298
 518 LEU  30     3.786    97.334    48.356     2.122   102.856   -71.033
 519 LYS  31     3.785    85.659    36.445     2.678   159.703   -52.243
 520 LYS  32     3.785    86.916    58.012     2.683   156.818  -116.068
 521 LYS  33     3.786    95.112    55.594     2.756   151.563  -138.866
 522 TRP  34     3.785    87.957    36.487     3.556   129.060   -19.927
 523 GLU  35     3.785    83.732    62.879     2.344   161.223   -20.594
 524 GLU  36     3.785    93.115    50.005     2.731   132.834  -114.702
 525 LEU  37     3.785    90.124    40.742     2.105   125.264   -41.593
 526 LYS  38     3.785    99.270    51.927     2.919   132.849   -53.798
 527 LYS  39     3.785    85.547    48.115     3.086   147.472   -52.556
 528 LYS  40     3.785    86.846    56.607     3.105   138.553  -118.164
 529 ILE  41     3.785    94.614    49.064     1.917   143.243  -104.324
 530 GLU  42     3.785    83.812    56.085     2.440   160.828   -41.860
 531 GLU  43     3.785    98.465    56.994     2.714   158.179   -74.861
 532 LEU  44     3.785    86.063    38.858     2.074   176.659   102.329
 533 GLY  45     3.786    97.537   133.746     0.000     0.000     0.000
 534 GLY  46     3.784   117.437    63.081     0.000     0.000     0.000
 535 GLY  47     3.785    91.425    68.516     0.000     0.000     0.000
 536 GLY  48     3.785   136.496    20.218     0.000     0.000     0.000
 537 GLU  49     3.784    90.762  -125.179     2.763   152.424  -134.490
 538 VAL  50     3.785    89.897   122.644     1.460   142.703   -83.682
 539 LYS  51     3.785    85.720   124.240     2.601   134.737  -146.671
 540 LYS  52     3.785    81.391    86.531     3.094   143.151   -99.233
 541 VAL  53     3.785    97.470    51.282     1.461   134.249   -62.621
 542 GLU  54     3.786    93.331    48.720     2.564   146.346   -99.045
 543 GLU  55     3.784    93.790    46.265     2.696   150.633   -59.911
 544 GLU  56     3.785    83.606    49.391     2.055   169.300  -167.852
 545 VAL  57     3.785    93.281    52.240     1.460   144.237   -96.089
 546 LYS  58     3.785    86.192    47.933     2.934   153.109   -85.425
 547 LYS  59     3.785    97.066    57.243     2.481   125.481   -24.034
 548 LEU  60     3.785    81.584    62.431     2.157   146.082   -95.013
 549 GLU  61     3.785   102.055    48.277     2.536   154.995   -88.741
 550 GLU  62     3.785    88.204    47.695     2.324   141.973  -124.114
 551 GLU  63     3.785    94.858    49.253     2.688   141.300   -43.881
 552 ILE  64     3.785    94.414    33.242     1.910   142.265   -87.362
 553 LYS  65     3.785    87.615    50.150     2.997   129.513   -40.349
 554 LYS  66     3.785    85.747    53.802     3.065   150.194   -47.165
 555 LEU  67     3.785    92.709    41.921     2.128   119.269    71.699
 556 D    68     3.785    92.709   180.000     0.000     0.000     0.000
 557 MD calculation.
 558
 559 ********************************************************************************
 560
 561  MODECALC           12
 562  Calling hpb_partition
 563  Calling chainbuild
 564  Calling MD
 565 ====================MD calculation start====================
 566  Initial velocities randomly generated
 567  Initial backbone velocities
 568    1.4324862923909696E-002   2.3060954008253298E-002  -6.3792993845931081E-002
 569   -8.2464915343916019E-002  -0.2516070235700686        4.4210010401026594E-002
 570    0.2349723051592712        0.2200841538295040        4.5251610843760908E-002
 571   -0.2124003419082547        9.9285486849185425E-002   0.2048035611662629
 572    7.7626734156010748E-002  -8.7230774321129179E-004  -0.1852910092927067
 573   -0.2054954346205523       -0.1736398459036022       -0.1193947039305000
 574    0.1245242224603375        6.3589487597254690E-002   0.1871120037722356
 575    0.1085692605935111       -0.1211347283374747        0.1589635466612328
