ctest/prota_unres_energy_check.sh

   1 #!/bin/bash
   2 #
   3 # Writen by Dawid Jagieła and Adam Sieradzan
   4 # and Cezary Czaplewski
   5 #
   6 #
   7 #----------------------------------------
   8 # variables
   9
  10 if [[ "$2" =~ "MPI" ]]; then
  11  file=$1.out_GB000
  12  file_stat=$1_GB000.stat
  13 else
  14  file=$1.out_GB                                 # Output file to search energy value from
  15  file_stat=$1_GB.stat
  16 fi
  17
  18 if [ "$1" == "prota_ENE" ]; then
  19  extremediff="10000.0"                  # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  20  expectenergy="145.1742"        # - expected total energy
  21  cutoffdiff="0.01"                      # energy cutoff variation - more then this rises warning
  22 elif [ "$1" == "prota_MIN_CART" ]; then
  23  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  24  expectenergy="158.3680"                # - expected total energy
  25  cutoffdiff="0.2"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  26
  27  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
  28  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  29  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  30    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  31 #   exit 1
  32  fi
  33 elif [ "$1" == "1l2y_MIN_INT" ]; then
  34  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  35  expectenergy="-47.88137"                       # expected total energy
  36  cutoffdiff="0.1"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  37
  38  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
  39  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  40  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  41    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  42    exit 1
  43  fi
  44 elif [ "$1" == "1l2y_MIN_REGULAR_INT" ]; then
  45  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  46  expectenergy="47.55"                   # expected total energy
  47 #
  48 # something wrong with REGULAR and sometimes gives code 8 and different energy
  49 # for now 8 is only warning and cutoffdiff is large
  50 #
  51  cutoffdiff="6.0"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  52
  53  sumsl_return=`grep "SUMSL return code:" $file|awk '{print $4}'`
  54  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  55  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  56    echo 'WARNING = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  57  fi
  58
  59 elif [ "$1" == "1l2y_micro" ]; then
  60  refe="74.2623"
  61  stat=`awk '{if ( $1 != "#" ) {n++;a=a+$5;a2=a2+$5^2}}END{print a/n,sqrt((a2-a^2/n)/n)}' $file_stat`
  62  array=(${stat// / })
  63  echo 'average total energy ' ${array[0]}
  64  echo 'standard deviation ' ${array[1]}
  65  if [ `echo "a=${array[0]}-${refe};if(0>a)a*=-1;a>5.0"|bc -l` != "0" ]; then
  66   echo 'difference ' `echo "a=${array[0]}-${refe};if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` "from reference ave etot ${refe} greater than 5.0"
  67   exit 1
  68  elif [ `echo "a=${array[1]};a>0.30"|bc -l` != "0" ]; then
  69   echo 'standard deviation greater than 0.30'
  70   exit 1
  71  else
  72   exit 0
  73  fi
  74 elif [ "$1" == "1L2Y_L" ] || [ "$1" == "1L2Y_NH" ]; then
  75  if [ ! -s $file_stat ]; then
  76   echo 'FATAL error - stat file empty'
  77   exit 2
  78  fi
  79  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 111`
  80  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
  81  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
  82
  83  if [ `echo "a=${chi2};a>0.001"|bc -l` != "0" ]; then
  84     echo 'chi2 greater than 0.001'
  85     exit 1
  86  else
  87     exit 0
  88  fi
  89 elif [ "$1" == "1L2Y_B" ]; then
  90  if [ ! -s $file_stat ]; then
  91   echo 'FATAL error - stat file empty'
  92   exit 2
  93  fi
  94  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 111`
  95  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
  96  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
  97
  98  if [ `echo "a=${chi2};a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
  99     echo 'chi2 greater than 0.01'
 100     exit 1
 101  else
 102     exit 0
 103  fi
 104
 105
 106 elif [ "$1" == "1L2Y_remd" ]; then
