Fixed the addition of dummy chain ends to structures read from UNRES PDB files
[unres.git] / doc / CLUSTER.TXT
1                              CLUSTER 
2           Cluster analysis of UNRES simulation results 
3           ---------------------------------------------
4
5 TABLE OF CONTENTS
6 -----------------
7
8 1. License terms
9
10 2. References
11
12 3. Functions of the program
13
14 4. Installation
15
16 5. Running the program
17
18 6. Input and output files 
19    6.1. Summary of files
20    6.2. The main input file
21         6.2.1. Title
22         6.2.2. General data
23         6.2.3. Energy-term weights and parameter files
24         6.2.4 Molecule data
25               6.2.4.1. Sequence information
26               6.2.4.2. Dihedral angle restraint information
27               6.2.4.3. Disulfide-bridge data
28         6.2.5. Reference structure
29    6.3. Main output file (out)
30    6.4. Output coordinate files
31         6.4.1. The internal coordinate (int) files
32         6.4.2. The Cartesian coordinate (x) files
33         6.4.3. The PDB files
34                6.4.3.1. CLUST-UNRES runs
35                6.4.3.2. CLUST-WHAM runs
36                         6.4.3.2.1. Conformation family files
37                         6.4.3.2.2. Average-structure file
38    6.5. The conformation-distance file
39    6.6. The clustering-tree PicTeX file
40
41 7. Support
42
43 1. LICENSE TERMS
44 ----------------
45
46 * This software is provided free of charge to academic users, subject to the
47   condition that no part of it be sold or used otherwise for commercial
48   purposes, including, but not limited to its incorporation into commercial
49   software packages, without written consent from the authors. For permission
50   contact Prof. H. A. Scheraga, Cornell University.
51
52 * This software package is provided on an "as is" basis. We in no way warrant
53   either this software or results it may produce.
54
55 * Reports or publications using this software package must contain an
56   acknowledgment to the authors and the NIH Resource in the form commonly
57 used
58   in academic research.
59
60 2. REFERENCES
61 -------------
62
63 The program incorporates the hierarchical-clustering subroutine, hc.f written
64 by G. Murtagh (refs 1 and 2). The subroutine contains seven methods of 
65 hierarchical clustering.
66
67 [1]  F. Murtagh. Multidimensional clustering algorithms; Physica-Verlag: 
68      Vienna, Austria, 1985.
69 [2]  F. Murtagh, A. Heck. MultiVariate data analysis; Kluwer Academic:
70      Dordrecht, Holland, 1987.
71 [3]  A. Liwo, M. Khalili, C. Czaplewski, S. Kalinowski, S. Oldziej, K. Wachucik,
72      H.A. Scheraga.
73      Modification and optimization of the united-residue (UNRES) potential
74      energy function for canonical simulations. I. Temperature dependence of the
75      effective energy function and tests of the optimization method with single
76      training proteins. J. Phys. Chem. B, 2007, 111, 260-285.
77 [4]  S. Oldziej, A. Liwo, C. Czaplewski, J. Pillardy, H.A. Scheraga.
78      Optimization of the UNRES force field by hierarchical design of the
79      potential-energy landscape. 2. Off-lattice tests of the method with single
80      proteins.  J. Phys. Chem. B., 2004, 108, 16934-16949.
81
82 3. FUNCTIONS OF THE PROGRAM
83 ---------------------------
84
85 The program runs cluster analysis of UNRES simulation results. There are two
86 versions of the program depending on the origin of input conformation: 
87
88 1) CLUST-UNRES: performs cluster analysis of conformations that are obtained 
89    directly from UNRES runs (CSA, MCM, MD, (M)REMD, multiple-conformation 
90    energy minimization). The source code and other important files are
91    deposited in CLUST-UNRES subdirectory
92
93    The source code of this version is deposited in clust-unres/src
94
95 2) CLUST-WHAM: performs cluster analysis of conformations obtained in UNRES
96    MREMD simulations and then processed with WHAM (weighted histogram analysis 
97    method). This enables the user to obtain clusters as conformational 
98    ensembles at a given temperature and to compute their probabilities 
99    (section 2.5 of ref 3). This version is deposited in the CLUST-WHAM
100    subdirectory. This version has single- and multichain variants, whose
101    source codes are deposited in the following subdirectories:
102
103    a) clust-wham/src    single-chain proteins
104
105    b) clust-wham/src-M  oligomeric proteins
106
107 The version developed for oligomeric proteins treats whole system as a single
108 chain with dummy residues inserted. It also works for single chains but is
109 not fully checked and it is recommended to use single-chain version for 
110 single-chain proteins.