 576   -4.1993868126625458E-002   0.1494245316364686       -0.1751136041361389
 577    4.5499187413129132E-002   0.1391643290712960       -7.4924978376189770E-002
 578   -0.1007527144082593       -9.4770335703041155E-002   0.1192507570729570
 579    1.0302646343144954E-002  -0.1824544980594764        1.8806866372040909E-002
 580    2.0920028362883287E-002   0.1805078120910424       -5.5851440541906729E-002
 581    9.6207778982298642E-002  -0.1173909006237467       -4.5240357604825476E-002
 582   -0.1736090004471858        0.1442184294965889        0.1982043058289817
 583    0.1365034893907223       -0.2585507088530808       -0.3188849711363511
 584    3.8504939006249179E-002   0.3885919699737705        0.2140040568464722
 585   -0.1996533930470889       -0.3021906086559044       -0.1429297339109604
 586    0.2830864519465333        0.1942072909175117        0.1668972686226336
 587   -2.5009110398121850E-002  -0.1539663305831705        3.3125498973123864E-002
 588   -0.2653534518187957        6.1246273825734745E-003  -0.2663425789513554
 589    0.2529927552203436       -7.4900893793449832E-002  -3.9971525892193362E-002
 590   -6.7692636535053996E-003   9.1640203290961288E-002   0.2491945749530819
 591    8.1769287238506418E-002   0.1179761144772420       -0.1075641534792496
 592   -0.1841692201730904       -0.3264267273744005        5.4570659943695441E-002
 593    4.1238341075337495E-002   0.2405756127240131       -4.8771487282703943E-002
 594   -0.2664516807513628        3.8162468731331490E-002  -8.7024812610697850E-002
 595    0.1137450010151328       -0.3054768712991176        0.1254392056874121
 596    0.3359856337659916        0.4426830872672881       -6.4215589266313717E-002
 597   -0.3526852108897527       -0.2408695468759505       -2.6312053658507315E-002
 598    7.3320948943808526E-002   8.9674050567894366E-002  -1.1802459078917398E-002
 599   -7.2232355171641398E-002  -6.8739843663328042E-002   2.5730488351662428E-002
 600    0.1537769336776298        5.1857314862080406E-002   0.2496355296054797
 601    5.5522849531431522E-002  -0.1430972561023301       -0.1724678616847149
 602   -8.0152042427708139E-002   5.1330201710993943E-002  -0.1034222576511945
 603   -0.2161382408049898        2.3714173188312260E-002   0.1450511752151215
 604   -7.0702143282625833E-002  -0.2032552225947245       -5.3383170509769133E-002
 605    0.2803041114876157        0.4099920435667419       -1.4534174653823706E-002
 606    0.1554655731402295       -0.1391127764084042       -6.4258060429209269E-002
 607   -0.1061706970394590        4.9847514907587041E-002   8.7304170916669861E-002
 608   -6.9085697736055511E-002  -5.4006746284531246E-002   0.1382242009203001
 609   -4.0584273036952272E-002  -5.2253546214015776E-002   9.2317122367434852E-002
 610    2.6860664384564585E-002   8.5372093073488244E-002  -0.2196757024153906
 611   -3.6456741755643449E-002   1.0807500708798075E-003   0.1924485456589615
 612    0.1644027537813116       -0.1666843335352830       -0.3047295562241932
 613   -0.2599736951431796       -7.0257738133479180E-002   0.1202962972943074
 614    0.1002373729663723        0.2069018377216206        4.0519440049336009E-002
 615    0.1303563337877069       -0.4032569439569553       -0.1485839395410882
 616   -0.3610502679332219        0.2716616193314436        4.8680677699585946E-002
 617    0.1928913804582157        8.7014226042097516E-002   1.0602403660423989E-002
 618   -6.0147145259960997E-003   6.5918170015397237E-002  -1.5541285740241397E-002
 619    5.3788648985821466E-002  -0.2318059904911159       -2.4765346405761060E-002
 620    3.1546153241568797E-002   0.2036388793504332        0.2035443175573332
 621    4.8880784251840064E-002  -9.1849026940734912E-002  -0.2640105127434449
 622   -0.1664864397727329       -0.1644399360070172        0.2714500887463680
 623    0.1254803538812205        0.2905681902197779       -0.2677371159394383
