ctest/prota_unres_energy_check_mult.sh

   1 #!/bin/bash
   2 #
   3 # Writen by Dawid Jagie?a and Adam Sieradzan
   4 # and Cezary Czaplewski
   5 #
   6 #
   7 #----------------------------------------
   8 # variables
   9
  10 if [[ "$2" =~ "MPI" ]]; then
  11  file=$1.out_GB000
  12  file_stat=$1_GB000.stat
  13 else
  14  file=$1.out_GB                                 # Output file to search energy value from
  15  file_stat=$1_GB.stat
  16 fi
  17
  18 if [ "$1" == "prota_ENE_m" ]; then
  19  extremediff="10000.0"                  # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  20  expectenergy="146.0091"        # - expected total energy
  21  cutoffdiff="0.01"                      # energy cutoff variation - more then this rises warning
  22 elif [ "$1" == "prota_MIN_CART" ]; then
  23  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  24  expectenergy="158.7321"                # - expected total energy
  25  cutoffdiff="0.1"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  26
  27  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
  28  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  29  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  30    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  31 #   exit 1
  32  fi
  33 elif [ "$1" == "1l2y_MIN_INT" ]; then
  34  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  35  expectenergy="-47.58411"                       # expected total energy
  36  cutoffdiff="0.1"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  37
  38  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
  39  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  40  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  41    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  42 #   exit 1
  43  fi
  44 elif [ "$1" == "1l2y_MIN_REGULAR_INT" ]; then
  45  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  46  expectenergy="9.4385"                  # expected total energy
  47 #
  48 # something wrong with REGULAR and sometimes gives code 8 and different energy
  49 # for now 8 is only warning and cutoffdiff is large
  50 #
  51  cutoffdiff="6.0"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  52
  53  sumsl_return=`grep "SUMSL return code:" $file|awk '{print $4}'`
  54  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  55  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  56    echo 'WARNING = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  57  fi
  58
  59 elif [ "$1" == "1l2y_micro" ]; then
  60  refe="79.9"
  61  stat=`awk '{if ( $1 != "#" ) {n++;a=a+$5;a2=a2+$5^2}}END{print a/n,sqrt((a2-a^2/n)/n)}' $file_stat`
  62  array=(${stat// / })
  63  echo 'average total energy ' ${array[0]}
  64  echo 'standard deviation ' ${array[1]}
  65
  66  ./matplotlib_plot.py $file_stat
  67  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Energy $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}_ene.png</DartMeasurementFile>"
  68
  69  if [ `echo "a=${array[0]}-${refe};if(0>a)a*=-1;a>6.0"|bc -l` != "0" ]; then
  70   echo 'difference ' `echo "a=${array[0]}-${refe};if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` "from reference ave etot ${refe} greater than 6.0"
  71   exit 1
  72  elif [ `echo "a=${array[1]};a>0.40"|bc -l` != "0" ]; then
  73   echo 'standard deviation greater than 0.40'
  74   exit 1
  75  else
  76   exit 0
  77  fi
  78 elif [ "$1" == "1L2Y_L" ] || [ "$1" == "1L2Y_NH" ]; then
  79  if [ ! -s $file_stat ]; then
  80   echo 'FATAL error - stat file empty'
  81   exit 2
  82  fi
  83  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 111`
  84  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
  85  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
  86
  87  if [ `echo "a=${chi2};a>0.001"|bc -l` != "0" ]; then
  88     echo 'chi2 greater than 0.001'
  89     exit 1
  90  else
  91     exit 0
  92  fi
  93 elif [ "$1" == "1L2Y_B" ]; then
  94  if [ ! -s $file_stat ]; then
  95   echo 'FATAL error - stat file empty'
  96   exit 2
  97  fi
  98  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 111`
  99  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
 100  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
 101
 102  if [ `echo "a=${chi2};a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
 103     echo 'chi2 greater than 0.01'
