doc/CLUSTER.TXT

   1                              CLUSTER
   2           Cluster analysis of UNRES simulation results
   3           ---------------------------------------------
   4
   5 TABLE OF CONTENTS
   6 -----------------
   7
   8 1. License terms
   9
  10 2. References
  11
  12 3. Functions of the program
  13
  14 4. Installation
  15
  16 5. Running the program
  17
  18 6. Input and output files
  19    6.1. Summary of files
  20    6.2. The main input file
  21         6.2.1. Title
  22         6.2.2. General data
  23         6.2.3. Energy-term weights and parameter files
  24         6.2.4 Molecule data
  25               6.2.4.1. Sequence information
  26               6.2.4.2. Dihedral angle restraint information
  27               6.2.4.3. Disulfide-bridge data
  28         6.2.5. Reference structure
  29    6.3. Main output file (out)
  30    6.4. Output coordinate files
  31         6.4.1. The internal coordinate (int) files
  32         6.4.2. The Cartesian coordinate (x) files
  33         6.4.3. The PDB files
  34                6.4.3.1. CLUST-UNRES runs
  35                6.4.3.2. CLUST-WHAM runs
  36                         6.4.3.2.1. Conformation family files
  37                         6.4.3.2.2. Average-structure file
  38    6.5. The conformation-distance file
  39    6.6. The clustering-tree PicTeX file
  40
  41 7. Support
  42
  43 1. LICENSE TERMS
  44 ----------------
  45
  46 * This software is provided free of charge to academic users, subject to the
  47   condition that no part of it be sold or used otherwise for commercial
  48   purposes, including, but not limited to its incorporation into commercial
  49   software packages, without written consent from the authors. For permission
  50   contact Prof. H. A. Scheraga, Cornell University.
  51
  52 * This software package is provided on an "as is" basis. We in no way warrant
  53   either this software or results it may produce.
  54
  55 * Reports or publications using this software package must contain an
  56   acknowledgment to the authors and the NIH Resource in the form commonly
  57 used
  58   in academic research.
  59
  60 2. REFERENCES
  61 -------------
  62
  63 The program incorporates the hierarchical-clustering subroutine, hc.f written
  64 by G. Murtagh (refs 1 and 2). The subroutine contains seven methods of
  65 hierarchical clustering.
  66
  67 [1]  F. Murtagh. Multidimensional clustering algorithms; Physica-Verlag:
  68      Vienna, Austria, 1985.
  69 [2]  F. Murtagh, A. Heck. MultiVariate data analysis; Kluwer Academic:
  70      Dordrecht, Holland, 1987.
  71 [3]  A. Liwo, M. Khalili, C. Czaplewski, S. Kalinowski, S. Oldziej, K. Wachucik,
  72      H.A. Scheraga.
  73      Modification and optimization of the united-residue (UNRES) potential
  74      energy function for canonical simulations. I. Temperature dependence of the
  75      effective energy function and tests of the optimization method with single
  76      training proteins. J. Phys. Chem. B, 2007, 111, 260-285.
  77 [4]  S. Oldziej, A. Liwo, C. Czaplewski, J. Pillardy, H.A. Scheraga.
  78      Optimization of the UNRES force field by hierarchical design of the
  79      potential-energy landscape. 2. Off-lattice tests of the method with single
  80      proteins.  J. Phys. Chem. B., 2004, 108, 16934-16949.
  81
  82 3. FUNCTIONS OF THE PROGRAM
  83 ---------------------------
  84
  85 The program runs cluster analysis of UNRES simulation results. There are two
  86 versions of the program depending on the origin of input conformation:
  87
  88 1) CLUST-UNRES: performs cluster analysis of conformations that are obtained
  89    directly from UNRES runs (CSA, MCM, MD, (M)REMD, multiple-conformation
  90    energy minimization). The source code and other important files are
  91    deposited in CLUST-UNRES subdirectory
  92
  93    The source code of this version is deposited in clust-unres/src
  94
  95 2) CLUST-WHAM: performs cluster analysis of conformations obtained in UNRES
  96    MREMD simulations and then processed with WHAM (weighted histogram analysis
  97    method). This enables the user to obtain clusters as conformational
  98    ensembles at a given temperature and to compute their probabilities
  99    (section 2.5 of ref 3). This version is deposited in the CLUST-WHAM
 100    subdirectory. This version has single- and multichain variants, whose
 101    source codes are deposited in the following subdirectories:
 102
 103    a) clust-wham/src    single-chain proteins
 104
 105    b) clust-wham/src-M  oligomeric proteins
 106
 107 The version developed for oligomeric proteins treats whole system as a single
 108 chain with dummy residues inserted. It also works for single chains but is
 109 not fully checked and it is recommended to use single-chain version for
 110 single-chain proteins.