 624   -8.0014734334484388E-002   7.9170110496708981E-002  -5.4238640366009294E-002
 625    0.1280872346094246       -0.4081061838591050        0.2956054696767141
 626   -0.1235050569467009        0.2559044578781554       -0.2070043511404440
 627    0.3624319212495557        0.1812129646683664        0.2023685570588290
 628   -0.4691434326433293       -0.1297979531903272       -0.1350928301820909
 629    0.1945932776131060        1.4914424954272758E-002   7.7448936624335785E-002
 630   -1.3755367963486167E-002   0.1057457714064048        0.1888182761468886
 631   -0.2079280387445719       -0.2504600248204472       -0.2891337828028493
 632    0.1804651015531500        0.2493889640084464        9.4962876224487598E-002
 633   -0.1539821604243660       -0.2014391684545395        1.3572701889875609E-002
 634  Initial side-chain velocities
 635    0.0000000000000000        0.0000000000000000        0.0000000000000000
 636   -0.1128976735269540       -0.1965949792386982        0.2211441217084325
 637    3.0840424159487507E-002   0.2281020550113027        0.1238616378424910
 638   -3.1040253760719612E-002  -0.1501844388511035        3.8672254960298460E-002
 639    4.8246430378742033E-003  -0.1015911880843303       -0.1040537234213796
 640    0.1772133216510695       -8.2857931766127972E-002   7.4564862035412709E-002
 641   -5.3140401556500354E-003   7.8579529839689730E-002   0.3066032664047404
 642    2.1471828522848875E-002   5.3502638228185599E-003  -4.1247651069860218E-002
 643   -0.1971600402464241       -1.9954576732187446E-002  -9.3622111683778808E-002
 644   -0.1240074247131901       -8.7658046078999625E-002   2.3115291660446142E-002
 645    6.3929983382066791E-002  -0.1761331732204543       -2.4122050369819807E-002
 646    3.9066335309932789E-002  -6.5708451172283464E-003  -1.9752318162502769E-003
 647   -0.1872309227414096        9.6209937168067743E-002  -0.2987487502193678
 648   -6.4872837326460777E-002  -0.1522866020207292       -2.7497036638504957E-002
 649   -9.4802064151263021E-002   6.1872894468107962E-002   0.1027506447796682
 650    6.4531225453570507E-003  -4.9885412379387128E-002  -0.1550494987688242
 651   -2.2513286095570235E-002   0.1148300140079759        0.1464987194810843
 652   -0.1474138469234483       -0.1104214711490018        9.2516503944193058E-002
 653    0.1604253882373028        0.1003029138674276        3.3910225144852730E-002
 654   -0.1480451857506935       -0.2378844165105173        3.5090183973688394E-002
 655   -0.2440578360316706        8.8335333812237522E-002  -2.5691870356172615E-002
 656    0.0000000000000000        0.0000000000000000        0.0000000000000000
 657    0.0000000000000000        0.0000000000000000        0.0000000000000000
 658    0.0000000000000000        0.0000000000000000        0.0000000000000000
 659    0.0000000000000000        0.0000000000000000        0.0000000000000000
 660   -4.1691606533965651E-002   0.1820899617638935       -0.1547176386442052
 661    9.1566092684170872E-002   2.8981350251546560E-002  -9.0136233570203892E-002
 662    5.8503395041750199E-002  -1.2899282930997089E-002   0.1023277278845082
 663   -1.4266343423712360E-002   0.1530244339164073        0.1318802229635456
 664   -0.1649931724100239       -0.2433842458246506        9.2231934180517801E-002
 665    0.1166768375589941       -0.1302673672831547        9.1487215849938970E-002
 666    9.0856949488808709E-003  -0.1052101603064049       -2.7281596920403173E-003
 667    6.8220369646984436E-003   9.3747825697828109E-002  -1.6355302908142386E-003
 668   -1.0534363894661591E-002  -1.0819613667425065E-002  -9.6410871012427855E-002
 669   -0.1039749136265033        3.6199636814580738E-002  -1.6460015453868191E-002
 670   -0.1319310491862090        5.8724270593085750E-002   0.1192202875752651
 671    0.1007618987639446        1.9336570278769926E-003  -3.4142489774448497E-002
 672    0.1162438828399469        9.0538895467218357E-002   6.6254369783463005E-002