 104     exit 1
 105  else
 106     exit 0
 107  fi
 108
 109
 110 elif [ "$1" == "1L2Y_remd" ]; then
 111  rm -rf remd_all.stat
 112  tail -q -n +1000 1L2Y_remd*.stat >remd_all.stat
 113  if [ ! -s remd_all.stat ]; then
 114   echo 'FATAL error - stat files empty'
 115   exit 2
 116  fi
 117  ./matplotlib_hist.py
 118
 119  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Histograms $1\" type=\"image/png\">`pwd`/1L2Y_remd_ene_hist.png</DartMeasurementFile>"
 120  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Energy $1\" type=\"image/png\">`pwd`/1L2Y_remd_Tene.png</DartMeasurementFile>"
 121  grep ACC 1L2Y_remd.out_GB000 |tail -7
 122  exchange=`grep ACC 1L2Y_remd.out_GB000 |tail -7|awk '{a=a+$4}END{print a/NR}'`
 123  echo "average exchange = ${exchange}"
 124  if [ `echo "a=${exchange};a<0.2"|bc -l` != "0" ]; then
 125     echo 'ERROR average exchange smaller than 0.2'
 126     exit 1
 127  else
 128     exit 0
 129  fi
 130
 131 elif [ "$1" == "1DKZcut-ber" ]; then
 132  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 519`
 133  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
 134  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
 135
 136  if [ `echo "a=${chi2};a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
 137     echo 'chi2 greater than 0.01'
 138     exit 1
 139  else
 140     exit 0
 141  fi
 142
 143 elif [ "$1" == "1DKZcut-lang" ]; then
 144  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 519`
 145  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
 146  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
 147
 148  if [ `echo "a=${chi2};a>0.001"|bc -l` != "0" ]; then
 149     echo 'chi2 greater than 0.001'
 150     exit 1
 151  else
 152     exit 0
 153  fi
 154
 155 elif [ "$1" == "1DKZcut-min" ]; then
 156  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
 157  expectenergy="323.6931"                # - expected total energy
 158  cutoffdiff="8.0"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
 159
 160  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
 161  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
 162  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
 163    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
 164    echo 'but not failing this test, it is known problem with esccor'
 165 #   exit 1
 166  fi
 167
 168 elif [ "$1" == "1DKZcut-ene" ]; then
 169  extremediff="10000.0"                  # extreme energy difference, comething went terribly wrong
 170  expectenergy="-443.2674"       # - expected total energy
 171  cutoffdiff="0.01"                      # energy cutoff variation - more then this rises warning
 172
 173 elif [ "$1" == "1DKZcut-micro" ]; then
 174  refe="-173.573"
 175  stat=`awk '{if ( $1 != "#" ) {n++;a=a+$5;a2=a2+$5^2}}END{print a/n,sqrt((a2-a^2/n)/n)}' $file_stat`
 176  array=(${stat// / })
 177  echo 'average total energy ' ${array[0]}
 178  echo 'standard deviation ' ${array[1]}
 179  if [ `echo "a=${array[0]}-(${refe});if(0>a)a*=-1;a>5.0"|bc -l` != "0" ]; then
 180   echo 'difference ' `echo "a=${array[0]}-${refe};if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` "from reference ave etot ${refe} greater than 5.0"
 181   exit 1
 182  elif [ `echo "a=${array[1]};a>0.005"|bc -l` != "0" ]; then
 183   echo 'standard deviation greater than 0.005'
 184   exit 1
 185  else
 186   exit 0
 187  fi
 188
 189 elif [ "$1" == "1ei0_min" ]; then
 190  extremediff="20.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
 191  expectenergy="148.5862"                # - expected total energy
 192  cutoffdiff="10.0"                      # energy cutoff variation - more then this rises warning
 193
 194  refe="127.044"
 195  startene=`grep ETOT $file|head -1| awk '{print $2*1.0}'`
 196  echo "initial energy=${startene} reference=${refe}"
 197  if [ `echo "a=${startene}-(${refe});if(0>a)a*=-1;a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
 198   echo 'difference ' `echo "a=${startene}-${refe};if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` "from reference etot ${refe} greater than 0.01"
 199   exit 1
 200  fi
 201
 202  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
 203  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
 204  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
 205    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
