ctest/matplotlib_hist.py

   1 #! /usr/bin/env python
   2
   3 import matplotlib
   4 #matplotlib.use('GTK')
   5 matplotlib.use('Agg')
   6 import matplotlib.pyplot as plt
   7 import matplotlib.cm as cm
   8 import numpy as np
   9
  10 x,y= np.loadtxt('remd_all.stat',usecols=(11,3),unpack=True)
  11
  12 h,bin=np.histogram(y,bins=40,density=False)
  13
  14 plt.xlim(min(bin), max(bin))
  15 plt.ylim(0,max(h)/4)
  16 plt.ylabel('number of samples')
  17 plt.xlabel('potential energy [kcal/mol]')
  18
  19 Tremd=[240, 260, 280, 300, 320, 340, 360, 390]
  20 colors = cm.rainbow(np.linspace(0, 1, len(Tremd)))
  21 for T,c in zip(Tremd,colors):
  22  yt=y[x==T]
  23  h,bin=np.histogram(yt,bins=40,density=False)
  24  center = (bin[:-1] + bin[1:]) / 2
  25  plt.plot(center,h,'-',color=c)
  26 # plt.bar(bin[:-1], h, width = bin[2]-bin[1],color=c)
  27
  28 plt.savefig('1L2Y_remd_ene_hist.png')
  29 #plt.show()
  30
  31 plt.clf()
  32 plt.xlabel('bath temperature [K]')
  33 plt.ylabel('potential energy [kcal/mol]')
  34
  35 plt.xlim(230, 400)
  36 Tremd=[240, 260, 280, 300, 320, 340, 360, 390]
  37 colors = cm.rainbow(np.linspace(0, 1, len(Tremd)))
  38 for T,c in zip(Tremd,colors):
  39  yt=y[x==T]
  40  xt=x[x==T]
  41  plt.plot(xt,yt,'.',color=c)
  42
  43 plt.savefig('1L2Y_remd_Tene.png')