 673   -0.1018561820556906       -0.2111554657171823       -6.0460853031793889E-002
 674   -0.1506674375211980       -0.1204734189820305       -9.0545767572239484E-003
 675    1.1614897982892078E-003   5.1554037897888332E-002  -5.2907901984905257E-002
 676   -1.8333084465663507E-003  -6.2459150645534569E-002  -0.1284673786598817
 677    8.8120568813547013E-002   2.3247913917364142E-002  -0.2760670594013803
 678    7.7578377221085937E-002  -7.7807224412136042E-002  -1.0306570558009995E-002
 679    0.0000000000000000        0.0000000000000000        0.0000000000000000
 680    0.0000000000000000        0.0000000000000000        0.0000000000000000
 681    0.0000000000000000        0.0000000000000000        0.0000000000000000
 682    0.0000000000000000        0.0000000000000000        0.0000000000000000
 683    3.7306513760719140E-003   0.2830265456103908        0.1479120392363028
 684    0.1853307997081223        0.1635165519528208       -0.3517909332220863
 685    1.4051459178707981E-002   4.3512471795343117E-002   6.0872311857795349E-004
 686    1.2868148363352661E-002  -3.2281503343216942E-002   6.6542301536674309E-002
 687    7.4176333239815264E-002   2.2515981030951098E-002  -1.8694740029181549E-002
 688   -0.1225191232346091       -0.1032499261762106        4.4129444585356072E-002
 689   -6.0095842877336345E-002   2.3636181620223597E-002   9.7312033439731334E-002
 690    4.5591139018909743E-002   0.2353208404783136       -0.1965741124709957
 691   -9.7003323149892005E-002  -0.1041592116719632        0.1707224339787879
 692    1.7728960574588033E-002  -0.1225938955576677        0.1890948450611761
 693   -9.7917828477334865E-002   0.2573138955404320       -6.9142137648953961E-002
 694    1.1305196229803758E-002   2.7361458839471791E-002   0.1876208252212528
 695   -0.1811543402677132       -4.2039185431163038E-002  -0.1421901131548191
 696    7.4421998096865760E-002  -1.6472472460452674E-002   0.1137278111643500
 697   -9.7160397210836553E-002  -5.8307027338373141E-002  -8.7150987686124655E-002
 698    3.7773615249674375E-002  -0.1662975819391843       -0.1860983042430830
 699    0.3317992931711260       -5.0067177269952552E-002  -1.7276023488628245E-002
 700    0.1506033179782202       -0.1396242439187054       -9.6047876411386000E-002
 701    5.7642615805661883E-002   5.0647958430279676E-002  -5.4442329630573374E-002
 702  Calling the zero-angular                           momentum subroutine
 703  vcm right after adjustment:
 704    3.8017267830930992E-018   3.7512350992551431E-017   3.1965691017999598E-017
 705
 706
 707               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 708              X           Y           Z          X           Y           Z
 709 GLY(  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 710 SER(  2)     3.78426     0.00000     0.00000     4.43080     0.82260     0.73120
 711 ARG(  3)     4.28912    -3.75095     0.00000     1.17596    -4.56902    -1.69032
 712 VAL(  4)     8.03046    -3.20295    -0.16665     8.71726    -2.03177    -0.70567
 713 LYS(  5)     7.67688    -2.06100     3.42423     7.63590    -0.39832     5.61546
 714 ALA(  6)     6.18799    -5.30750     4.67698     5.46322    -5.52299     4.56134
 715 LEU(  7)     8.82268    -6.85717     2.44425     8.30071    -7.65506     0.83086
 716 GLU(  8)    11.85440    -5.01653     3.76993    12.78377    -2.94825     5.15151
 717 GLU(  9)    11.15761    -7.11075     6.84573    10.47899    -8.04696     8.77080
 718 LYS( 10)    11.22135   -10.44209     5.04884     9.41268   -12.36911     4.64720
 719 VAL( 11)    14.17775    -9.43223     2.91169    14.18390    -8.52940     1.76357
 720 LYS( 12)    16.06915    -8.15719     5.93202    16.86946    -6.37844     7.95788
 721 ALA( 13)    15.29311   -11.55269     7.41177    14.58882   -11.77210     7.61579