 111
 112 4. INSTALLATION
 113 ---------------
 114
 115 Customize Makefile to your system. See section 7 of the description of UNRES
 116 for compiler flags that are used to created executables for a particular
 117 force field. There are already several Makefiles prepared for various
 118 systems and force fields.
 119
 120 Run make in the appropriate source directory version. CLUST-UNRES runs
 121 only in single-processor mode an CLUST-WHAM runs in both serial and parallel
 122 mode [only conformation-distance (rmsd) calculations are parallelized].
 123 The parallel version uses MPI.
 124
 125 5. RUNNING THE PROGRAM
 126 ----------------------
 127
 128 The program requires a parallel system to run. Depending on system,
 129 either the wham.csh C-shell script (in WHAM/bin directory) can be started
 130 using mpirun or the binary in the C-shell script must be executed through
 131 mpirun. See the wham.csh C-shell script and section 6 for the files
 132 processed by the program.
 133
 134 6. INPUT AND OUTPUT FILES
 135 -------------------------
 136
 137 6.1. SUMMARY OF THE FILES
 138 -------------------------
 139
 140 The C-shell script wham.csh is used to run the program (see the
 141 bin/WHAM directory). The data files that the script needs are mostly the same as
 142 for UNRES (see section 6 of UNRES description). In addition, the environmental
 143 variable CONTFUN specifies the method to assess whether two side chains
 144 are at contact; if EONTFUN=GB, the criterion defined by eq 8 of ref 4 is
 145 used to assess whether two side chains are at contact. Also, the parameter
 146 files from the C-shell scripts are overridden if the data from Hamiltonian
 147 MREMD are processed; if so, the parameter files are defined in the main
 148 input file.
 149
 150 The main input file must have inp extension. If it is INPUT.inp, the output
 151 files are as follows:
 152
 153 Coordinate input file COORD.ext, where ext denotes file extension in one of the
 154 following formats:
 155
 156 INT (extension int; UNRES angles theta, gamma, alpha, and beta),
 157 X   (extension x; UNRES Cartesian coordinate format; from MD),
 158 PDB (extension pdb; Protein Data Bank format; fro MD),
 159 CX  (extension cx; xdrf format; from WHAM).
 160
 161 INPUT_clust.out (single-processor mode) or INPUT_clust.out_xxx (parallel mode) -
 162      output file(s) (INPUT.out_000 is the main output file for parallel mode).
 163
 164 COORD_clust.int: leading (lowest-energy) members of the families
 165     in internal-coordinate format.
 166 COORD_clust.x: leading members of the families in UNRES Cartesian coordinate
 167     format.
 168 COORD_xxxx.pdb or COORD_xxxx_yyy.pdb (CLUST-UNRES): PDB file of member yyy
 169     of family xxxx; yyy is omitted if the family contains only one member
 170     within a given energy cut-off.
 171 COORD_TxxxK_yyyy.pdb: concatenated conformations in PDB format of the
 172     members of family yyyy clustered at T=xxxK ranked by probabilities in
 173     descending order at this temperature (CLUST-WHAM).
 174 COORD_T_xxxK_ave.pdb: cluster-averaged coordinates and coordinates of a
 175     member of each family that is closest to the cluster average in PDB
 176     format, concatenated in a single file (CLUST-WHAM).
 177
 178 INPUT_clust.tex: PicTeX code of the cluster tree.
 179
 180 INPUT.rms: rmsds between conformations.
 181
 182 6.2. MAIN INPUT FILE
 183 --------------------
 184
 185 This file has the same structure as the UNRES input file; most of the data are
 186 input in a keyword-based form (see section 7.1 of UNRES description). The data
 187 are grouped into records, referred to as lines. Each record, except for the
 188 records that are input in non-keyword based form, can be continued by placing
 189 an ampersand (&) in column 80. Such a format is referred to as the data list
 190 format.