 107  rm -rf remd_all.stat
 108  tail -q -n +1000 1L2Y_remd*.stat >remd_all.stat
 109  if [ ! -s remd_all.stat ]; then
 110   echo 'FATAL error - stat files empty'
 111   exit 2
 112  fi
 113  ./matplotlib_hist.py
 114
 115  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Histograms $1\" type=\"image/png\">`pwd`/1L2Y_remd_ene_hist.png</DartMeasurementFile>"
 116  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Energy $1\" type=\"image/png\">`pwd`/1L2Y_remd_Tene.png</DartMeasurementFile>"
 117  grep ACC 1L2Y_remd.out_GB000 |tail -7
 118  exchange=`grep ACC 1L2Y_remd.out_GB000 |tail -7|awk '{a=a+$4}END{print a/NR}'`
 119  echo "average exchange = ${exchange}"
 120  if [ `echo "a=${exchange};a<0.2"|bc -l` != "0" ]; then
 121     echo 'ERROR average exchange smaller than 0.2'
 122     exit 1
 123  else
 124     exit 0
 125  fi
 126
 127 elif [ "$1" == "1DKZcut-ber" ]; then
 128  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 519`
 129  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
 130  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
 131
 132  if [ `echo "a=${chi2};a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
 133     echo 'chi2 greater than 0.01'
 134     exit 1
 135  else
 136     exit 0
 137  fi
 138
 139 elif [ "$1" == "1DKZcut-lang" ]; then
 140  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 519`
 141  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
 142  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
 143
 144  if [ `echo "a=${chi2};a>0.001"|bc -l` != "0" ]; then
 145     echo 'chi2 greater than 0.001'
 146     exit 1
 147  else
 148     exit 0
 149  fi
 150
 151 elif [ "$1" == "1DKZcut-min" ]; then
 152  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
 153  expectenergy="332.1213"                # - expected total energy
 154  cutoffdiff="3.0"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
 155
 156  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
 157  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
 158  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
 159    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
 160    echo 'but not failing this test, it is known problem with esccor'
 161 #   exit 1
 162  fi
 163
 164 elif [ "$1" == "1DKZcut-ene" ]; then
 165  extremediff="10000.0"                  # extreme energy difference, comething went terribly wrong
 166  expectenergy="-452.4430"       # - expected total energy
 167  cutoffdiff="0.01"                      # energy cutoff variation - more then this rises warning
 168
 169 elif [ "$1" == "1DKZcut-micro" ]; then
 170  refe="-173.573"
 171  stat=`awk '{if ( $1 != "#" ) {n++;a=a+$5;a2=a2+$5^2}}END{print a/n,sqrt((a2-a^2/n)/n)}' $file_stat`
 172  array=(${stat// / })
 173  echo 'average total energy ' ${array[0]}
 174  echo 'standard deviation ' ${array[1]}
 175  if [ `echo "a=${array[0]}-(${refe});if(0>a)a*=-1;a>5.0"|bc -l` != "0" ]; then
 176   echo 'difference ' `echo "a=${array[0]}-${refe};if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` "from reference ave etot ${refe} greater than 5.0"
 177   exit 1
 178  elif [ `echo "a=${array[1]};a>0.005"|bc -l` != "0" ]; then
 179   echo 'standard deviation greater than 0.005'
 180   exit 1
 181  else
 182   exit 0
 183  fi
 184
 185 elif [ "$1" == "1ei0_min" ]; then
 186  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
 187  expectenergy="151.3218"                # - expected total energy
 188  cutoffdiff="8.0"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
 189
 190  refe="134.8382"
 191  startene=`grep ETOT $file|head -1| awk '{print $2*1.0}'`
 192  echo "initial energy=${startene} reference=${refe}"
 193  if [ `echo "a=${startene}-(${refe});if(0>a)a*=-1;a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
 194   echo 'difference ' `echo "a=${startene}-${refe};if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` "from reference etot ${refe} greater than 0.01"
 195 #  exit 1
 196  fi
 197
 198  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
 199  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
 200  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
 201    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