111
112 4. INSTALLATION
113 ---------------
114
115 Customize Makefile to your system. See section 7 of the description of UNRES
116 for compiler flags that are used to created executables for a particular
117 force field. There are already several Makefiles prepared for various
118 systems and force fields.
119
120 Run make in the appropriate source directory version. CLUST-UNRES runs
121 only in single-processor mode an CLUST-WHAM runs in both serial and parallel 
122 mode [only conformation-distance (rmsd) calculations are parallelized]. 
123 The parallel version uses MPI.
124
125 5. RUNNING THE PROGRAM
126 ----------------------
127
128 The program requires a parallel system to run. Depending on system,
129 either the wham.csh C-shell script (in WHAM/bin directory) can be started
130 using mpirun or the binary in the C-shell script must be executed through
131 mpirun. See the wham.csh C-shell script and section 6 for the files 
132 processed by the program.
133
134 6. INPUT AND OUTPUT FILES
135 -------------------------
136
137 6.1. SUMMARY OF THE FILES
138 -------------------------
139
140 The C-shell script wham.csh is used to run the program (see the 
141 bin/WHAM directory). The data files that the script needs are mostly the same as 
142 for UNRES (see section 6 of UNRES description). In addition, the environmental
143 variable CONTFUN specifies the method to assess whether two side chains
144 are at contact; if EONTFUN=GB, the criterion defined by eq 8 of ref 4 is
145 used to assess whether two side chains are at contact. Also, the parameter
146 files from the C-shell scripts are overridden if the data from Hamiltonian
147 MREMD are processed; if so, the parameter files are defined in the main
148 input file.
149
150 The main input file must have inp extension. If it is INPUT.inp, the output
151 files are as follows:
152
153 Coordinate input file COORD.ext, where ext denotes file extension in one of the 
154 following formats:
155
156 INT (extension int; UNRES angles theta, gamma, alpha, and beta),
157 X   (extension x; UNRES Cartesian coordinate format; from MD),
158 PDB (extension pdb; Protein Data Bank format; fro MD),
159 CX  (extension cx; xdrf format; from WHAM).
160
161 INPUT_clust.out (single-processor mode) or INPUT_clust.out_xxx (parallel mode) -
162      output file(s) (INPUT.out_000 is the main output file for parallel mode).
163
164 COORD_clust.int: leading (lowest-energy) members of the families
165     in internal-coordinate format.
166 COORD_clust.x: leading members of the families in UNRES Cartesian coordinate
167     format.
168 COORD_xxxx.pdb or COORD_xxxx_yyy.pdb (CLUST-UNRES): PDB file of member yyy
169     of family xxxx; yyy is omitted if the family contains only one member
170     within a given energy cut-off.
171 COORD_TxxxK_yyyy.pdb: concatenated conformations in PDB format of the 
172     members of family yyyy clustered at T=xxxK ranked by probabilities in
173     descending order at this temperature (CLUST-WHAM).
174 COORD_T_xxxK_ave.pdb: cluster-averaged coordinates and coordinates of a 
175     member of each family that is closest to the cluster average in PDB
176     format, concatenated in a single file (CLUST-WHAM).