 191
 192 In the following description, the default values are given in parentheses.
 193
 194 6.2.1. Title (80-character string)
 195 ----------------------------------
 196
 197 6.2.2. General data (data list format)
 198 --------------------------------------
 199
 200 NRES (0) - the number of residues
 201
 202 ONE_LETTER - if present, the sequence is input in one-letter code.
 203
 204 SYM (1) - number of chains with same sequence (for oligomeric proteins only),
 205
 206 WITH_DIHED_CONSTR - if present, dihedral-angle restraints were imposed in the
 207     processed MREMD simulations
 208
 209 RESCALE (1) - Choice of the type of temperature dependence of the force field.
 210 0  - no temperature dependence
 211 1  - homographic dependence (not implemented yet with any force field)
 212 2  - hyperbolic tangent dependence [3].
 213
 214 DISTCHAINMAX (50.0) - for oligomeric proteins, distance between the chains
 215      above which restraints will be switched on to keep the chains at a
 216      reasonable distance.
 217
 218 PDBOUT - clusters will be printed in PDB format.
 219
 220 ECUT - energy cut-off criterion to print conformations (UNRES-CLUST runs).
 221      Only those families will be output the energy of the lowest-energy
 222      conformation of which is within ECUT kcal/mol above that of the
 223      lowest-energy conformation and for a family only those members will be
 224      output which have energy within ECUT kcal/mol above the energy of the
 225      lowest-energy member of the family.
 226
 227 PRINT_CART - output leading members of the families in UNRES x format.
 228
 229 PRINT_INT - output leading members of the families in UNRES int format.
 230
 231 REF_STR - if present, reference structure is input and rmsd will be computed
 232       with respect to it (CLUST-UNRES only; rmsd is provided in the cx file
 233       from WHAM for CLUST-WHAM runs).
 234
 235 PDBREF - if present, reference structure will be read in from a pdb file.
 236
 237 SIDE - side chains will be considered in superposition when calculating rmsd
 238
 239 CA_ONLY - only the Calpha atoms will be used in rmsd calculation
 240
 241 NSTART (0) - first residue to superpose
 242
 243 NEND (0) - last residue to superpose
 244
 245 NTEMP (1) - number of temperatures at which probabilities will be calculated
 246          and clustering performed (CLUST-WHAM)
 247
 248 TEMPER (NTEMP tiles) - temperatures at which clustering will be performed
 249         (CLUST-WHAM)
 250
 251 EFREE - if present, conformation entropy factor is read if the conformation
 252         is input from an x or pdb file
 253
 254 PROB (0.99) - cut-off on the summary probability of the conformations that
 255      are clustered at a given temperature (CLUST-WHAM)
 256
 257 IOPT (2) - clustering algorithm:
 258
 259 1 - Ward's minimum variance method
 260 2 - single link method
 261 3 - complete link method
 262 4 - average link (or group average) method
 263 5 - McQuitty's method
 264 6 - Median (Gower's) method
 265 7 - centroid method
 266
 267 Instead of IOPT=1, MINTREE and instead of IOPT=2 MINVAR can be specified
 268
 269 NCUT (1) - number of cut-offs in clustering
 270
 271 CUTOFF (-1.0; NCUT values) cut-offs at which clustering will be performed;
 272     at the cut-off flagged by a "-" sign clustering will be performed with
 273     cutoff value=abs(cutoff(i)) and conformations corresponding to clusters
 274     will be output in the desired format.