 202    echo 'but not failing this test, it is known problem with dissulfides'
 203 #   exit 1
 204  fi
 205
 206 elif [ "$1" == "prota_CHECKGRAD" ] || [ "$1" == "1DKZcut-checkgrad" ] || [ "$1" ==  "checkgrad_dfa" ]  ; then
 207  diff=`gawk -f checkgrad.awk $file |grep 'Largest abs(1-numerical/analytical)='|awk '{printf "%15.10f",$3}'`
 208  gawk -f checkgrad.awk $file
 209
 210  if [ `echo "a=${diff};a>0.0003"|bc -l` != "0" ]; then
 211     echo 'ERROR largest abs(1-numerical/analytical)' ${diff}
 212     echo ' greater than 0.0003'
 213     exit 1
 214  else
 215     exit 0
 216  fi
 217
 218 elif [ "$1" ==  "Ts866_checkgrad_full" ] ; then
 219  diff=`gawk -f checkgrad.awk $file |grep 'Largest abs(1-numerical/analytical)='|awk '{printf "%15.10f",$3}'`
 220  gawk -f checkgrad.awk $file
 221
 222  exit_error=0
 223  ene=`grep ETOT $file|head -1| awk '{print $2*1.0}'`
 224  hene=`grep H_CONS $file|head -1| awk '{print $2*1.0}'`
 225
 226  ene_ref=3127.901
 227  hene_ref=1872.981
 228
 229  echo "ETOT= " ${ene} " reference= " ${ene_ref}
 230  if [ `echo "a=${ene}-(${ene_ref});if(0>a)a*=-1;a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
 231   echo 'difference ' `echo "a=${ene}-${ene_ref};if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` "from reference etot ${ene_ref} greater than 0.01"
 232   exit_error=1
 233  fi
 234
 235  echo "H_CONS= " ${hene} " reference= " ${hene_ref}
 236  if [ `echo "a=${hene}-(${hene_ref});if(0>a)a*=-1;a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
 237   echo 'difference ' `echo "a=${hene}-${hene_ref};if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` "from reference etot ${hene_ref} greater than 0.01"
 238   exit_error=1
 239  fi
 240
 241
 242  if [ `echo "a=${diff};a>0.0020"|bc -l` != "0" ]; then
 243     echo 'ERROR largest abs(1-numerical/analytical)' ${diff}
 244     echo ' greater than 0.0020'
 245     exit_error=1
 246  fi
 247
 248  if [ "${exit_error}" == "1" ]; then
 249     exit 1
 250  else
 251     exit 0
 252  fi
 253
 254
 255 elif [ "$1" == "remd_dfa" ]; then
 256  rm -rf remd_all.stat
 257  tail -q -n +100 remd_dfa*.stat >remd_all.stat
 258  if [ ! -s remd_all.stat ]; then
 259   echo 'FATAL error - stat files empty'
 260   exit 2
 261  fi
 262  ./matplotlib_hist.py
 263
 264  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Histograms $1\" type=\"image/png\">`pwd`/1L2Y_remd_ene_hist.png</DartMeasurementFile>"
 265  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Energy $1\" type=\"image/png\">`pwd`/1L2Y_remd_Tene.png</DartMeasurementFile>"
 266  grep ACC remd_dfa.out_GB000 |tail -7
 267  exchange=`grep ACC remd_dfa.out_GB000 |tail -7|awk '{a=a+$4}END{print a/NR}'`
 268  echo "average exchange = ${exchange}"
 269  if [ `echo "a=${exchange};a<0.05"|bc -l` != "0" ]; then
 270     echo 'ERROR average exchange smaller than 0.05'
 271     exit 1
 272  else
 273     exit 0
 274  fi
 275
 276
 277 else
 278  exit 1
 279 fi
 280
 281
 282
 283 function floating(){
 284     echo $1 | sed -e 's/[eE]+/*10^/'
 285 }
 286
 287 #---------------------------------------------------------------------------
 288 # MAIN CODE
 289 #---------------------------------------------------------------------------
 290
 291 # Check if file exist
 292 if [ ! -f $file ]; then
 293     echo "CRITICAL: out file do not exist"
 294     exit 2
 295 fi
 296
 297 # Check if energy value is not a number
 298 grepene=`grep ETOT $file|tail -1| awk '{print $2}'`
 299 if [[ $grepene == "NaN" ]]; then
 300     echo "CRITICAL: energy is NaN"
 301     exit 2
 302 fi
 303
 304 # Check if energy value is extremely different from expected
 305 blaene=`floating $grepene`
 306 myene=`echo $blaene |bc`
 307 diff=`echo $myene"+("$expectenergy")"|bc`
 308 absdiff=`echo $diff| sed 's/-//'`
 309
 310 true1=`echo "$absdiff >= $extremediff"|bc`
 311 if [ $true1 -eq 1 ]; then
 312     echo "CRITICAL: energy is loo large $absdiff, ene= $myene"
 313     exit 2
 314 fi
 315
 316 # Check if Energy value is as expected
 317 true2=`echo "$absdiff<=$cutoffdiff"|bc`
 318 if [ $true2 -eq 1 ]; then
 319     echo "OK: absdiff= $absdiff, ene= $myene"
 320     exit 0
 321 else
 322     echo "WARNING: energy is somewhat different $absdiff, ene= $myene"
 323     exit 1
 324 fi
 325