 722 LEU( 14)    16.37169   -13.22143     4.19018    14.82802   -14.01166     3.16079
 723 GLU( 15)    19.64210   -11.36540     4.63048    21.12868    -9.35274     4.63264
 724 GLU( 16)    20.77100   -12.39425     8.09289    20.64392   -12.02303    10.77656
 725 LYS( 17)    19.47874   -15.90707     7.53054    16.69929   -16.84643     8.58747
 726 VAL( 18)    20.71385   -16.42375     3.99066    20.25391   -15.92687     2.69702
 727 LYS( 19)    24.00505   -15.07034     5.27876    25.32372   -13.19691     6.62558
 728 ALA( 20)    23.71944   -17.06997     8.47954    23.10453   -17.07064     8.93579
 729 LEU( 21)    23.56349   -20.20890     6.36917    21.72754   -20.08478     5.44187
 730 GLY( 22)    27.01728   -21.75015     6.50501    27.01728   -21.75015     6.50501
 731 GLY( 23)    26.80315   -21.39406     2.74372    26.80315   -21.39406     2.74372
 732 GLY( 24)    29.24486   -23.02840     0.35816    29.24486   -23.02840     0.35816
 733 GLY( 25)    26.86154   -24.16153    -2.35485    26.86154   -24.16153    -2.35485
 734 ARG( 26)    23.21990   -23.90783    -1.35311    23.23427   -26.70438     1.39581
 735 ILE( 27)    22.49358   -20.25567    -0.67596    23.46555   -19.72284     0.88527
 736 GLU( 28)    24.05305   -18.98070    -3.88059    25.73426   -18.29546    -5.16547
 737 GLU( 29)    20.95661   -20.02812    -5.78878    18.92408   -21.50966    -6.26736
 738 LEU( 30)    18.40646   -18.47368    -3.46237    18.77058   -18.96191    -1.42967
 739 LYS( 31)    20.92375   -15.67995    -3.03587    22.96491   -14.74211    -1.57849
 740 LYS( 32)    20.73018   -15.20884    -6.78658    22.65712   -16.23130    -8.34856
 741 LYS( 33)    16.97677   -14.72072    -6.87198    15.71556   -16.51030    -8.54531
 742 TRP( 34)    17.27918   -12.86697    -3.58542    18.57215   -11.38701    -0.62121
 743 GLU( 35)    19.35516   -10.44211    -5.62020    21.39750    -9.38283    -6.06652
 744 GLU( 36)    16.73961   -10.16601    -8.34229    17.49995   -11.96145   -10.25497
 745 LEU( 37)    14.00858   -10.09915    -5.72280    13.26441   -10.90414    -3.92609
 746 LYS( 38)    15.34260    -7.32398    -3.52186    17.68958    -6.50947    -1.98989
 747 LYS( 39)    15.81057    -5.39441    -6.74381    17.42532    -5.07894    -9.35494
 748 LYS( 40)    12.11516    -5.93573    -7.36012    11.89380    -8.50464    -9.08945
 749 ILE( 41)    11.06021    -4.79214    -3.90928    11.15078    -6.01058    -2.43172
 750 GLU( 42)    12.92852    -1.63304    -4.83254    15.02804    -0.43388    -4.50309
 751 GLU( 43)    11.03014    -0.76567    -7.99037    11.45913    -0.76128   -10.66997
 752 LEU( 44)     7.93968    -1.92687    -6.13997     7.57759    -3.68108    -5.09351
 753 GLY( 45)     5.69258     0.97986    -7.05322     5.69258     0.97986    -7.05322
 754 GLY( 46)     4.88038     1.47192   -10.71568     4.88038     1.47192   -10.71568
 755 GLY( 47)     2.80869    -1.69482   -10.77893     2.80869    -1.69482   -10.77893
 756 GLY( 48)     1.06608    -3.88695    -8.23228     1.06608    -3.88695    -8.23228
 757 GLU( 49)     2.93953    -6.92465    -9.49038     3.34039    -6.91563   -12.22399
 758 VAL( 50)     4.31790    -7.50616    -6.01334     4.16953    -6.68130    -4.81745
 759 LYS( 51)     2.80755   -10.96500    -6.30062     0.29724   -10.29715    -6.16950
 760 LYS( 52)     6.14544   -11.66636    -7.94087     6.36396   -11.12483   -10.97951
 761 VAL( 53)     8.34461   -10.23252    -5.21413     8.57856    -8.90902    -4.64191
 762 GLU( 54)     6.53250   -12.10043    -2.46506     4.62177   -10.97604    -1.17678
 763 GLU( 55)     6.54407   -15.38490    -4.34469     5.26559   -16.84589    -6.21499
 764 GLU( 56)    10.22301   -14.62316    -4.80443    11.12609   -14.55747    -6.64892
 765 VAL( 57)    10.79177   -14.06105    -1.10526    10.60859   -12.76802    -0.45154
 766 LYS( 58)     8.91540   -17.30608    -0.58087     6.02291   -17.69997    -0.29064
 767 LYS( 59)    11.16372   -19.49178    -2.70090    13.07946   -20.07683    -4.16430