 275
 276 MAKE_TREE - if present, produce a clustering-tree graph
 277
 278 PLOT_TREE - if present, the tree is written in PicTeX format to a file
 279
 280 PRINT_DIST - if present, distance (rmsd) matrix is printed to main output
 281     file
 282 PUNCH_DIST - if present, the upper-triangle of the distance matrix will be
 283     printed to a file
 284
 285 6.2.3. Energy-term weights and parameter files
 286 ----------------------------------------------
 287
 288 WSC (1.0) -    side-chain-side-chain interaction energy
 289
 290 WSCP (1.0) -   side chain-peptide group interaction energy
 291
 292 WELEC (1.0) -  peptide-group-peptide group interaction energy
 293
 294 WEL_LOC (1.0)- third-order backbone-local correlation energy
 295
 296 WCORR (1.0) -  fourth-order backbone-local correlation energy
 297
 298 WCORR5 (1.0) - fifth-order backbone-local correlation energy
 299
 300 WCORR6 (1.0) - sixth-order backbone-local correlation energy
 301
 302 WTURN3 (1.0) - third-order backbone-local correlation energy of pairs of
 303                peptide groups separated by a single peptide group
 304
 305 WTURN4 (1.0) - fourth-order backbone-local correlation energy of pairs of
 306                peptide groups separated by two peptide groups
 307
 308 WTURN6 (1.0) - sixth-order backbone-local correlation energy for pairs of
 309                peptide groups separated by four peptide groups
 310
 311 WBOND (1.0)  - virtual-bond-stretching energy
 312
 313 WANG (1.0) -   virtual-bond-angle-bending energy
 314
 315 WTOR (1.0) -   virtual-bond-torsional energy
 316
 317 WTORD (1.0) -  virtual-bond-double-torsional energy
 318
 319 WSCCOR (1.0) - sequence-specific virtual-bond-torsional energy
 320
 321 WDIHC (0.0)  - dihedral-angle-restraint energy
 322
 323 WHPB (1.0)   - distance-restraint energy
 324
 325 SCAL14 (0.4) - scaling factor of 1,4-interactions
 326
 327 6.2.4. Molecule information
 328 -----------------------------
 329
 330 6.2.4.1. Sequence information
 331 -----------------------------
 332
 333 Amino-acid sequence
 334
 335 3-letter code: Sequence is input in format 20(1X,A3)
 336
 337 1-letter code: Sequence is input in format 80A1
 338
 339 6.2.4.2. Dihedral angle restraint information
 340 ---------------------------------------------
 341
 342 This is the information about dihedral-angle restraints, if any are present.
 343 It is specified only when WITH_DIHED_CONSTR is present in the first record.
 344
 345 1st line: ndih_constr - number of restraints (free format)
 346
 347 2nd line: ftors - force constant (free format)
 348
 349 Each of the following ndih_constr lines:
 350
 351 idih_constr(i),phi0(i),drange(i)  (free format)
 352
 353 idih_constr(i) - the number of the dihedral angle gamma corresponding to the
 354 ith restraint
 355
 356 phi0(i) - center of dihedral-angle restraint
 357
 358 drange(i) - range of flat well (no restraints for phi0(i) +/- drange(i))
 359
 360 6.2.4.3. Disulfide-bridge data
 361 ------------------------------
 362
 363 1st line: NS, (ISS(I),I=1,NS)    (free format)
 364
 365 NS - number of cystine residues forming disulfide bridges
 366
 367 ISS(I) - the number of the Ith disulfide-bonding cystine in the sequence
 368
 369 2nd line: NSS, (IHPB(I),JHPB(I),I=1,NSS) (free format)
 370
 371 NSS - number of disulfide bridges
 372
 373 IHPB(I),JHPB(I) - the first and the second residue of ith disulfide link
 374
 375 Because the input is in free format, each line can be split
 376
 377 6.2.5. Reference structure
 378 --------------------------
 379
 380 If PDBREF is specified, filename with reference (experimental) structure,
 381 otherwise UNRES internal coordinates as the theta, gamma, alpha, and beta
 382 angles.
 383
 384 6.3. Main output file (out)
 385 ------------------------------------------------
 386
 387 The main (with name INPUT_clust.out or INPUT_clust.out_000 for parallel runs)
 388 output file contains the results of clustering (numbers of families
 389 at different cut-off values, probabilities of clusters, composition of
 390 families, and rmsd values corresponding to families (0 if rmsd was not
 391 computed or read from WHAM-generated cx file).
 392
 393 The output files corresponding to non-master processors
 394 (INPUT_clust.out_xxx where xxx>0 contain only the information up to the
 395 clustering protocol. These files can be deleted right after the run.
