examples/README.txt

   1 This directory contains examples of calculactions with UNRES, run on small
   2 systems. The following directories contain calculations of different
   3 categories:
   4
   5 MD - molecular-dynamics-related calculations
   6
   7   microcanonical - microcanonical calculations
   8
   9       VTS - calculations with variable time step
  10           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
  11           ff_gab - 1GAB force field
  12
  13       RESPA - calculations with the AMTS algorithm
  14           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
  15           ff_gab - 1GAB force field
  16
  17   Berendsen - calculations with Berendsen's thermostat
  18           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
  19           ff_gab - 1GAB force field
  20
  21   Nose_Hoover - calculations with Nose-Hoover thermostat
  22           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
  23           ff_gab - 1GAB force field
  24
  25   Langevin - Langevin dynamics calculations
  26           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
  27           ff_gab - 1GAB force field
  28
  29 REMD - calculations with replica exchange molecular dynamics
  30
  31   Berendsen - calculations with Berendsen's thermostat
  32           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
  33           ff_gab - 1GAB force field
  34
  35   Nose_Hoover - calculations with Nose-Hoover thermostat
  36           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
  37           ff_gab - 1GAB force field
  38
  39   Langevin - Langevin dynamics calculations
  40           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
  41           ff_gab - 1GAB force field
  42
  43   with_constraints - calculations with distance restraints
  44
  45       Berendsen - Berendsen calculations (the only examples for restrained
  46                   REMD)
  47
  48           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
  49           ff_gab - 1GAB force field
  50
  51 MREMD - multiplexed replica-exchange calculations
  52
  53           ff_1l2y - 1E0L1L2Y force field
  54           ff_gab - 1GAB force field
  55
  56
  57 CSA - conformational space annealing calculations
  58
  59   4P       - 4P force field
  60   1E0LL2Y  - 1E0LL2Y force field
  61   GAB      - 1GAB force field
  62
  63 MINIM - energy minimization calculations
  64
  65 MULTICHAIN - sample runs on oligomeric proteins
  66
  67 Each bottom directory contains the respective batch and C-shell scripts,
  68 input file, and the output directory that contains the results of sample
  69 calculations, which can be checked against the results of user's
  70 calculations
  71