 206    echo 'but not failing this test, it is known problem with dissulfides'
 207 #   exit 1
 208  fi
 209
 210 elif [ "$1" == "prota_CHECKGRAD" ] || [ "$1" == "1DKZcut-checkgrad" ] || [ "$1" ==  "checkgrad_dfa" ]  ; then
 211  diff=`gawk -f checkgrad.awk $file |grep 'Largest abs(1-numerical/analytical)='|awk '{printf "%15.10f",$3}'`
 212  gawk -f checkgrad.awk $file
 213
 214  if [ `echo "a=${diff};a>0.025"|bc -l` != "0" ]; then
 215     echo 'ERROR largest abs(1-numerical/analytical)' ${diff}
 216     echo ' greater than 0.025'
 217     exit 1
 218  else
 219     exit 0
 220  fi
 221
 222 elif [ "$1" ==  "Ts866_checkgrad_full" ] ; then
 223  diff=`gawk -f checkgrad.awk $file |grep 'Largest abs(1-numerical/analytical)='|awk '{printf "%15.10f",$3}'`
 224  gawk -f checkgrad.awk $file
 225
 226  exit_error=0
 227  ene=`grep ETOT $file|head -1| awk '{print $2*1.0}'`
 228  hene=`grep H_CONS $file|head -1| awk '{print $2*1.0}'`
 229
 230  ene_ref=3124.502
 231  hene_ref=1872.981
 232
 233  echo "ETOT= " ${ene} " reference= " ${ene_ref}
 234  if [ `echo "a=${ene}-(${ene_ref});if(0>a)a*=-1;a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
 235   echo 'difference ' `echo "a=${ene}-${ene_ref};if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` "from reference etot ${ene_ref} greater than 0.01"
 236   exit_error=1
 237  fi
 238
 239  echo "H_CONS= " ${hene} " reference= " ${hene_ref}
 240  if [ `echo "a=${hene}-(${hene_ref});if(0>a)a*=-1;a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
 241   echo 'difference ' `echo "a=${hene}-${hene_ref};if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` "from reference etot ${hene_ref} greater than 0.01"
 242   exit_error=1
 243  fi
 244
 245
 246  if [ `echo "a=${diff};a>0.0080"|bc -l` != "0" ]; then
 247     echo 'ERROR largest abs(1-numerical/analytical)' ${diff}
 248     echo ' greater than 0.0080'
 249     exit_error=1
 250  fi
 251
 252  if [ "${exit_error}" == "1" ]; then
 253     exit 1
 254  else
 255     exit 0
 256  fi
 257
 258
 259 elif [ "$1" == "remd_dfa" ]; then
 260  rm -rf remd_all.stat
 261  tail -q -n +100 remd_dfa*.stat >remd_all.stat
 262  if [ ! -s remd_all.stat ]; then
 263   echo 'FATAL error - stat files empty'
 264   exit 2
 265  fi
 266  ./matplotlib_hist.py
 267
 268  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Histograms $1\" type=\"image/png\">`pwd`/1L2Y_remd_ene_hist.png</DartMeasurementFile>"
 269  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Energy $1\" type=\"image/png\">`pwd`/1L2Y_remd_Tene.png</DartMeasurementFile>"
 270  grep ACC remd_dfa.out_GB000 |tail -7
 271  exchange=`grep ACC remd_dfa.out_GB000 |tail -7|awk '{a=a+$4}END{print a/NR}'`
 272  echo "average exchange = ${exchange}"
 273  if [ `echo "a=${exchange};a<0.1"|bc -l` != "0" ]; then
 274     echo 'ERROR average exchange smaller than 0.1'
 275     exit 1
 276  else
 277     exit 0
 278  fi
 279
 280
 281 else
 282  exit 1
 283 fi
 284
 285
 286
 287 function floating(){
 288     echo $1 | sed -e 's/[eE]+/*10^/'
 289 }
 290
 291 #---------------------------------------------------------------------------
 292 # MAIN CODE
 293 #---------------------------------------------------------------------------
 294
 295 # Check if file exist
 296 if [ ! -f $file ]; then
 297     echo "CRITICAL: out file do not exist"
 298     exit 2
 299 fi
 300
 301 # Check if energy value is not a number
 302 grepene=`grep ETOT $file|tail -1| awk '{print $2}'`
 303 if [[ $grepene == "NaN" ]]; then
 304     echo "CRITICAL: energy is NaN"
 305     exit 2
 306 fi
 307
 308 # Check if energy value is extremely different from expected
 309 #blaene=`floating $grepene`
 310 #myene=`echo $blaene |bc`
 311 #diff=`echo $myene"+("$expectenergy")"|bc`
 312 #absdiff=`echo $diff| sed 's/-//'`
 313 absdiff=`awk "function abs(v) {return v < 0 ? -v : v}BEGIN{print $grepene+$expectenergy}"`
 314
 315 true1=`echo "$absdiff >= $extremediff"|bc`
 316 if [ $true1 -eq 1 ]; then
 317     echo "CRITICAL: energy is loo large $absdiff, ene= $myene"
 318     exit 2
 319 fi
 320
 321 # Check if Energy value is as expected
 322 true2=`echo "$absdiff<=$cutoffdiff"|bc`
 323 if [ $true2 -eq 1 ]; then
 324     echo "OK: absdiff= $absdiff, ene= $myene"
 325     exit 0
 326 else
 327     echo "WARNING: energy is somewhat different $absdiff, ene= $myene"
 328     exit 1
 329 fi
 330