 396
 397 Excerpts from the a sample output file are given below:
 398
 399 CLUST-UNRES:
 400
 401 THERE ARE   20 FAMILIES OF CONFORMATIONS
 402
 403 FAMILY    1 CONTAINS    2 CONFORMATION(S):
 404   42 -2.9384E+03  50 -2.9134E+03
 405
 406
 407 Max. distance in the family:    14.0; average distance in the family:    14.0
 408
 409 FAMILY    2 CONTAINS    3 CONFORMATION(S):
 410   13 -2.9342E+03   7 -2.8827E+03  10 -2.8682E+03
 411
 412 CLUST-WHAM:
 413
 414 AT CUTOFF: 200.00000
 415 Maximum distance found:  137.82
 416 Free energies and probabilities of clusters at 325.0 K
 417 clust   efree    prob sumprob
 418     1   -76.5 0.25035 0.25035
 419     2   -76.5 0.24449 0.49484
 420     3   -76.4 0.21645 0.71129
 421     4   -76.4 0.20045 0.91174
 422     5   -75.8 0.08826 1.00000
 423
 424
 425 THERE ARE    5 FAMILIES OF CONFORMATIONS
 426
 427 FAMILY    1 WITH TOTAL FREE ENERGY   -7.65228E+01 CONTAINS  548 CONFORMATION(S):
 428 8363  -7.332E+013939  -7.332E+012583  -7.332E+017395  -7.332E+019932  -7.332E+01
 429 5816  -7.332E+013096  -7.332E+012663  -7.332E+014099  -7.332E+016822  -7.332E+01
 430 3176  -7.332E+017542  -7.332E+018933  -7.332E+017315  -7.332E+01 200  -7.332E+01.
 431 .
 432 5637  -7.062E+018060  -7.061E+013797  -7.060E+018800  -7.057E+016295  -7.057E+01
 433 6298  -7.057E+012332  -7.057E+012709  -7.057E+01
 434
 435 Max. distance in the family:    16.5; average distance in the family:     8.8
 436 Average RMSD 8.22 A
 437
 438 6.4. Output coordinate files
 439 ----------------------------
 440
 441 6.4.1. The internal coordinate (int) files
 442 ------------------------------------------
 443
 444 The file with name COORD_clust.int contains the angles theta, gamma, alpha,
 445 and beta of all residues of the leaders (lowest UNRES energy conformations
 446 from consecutive families for CLUST-UNRES runs and lowest free energy
 447 conformations for CLUST-WHAM runs). The format is the same as that of the
 448 file output by UNRES; see section 9.1.1 of UNRES description.
 449
 450 For CLUST-WHAM runs, the first line contains more items:
 451
 452 number of family                              (format i5)
 453 UNRES free energy of the conformation         (format f12.3)
 454 Free energy of the entire family              (format f12.3)
 455 number of disulfide bonds                     (format i2)
 456 list disulfide-bonded pairs                   (format 2i3)
 457 conformation class number (0 if not provided) (format i10)
 458
 459 6.4.2. The Cartesian coordinate (x) files
 460 -----------------------------------------
 461
 462 The file with name COORD_clust.x contains the Cartesian coordinates of the
 463 alpha-carbon and side-chain-center coordinates. The coordinate format is
 464 as in section 9.1.2 of UNRES description and the first line contains the
 465 following items:
 466
 467 Number of the family                          (format I5)
 468 UNRES free energy of the conformation         (format f12.3)
 469 Free energy of the entire family              (format f12.3)
 470 number of disulfide bonds                     (format i2)
 471 list disulfide-bonded pairs                   (format 2i3)
 472 conformation class number (0 if not provided) (format i10)
 473
 474 6.4.3. The PDB files
 475 --------------------
 476
 477 The PDB files are in standard format (see
 478 ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/doc/format_descriptions/Format_v33_Letter.pdf).
 479 The ATOM records contain Calpha coordinates (CA) or UNRES side-chain-center
 480 coordinates (CB). For oligomeric proteins chain identifiers are present
 481 (A, B, ..., etc.) and each chain ends with a TER record. Coordinates of a
 482 single conformation or multiple conformations  The header (REMARK) records
 483 and the contents depends on cluster run type. The next subsections are devoted
 484 to different run types.
