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[unres.git] / examples / README.txt
1 This directory contains examples of calculactions with UNRES, run on small
2 systems. The following directories contain calculations of different
3 categories:
4
5 MD - molecular-dynamics-related calculations
6
7   microcanonical - microcanonical calculations
8
9       VTS - calculations with variable time step 
10           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
11           ff_gab - 1GAB force field
12
13       RESPA - calculations with the AMTS algorithm
14           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
15           ff_gab - 1GAB force field
16
17   Berendsen - calculations with Berendsen's thermostat
18           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
19           ff_gab - 1GAB force field
20           
21   Nose_Hoover - calculations with Nose-Hoover thermostat
22           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
23           ff_gab - 1GAB force field
24
25   Langevin - Langevin dynamics calculations
26           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
27           ff_gab - 1GAB force field
28
29 REMD - calculations with replica exchange molecular dynamics
30  
31   Berendsen - calculations with Berendsen's thermostat
32           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
33           ff_gab - 1GAB force field
34           
35   Nose_Hoover - calculations with Nose-Hoover thermostat
36           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
37           ff_gab - 1GAB force field
38
39   Langevin - Langevin dynamics calculations
40           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
41           ff_gab - 1GAB force field
42
43   with_constraints - calculations with distance restraints
44
45       Berendsen - Berendsen calculations (the only examples for restrained
46                   REMD)
47
48           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
49           ff_gab - 1GAB force field
50
51 MREMD - multiplexed replica-exchange calculations
52
53           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
54           ff_gab - 1GAB force field
55
56
57 CSA - conformational space annealing calculations
58
59   4P       - 4P force field
60   1E0LL2Y  - 1E0LL2Y force field
61   GAB      - 1GAB force field
62
63 MINIM - energy minimization calculations
64
65 MULTICHAIN - sample runs on oligomeric proteins
66
67 Each bottom directory contains the respective batch and C-shell scripts, 
68 input file, and the output directory that contains the results of sample
69 calculations, which can be checked against the results of user's 
70 calculations
71