177  
178 INPUT_clust.tex: PicTeX code of the cluster tree.
179
180 INPUT.rms: rmsds between conformations.
181
182 6.2. MAIN INPUT FILE
183 --------------------
184
185 This file has the same structure as the UNRES input file; most of the data are 
186 input in a keyword-based form (see section 7.1 of UNRES description). The data
187 are grouped into records, referred to as lines. Each record, except for the 
188 records that are input in non-keyword based form, can be continued by placing
189 an ampersand (&) in column 80. Such a format is referred to as the data list
190 format.
191
192 In the following description, the default values are given in parentheses.
193
194 6.2.1. Title (80-character string)
195 ----------------------------------
196
197 6.2.2. General data (data list format)
198 --------------------------------------
199
200 NRES (0) - the number of residues
201
202 ONE_LETTER - if present, the sequence is input in one-letter code.
203
204 SYM (1) - number of chains with same sequence (for oligomeric proteins only),
205
206 WITH_DIHED_CONSTR - if present, dihedral-angle restraints were imposed in the
207     processed MREMD simulations
208
209 RESCALE (1) - Choice of the type of temperature dependence of the force field.
210 0  - no temperature dependence
211 1  - homographic dependence (not implemented yet with any force field)
212 2  - hyperbolic tangent dependence [3].
213
214 DISTCHAINMAX (50.0) - for oligomeric proteins, distance between the chains
215      above which restraints will be switched on to keep the chains at a
216      reasonable distance.
217
218 PDBOUT - clusters will be printed in PDB format.
219
220 ECUT - energy cut-off criterion to print conformations (UNRES-CLUST runs).
221      Only those families will be output the energy of the lowest-energy
222      conformation of which is within ECUT kcal/mol above that of the 
223      lowest-energy conformation and for a family only those members will be
224      output which have energy within ECUT kcal/mol above the energy of the 
225      lowest-energy member of the family.
226
227 PRINT_CART - output leading members of the families in UNRES x format.
228
229 PRINT_INT - output leading members of the families in UNRES int format.
230
231 REF_STR - if present, reference structure is input and rmsd will be computed 
232       with respect to it (CLUST-UNRES only; rmsd is provided in the cx file 
233       from WHAM for CLUST-WHAM runs).
234
235 PDBREF - if present, reference structure will be read in from a pdb file.
236
237 SIDE - side chains will be considered in superposition when calculating rmsd
238
239 CA_ONLY - only the Calpha atoms will be used in rmsd calculation
240
241 NSTART (0) - first residue to superpose
242
243 NEND (0) - last residue to superpose
244
245 NTEMP (1) - number of temperatures at which probabilities will be calculated
246          and clustering performed (CLUST-WHAM)
247
248 TEMPER (NTEMP tiles) - temperatures at which clustering will be performed
249         (CLUST-WHAM)
250
251 EFREE - if present, conformation entropy factor is read if the conformation
252         is input from an x or pdb file
253
254 PROB (0.99) - cut-off on the summary probability of the conformations that
255      are clustered at a given temperature (CLUST-WHAM)
256
257 IOPT (2) - clustering algorithm:
258
259 1 - Ward's minimum variance method
260 2 - single link method
261 3 - complete link method
262 4 - average link (or group average) method
263 5 - McQuitty's method
264 6 - Median (Gower's) method
265 7 - centroid method
266
267 Instead of IOPT=1, MINTREE and instead of IOPT=2 MINVAR can be specified
268
269 NCUT (1) - number of cut-offs in clustering
270
271 CUTOFF (-1.0; NCUT values) cut-offs at which clustering will be performed;
272     at the cut-off flagged by a "-" sign clustering will be performed with
273     cutoff value=abs(cutoff(i)) and conformations corresponding to clusters
274     will be output in the desired format.