 485
 486 6.4.3.1. CLUST-UNRES runs
 487 ---------------------------
 488
 489 The files contain the members of the families obtained from clustering such
 490 that the lowest-energy conformation of a family is within ECUT kcal/mol higher
 491 in energy than the lowest-energy conformation. Again, within a family, only
 492 those conformations are output whose energy is within ECUT kcal/mol above
 493 that of the lowest-energy member of the family. Families and the members
 494 of a family within a family are ranked by increasing energy. The file names are:
 495
 496 COORD_xxxx.pdb  where xxxx is the number of the family, if the family contains
 497     only one member of if only one member is output.
 498
 499 COORD_xxxx_yyy.pdb where xxxx is the number of the family and yyy is the number
 500     of the member of this family.
 501
 502 An example is the following:
 503
 504 REMARK R0001                            ENERGY    -2.93843E+03
 505 ATOM      1  CA  GLY     1       0.000   0.000   0.000
 506 ATOM      2  CA  HIS     2       3.800   0.000   0.000
 507 ATOM      3  CB  HIS     2       5.113   1.656   0.015
 508 ATOM      4  CA  VAL     3       5.927  -3.149   0.000
 509 .
 510 .
 511 .
 512 ATOM    346  CB  GLU   183     -43.669 -32.853  -7.320
 513 TER
 514 CONECT    1    2
 515 CONECT    2    4    3
 516 .
 517 .
 518 .
 519 CONECT  341  343  342
 520 CONECT  343  344
 521 CONECT  345  346
 522
 523 where ENERGY is the UNRES energy. The CONECT records defined the Calpha-Calpha
 524 and Calpha-SC connection.
 525
 526 6.4.3.2. CLUST-WHAM runs
 527 --------------------------
 528
 529 The program generates a file for each family with its members and a summary
 530 file with ensemble-averaged conformations for all families. These are described
 531 in the two next sections.
 532
 533 6.4.3.2.1. Conformation family files
 534 ------------------------------------
 535
 536 For each family, the file name is COORD_TxxxK_yyyy.pdb, where yyyy is the
 537 number of the family and xxx is the integer part of the temperature (K).
 538 The first REMARK line in the file contains the information about the free
 539 energy and average rmsd of the entire cluster and, for each conformation,
 540 the initial REMARK line contains these quantities for this conformation.
 541 Same applies to oligomeric proteins, for which the TER records separate the
 542 chains and the ENDMDL record separates conformations.
 543 An example is given below.
 544
 545 REMARK CLUSTER    1 FREE ENERGY  -7.65228E+01 AVE RMSD 8.22
 546 REMARK 1BDD L18G full clust ENERGY    -7.33241E+01 RMS  10.40
 547 ATOM      1  CA  VAL     1      18.059 -33.585   4.616  1.00  5.00
 548 ATOM      2  CB  VAL     1      18.720 -32.797   3.592  1.00  5.00
 549 .
 550 .
 551 .
 552 ATOM    115  CA  LYS    58      29.641 -44.596  -8.159  1.00  5.00
 553 ATOM    116  CB  LYS    58      27.593 -45.927  -8.930  1.00  5.00
 554 TER
 555 CONECT    1    3    2
 556 CONECT    3    5    4
 557 .
 558 .
 559 CONECT  113  114
 560 CONECT  115  116
 561 TER
 562 REMARK 1BDD L18G full clust ENERGY    -7.33240E+01 RMS  10.04
 563 ATOM      1  CA  VAL     1       3.174   2.833 -34.386  1.00  5.00
 564 ATOM      2  CB  VAL     1       3.887   2.811 -33.168  1.00  5.00
 565 .
 566 .
 567 ATOM    115  CA  LYS    58      16.682   6.695 -20.438  1.00  5.00
 568 ATOM    116  CB  LYS    58      18.925   5.540 -20.776  1.00  5.00
 569 TER
 570 CONECT    1    3    2
 571 CONECT    3    5    4
 572 CONECT  113  114
 573 CONECT  115  116
 574 TER
 575
 576 6.4.3.2.2. Average-structure file
 577 ---------------------------------
 578
 579 The file name is COORD_T_xxxK_ave.pdb. The entries are in pairs; the first
 580 one is cluster-averaged conformation and the second is a family member which
 581 has the lowest rmsd from this average conformation. Computing average
 582 conformations is explained in section 2.5 of ref 3. Example excerpts from
 583 an entry corresponding to a given family are shown below. The last
 584 number in each ATOM record is the rmsd of the mean coordinate of a given
 585 atom averaged over the cluster.