 768 LEU( 60)    13.70165   -18.45222    -0.09205    14.92000   -16.70965    -0.45665
 769 GLU( 61)    11.82615   -19.08936     3.13328    10.53872   -17.51765     4.65129
 770 GLU( 62)    10.87124   -22.48758     1.76750     8.71512   -22.26535     0.92859
 771 GLU( 63)    14.39082   -23.41720     0.73138    16.34028   -23.39571    -1.11935
 772 ILE( 64)    16.03667   -21.55066     3.58335    16.37728   -19.67258     3.65382
 773 LYS( 65)    13.64353   -23.32618     5.91738    10.92453   -24.45260     6.48320
 774 LYS( 66)    14.91394   -26.52060     4.33482    14.51007   -28.69022     2.20786
 775 LEU( 67)    18.50204   -25.31733     4.35856    19.25535   -23.95034     2.91243
 776 D  ( 68)    19.77245   -28.51176     2.77600    19.77245   -28.51176     2.77600
 777
 778 Geometry of the virtual chain.
 779   Res           d     Theta       Phi       Dsc     Alpha      Omega
 780 GLY   1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 781 SER   2     3.784     0.000     0.000     1.276   144.939   -94.284
 782 ARG   3     3.785    97.666     0.000     3.636   132.847  -136.663
 783 VAL   4     3.785    89.333   177.476     1.461   120.485   -67.491
 784 LYS   5     3.785    84.811    71.708     2.751   151.871    -7.605
 785 ALA   6     3.785    95.278    58.423     0.765   132.978   -83.541
 786 LEU   7     3.785    83.231    41.781     1.874   159.456  -117.163
 787 GLU   8     3.786    98.730    52.453     2.655   127.393   -42.771
 788 GLU   9     3.786    82.425    68.389     2.246   139.933   -10.602
 789 LYS  10     3.786    95.627    54.877     2.673   164.411   -81.368
 790 VAL  11     3.785    92.658    40.616     1.461   137.613   -78.366
 791 LYS  12     3.785    91.698    47.994     2.812   149.544   -30.888
 792 ALA  13     3.784    84.681    51.646     0.765   130.308   -80.013
 793 LEU  14     3.785    90.248    46.537     2.017   152.909  -147.404
 794 GLU  15     3.786    86.046    55.069     2.502   139.867   -30.986
 795 GLU  16     3.784   103.344    54.915     2.712   142.391   -46.710
 796 LYS  17     3.785    90.833    37.628     3.118   147.778   -92.352
 797 VAL  18     3.785    98.873    42.913     1.460   140.342   -74.863
 798 LYS  19     3.785    85.218    47.394     2.658   127.030   -40.335
 799 ALA  20     3.785    91.907    41.951     0.766   126.974   -76.135
 800 LEU  21     3.786    88.266    58.560     2.061   155.447  -157.937
 801 GLY  22     3.785   106.265   101.124     0.000     0.000   180.000
 802 GLY  23     3.784    82.782  -122.635     0.000     0.000   180.000
 803 GLY  24     3.785   123.323  -168.063     0.000     0.000   180.000
 804 GLY  25     3.785   100.070   139.318     0.000     0.000   180.000
 805 ARG  26     3.785   113.331   -11.596     3.921   126.029  -109.245
 806 ILE  27     3.785   107.256    61.845     1.915   121.565   -93.204
 807 GLU  28     3.785    95.422    48.830     2.224   158.348   -19.209
 808 GLU  29     3.785    89.803    78.416     2.560   123.110   -30.298
 809 LEU  30     3.786    97.334    48.356     2.122   102.856   -71.033
 810 LYS  31     3.785    85.659    36.445     2.678   159.703   -52.243
 811 LYS  32     3.785    86.916    58.012     2.683   156.818  -116.068
 812 LYS  33     3.786    95.112    55.594     2.756   151.563  -138.866
 813 TRP  34     3.785    87.957    36.487     3.556   129.060   -19.927
 814 GLU  35     3.785    83.732    62.879     2.344   161.223   -20.594
 815 GLU  36     3.785    93.115    50.005     2.731   132.834  -114.702
 816 LEU  37     3.785    90.124    40.742     2.105   125.264   -41.593
 817 LYS  38     3.785    99.270    51.927     2.919   132.849   -53.798
 818 LYS  39     3.785    85.547    48.115     3.086   147.472   -52.556
 819 LYS  40     3.785    86.846    56.607     3.105   138.553  -118.164
 820 ILE  41     3.785    94.614    49.064     1.917   143.243  -104.324