275
276 MAKE_TREE - if present, produce a clustering-tree graph
277
278 PLOT_TREE - if present, the tree is written in PicTeX format to a file
279
280 PRINT_DIST - if present, distance (rmsd) matrix is printed to main output
281     file
282 PUNCH_DIST - if present, the upper-triangle of the distance matrix will be 
283     printed to a file
284
285 6.2.3. Energy-term weights and parameter files
286 ----------------------------------------------
287
288 WSC (1.0) -    side-chain-side-chain interaction energy
289
290 WSCP (1.0) -   side chain-peptide group interaction energy
291
292 WELEC (1.0) -  peptide-group-peptide group interaction energy
293
294 WEL_LOC (1.0)- third-order backbone-local correlation energy
295
296 WCORR (1.0) -  fourth-order backbone-local correlation energy
297
298 WCORR5 (1.0) - fifth-order backbone-local correlation energy
299
300 WCORR6 (1.0) - sixth-order backbone-local correlation energy
301
302 WTURN3 (1.0) - third-order backbone-local correlation energy of pairs of 
303                peptide groups separated by a single peptide group
304
305 WTURN4 (1.0) - fourth-order backbone-local correlation energy of pairs of 
306                peptide groups separated by two peptide groups
307
308 WTURN6 (1.0) - sixth-order backbone-local correlation energy for pairs of 
309                peptide groups separated by four peptide groups
310
311 WBOND (1.0)  - virtual-bond-stretching energy
312
313 WANG (1.0) -   virtual-bond-angle-bending energy
314
315 WTOR (1.0) -   virtual-bond-torsional energy
316
317 WTORD (1.0) -  virtual-bond-double-torsional energy
318
319 WSCCOR (1.0) - sequence-specific virtual-bond-torsional energy
320
321 WDIHC (0.0)  - dihedral-angle-restraint energy
322
323 WHPB (1.0)   - distance-restraint energy
324
325 SCAL14 (0.4) - scaling factor of 1,4-interactions
326
327 6.2.4. Molecule information
328 -----------------------------
329
330 6.2.4.1. Sequence information
331 -----------------------------
332
333 Amino-acid sequence
334
335 3-letter code: Sequence is input in format 20(1X,A3) 
336
337 1-letter code: Sequence is input in format 80A1
338
339 6.2.4.2. Dihedral angle restraint information
340 ---------------------------------------------
341
342 This is the information about dihedral-angle restraints, if any are present.
343 It is specified only when WITH_DIHED_CONSTR is present in the first record.
344
345 1st line: ndih_constr - number of restraints (free format)
346
347 2nd line: ftors - force constant (free format)
348
349 Each of the following ndih_constr lines:
350
351 idih_constr(i),phi0(i),drange(i)  (free format)
352
353 idih_constr(i) - the number of the dihedral angle gamma corresponding to the
354 ith restraint
355
356 phi0(i) - center of dihedral-angle restraint
357
358 drange(i) - range of flat well (no restraints for phi0(i) +/- drange(i))
359
360 6.2.4.3. Disulfide-bridge data
361 ------------------------------
362
363 1st line: NS, (ISS(I),I=1,NS)    (free format)
364
365 NS - number of cystine residues forming disulfide bridges
366
367 ISS(I) - the number of the Ith disulfide-bonding cystine in the sequence
368
369 2nd line: NSS, (IHPB(I),JHPB(I),I=1,NSS) (free format)
370
371 NSS - number of disulfide bridges
372
373 IHPB(I),JHPB(I) - the first and the second residue of ith disulfide link
374
375 Because the input is in free format, each line can be split
376
377 6.2.5. Reference structure
378 --------------------------
379
380 If PDBREF is specified, filename with reference (experimental) structure,
381 otherwise UNRES internal coordinates as the theta, gamma, alpha, and beta 
382 angles.
383
384 6.3. Main output file (out)
385 ------------------------------------------------
386
387 The main (with name INPUT_clust.out or INPUT_clust.out_000 for parallel runs)
388 output file contains the results of clustering (numbers of families
389 at different cut-off values, probabilities of clusters, composition of 
390 families, and rmsd values corresponding to families (0 if rmsd was not
391 computed or read from WHAM-generated cx file).
392
393 The output files corresponding to non-master processors
394 (INPUT_clust.out_xxx where xxx>0 contain only the information up to the
395 clustering protocol. These files can be deleted right after the run.