 586
 587 REMAR AVERAGE CONFORMATIONS AT TEMPERATURE  300.00
 588 REMARK CLUSTER    1
 589 REMARK 2HEP clustering 300K ENERGY    -8.22572E+01 RMS   3.29
 590 ATOM      1  CA  MET     1     -17.748  48.148 -19.284  1.00  5.96
 591 ATOM      2  CB  MET     1     -17.373  47.911 -19.294  1.00  6.34
 592 ATOM      3  CA  ILE     2     -18.770  49.138 -18.133  1.00  3.98
 593 .
 594 .
 595 .
 596 ATOM     80  CB  PHE    41     -14.353  44.680 -15.642  1.00  2.62
 597 ATOM     81  CA  ARG    42     -11.619  41.645 -13.117  1.00  4.06
 598 ATOM     82  CB  ARG    42     -11.330  40.378 -13.313  1.00  5.19
 599 TER
 600 CONECT    1    3    2
 601 CONECT    3    5    4
 602 .
 603 .
 604 .
 605 CONECT   76   78   77
 606 CONECT   78   79
 607 CONECT   79   80
 608 CONECT   81   82
 609 TER
 610 REMARK 2HEP clustering 300K ENERGY    -8.22572E+01 RMS   3.29
 611 ATOM      1  CA  MET     1     -37.698  40.489 -32.408  1.00  5.96
 612 ATOM      2  CB  MET     1     -38.477  39.426 -34.159  1.00  6.34
 613 .
 614 .
 615 .
 616 ATOM     80  CB  PHE    41     -35.345  50.342 -31.371  1.00  2.62
 617 ATOM     81  CA  ARG    42     -33.603  54.332 -27.130  1.00  4.06
 618 ATOM     82  CB  ARG    42     -33.832  53.074 -24.415  1.00  5.19
 619 TER
 620 CONECT    1    3    2
 621 CONECT    3    5    4
 622 .
 623 .
 624 .
 625 CONECT   76   78   77
 626 CONECT   78   79
 627 CONECT   79   80
 628 CONECT   81   82
 629 TER
 630
 631
 632 6.5. The conformation-distance file
 633 -----------------------------------
 634
 635 The file name is INPUT_clust.rms. It contains the upper-diagonal part of
 636 the matrix of rmsds between conformations and differences between their
 637 energies:
 638
 639 i,j,rmsd,energy(j)-energy(i) (format 2i5,2f10.5)
 640
 641 where i and j, j>i are the numbers of the conformations, rmsd is the rmsd
 642 between conformation i and conformation j and energy(i) and energy(j) are
 643 the UNRES energies of conformations i and j, respectively.
 644
 645 6.6. The clustering-tree PicTeX file
 646 ------------------------------------
 647
 648 This file contains the PicTeX code of the clustering tree. The file name is
 649 INPUT_clust.tex. It should be supplemented with LaTeX preamble and final
 650 commands or incorporated into a LaTeX source and compiled with LaTeX. The
 651 picture is produced by running LaTeX followed by dvips, dvipdf or other command
 652 to convert LaTeX-generated dvi files into a human-readable files.
 653
 654 7. SUPPORT
 655 ----------
 656
 657    Dr. Adam Liwo
 658    Faculty of Chemistry, University of Gdansk
 659    ul. Sobieskiego 18, 80-952 Gdansk Poland.
 660    phone: +48 58 523 5430
 661    fax: +48 58 523 5472
 662    e-mail: adam@chem.univ.gda.pl
 663
 664    Dr. Cezary Czaplewski
 665    Faculty of Chemistry, University of Gdansk
 666    ul. Sobieskiego 18, 80-952 Gdansk Poland.
 667    phone: +48 58 523 5430
 668    fax: +48 58 523 5472
 669    e-mail: czarek@chem.univ.gda.pl
 670
 671 Prepared by Adam Liwo, 02/19/12