 821 GLU  42     3.785    83.812    56.085     2.440   160.828   -41.860
 822 GLU  43     3.785    98.465    56.994     2.714   158.179   -74.861
 823 LEU  44     3.785    86.063    38.858     2.074   176.659   102.329
 824 GLY  45     3.786    97.537   133.746     0.000     0.000   180.000
 825 GLY  46     3.784   117.437    63.081     0.000     0.000   180.000
 826 GLY  47     3.785    91.425    68.516     0.000     0.000   180.000
 827 GLY  48     3.785   136.496    20.218     0.000     0.000   180.000
 828 GLU  49     3.784    90.762  -125.179     2.763   152.424  -134.490
 829 VAL  50     3.785    89.897   122.644     1.460   142.703   -83.682
 830 LYS  51     3.785    85.720   124.240     2.601   134.737  -146.671
 831 LYS  52     3.785    81.391    86.531     3.094   143.151   -99.233
 832 VAL  53     3.785    97.470    51.282     1.461   134.249   -62.621
 833 GLU  54     3.786    93.331    48.720     2.564   146.346   -99.045
 834 GLU  55     3.784    93.790    46.265     2.696   150.633   -59.911
 835 GLU  56     3.785    83.606    49.391     2.055   169.300  -167.852
 836 VAL  57     3.785    93.281    52.240     1.460   144.237   -96.089
 837 LYS  58     3.785    86.192    47.933     2.934   153.109   -85.425
 838 LYS  59     3.785    97.066    57.243     2.481   125.481   -24.034
 839 LEU  60     3.785    81.584    62.431     2.157   146.082   -95.013
 840 GLU  61     3.785   102.055    48.277     2.536   154.995   -88.741
 841 GLU  62     3.785    88.204    47.695     2.324   141.973  -124.114
 842 GLU  63     3.785    94.858    49.253     2.688   141.300   -43.881
 843 ILE  64     3.785    94.414    33.242     1.910   142.265   -87.362
 844 LYS  65     3.785    87.615    50.150     2.997   129.513   -40.349
 845 LYS  66     3.785    85.747    53.802     3.065   150.194   -47.165
 846 LEU  67     3.785    92.709    41.921     2.128   119.269    71.699
 847 D    68     3.785    92.709   180.000     0.000     0.000   180.000
 848  Potential energy and its components
 849     4223.069527427199         1417.156941757942         245.1229503015478
 850    -576.8404853557735        -443.4646226713600        0.0000000000000000
 851    0.0000000000000000        -28.72282448527260         123.1100688267006
 852    -29.22028710422527        0.0000000000000000        -77.01397934788042
 853     107.3231863733070         90.31391374517578         8.996107713480077
 854    0.0000000000000000        -45.58016651021919         1634.047527117884
 855    0.0000000000000000        0.0000000000000000        0.0000000000000000
 856    0.0000000000000000
 857  Initial: Kinetic energy    110.2732342277786       potential energy
 858     4223.069527427199       total energy    4333.342761654978
 859   maximum acceleration     139.9965487157773
 860 Momenta zeroed out, time               76.79
 861 Momenta zeroed out, time              176.79
 862 Momenta zeroed out, time              276.79
 863 Momenta zeroed out, time              376.79
 864 Momenta zeroed out, time              475.70
 865 Momenta zeroed out, time              575.70
 866 Momenta zeroed out, time              675.70
 867 Momenta zeroed out, time              775.70
 868 Momenta zeroed out, time              873.76
 869 Momenta zeroed out, time              973.76
 870
 871
 872 ===================================  Timing  ===================================
 873
 874                   MD calculations setup:    4.05000E+00
 875            Energy & gradient evaluation:    1.40690E+02
 876                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 877                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 878                                MD steps:    1.42890E+02
 879
 880
 881 ============================  End of MD calculation  ===========================
 882
 883
 884 ***** Computation time:    0 hours  2 minutes 27 seconds *****