396
397 Excerpts from the a sample output file are given below:
398
399 CLUST-UNRES:
400
401 THERE ARE   20 FAMILIES OF CONFORMATIONS
402
403 FAMILY    1 CONTAINS    2 CONFORMATION(S):
404   42 -2.9384E+03  50 -2.9134E+03
405
406
407 Max. distance in the family:    14.0; average distance in the family:    14.0
408
409 FAMILY    2 CONTAINS    3 CONFORMATION(S):
410   13 -2.9342E+03   7 -2.8827E+03  10 -2.8682E+03
411
412 CLUST-WHAM:
413
414 AT CUTOFF: 200.00000
415 Maximum distance found:  137.82
416 Free energies and probabilities of clusters at 325.0 K
417 clust   efree    prob sumprob
418     1   -76.5 0.25035 0.25035
419     2   -76.5 0.24449 0.49484
420     3   -76.4 0.21645 0.71129
421     4   -76.4 0.20045 0.91174
422     5   -75.8 0.08826 1.00000
423
424
425 THERE ARE    5 FAMILIES OF CONFORMATIONS
426
427 FAMILY    1 WITH TOTAL FREE ENERGY   -7.65228E+01 CONTAINS  548 CONFORMATION(S):
428 8363  -7.332E+013939  -7.332E+012583  -7.332E+017395  -7.332E+019932  -7.332E+01
429 5816  -7.332E+013096  -7.332E+012663  -7.332E+014099  -7.332E+016822  -7.332E+01
430 3176  -7.332E+017542  -7.332E+018933  -7.332E+017315  -7.332E+01 200  -7.332E+01.
431 .
432 5637  -7.062E+018060  -7.061E+013797  -7.060E+018800  -7.057E+016295  -7.057E+01
433 6298  -7.057E+012332  -7.057E+012709  -7.057E+01
434
435 Max. distance in the family:    16.5; average distance in the family:     8.8
436 Average RMSD 8.22 A
437
438 6.4. Output coordinate files
439 ----------------------------
440
441 6.4.1. The internal coordinate (int) files
442 ------------------------------------------
443
444 The file with name COORD_clust.int contains the angles theta, gamma, alpha,
445 and beta of all residues of the leaders (lowest UNRES energy conformations
446 from consecutive families for CLUST-UNRES runs and lowest free energy 
447 conformations for CLUST-WHAM runs). The format is the same as that of the 
448 file output by UNRES; see section 9.1.1 of UNRES description.
449
450 For CLUST-WHAM runs, the first line contains more items:
451
452 number of family                              (format i5)
453 UNRES free energy of the conformation         (format f12.3)
454 Free energy of the entire family              (format f12.3)
455 number of disulfide bonds                     (format i2)
456 list disulfide-bonded pairs                   (format 2i3)
457 conformation class number (0 if not provided) (format i10)
458
459 6.4.2. The Cartesian coordinate (x) files
460 -----------------------------------------
461
462 The file with name COORD_clust.x contains the Cartesian coordinates of the 
463 alpha-carbon and side-chain-center coordinates. The coordinate format is
464 as in section 9.1.2 of UNRES description and the first line contains the
465 following items:
466
467 Number of the family                          (format I5)
468 UNRES free energy of the conformation         (format f12.3)
469 Free energy of the entire family              (format f12.3)
470 number of disulfide bonds                     (format i2)
471 list disulfide-bonded pairs                   (format 2i3)
472 conformation class number (0 if not provided) (format i10)
473
474 6.4.3. The PDB files
475 --------------------
476
477 The PDB files are in standard format (see 
478 ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/doc/format_descriptions/Format_v33_Letter.pdf).
479 The ATOM records contain Calpha coordinates (CA) or UNRES side-chain-center
480 coordinates (CB). For oligomeric proteins chain identifiers are present
481 (A, B, ..., etc.) and each chain ends with a TER record. Coordinates of a 
482 single conformation or multiple conformations  The header (REMARK) records 
483 and the contents depends on cluster run type. The next subsections are devoted 
484 to different run types. 
485
486 6.4.3.1. CLUST-UNRES runs
487 ---------------------------
488
489 The files contain the members of the families obtained from clustering such
490 that the lowest-energy conformation of a family is within ECUT kcal/mol higher
491 in energy than the lowest-energy conformation. Again, within a family, only
492 those conformations are output whose energy is within ECUT kcal/mol above
493 that of the lowest-energy member of the family. Families and the members 
494 of a family within a family are ranked by increasing energy. The file names are:
495
496 COORD_xxxx.pdb  where xxxx is the number of the family, if the family contains
497     only one member of if only one member is output.
498
499 COORD_xxxx_yyy.pdb where xxxx is the number of the family and yyy is the number
500     of the member of this family.
501
502 An example is the following:
503
504 REMARK R0001                            ENERGY    -2.93843E+03
505 ATOM      1  CA  GLY     1       0.000   0.000   0.000
506 ATOM      2  CA  HIS     2       3.800   0.000   0.000
507 ATOM      3  CB  HIS     2       5.113   1.656   0.015
508 ATOM      4  CA  VAL     3       5.927  -3.149   0.000
509 .
510 .
511 .
512 ATOM    346  CB  GLU   183     -43.669 -32.853  -7.320
513 TER
514 CONECT    1    2
515 CONECT    2    4    3
516 .
517 .
518 .
519 CONECT  341  343  342
520 CONECT  343  344
521 CONECT  345  346
522
523 where ENERGY is the UNRES energy. The CONECT records defined the Calpha-Calpha
524 and Calpha-SC connection.
525
526 6.4.3.2. CLUST-WHAM runs
527 --------------------------
528
529 The program generates a file for each family with its members and a summary
530 file with ensemble-averaged conformations for all families. These are described
531 in the two next sections.
532
533 6.4.3.2.1. Conformation family files
534 ------------------------------------
535
536 For each family, the file name is COORD_TxxxK_yyyy.pdb, where yyyy is the
537 number of the family and xxx is the integer part of the temperature (K).
538 The first REMARK line in the file contains the information about the free
539 energy and average rmsd of the entire cluster and, for each conformation,
540 the initial REMARK line contains these quantities for this conformation.
541 Same applies to oligomeric proteins, for which the TER records separate the 
542 chains and the ENDMDL record separates conformations.
543 An example is given below. 
544
545 REMARK CLUSTER    1 FREE ENERGY  -7.65228E+01 AVE RMSD 8.22
546 REMARK 1BDD L18G full clust ENERGY    -7.33241E+01 RMS  10.40
547 ATOM      1  CA  VAL     1      18.059 -33.585   4.616  1.00  5.00
548 ATOM      2  CB  VAL     1      18.720 -32.797   3.592  1.00  5.00
549 .
550 .
551 .
552 ATOM    115  CA  LYS    58      29.641 -44.596  -8.159  1.00  5.00
553 ATOM    116  CB  LYS    58      27.593 -45.927  -8.930  1.00  5.00
554 TER
555 CONECT    1    3    2
556 CONECT    3    5    4
557 .
558 .
559 CONECT  113  114
560 CONECT  115  116
561 TER
562 REMARK 1BDD L18G full clust ENERGY    -7.33240E+01 RMS  10.04
563 ATOM      1  CA  VAL     1       3.174   2.833 -34.386  1.00  5.00
564 ATOM      2  CB  VAL     1       3.887   2.811 -33.168  1.00  5.00
565 .
566 .
567 ATOM    115  CA  LYS    58      16.682   6.695 -20.438  1.00  5.00
568 ATOM    116  CB  LYS    58      18.925   5.540 -20.776  1.00  5.00
569 TER
570 CONECT    1    3    2
571 CONECT    3    5    4
572 CONECT  113  114
573 CONECT  115  116
574 TER
575
576 6.4.3.2.2. Average-structure file
577 ---------------------------------
578
579 The file name is COORD_T_xxxK_ave.pdb. The entries are in pairs; the first
580 one is cluster-averaged conformation and the second is a family member which
581 has the lowest rmsd from this average conformation. Computing average 
582 conformations is explained in section 2.5 of ref 3. Example excerpts from
583 an entry corresponding to a given family are shown below. The last 
584 number in each ATOM record is the rmsd of the mean coordinate of a given
585 atom averaged over the cluster.
586
587 REMAR AVERAGE CONFORMATIONS AT TEMPERATURE  300.00
588 REMARK CLUSTER    1
589 REMARK 2HEP clustering 300K ENERGY    -8.22572E+01 RMS   3.29
590 ATOM      1  CA  MET     1     -17.748  48.148 -19.284  1.00  5.96
591 ATOM      2  CB  MET     1     -17.373  47.911 -19.294  1.00  6.34
592 ATOM      3  CA  ILE     2     -18.770  49.138 -18.133  1.00  3.98
593 .
594 .
595 .
596 ATOM     80  CB  PHE    41     -14.353  44.680 -15.642  1.00  2.62
597 ATOM     81  CA  ARG    42     -11.619  41.645 -13.117  1.00  4.06
598 ATOM     82  CB  ARG    42     -11.330  40.378 -13.313  1.00  5.19
599 TER
600 CONECT    1    3    2
601 CONECT    3    5    4
602 .
603 .
604 .
605 CONECT   76   78   77
606 CONECT   78   79
607 CONECT   79   80
608 CONECT   81   82
609 TER
610 REMARK 2HEP clustering 300K ENERGY    -8.22572E+01 RMS   3.29
611 ATOM      1  CA  MET     1     -37.698  40.489 -32.408  1.00  5.96
612 ATOM      2  CB  MET     1     -38.477  39.426 -34.159  1.00  6.34
613 .
614 .
615 .
616 ATOM     80  CB  PHE    41     -35.345  50.342 -31.371  1.00  2.62
617 ATOM     81  CA  ARG    42     -33.603  54.332 -27.130  1.00  4.06
618 ATOM     82  CB  ARG    42     -33.832  53.074 -24.415  1.00  5.19
619 TER
620 CONECT    1    3    2
621 CONECT    3    5    4
622 .
623 .
624 .
625 CONECT   76   78   77
626 CONECT   78   79
627 CONECT   79   80
628 CONECT   81   82
629 TER
630
631
632 6.5. The conformation-distance file
633 -----------------------------------
634
635 The file name is INPUT_clust.rms. It contains the upper-diagonal part of 
636 the matrix of rmsds between conformations and differences between their
637 energies:
638
639 i,j,rmsd,energy(j)-energy(i) (format 2i5,2f10.5)
640
641 where i and j, j>i are the numbers of the conformations, rmsd is the rmsd
642 between conformation i and conformation j and energy(i) and energy(j) are
643 the UNRES energies of conformations i and j, respectively.
644
645 6.6. The clustering-tree PicTeX file
646 ------------------------------------
647
648 This file contains the PicTeX code of the clustering tree. The file name is
649 INPUT_clust.tex. It should be supplemented with LaTeX preamble and final 
650 commands or incorporated into a LaTeX source and compiled with LaTeX. The 
651 picture is produced by running LaTeX followed by dvips, dvipdf or other command
652 to convert LaTeX-generated dvi files into a human-readable files.
653
654 7. SUPPORT
655 ----------
656
657    Dr. Adam Liwo
658    Faculty of Chemistry, University of Gdansk
659    ul. Sobieskiego 18, 80-952 Gdansk Poland.
660    phone: +48 58 523 5430
661    fax: +48 58 523 5472
662    e-mail: adam@chem.univ.gda.pl
663
664    Dr. Cezary Czaplewski
665    Faculty of Chemistry, University of Gdansk
666    ul. Sobieskiego 18, 80-952 Gdansk Poland.
667    phone: +48 58 523 5430
668    fax: +48 58 523 5472
669    e-mail: czarek@chem.univ.gda.pl
670
671 Prepared by Adam Liwo, 02/19/12